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应用PCR-RFLP分析结核分枝杆菌rpsL基因突变
目的了解结核分枝杆菌链霉素(SM)耐药基因突变情况,建立快速检测耐药突变株的方法.方法通过PCR-RFLP分析62株结核分枝杆菌临床分离株的rpsL基因突变的部位和性质.结果以H37RV标准株为对照,13株敏感株的rpsL基因有MboⅡ酶切位点;37株耐SM分离株中,31株(83.8%)无MboⅡ酶切位点;12株耐其它抗结核药物株中,也有2株无MboⅡ酶切位点.结论大多数结核分枝杆菌SM耐药分离株的核糖体S12蛋白编码基因(rpsL)第43位密码子有点突变.PCR-RFLP可能成为快速检测结核分枝杆菌耐药突变株的一种新方法.
关键词： 分枝杆菌 结核 药物耐受性 聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 -
结核分枝杆菌DNA指纹分析研究
目的:采用结核分枝杆菌IS6110-RFLP DNA分型的方法分析上海近年分离的部分结核分枝杆菌临床分离株,并进行分子流行病学分析.方法:提取结核分枝杆菌基因组DNA,纯化后经限制性内切酶Pvu Ⅱ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后,用荧光标记的IS6110 DNA序列中245bp探针杂交,以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号,比较各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型,分析各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型.结果:经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含9-21个IS6110拷贝,但有1菌株不含IS6110拷贝,另一株含1个IS6110拷贝.结论:结核分枝杆菌上海分离株指纹图谱呈高度多态性.零拷贝菌株和单拷贝菌株不能用IS6110-RFLP DNA指纹分析方法分析.
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结核分枝杆菌DNA指纹分析研究
目的:采用结核分枝杆菌IS6110-RFLP DNA分型的方法分析上海近年分离的部分结核分枝杆菌临床分离株,并进行分子流行病学分析.方法:提取结核分枝杆菌基因组DNA,纯化后经限制性内切酶Pvu Ⅱ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后,用荧光标记的IS6110 DNA序列中245bp探针杂交,以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号,比较各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型,分析各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型.结果:经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含9-21个IS6110拷贝,但有1菌株不含IS6110拷贝,另一株含1个IS6110拷贝.结论:结核分枝杆菌上海分离株指纹图谱呈高度多态性.零拷贝菌株和单拷贝菌株不能用IS6110-RFLP DNA指纹分析方法分析.
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用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测幽门螺杆菌的分子流行病学研究
本研究应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法对来自不同临床标本的幽门螺杆菌(Hp)进行分析,通过聚类分析进行基因分型,并在此基础上探讨不同基因型别的Hp与不同疾病的关系.
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内皮型一氧化氮合酶基因G894T突变与冠心病危险因素的关系
内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因G894T突变与冠心病患病风险有关[1-5].我们应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR/RFLP)分析,检测了一组浙江地区冠心病患者eNOS基因G894T突变,并调查冠心病经典危险因素,旨在探讨eNOS基因G894T突变和冠心病危险因素的关系.
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80株淋球菌分离株青霉素耐药性与penA及PonA基因的关系
目的 探讨淋球菌青霉素耐药性与青霉素结合蛋白1基因和2基因(ponA、penA)突变的关系.方法 采用琼脂稀释法对淋球菌临床分离株进行青霉素敏感性测定,分别运用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)和PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)对淋球菌penA及ponA基因进行分析.结果 在检测出的80株淋球菌临床分离株中,所有菌株的penA基因均发生了(Asp345A)的插入突变,而菌株表现出对青霉素不同程度的耐药性;通过RFLP分析检测出有近93.7%的菌株发生了ponA基因第421位氨基酸由亮氨酸变成脯氨酸(Leu421→Pro)的突变.同时研究还表明所有的PPNG菌株也可同时发生penA基因的突变,除2例ponA基因未突变外,94.4%6(34/36)的PPNG可发生ponA基因的突变.结论 在淋球菌流行株中染色体介导和质粒介导两种方式协同作用造成了淋球菌对抗生素的高度耐药性.
