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北京结核菌株分子流行病学的研究
北京结核分支杆菌分子流行病学的研究。方法 (1)使用标准化的RFLP法检测并分析从128位初治患者分离的结核分支杆菌IS6110指纹多态性；(2)对选例患者进行社会人口学和流行病学调查问卷；(3)分析结核分支杆菌IS6110指纹多态性特征与流行病学的关系。结果 (1)根据IS6110指纹特征的同源性，检测的128株结核分支杆菌可基本分为3组，A、B组的菌株间因具有较高的同源性而被称为“北京基因型”菌株，并且此类菌株在检测菌株中所占的比例较高(103/128，80.5%)；C组菌株间同源性较低，多态性变化多而被称为“非北京基因型”，仅占19.5%。(2)从较低年龄(＜40岁)患者分离菌株的多态性变化，与从较高年龄(＞40岁)患者分离菌株多态性变化比较存在差异，提示“北京基因型”菌株不是由于BCG接种而造成的选择性优势。(3)检测菌株的多态性变化与患者结核病接触史、患者长期居住地、菌株药物敏感性情况无明显联系。结论结核分支杆菌的指纹分析对结核病现代流行病学的研究是一个有用的工具。
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吉林市结核分支杆菌IS6110 DNA指纹图谱特征分析
目的分析吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征.方法对53株结核分支杆菌分离株进行IS6110基因分型,得到IS6110 RFLP图谱;按菌株指纹特征的同源性高低予以分组,并进行分析.结果吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征为:(1)IS6110拷贝数目平均为13个;(2)A、B两组同源性很高,具有"北京基因型"特征,C组多态性较强;(3)IS6110 RFLP图谱特征分布无地域差异;(4)耐药菌株与敏感菌株图谱特征无明显差异,但初治耐药菌株成簇率较高.结论吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征以"北京基因型"为主;但还具一些独有的特征.
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结核分枝杆菌DNA指纹分析研究
目的:采用结核分枝杆菌IS6110-RFLP DNA分型的方法分析上海近年分离的部分结核分枝杆菌临床分离株,并进行分子流行病学分析.方法:提取结核分枝杆菌基因组DNA,纯化后经限制性内切酶Pvu Ⅱ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后,用荧光标记的IS6110 DNA序列中245bp探针杂交,以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号,比较各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型,分析各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型.结果:经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含9-21个IS6110拷贝,但有1菌株不含IS6110拷贝,另一株含1个IS6110拷贝.结论:结核分枝杆菌上海分离株指纹图谱呈高度多态性.零拷贝菌株和单拷贝菌株不能用IS6110-RFLP DNA指纹分析方法分析.
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结核分枝杆菌DNA指纹分析研究
目的:采用结核分枝杆菌IS6110-RFLP DNA分型的方法分析上海近年分离的部分结核分枝杆菌临床分离株,并进行分子流行病学分析.方法:提取结核分枝杆菌基因组DNA,纯化后经限制性内切酶Pvu Ⅱ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后,用荧光标记的IS6110 DNA序列中245bp探针杂交,以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号,比较各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型,分析各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型.结果:经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含9-21个IS6110拷贝,但有1菌株不含IS6110拷贝,另一株含1个IS6110拷贝.结论:结核分枝杆菌上海分离株指纹图谱呈高度多态性.零拷贝菌株和单拷贝菌株不能用IS6110-RFLP DNA指纹分析方法分析.
