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层黏连蛋白α2缺失型先天性肌营养不良患儿一例 LAMA2基因突变分析
目的:对一例层黏连蛋白α2缺失型先天性肌营养不良( MDC1A)患儿LAMA2基因突变( c.7147C>T/p.Arg2383X、c.6513_6515delTGT/p.2172delVal)进行报道和分析。方法提取一例MDC1A患儿与其父母的外周血DNA,PCR扩增LAMA2基因的全部65个外显子,以琼脂糖凝胶电泳鉴定PCR产物,PCR产物纯化后进行直接基因测序。结果检测到先证者LAMA2基因的多种突变,其中c.7147 C>T(杂合)为无义突变(p.Arg2383X);另一个突变c.6513_6515delTGT(杂合)引起编码产物缺失单个氨基酸残基(p.2172delVal),其余突变均发生于多态性位点或内含子区,仅有较小可能影响LAMA2基因的功能。先证者母亲被检出携带了c.6513_6515delTGT杂合突变;父亲被检出携带了c.7147C>T杂合突变。结论先证者一个LAMA2等位基因发生c.7147 C>T杂合突变,另一个等位基因发生c.6513_6515 delTGT杂合突变,两个突变位点均位于编码蛋白laminin-2的G区域,突变导致G区域功能丧失,引起MDC1A的表现型。
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一例假肥大型肌营养不良症患儿基因新突变报道和临床分析
目的 对一例假肥大型肌营养不良(DMD/BMD)患儿发生的DMD 基因突变(c.9760_9781dup22/p.Pro3261LeufsX5)进行报道,并对其临床表现进行分析.方法 联合应用多重连接探针扩增技术(MLPA)和基因测序技术的方法,对DMD 患儿进行DMD 基因分析.结果 MLPA 技术检测到患儿DMD 基因67 号外显子发生缺失突变,通过PCR 技术、基因测序技术检测,证实患儿发生的是67 号外显子的微小突变(c.9760_9781dup22/p.Pro3261LeufsX5).结论 67 号外显子的微小突变(c.9760_9781dup22/p.Pro3261LeufsX5)是一种新突变,此突变可能与DMD 疾病发生及智力障碍表现相关.
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急性咽结膜热的分子病原学诊断
2004年夏季,浙江省某地发生了一起急性咽结膜热疫情,有62例发病,其中男38例,女24例,53例在发病前均有明确的游泳史.为明确病原学诊断,我们对部分急性期患者的咽拭子和眼拭子标本开展了荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测和病毒分离,同时利用基因测序、BLAST比对和构建腺病毒hexon基因进化树确定了病毒型别特征.
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基因测序确认二例造血干细胞捐献者新等位基因HLA-DRB1*0114
人类白细胞抗原(HLA)是迄今所知的人类复杂的免疫遗传多态性系统,由于分子生物学技术尤其是DNA测序技术在HLA分型上的应用,新的等位基因不断被发现[1-3].随着中国造血干细胞库捐献者数量的增加,不断地在中国人中发现新等位基因的报道.我们报告2例在对中华骨髓库陕西分库注册的捐献者进行HLA低分辨的过程中发现的一个新等位基因,该等位基因2006年3月被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*0114.
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基于PCR、LDR和ELISA法检测冠心病患者APOE112位点基因型
SNP是继限制性片段长度多态性(RFLP)、短串联重复序列(STR)后的第三代分子遗传标记,目前检测SNP的方法有基因测序[1]、单链构象多态性(SSCP)[2]、RFLP[3]、高效液相[4]、基因芯片[5]、LDR[6-14]等,但都需要比较复杂的仪器进行检测.
