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深圳市肾综合征出血热患者汉坦病毒基因特征研究
目的 研究深圳市引起肾综合征出血热(HFRS)的汉坦病毒主要型别及分子特征,为该市汉坦病毒的防制提供依据.方法 收集各医院送检HFRS患者急性期血清标本,提取血清中病毒RNA作为模板,采用逆转录-套式PCR扩增汉坦病毒基因组M片段G2区基因并进行序列测定,对汉坦病毒进行基因分型和同源性分析.结果 深圳市HFRS病例男性多于女性,患者发病年龄主要集中在20-60岁,其中20-49岁病例数多,共发病242例,占发病总数的85.82％.从282例标本中用HTN型特异性引物扩增阳性4例,占1.42％;用SEO型特异性引物扩增阳性50例,占17.73％;总阳性率为19.15％.序列比较分析发现,深圳地区流行的SEO型汉坦病毒核苷酸序列的差异相对较小,其基因的离散度为0％-4.9％.从种系发生树看这些病毒分布在一个分支上,均为S2亚型.HTN型汉坦病毒的变异率较高,其基因的离散度为6.7％-21.0％,二例为H7亚型,二例为H9亚型,均为深圳市首次报道.结论 不同年份引起深圳地区HFRS的汉坦病毒仍以SEO型为主,且病毒变异较小,稳定性较高.首次发现HTN型病例存在.结合流行病学调查资料,证实HTN病例均为输入性病例.
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深圳市首例本地登革热3型病例的病原学检测与分析
目的对2016年深圳市报告的首例本地疑似登革热病例查明病因.分离鉴定病原体,从分子水平分析分离株的生物学特征.方法对疑似患者血清标本采用ELISA、胶体金免疫层析法和荧光RT-PCR方法分别检测登革病毒抗体、NS1抗原和病毒核酸,并用C6/36细胞分离登革病毒.采用RT-PCR方法扩增病毒PrM/M-E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革毒株进行同源性比较和进化树分析.结果从患者血清标本中检测到登革病毒IgM抗体、NS1抗原和登革3型病毒核酸,并成功分离到登革3型病毒,将其命名为DENV3-SZ1648.深圳市登革3型病毒分离株SZ1648与登革3型国际标准株H87株、国内外流行株80-2、GWL-25株在PrM/M-E基因上核苷酸同源性分别为92.0％、91.8％和90.3％,而与登革1、2、4型国际标准株HAWAII、NGC、H241同源性分别为68.7％、64.2％和63.2％.进化树显示SZ1648株与2007年印度尼西亚分离株MKS-0098亲缘关系近,在进化树的同一分支上,和85-159株(Indonedia 1985)、2167株(Tahiti 1989)、29472株(Fiji1992)等同属基因Ⅰ亚型.患者发病前1个月在深圳居住,无输血史、无外出史.结论从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该本地病例是由登革3型病毒引起,这也是深圳市首次报道存在本地登革3型病毒的疫情,该毒株有可能来源于印度尼西亚.
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2013-2015年深圳市福田区人星状病毒感染流行病学及分子特征分析
目的 研究深圳市福田区腹泻患者人星状病毒(human astrovirus,HAstV)感染的流行病学及分子特征.方法 收集2013年1月至2015年12月深圳市福田区1 625例疑似腹泻患者粪便标本,采用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-qPCR)方法检测粪便中的HAstV核酸,RT-qPCR阳性样品使用Mon269/Mon270引物对,用荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HAstV的开放阅读框ORF2区域,将RT-PCR扩增产物纯化、测序后进行序列分析,并分析病例的流行病学资料.结果 2013-2015年福田区HAstV的检出率为2.03％(33/1 625),其中2013年的检出率为1.84％(12/653),2014年的检出率为1.31％(7/535),2015年的检出率为3.20％(14/437);男性检出率为2.27％(21/925),女性检出率为1.71％(12/700),男女患者检出率的差异无统计学意义(x2=0.62,P=0.431).HAstV在各年龄组人群均有检出,但在1岁以下年龄组患者的检出率低,为1.69％(11/650).HAstV在1月份的检出率高(5.59％,8/143),7月份的检出率低(未检出).将33份RT-qPCR检测为HAstV阳性的样品用开放阅读框ORF2区进行分型,结果有27份可进一步分型,其中HAstV-1检出15株,是福田区HAstV的主要流行株,此外分别检出7株HAstV-4、4株HAstV-5和1株HAstV-2.结论 HAstV是导致福田区病毒性腹泻的病原体,HAstV-1是福田区HAstV的主要流行株,同时也存在其他型别的感染.