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结核分枝杆菌DNA指纹技术研究及其应用
目的建立限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)方法分析结核分枝杆菌DNA指纹并探讨其分子流行病学特点及与药物敏感性的关系.方法提取结核分枝杆菌DNA,经内切酶PvuⅡ酶切、琼脂糖凝胶电泳、Southern转印后,与地高辛标记的IS6110探针杂交,以酶免疫试验检测信号,比较各临床分离株IS6110指纹.结果根据IS6110指纹特征的同源性的高低,将所检测的127株结核分枝杆菌分为A、B、C和D 4簇,4簇的株数(比例)分别为50(39.4%)、12(9.4%)、16(12.6%)和49(38.6%).各簇菌株的IS6110指纹特征:A簇菌株间相似系数在70%以上,共同拥有1.3kb、1.9kb、2.1kb、2.7kb、3.3kb、4.5kb、5.0kb、6.5kb等位置的条带;B簇菌株间相似系数也在70%以上,与A簇菌株族间相似系数较高,为65%,与A簇相比,1.9kb以上条带与A簇相似,但缺乏1.9kb以下的条带;C簇带型分布散且较为平均,在1.3kb、2.2kb、3.3kb、5.5kb等位置都有共同拥有的片段;D簇菌株条带数目少,呈现高度多态性,所有菌株之间没有相同位置的条带,相互间同源性较低.其中A、B、C 3簇相似系数在55%以上,且有相同位置的片段,将它们称为"成簇菌株".元共同条带的D簇称为"不成簇菌株".30岁以上人群"不成簇菌株"所占比重高于30岁以下人群,低年龄组"成簇菌株"比例高,近期传播结核较为严重.检测菌株的多态性变化在结核分枝杆菌耐药与敏感株中的分布,A族菌株的耐药比例低于其它3簇菌株.未发现结核分枝杆菌DNA指纹特征与居住状况和职业之间的联系,也没有发现传播频率在男女性别之间存在差异.结论深圳地区菌株基因型与北京地区菌株相似.深圳地区低年龄组(30岁以下)的结核病传播以近期传播为主.与北京地区相似菌株耐药比例低于其它型菌株.
关键词： 结核分枝杆菌 DNA指纹 限制性内切酶片段长度多态性 -
城市地区结核病高发病率相关因素分析
背景:荷兰鹿特丹地区,1995-2006年.目的:探明城市地区结核病高发病率的相关因素.设计:将研究地分为城市和近郊/农村二类,比较其结核病患者的特征,并按照年龄、移民状况,以及结核菌感染的时间和地点进行分层,分别比较两类地区的结核病登记报告率.结果:城市地区的结核病登记报告率是近郊/农村地区的3.8倍；经出生地分层后,这比率有所下降(移民为1.7,非移民为2.8).移民在境外获得结核菌感染的比例高(47％的城市移民患者和62％的近郊/农村地区移民患者).40％的城市患者和27％的近郊/农村患者是在荷兰境内近期感染结核菌的,以致在城市地区人群中因近期传播所致的患者登记报告率是其他地区的5.7倍.结论:城市地区较高的结核病登记报告率与城市移民较多有关,而这些移民结核病患者常常是因其在境外感染结核菌而发病的.近期传播也是城市地区移民和非移民结核病高发的重要因素.建议对已知的相关因素采取一系列针对性干预措施,以解决城市地区结核病高发的问题.
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卢旺达复发结核病的分子学研究
背景:入选病例为来自卢旺达4个省市的肺结核(TB)病人.目的:确定复发TB的原因.方法:分离2002年1月-2005年9月复发TB的一系列结核分枝杆菌菌株,进行spoligotyping(间隔区寡核苷酸分型法)和MIRU-VNTR(数目可变的串联重复序列和结核分枝杆菌散在分布重复单位)基因型分析.通过表型药敏检测和rpoB、katG、inhA、embB基因的测序来确定耐药状态.结果:纳入研究的710例痰培养阳性的TB病人中,638例获得初次发病的药敏结果,其中69例为耐多药结核(MDR-TB),569例为非MDR-TB.在MDR-TB病人中,22例得到多株分离株,其中12例为治愈后复发,10例为迁延不愈.12例治愈后复发的病人中,4例病人前后分离株的DNA指纹型不同,说明为再感染,其余8例及10例慢性病人的前后分离株DNA指纹型相同,复发原因分别为复燃和治疗失败导致.非MDR-TB病人中,1例复发,复发原因为初发时混合克隆感染的单克隆复燃.结论:上述结果说明MDR-TB的治疗失败率/复燃率均很高,依此推测2年以内的再感染并不是本地区复发TB的普遍原因.