关键词： 淋球菌 青霉素 单链构象多态性 限制性片段长度多态性 -
结核分支杆菌株水平鉴定技术及其研究进展
结核分支杆菌菌株分型对结核病流行病学调查和监测、传染源的发现、传播途径的阻断以及发病机制的研究都极为重要.结核分支杆菌的分型方法,主要分为非核酸法和核酸法.非核酸分型方法即传统分型方法,多是在细菌表型特征的基础上认识细菌的,包括生化分型法、血清分型法和噬菌体分型法.但由于结核分支杆菌分离株具有高度同源性,通过常规的生化试验和血清学方法是无法鉴别的,所以,对于结核分支杆菌,唯一可用的传统的菌株鉴定方法只有噬菌体分型法.随着分子生物学理论和技术的飞速发展,1980年以后,逐步建立了一些根据核酸序列进行菌株鉴定的高度特异的基因分型方法,即核酸法.主要包括:限制性片段长度多态性(RFLP)、DNA指纹图谱分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、聚合酶链反应(PCR)酶切分型、随机扩增多态性(RAPD)DNA、DNA序列分析以及基因芯片技术等等.随着上述方法的应用,使结核分支杆菌的菌株分型进入了一个全新的领域,也进而使结核病流行病学的研究取得了很大的进展,现将对上述各分型方法综述如下.
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贵州省乙型肝炎病毒前C区及基本核心启动子变异分布
目的 调查贵州省乙型肝炎病毒(HBV)前C区A1896、基本核心启动子区(BCP)T1762/A1764变异分布.方法 收集贵阳、遵义、凯里、都匀4地区不同民族无症状携带者(ASC)、慢性肝炎(CH)、肝炎肝硬化(LC)、肝细胞肝癌(HCC)患者血清482份,用测序及限制性片段长度多态性检测A1896、T1762/A1764变异,用S基因PCR-RFLP确定基因型.结果 A1896、T1762/A1764变异检出率分别为23.03%和29.67%.汉族感染者A1896、T1762/A1764变异检出率为27.64%和36.04%,高于侗、苗、布依族感染者合并后的7.96%、8.85%(P＜0.01).A1896变异在B、C基因型中的分布为20.34%和27.13%(P＞0.05),T1762/A1764变异为18.97%和46.28%(P＜0.01).A1896、T1762/A1764变异在HBeAg阴、阳性组间的分布差异有统计学意义(P值均＜0.01).从ASC到HCC组,A1896、T1762/A1764变异分布逐渐增高,LC、HCC组的检出率明显高于CH和ASC组(P值均＜0.01).A1896、T1762/A1764变异的分布:贵阳(分别为31.79%和41.06%)高于遵义(10.94%和14.06%)、都匀(8.64%和11.11%)及凯里(2.86%和2.86%),但多因素logistic回归分析在控制了HBeAg、HBV基因型及临床类型影响后,在地区间分布差异无统计学意义.结论 A1896、T1762/A1764变异在贵州省不同民族间分布有一定差异.C型感染者易发生T1762/A1764变异,两种变异均与疾病进展有关.
关键词： 乙型肝炎病毒 变异 限制性片段长度多态性 -
用IS6110限制性片段长度多态性方法分析中国南方部队结核分支杆菌DNA指纹特征
目的分析南方部队结核病患者和当地患者中结核分支杆菌分离株DNA指纹特征,探讨南方部队结核病的分子流行病学特征.方法用限制性内切酶PvuⅡ消化结核分支杆菌DNA,后用琼脂糖凝胶电泳,再用Southern免疫转印,用[α32P]-dCTP标记的DNA IS6110序列中的245 bp片段作探针,进行杂交后得到限制性片段长度多态性图谱,结合一般流行病学资料加以分析比较.结果共检测185株结核分支杆菌分离株.检测菌株的IS6110拷贝数范围为1～22.部队患者和当地患者的IS6110拷贝数分布差异无显著性.部队患者结核菌分离株的IS6110拷贝数主要集中在6～20个,当地分离株主要集中在7～20个;全部菌株指纹特征分成8个组,部队分离株和当地分离株均主要集中在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ 3个组里.耐药菌株指纹特征在各组中的分布与敏感菌株差异有显著性;患者是否接种卡介苗在各组中的分布差异无显著性.结论南方部队患者与当地患者结核菌分离株在遗传关系上较接近,在基因水平上相关程度较强.提示部队结核病的发生与当地结核分支杆菌菌株的传播密切相关.