关键词： 星状病毒 实时荧光定量逆转录聚合酶链反应 序列分析 流行病学研究 -
北京市门头沟区2015—2016年Victoria系乙型流感病毒HA1基因特征分析
目的 了解北京市门头沟区2015—2016年分离的Victoria系乙型流感病毒血凝素HA1基因变异特征,分析流行株与我国疫苗株的匹配情况,为乙型流感防控提供依据.方法 对狗肾传代细胞(MDCK)培养分离得到的14株Victoria系乙型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,采用邻接法进行遗传进化树分析.结果 2015—2016年北京市门头沟区流行的乙型流感病毒以Victoria系为主.分离并测序的14株Victoria系乙型流感病毒HA1基因与WHO推荐的2016—2017年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008(FJ766842)和国内代表株B/JilinNanguan/1223/2016(EPI768805)亲缘性更近.与B/Brisbane/60/2008和B/JilinNanguan/1223/2016(EPI768805)的HA1区的氨基酸相比,所有毒株都在2个位点发生氨基酸替换,个别毒株也会在其他个别位点发生点突变,变异涉及1个抗原决定簇.而与WHO推荐的2015—2016年Yamagata系疫苗株B/Phuket/3073/2013(EPI608074)亲缘关系稍远一些.结论 在2015—2016年流感监测季中,北京市门头沟区乙型流感病毒以Victoria系为优势流行株.而WHO推荐的乙型流感疫苗株为Yamagata系,可见疫苗株与本区流行株匹配性不佳.
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吉林省长春市肠道病毒Echovirus 18 VP1基因特征分析
目的 分析2015年长春市一起发热伴出疹疫情中患者粪便肠道病毒Echovirus 18型(E-18)毒株VP1基因序列特征及其与国内外其他流行株的进化关系.方法 采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增VP1基因片段并测序,利用DNAman软件和Mega 6.0软件进行序列分析.结果 经RT-PCR方法扩增获得4株774 bp的VP1基因片段并测序,经同源性分析比较发现,各序列间核苷酸同源性为100％.与国内外E-18病毒VP1序列同源性比较发现,长春病毒株与2015年同时发现的河北省分离株同源性高,核苷酸同源性为97％,氨基酸同源性为99％.与Metcalf原型株比较,核苷酸同源性为80％,氨基酸同源性为93％,氨基酸对比发现有18个位点发生突变.结论 吉林省首次发现E-18型肠道病毒,为中国E-18病毒分子流行病学研究提供重要信息.
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上海市黄浦区2013—2016年麻疹病毒分离株核蛋白基因特征分析
目的 分析上海市黄浦区2013—2016年麻疹病毒分离株核蛋白基因特征.方法 2013—2016年上海市黄浦区麻疹实验室共采集72例疑似麻疹病例咽拭子标本,用Vero/hSLAM细胞进行病毒分离,经real-time RT-PCR方法鉴定为阳性的麻疹病毒分离株,采用RT-PCR方法扩增麻疹病毒N基因核苷酸片段(450 bp),对扩增产物进行序列测定和基因特征分析.结果 72例疑似麻疹病例中分离到40株麻疹病毒.40例阳性病例中,男性23例(57.5％),女性17例(42.5％),年龄为(19.07±16.52)岁.40株麻疹病毒的基因亲缘关系显示,39株为H1基因型中的H1a基因亚型,并且有2个明显分支,另外1株为B3基因型.39株H1a基因型麻疹病毒株与同型参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7(AF045212)的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8％～100.0％和96.6％～100.0％.结论 H1a基因亚型是上海市黄浦区2013—2016年本地麻疹流行的优势基因亚型,同一年份存在着不同的传播链.分离的病毒株在核苷酸和氨基酸序列水平上高度保守,关键功能位点未发生变异.