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解释结核分枝杆菌DNA指纹簇
许多研究已在其结核分枝杆菌分离株共享DNA指纹的基础上定义了患者簇。成簇相当于近的传播，并且对伴随结核分枝杆菌正在高度传播人群亚组来说，与成簇有关的因素已作为指标被找出。在进行和解释这些研究中值得考虑的提醒应予以注意。例如，根据标志物的稳定性和长时间在人群中的菌株数量，某些并非近期传播的原因使菌株组可能完全相同。如果病例对特定人群是新移民或在研究中不是所有人群中的病例都被包括的话，确定由近期传播引发的病例可能不作为成簇被见到。所见的成簇数量将根据研究持续的时间。在研究的设计、所包括病例的比例、补充和所使用成簇的界定上，研究应给出精确的资料。成簇的数据应至少被年龄、性别和移民状况分开。为了大的获得信息，研究应涉及一个人群中所有病例的高比例、与传统的流行病学接触调查结合进行(如果可能的话)、并且提供人群中结核病发病资料和患者的年龄、性别、人类免疫缺损病毒状况、耐药性及社会和种族组资料。
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IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用
目的建立宁夏、北京和上海等地结核分支杆菌临床分离株IS6110-RFLP DNA指纹图谱,观察其流行病学特征.方法提取结核分支杆菌基因组DNA,经限制性内切酶 PvuⅡ切割、琼脂糖凝胶电泳和 Southern转印后,用荧光标记的IS6110 DNA序列中245 bp探针杂交,以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号,比较各菌株指纹的IS6110拷贝数和带型,分析不同地理区域流行菌株的特点.结果 103例结核患者的临床分离株,经245 bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含8～21个IS6110拷贝.在宁夏和北京地区流行的结核分支杆菌带型具有共同特点,并有成簇分布的现象;在上海分离株中发现1 株零拷贝株和1株单拷贝株.结论 IS6110-RFLP DNA分型方法可用于我国流行的结核分支杆菌分子流行病学研究;宁夏分离株与北京分离株在基因上亲缘关系较相近.
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基于双重PCR技术的鹿茸及其伪品DNA指纹特征和鉴定
目的:分析鹿茸线粒体细胞色素b(Cytb)和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因特异性,建立双重PCR技术鉴别鹿茸真伪的分子指纹特征.方法:利用碱变性法提取梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸和新西兰鹿茸的基因组DNA,应用引物设计软件Premier 5.0针对Cytb和COⅠ分别设计特异性引物(分别为Cytb 1、2和COⅠ1、2、3),采用单一及双重引物分别进行PCR扩增,筛选特异性强的引物,确定佳PCR反应条件.结果:采用碱变性法提取的鹿茸基因组DNA片段长度为23000 bp,DNA纯度即A(260)/A(280)为1.80±0.02;应用单一引物进行PCR扩增无法鉴定鹿茸的真伪,而引物Cytb 1和COⅠ1组合后,解链温度为58℃时,梅花鹿茸(吉林、安徽)、马鹿茸均能扩增出395和525 bp大小的2个片段,而驯鹿茸和新西兰鹿茸均未能扩增出相应片段;采用该提取方法及优化的PCR反应条件,对市售样品进行检测,检测结果与实际情况完全一致.结论:双重PCR技术可从分子水平鉴别鹿茸的真伪,该方法特异性高、实用性强,且简便快捷,在鹿茸真伪鉴别方面具有较高的应用价值.