关键词： 结核分支杆菌 限制性片段长度多态性 流行病学 分子 -
贵州省四城市乙型肝炎病毒感染者病毒基因型调查研究
目的 调查贵州省4城市乙型肝炎病毒(HBV)感染者的病毒基因型及其与临床的关系.方法 选择贵阳、遵义、凯里、都匀4城市慢性HBV感染患者共786例,其中无症状携带者(ASC)346例,慢性肝炎(CH)313例,肝硬化(LC)77例,肝细胞肝癌(HCC)50例.用S基因限制性片段长度多态性确定基因型,直接测序分析B基因亚型,比较主要基因型地区分布及临床特征.结果 786例中,B基因型497例(63.23%),C型275例(34.99%),A型7例(0.89%),D型7例(0.89%),未发现E、F型.B型的分布:凯里市高(96.04%),遵义、都匀市其次(78.79%、64.52%),贵阳市低(53.14%).C型的分布,贵阳(45.84%)高于都匀(34.41%)、遵义(13.13%)及凯里市(3.96%),差异有统计学意义(P＜0.05或P＜0.01).94例B型感染者中,93例为Ba(98.94%)、1例为Bj亚型.从ASC、CH、LC到HCC组,B型的分布逐渐降低,而C型在各组的分布逐渐增高.与B型相比,C型感染者年龄较大;ALT水平较高(P＜0.05);HBeAg阳性较低(P＜0.025).结论 贵州省存在A、B、C、D 4种HBV基因型,但以B型为主,C型其次,A、D型极少.B型中又以Ba亚型为主.B、C基因型在贵州省4城市的分布有一定差异.
关键词： 肝炎病毒 乙型 基因型 限制性片段长度多态性 -
长春地区乙型肝炎病毒基因分型与肝病发病关系的研究
目的 了解长春地区乙型肝炎(乙肝)患者基因型特点及与肝炎严重程度、疾病转归的关系,以指导临床对疾病进展的判断和指导临床用药.方法 选择216例乙肝病毒(HBV)阳性肝炎患者,年龄33～87岁,平均(60.5±11.4)岁.病变程度的判断根据2000年<病毒性肝炎防治方案>中的诊断标准.应用巢式聚合酶链反应方法(nPCR)扩增HBV S基因组序列,用第二轮PCR产物直接进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析;然后用HBV S基因扩增产物采用Sanger双脱氧链终止法进行DNA测序,将所得到的核苷酸序列及推测的相应氨基酸序列通过DNASIS软件处理,并与GenBank中已发表的HBV中国株及国外株进行同源性比较以确定HBV的基因型,证明用S基因序列的RFLP法HBV分型结果与用全基因组序列的基因分析是一致的.表明S基因序列RFLP法的基因分型结果与S基因测序分型结果是一致的.结果 216例HBV DNA阳性标本中单基因型分别检测出A、B、C、D四种,其中单基因型中A型有1例(0.46%),B型有19例(8.8%),C型有175例(81.02%),D型有21例(9.72%).86例HBV DNA阳性住院患者标本中,C型为感染的主要基因型,69例(80.23%).B型次之,9例(10.47%).6例原发性肝癌均为C型;20例肝炎后肝硬化的患者中有17例(85.0%)为C型.结论 长春地区HBV基因型仍以C型为主(81.02%),B、D型次之(分别是8.8%和9.72%).同时结果显示长春地区HBV感染有基因多样性趋势,表现在检测出了A单基因型.肝癌、肝硬化与C基因型HBV的相关性大.C基因型HBV DNA拷贝数较非C基因型高,提示与HBVDNA在C型患者体内长期存在有关.HBV病毒载量与肝脏病变严重程度的关系无统计学意义.