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四川省阿坝州1起麻疹暴发疫情病毒分离株基因分型分析
目的 对四川省阿坝州发生的1起麻疹暴发疫情病毒分离株进行基因特征分析.方法 在2017年3月16日至4月3日四川省阿坝州红原县某乡镇小学发生的1起麻疹暴发疫情中采集8份咽拭子标本,经Vero/SLAM细胞分离培养,通过逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒N基因羧基末端634 bp片段,并对扩增产物进行序列测定和分析.结果 8份咽拭子标本共分离到3株麻疹病毒,均为H1a基因亚型,与H1a基因亚型参考株Chin9322的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9％和99.3％;与同时期四川省其他市州分离的麻疹病毒的核苷酸同源性为99.3％～100.0％,氨基酸同源性为98.6％～100.0％;与2017年度阿坝州分离的麻疹病毒的核苷酸同源性为98.9％～100.0％,氨基酸同源性为98.0％～ 100.0％.结论 该起麻疹暴发疫情由H1a基因亚型麻疹病毒引起.
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河南山东部分地区家猫汉赛巴尔通体感染情况调查
目的 调查河南、山东部分地区家猫汉赛巴尔通体血清抗体及菌血症情况.方法 间接酶联免疫吸附试验(ELISA)方法调查314份家猫血清抗体情况,通过聚合酶链反应(PCR)和测序对血培养产物进行病原学鉴定.结果 用ELISA法共检测314份标本,总的抗体阳性率为29.6%,＜6月龄的幼猫阳性率较低(19.3%),＞2岁的老猫抗体阳性率高(37.5%),雌性和雄性之间没有明显差别,血培养共培养出42份可疑阳性,PCR及序列分析证实为汉赛巴尔通体.结论 河南、山东部分地区家猫均存在汉赛巴尔通体感染情况,汉赛巴尔通体是家猫感染的主要菌种.
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北京市一例HIV-1 CRFl5_01B亚型类似毒株的鉴定
目的 通过对一例HIV-1毒株env、gag和pol基因的序列分析,表明HIV-1 CRF15_01B亚型类似毒株已在北京市出现.方法 从一例在北京居住的四川籍女性HIV-l感染者(BJ06108,通过性途径感染)血浆中提取病毒RNA,使用套式PCR方法扩增env、gag和pol基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 病例BJ06108在env、gag和pol基因区与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079基因离散率较近,基因离散率分别为8.8%、6.1%和7.2%.系统进化树分析表明BJ06108与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079聚在一起.结论 CRF15_01B亚型类似毒株已在北京市出现,应该加强HIV-1毒株亚型变异的监测.
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2010年广东省深圳市首例手足口病死亡病例的病原学研究
目的 对广东省深圳市2010年首例临床诊断为手足口病死亡患儿的粪便和咽拭子标本进行病原体型别鉴定,从而追踪其病原的可能来源.方法 先用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法检测病毒核酸,再用细胞培养方法从粪便和咽拭子标本中分离病毒,并将分离到的毒株提取核酸后,用普通RT-PCR方法分别扩增肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)的VP1区全长基因并进行序列测定,序列测定结果与不同国家和地区的肠道病毒株A、B、C基因型代表株进行同源性比较和进化树分析.结果 该病例的2份标本均为EV71核酸阳性,Cox A16核酸阴性；毒株基因经过核苷酸和氨基酸同源性分析,确定该病例病原体为EV71 C4亚型.结论 2010年深圳市首例手足口病死亡病例的病原体为EV71的C4亚型.
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北京市2010年某幼儿园手足口病聚集疫情的流行病学及病原学特征分析
目的 了解2010年北京市某幼儿园手足口病聚集性疫情的流行病学特征及病原学特征.方法 对本起疫情开展流行病学调查,分析每例患者感染来源,用描述流行病学特征方法进行分析.荧光定量RT-PCR方法检测肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16).RD细胞进行病毒分离,对病毒分离株的VP1基因序列进行种系发生分析.结果 某幼儿园某班手足口聚集性疫情7天内共发病6例,罹患率为31.6％,首发病例发病前接触过确诊的手足口患儿.其余患儿发病前和潜伏期的手足口患儿有密切接触.6例患儿中发热4例,占66.7％,在手、足、口腔、臀部均有疱疹,有2例被诊断为重症(构成比为33.3％),均出现脑炎和肺炎等并发症.其中6份咽拭子样本分离出2株EV71毒株(阳性分离率为33.3％).VP1基因序列分析表明其与北京市2006 -2010年EV71分离株核苷酸同源性为94.6％～100.0％.结论 本起疫情由EV71毒株引起,EV71毒株VP1全长基因序列与北京市2006-2010年分离毒株具有较高同源性,未发生变异.该起疫情提示我们要加强手足口病的健康教育,提高各集体单位关于聚集性传染病的发现和报告能力,提高家长对手足口病的认识程度.