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三株黏液型铜绿假单胞菌的生物学特性研究
铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa)是慢性呼吸道感染的重要致病菌.根据其形态和是否大量产生藻酸盐可分为黏液型和非黏液型.黏液型铜绿假单胞菌由于大量产生藻酸盐而更易形成生物被膜,使其逃逸机体免疫清除和增强对抗菌药物的耐药性,给临床治疗带来极大的困难[1-3].研究表明,mucA基因突变是造成铜绿假单胞菌发生黏液型转换的主要机制[4-5].目前已发现的mucA基因突变类型有多种[6],mucA基因突变类型对黏液型铜绿假单胞菌的生物学特性极可能造成较大影响.本课题组从临床分离了3株稳定黏液型铜绿假单胞菌,对mucA基因测序结果显示其mucA基因序列有较大差异,并进一步对其生物学特性进行了研究.
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深圳市HIV-1分子流行病学及不同亚型混合感染研究
目的 了解深圳市HIV分子流行病学及不同亚型混合感染情况.方法 对429例HIV-1感染者进行详细的流行病学调查,提取外周静脉抗凝血中的病毒核酸,RT-PCR巢式扩增病毒的包膜蛋白(env)和核心蛋白(gog)基因的核酸片段,结合HIV数据库和Mega软件分析测序结果,建立进化树,确定每个基因的亚型.结果 在400份合格序列的样本中有01-AE、07-BC、08-BC、02-AG 4种重组型和B、C2种亚型,01-AE是主要流行株;有6例样本的env和gag区基因分型结果存在不一致情况.结论 深圳市存在HIV-1多亚型共流行和混合感染情况.
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干扰素联合泛昔洛韦治疗YMDD变异株慢性乙型肝炎
1临床资料1.1一般资料入选38例患者均为2002年1月-2004年2月我院住院的慢性乙型肝炎患者.诊断符合2000年9月中华医学会传染病与寄生虫病学分会、肝病学会联合修订的<病毒性肝炎防治方案>诊断标准[1].其中男23例,女15例,平均年龄34.3岁.入院前均经拉米夫定治疗6~24个月.HBVDNA、HBeAg阴转后又复阳,ALT升高正常上限2~12倍,胆红素升高30~145μmol/L,基因测序发生YMDD变异(以YVDD为主).所有病例随机分为2组.
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微阵列技术及其在消化系疾病研究中的应用进展
微阵列技术是近年来兴起的一项前沿生物技术,他利用分子杂交的原理,将生物学中许多不连续的分析过程,移植到固相的递质芯片上,进行样品的多方位分析,首次提供了高通量或平行监测基因表达变化和功能的新方法.已广泛应用于基因表达分析、新基因发现及功能研究、基因组文库作图、基因突变及多肽性分析、疾病诊断、药物筛选、基因测序等领域.利用基因微阵列研究消化系统疾病将会有助于从整体水平上认识疾病发生中相应的分子事件,更深刻地了解消化系肿瘤与疾病的基因变化路径和机制.本文综述了微列阵技术原理及近年来在消化系疾病研究中的应用.
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应用噬菌体展示技术筛选原发性肝癌血清结合蛋白
目的:通过筛选原发性肝癌血清蛋白结合蛋白,探究肝癌的分子发病机制.方法:应用噬菌体展示技术,以肝癌患者的血清作为固相筛选分子,对T7 Select噬菌体人肝细胞cDNA文库进行5轮"吸附-洗脱-扩增"的筛选过程,经噬斑的聚合酶链式反应(PCR)扩增后,对阳性PCR产物直接进行序列测定和同源性分析.结果:噬菌体经富集后,随机挑取48个噬斑进行PCR扩增,得到5种大小不同的PCR片断,序列测定后经序列同源性分析,结果发现与肝癌患者血清蛋白结合的蛋白有以下5种:人核仁螺旋体磷酸化蛋白NOLC1,人高度迁移基核小体结合域1(HMGN1),人依赖ATP的DNA连接酶1(LIG1),人小EDRK-丰富因子2(SERF2)和A-kinase anchor protein 9 isoform.结论:用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到了肝癌血清蛋白结合蛋白,为进一步阐明肝癌的发生及发病机制奠定了基础.