关键词： 乙型肝炎病毒 基因分型 限制性片段长度多态性 -
河北省汉族人群CYP450 2C9和VKORC1基因多态性与华法林剂量相关性研究
目的 了解河北省汉族人群CYP450 2C9和VKORC1的基因多态性分布与其他不同民族之间的差异,探讨CYP450 2C9~*3+1075C/A和VKORC1-1639A/G基因多态性与华法林剂量的关系.方法 随机选取门诊体检的健康人487名,检测CYP450 2C9~*3+1075C/A和VKORC1-1639A/G基因型及其分布频率,并与国外多个民族的CYP450 2C9~*3+1075C/A和VKORC1-1639A/G的基因多态性进行比较.选取服用华法林稳定剂量的患者101例,检测其基闪型并结合其个体差异和华法林的稳定剂量进行分析.结果 487名正常人CYP450 2C9*3+1075C/A基因型中,AA型为449名(92.2%),AC型36名(7.4%),CC型2名(0.4%);VKORC1-1639A/G基因型中AA型为415名(85.2%),GA型72名(14.8%),未发现GG型(0.0%).采用多元逐步回归得出有关华法林稳定剂量的方程:In(D)=0.346+0.017(体重)-0.376(CYP450 2C9~*3+1075C/A)+0.148(VKORC1-1639A/G)-0.002(年龄)(r=0.827,P=0.02).结论 汉族人群CYP450 2C9和VKORC1存在明显的基因多态性.CYP450 2C9~*3+1075C/A和VKORC1-1639A/G的基因型和患者个体之间的体重、年龄差异是影响华法林稳定剂量的因素.
关键词： 华法林 基因多态性 多聚酶链反应 限制性片段长度多态性 -
PCR-RFLP鉴定儿童唾液中幽门螺杆菌的意义
采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)技术对儿童唾液与胃黏膜中的幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)进行基因型分析,以探讨其在Hp流行病学中的价值.
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2型糖尿病家系维生素D结合球蛋白氨基酸变异的研究
为探讨维生素D结合球蛋白(DBP)基因的氨基酸变异与家族性2型糖尿病的关系,我们应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测了2型糖尿病家系成员的DBP基因型,并与正常对照相比较.
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2型糖尿病与脂蛋白脂酶基因HindⅢ酶切位点的多态性
为探讨2型糖尿病与脂蛋白脂酶基因HindⅢ多态性是否有关联.采用限制性片段长度多态性分析方法,对中国成都地区248名(健康成人135名,2型糖尿病患者113名)汉族人的脂蛋白脂酶基因内含子8 HindⅢ酶切位点多态性及其与血脂、载脂蛋白水平的关联进行了研究.结果显示,2型糖尿病组血清TG、TC、apoB100、apoCⅡ、apoCⅢ、apoE水平及TG/HDL-C比值较对照组显著升高(P＜0.001),同时HDL-C、apoAⅠ水平显著降低(P＜0.001).2型糖尿病组H+H+基因型和H+等位基因频率较对照组显著升高(分别为0.637 vs 0.318,P＜0.01和0.770 vs 0.548,P＜0.01).结果提示,2型糖尿病与脂蛋白脂酶基因HindⅢ酶切位点多态性有一定关联.