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2015年杭州市首例本地感染登革热病例病原溯源调查
目的 对杭州市首例本地感染登革热病例开展调查及病原分子学溯源.方法 对首例本地感染登革热病例开展流行病学调查,采集患者血清进行登革病毒核酸和抗体检测.提取病毒核酸后扩增E基因并测序,利用生物信息学软件进行多序列比对排列及构建进化树.结果 该病例的登革病毒核酸及IgM抗体均为阳性,基因序列比对及进化分析,病毒株为登革病毒1型GⅣ亚型,与韩国2007年1例从菲律宾旅游输入病例分离的病毒株亲缘关系近,核苷酸和氨基酸同源性为98.9％和99.6％,与菲律宾2010年的2株病毒核苷酸和氨基酸同源性为98.6％和99.6％,病毒株来源于菲律宾的可能性较大.结论 杭州市首例本地感染登革热病例可能是由菲律宾旅游归国的输入性病例引发的二代病例.
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2011年广东省深圳市手足口病的病原学监测
目的 了解2011年广东省深圳市手足口病的病原构成情况,为科学防治手足口病提供实验室依据.方法 对2011年哨点医院上送的临床诊断为手足口病病例的粪便标本,先用荧光RT-PCR进行肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)以及肠道病毒核酸检测,再对肠道病毒核酸检测为阳性的标本进一步用巢式RT-PCR(RT-Nested PCR)的方法扩增片段,PCR产物测序后,通过Blast软件进行分型.结果 409例病例中,5岁以下占93.64％,主要集中在1～2岁年龄组；5-9月为发病高峰期,11月出现一个小高峰.EV71阳性142例,构成比为43.83％；Cox A16阳性53例,构成比为16.36％；非EV71、非Cox A16的其他肠道病毒阳性129例,构成比为39.81％;129例其他肠道病毒阳性标本中,95例的序列测定结果Cox A6有69例,构成比为72.63％；Cox A10有12例,构成比12.63％；Cox A12、Cox A9、Cox A2、Cox A4、Cox B2、Cox B4、ECHO2、ECHO14和ECHO18各有少部分病例.结论 2011年深圳市手足口病主要病原为EV71,Cox A6次之,Cox A16位居第3位,应加强对手足口病的病原学监测.
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2009年宁波市甲3亚型流感流行特征与HA1基因特性的分析
目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况.方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析.结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异.上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株.结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大.说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁.
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2015-2017年浙江省衢州市H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子进化特征分析
目的 了解浙江省衢州市2015-2017年H3N2亚型流感病毒血凝素(HA)基因分子进化特征,为流感防控提供科学依据.方法 选取衢州市2015-2017年分离到的H3N2亚型流感病毒18株,通过RT-PCR扩增病毒HA基因片段并测序,采用生物信息学软件分析其分子进化特征.结果 18株H3N2亚型流感病毒HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.36％～100.00％和96.76％～100.00％,与同年度疫苗株HA基因的核苷酸平均遗传距离分别为0.008 2、0.007 1和0.011 2,氨基酸平均遗传距离分别为0.009 2、0.003 1和0.010 0.分离株的HA基因分支从3C.3a转变为3C.2a支系,其HA氨基酸序列与同年度疫苗株比较,变异位点共涉及HA蛋白的5个抗原表位(A、B、C、D和E区),2个受体结合位点(T131K、T135N/K),6个潜在糖基化位点(122NES、126NWT、133NGT、135NSS、144NSS、158NYT).结论 2015-2017年衢州市H3N2亚型流感病毒可能出现了抗原漂移,当前疫苗株A/HongKong/4801/2014的免疫效果需重新评估.
关键词： H3N2亚型流感病毒 血凝素 序列分析 抗原漂移 分子特征 -
浙江省近年甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析
目的 分析浙江省2009-2013年初甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)序列进化特征.方法 提取浙江省2009-2013年初29株甲型H1N1流感病毒基因组RNA,反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增NA基因,测序并拼接出ORF.以浙江省不同年份与地域15份代表性毒株NA序列和GenBank数据库中选取的22株2009-2012年国内外甲型H1N1流感病毒NA基因序列,采用MEGA 5.1软件对其进行序列比对并构建种系发生树.结果 扩增并测序获得29株甲型H1N1流感病毒的NA基因ORF的全长序列,与国内外甲型H1N1流感病毒NA序列比对后显示序列的同源性较高,浙江省毒株与北美早期甲型H1N1流感病毒典型代表株A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.20％ ～99.50％,其中采集于2012年末和2013年初的4份病毒NA与A/California/04/2009(H1N1)的同源性为98.63％ ～99.14％.在1株采集于2010年1月的甲型H1N1流感病毒NA的基因序列中发现可导致奥司他韦耐药的H275Y突变基因型.结论 虽然浙江省后期的甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因累积了更多的变异,但所有毒株之间基因同源性仍然较高,所有毒株的神经氨酸酶基因同源性达到98.20％及以上,序列分析结果证实1份毒株携带奥司他韦耐药基因型突变.