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ntPCR-RFLP检测HBV阿德福韦耐药变异-rtN236T变异
目的:建立一种简便、快速、实用的乙型肝炎病毒(HBV)阿德福韦(ADV)耐药变异-rtN236T变异的快速检测方法.方法:根据GenBank收录的HBV基因全序设计巢式PCR引物,使野生株(rt236N)PCR产物中含有DraI酶切位点(5'TTTAAA3'),而变异株(rt236T)无此限制性酶切位点.同时PCR扩增2份已行HBVRT区基因测序证实未出现rtN236T变异的慢性乙型肝炎患者血清及自行构建的对照质粒,扩增产物经DraI酶切,30 g/L琼脂糖凝胶电泳后,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析.结果:所建立的ntPCR-RFLP方法灵敏度高,可以检测到106copies/L的HBV DNA;特异性强,其RFLP分析结果与DNA测序结果一致.结论:ntPCR-RFLP方法灵敏、特异、简便、实用,适用于ADV耐药变异的临床监测工作.
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错配修复基因hMLH3在家族性胃癌中的突变
目的:检测错配修复基因hMLH3在家族性胃癌中的突变情况,以探讨hMLH3在家族性胃癌中的作用.方法:采用聚合酶链反应(PCR)、变性高效液相色谱分析(DHPLC)和直接测序法,检查有遗传背景的16个胃癌家系(共84名成员)的错配修复基因hMLH3突变情况.胃癌家系选择参考以下标准:(1)至少连续两代;(2)至少2例胃癌患者;(3)至少有1例患者为其他患者的一级亲属;(4)至少有1例患者50岁前被诊断出胃癌.结果:所有样品的外显子均成功进行PCR扩增,DHPLC分析和基因测序.共在5个家系中发现5处错义突变(31.3%,5/16),4处在外显子1,另外1处在外显子12.家系6中hMLH3的突变与胃癌发生呈现出较强的相关性,而另外几个家系中的突变情况与胃癌没有表现出明显的相关性.在散发性胃癌及正常对照中未发现突变的存在.结论:hMLH3基因在家族性胃癌发生中可能为一低风险基因,他可能通过与其他基因互相叠加、共同起作用.
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C57BL/6小鼠幽门螺杆菌感染动物模型的建立
目的:建立幽门螺杆菌(Hpylori)小鼠感染模型.方法:以C57BL/6小鼠为实验动物,经口感染接种Hpylori悉尼株(SS1),置层流柜中饲养.用HE染色、石碳酸-碱性品红染色、免疫组织化学染色、尿素酶实验、细菌培养等方法检测接种小鼠,并用PCR、基因测序方法对胃组织细菌、胃组织分离培养细菌DNA进行分析.结果:小鼠胃组织分离培养的细菌与接种细菌形态及特性相同.胃窦隐窝可观察到细菌定植,胃黏膜下层可见炎症细胞浸润.胃组织DNA中成功扩增出H pylori 16SrRNA及cagA基因的目的片段,基因测序结果显示与接种菌株序列完全一致.结论:H pylori SS1经口接种C57BL/6小鼠2 mo后可成功在胃内定植并导致成慢性胃炎.
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基因测序让您走在疾病的前面
基因组测序测序你的基因很简单,只需要一点血液样本或者一些唾液.血细胞中的DNA带有人类完整的基因编码.DNA是由四种缩写为A、T、C、G的碱基组成,30亿个它们按特定的次序排列组合旋转形成了长长的双螺旋化学链条.基因组测序意味着弄清楚这些化学物质在链条里的排列顺序,所以基因组读起来仿佛一本书.
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基因筛查能改变患者行为从而减少2型糖尿病风险吗?
随着技术水平提高和花费降低,逐渐增多的基因测序使得基因治疗成为可能.展望未来,人的基因可以引导疾病治疗决策来优化疗效及减少不良反应.已知人的遗传易感性可帮助在某些特定疾病发生前确立一级预防策略.基因筛查获益的可预防疾病包括2型糖尿病(T2DM),它的发病包含遗传和环境因素,体重减轻和药物(如二甲双胍)可以阻止其发生.在T2DM发生前已知某人的遗传风险,有希望通过早期鼓励患者通过生活方式干预来预防疾病,如健康饮食和体育锻炼.以下将讨论目前的科学证据是否支持这一希望.