关键词： 2型糖尿病 脂蛋白脂酶基因 HindⅢ位点 限制性片段长度多态性 -
妇女隆钙素受体基因型与骨密度的关系
本文欲探讨中国汉族妇女降钙素受体(CTR)基因型频率分布及其与骨密度(BMD)的关系.对北京地区95名健康年轻妇女和127名绝经后妇女,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)检测CTR基因型,同时通过PCR产物进行测序验证,应用双能X线吸收法测量BMD值.发现汉族妇女CTR基因型频率分布依次为CC、TC、TT(分别占90.5%、8.6%、0.9%),等位基因频率C和T各为94.8%、5.2%.年轻妇女组TC基因型者在腰椎和股骨大转子部位的BMD值均高于CC基因型的相应部位(P<0.05),绝经后妇女组不同基因型各部位BMD值无差别.提示汉族妇女CTR基因型频率分布不同于已报道的其他人种;CTR基因型与BMD间有一定关联.
关键词： 降钙素受体 基因 限制性片段长度多态性 骨密度 -
糖皮质激素受体基因G1666T多态性与原发性高血压的相关性
目的探讨糖皮质激素受体基因第4内含子基因G1666T多态性与原发性高血压(essential hypertension,EH)的关系.方法用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析71例正常人及48例原发性高血压患者中GR基因第4内含子变异的多态性分布情况.结果从整体来讲,不分性别,GR基因第4内含子的变异在EH与对照组之间,其基因型频率、等位基因的频率无显著性差异.而在女性,与对照组(0.46)比较,EH(0.64)等位基因G的频率明显增高(P＜0.05).结论等位基因G的频率增高可能是原发性高血压的易感基因标志.
关键词： 高血压 糖皮质激素受体 基因多态性 聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 -
我国部分地区蜱中莱姆病螺旋体的检测与基因分型研究
目的对我国部分地区的多种蜱类进行莱姆病螺旋体的检测和基因分型. 方法选择我国黑龙江、吉林和浙江省部分林区为调查点,采集当地蜱类,用巢式PCR法进行检测,阳性产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析和单链构象多态性(SSCP)分析,确定莱姆病螺旋体的基因型. 结果共检测蜱512只,阳性126只,阳性率24.61%.其中吉林全沟硬蜱带菌率为37.00%,黑龙江全沟硬蜱带菌率为20.87%,浙江长角血蜱带菌率为28.07%.RFLP分析表明,蜱中莱姆病螺旋体包括B. garinii和B. afzelii两种基因型.SSCP分析显示为7种亚型,其中B. garinii分为5个亚型,B. afzelii分为2个亚型.发现有3只蜱同时感染不同基因(亚)型莱姆病螺旋体. 结论证实B. garinii和B. afzelii基因型为我国莱姆病螺旋体的优势基因型,并在我国蜱中发现莱姆病螺旋体不同基因(亚)型的混合感染.
关键词： 莱姆病螺旋体 基因型 限制性片段长度多态性 单链构象多态性 蜱 -
云南大理白族人群乙型肝炎病毒基因型和亚型的分布
目的 调查云南大理地区白族人群乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因型和亚型分布情况. 方法 在大理地区选择100例白族慢性HBV感染者,采用基因型特异性引物分型法和聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法测定HBV感染者血清HBV基因型和亚型,并用ELISA法测定HBV血清标志物. 结果 100例HBV感染者中,B型41例(41%),全部为Ba亚型,未发现Bj亚型;C型25例(25%),其中Cs亚型21例(84%),Ce亚型3例(12%),未分型1例(4%);B+C 混合型34例(34%).B型感染者与C型感染者比较血清 HBeAg阳性率差异有统计学意义(P=0.024). 结论 云南大理白族人群HBV感染的基因型主要为B型、B+C混合型和C型,以Ba和Cs亚型为主要流行株,B+C混合型感染占很大比例.
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刚地弓形虫分子生物学检测技术应用研究进展
本文综述了刚地弓形虫的分子生物学检测技术,主要包括PCR技术、限制性片段长度多态性分析技术和环介导等温扩增技术,以及各种技术在实验及临床上的应用和发展前景.
关键词： 刚地弓形虫 和PCR 限制性片段长度多态性 环介导等温扩增技术 综述