关键词： 甲型H1N1流感病毒 神经氨酸酶 序列分析 种系发生树 -
2012-2014年内蒙古自治区脊髓灰质炎病毒病原学监测分析
目的 分析内蒙古自治区2012-2014年脊髓灰质炎(脊灰)病毒分离和鉴定情况,为维持中国无脊灰状态提供依据.方法 对来源于急性弛缓性麻痹病例、接触者和健康儿童的粪便标本进行病毒分离和型内鉴定,确定血清型别后进行VP1区核苷酸序列测定,并对结果进行分析.结果 从1176份粪便标本中分离到脊灰病毒21株,非脊灰肠道病毒83株.21株脊灰病毒中1株为疫苗衍生脊灰病毒,其余20株为疫苗株,未发现脊灰野病毒.结论 2012-2014年内蒙古自治区继续维持无脊灰状态.
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广东省东莞市1株麻疹野病毒核蛋白基因分析
目的 分析2008年广东省东莞市疫情中分离到的1株麻疹病毒的核蛋白基因序列,了解毒株基因型别及其核蛋白基因变异情况.方法 采集麻疹疫情中病例的尿液标本,用VERO-SLAM细胞进行病毒分离培养,对分离到的病毒株通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒核蛋白基因片段,对扩增产物进行测序并与麻疹各基因型代表株及沪191疫苗株进行序列比对和构建进化树分析.结果 分离到的麻疹病毒株属于H1基因型H1a亚型.与China93-2毒株同源性高,为99.1%,与China94-7毒株同源性为97.1%,与其他几株H1亚型的同源性则在97.6%～98.0%之间.与沪191疫苗株同源性为92.9%.结论 此次疫情中的毒株属于H1基因型H1a亚型,与中国其他地区的流行情况一致.与其同亚型的毒株相比变异较小.
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浙江省衢州市首例输入性基孔肯雅热病毒基因特征分析
目的 对l例有孟加拉国旅行史的基孔肯雅热病例进行病毒基因特征分析.方法 采集患者血清,采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测基孔肯雅热病毒(CHIKV)和登革热病毒核酸,反转录PCR(RT-PCR)扩增CHIKV结构基因C-E3-E2-6K-E1片段并测序,计算机软件分析处理基因序列.结果 患者血清real-time PCR检测为CHIKV核酸阳性,病毒株编号为QZ0823.对病毒株QZ0823病毒进行测序拼接后共获得CHIKV 5个结构基因全长,包含3 747 bp核苷酸序列,编码1 248个氨基酸,与参考序列核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9％ ～ 99.9％和99.0％ ～ 99.9％,对El和C-E3-E2-6K-E l核苷酸进行系统进化分析,病毒株QZ0823株与孟加拉国、印度、巴基斯坦的东中南非洲遗传谱系流行株进化关系近.结论 来自病例的CHIKV病毒株QZ0823属于东中南非洲遗传谱系,该病例为输入性病例.
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浙江省义乌市一例输入性登革热的病毒分离及全基因组序列分析
目的 调查浙江省义乌市2013年1例输入性登革热病例的分子流行病学特点.方法 采集患者血清标本,采用酯酶联免疫吸附试验和实时荧光定量聚合酶链反应分别检测登革病毒IgM抗体和核酸.用C6/36细胞分离病毒和全基因组测序及分析.结果 从来自安哥拉的1例登革热患者血清中检测到登革病毒IgM抗体和1型登革病毒核酸,并分离到1株病毒(Zj/yw01).经序列测定,该病毒基因组全长10 141 bp (GenBank no.KF864667),进化树显示该病毒为登革1型病毒Ⅴ亚型,与安哥拉分离株(KF184957)同源性高.结论 分子生物学证实该病例为来自安哥拉的输入性病例.