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TCGA数据库基因突变信息结合机器学习软件RapidMiner构建肝细胞癌患者复发模型
目的 通过TCGA数据库基因突变信息结合机器学习软件RapidMiner构建肝细胞癌患者复发模型.方法 首先通过TCGA数据库收集316例肝细胞癌患者的临床资料和全基因组测序的突变基因信息;然后利用R语言和SPSS19.0筛选出前127个高频突变基因和12个与无疾病生存期(disease-free survival period,DFS)显著相关的高频突变基因;通过RapidMiner8.0机器学习软件,利用316例患者的突变基因信息训练决策树和支持向量机(support vector machine,SVM)模型.结果 通过利用TCGA数据库筛选的基因构建的决策树模型准确率为77.42%,通过构建SVM模型佐证决策树模型的大准确率为77.42%.结论 通过公共数据库构建的肝细胞癌患者的复发模型,可在临床上用来分析患者的基因检测报告,除了提供药物治疗靶点的信息外,还可初步判断患者的预后;此外,对于部分经济条件受限的患者可重点针对决策树中的基因进行检测,来预测预后及复发可能.
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国人SCN5A基因突变R965C与发热致Brugada心电图相关
目的:筛查发热致Brugada心电图(ECG)患者的基因突变,探讨其基因型与临床特征及其与致恶性心律失常的关系。
方法:收集发热诱发Brugada ECG患者临床资料,排外高血压、冠心病、电解质异常、药物以及其它因素所致复极化异常征象。采集患者及其家系成员外周血标本。采集患者外周血标本并提取DNA。对临床收集发热诱发Brugada ECG患者进行随访。利用DNA直接测序法,对候选基因SCN5A、SCN1b、SCN3b、GPD1L进行基因测序以寻找基因突变或单核苷酸多态性。 -
时间温度梯度凝胶电泳结合基因测序对乳癌体细胞全线粒体DNA扫描及突变检测
目的 线粒体主要通过氧化磷酸化途径以三磷酸腺苷(ATP)的形式产生能量在细胞内发挥作用。
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特发性骨髓纤维化患者JAK2V617F和MPLW515L点突变及JAK2外显子12突变的研究
特发性骨髓纤维化(IMF)为慢性骨髓增殖性疾病(CMPD)的一种,缺乏特异性诊治.现在研究表明近一半的IMF患者存在JAK2V617F点突变,另外,MPLW515突变及JAK2外显子12突变的发现提示MPD除了JAK2V617F点突变以外存在其他的发病机制[1].本研究应用等位基因特异性-聚合酶链反应(AS-PCR)及基因测序检测30例IMF患者的JAK2V617F、MPLW515L点突变及JAK2外显子12突变,了解其在IMF患者中的发生情况.
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聚合酶链反应相关技术对人乳头状瘤病毒的检测与分型
目的 鉴定和评估PCR联合限制性片段长度多态性(RFLP)及基因测序技术对发生于外生殖器或肛周部位的5种皮肤病与性病进行HPV DNA检测和分型的可行性.方法 应用HPV通用引物对(MY09/11)检测组织中HPV DNA,并对HPV DNA阳性片段进行纯化和回收.利用4种限制性内切酶对HPV DNA阳性的PCR产物进行酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)对酶切产物进行分型,然后用PCR直接测序法验证分型结果并对难以分辨或少见图形进行检测.结果 50份经病理确诊的临床样本中,共有35份HPV DNA阳性,其中26份来自尖锐湿疣患者,8份来自鲍温样丘疹病患者,1份来自鳞状细胞癌患者.HPV DNA阳性样本中,HPV6型19份,HPV11型3份,HPV16型8份,HPV6合并HPV 11型4份,HPV62型1份.测序结果与PCR-RFLP判读的HPV型别相符.结论 pCR-RFLP方法可用于HPV DNA检测与分型.