关键词： 鹿茸 细胞色素b 细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ 双重聚合酶链反应 DNA指纹 -
基于毛细管电泳的鹿鞭DNA指纹鉴定方法
目的 研究基于毛细管电泳的鹿鞭DNA指纹鉴定方法.方法 盐析法提取梅花鹿鞭、马鹿鞭、驯鹿鞭和赤鹿鞭的线粒体DNA,对序列为GAGCGTCGAA的引物进行RAPD扩增,毛细管电泳法分析其产物,再对所得指纹图谱的相似度进行分析.结果 梅花鹿鞭指纹图谱中有9个共有峰,马鹿鞭指纹图谱中有21个共有峰,与驯鹿鞭和赤鹿鞭有明显差异.而且,其相似度均小于0.7.结论 该方法客观、准确、方便,可有效区分梅花鹿鞭、马鹿鞭及其伪品(驯鹿鞭、赤鹿鞭).
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用DNA指纹技术分析Z:ZCLA长爪沙鼠的遗传质量
目的探讨清洁级Z:ZCLA长爪沙鼠遗传组成和遗传质量.方法用重组33.6小卫星探针对清洁级Z:ZCLA长爪沙鼠核心群的20个个体进行Southern b1otting检测.结果在7～15kb的分子范围内,该品系所有个体产生5～6条分子杂交条带;其中在8～9kb位置上,某些个体的分子标记呈多态性变化,其余位置的标记无多态性,经统计,该品系核心群的个体间相似系数约为0.95.结论该群体的多态性不够高,可能与因群体样本含量较小有关.
关键词： Z:ZCLA长爪沙鼠 DNA指纹 遗传质量 小卫星 -
河南省结核分枝杆菌IS6110DNA指纹图谱特征分析
目的:从分子流行病学角度探讨河南省结核分支杆菌的分布特征.方法:样本的获得采用全省范围等比例分层整群随机抽样;构建以IS6110 RFLP DNA指纹方法和以DR为基础的Spoligotyping DNA指纹方法;采用Gel compare4.1软件对DNA指纹图谱进行聚类(cluster)分析.结果:共获得66株可进行IS6110 RFLP DNA指纹分析的结核分支杆菌;其中 59.09%(39/66) 用Spoligotyping DNA指纹方法鉴定为"北京基因型"菌株.结论:北京基因型结核分支杆菌在河南省呈较高水平的流行.
关键词： 结核分支杆菌 DNA指纹 Spoligotyping 聚类分析 -
DNA研究历程及其在法医学中的应用
随着现代生物医学的发展,人类基因组图谱的完成,应用生物化学和分子生物学技术研究DNA及基因的结构与功能、表达和调控,基因组与生命形式和生物形态进化的关系,使人类的研究进入"后基因组学"时代.本文论述了DNA的探索历程及其在法医学中的应用研究,并对DNA的研究技术基因工程、DNA测序、DNA指纹、PCR和DNA芯片等不同检测方法和实际应用效果、前景加以评定.
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造血干细胞移植后植入状态的评价
异基因造血干细胞移植是治疗血液系统疾病、自身免疫性疾病和某些实体瘤的有效手段.移植后供体干细胞是否植活形成嵌合体及其动态演变过程不仅影响着疾病的转归,还对临床治疗具有重要的指导意义.用于判断移植后造血干细胞植活直接依据主要依赖于体内各种遗传标记.目前利用遗传标记对受者进行嵌合状态分析的方法有很多,可归为生化方法、细胞遗传学方法和分子遗传学方法三类.本文就目前常用的嵌合体分析方法作一综述.
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随机扩增DNA指纹分型分析耐利福平结核分支杆菌的传播
目的对临床分离菌株进行鉴定，分析耐利福平结核分支杆菌是否在人群中传播。方法采用一对随机引物(P1 5'-CCGGGGCGGTTC; P2 5'-CCGCCGACCGAC),对从重庆地区肺结核病人痰标本中分离到的100株耐利福平结核分支杆菌的DNA进行随机PCR扩增，根据扩增产物的DNA电泳指纹进行分型。结果 100株耐利福平结核分枝杆菌的DNA指纹可分为6种类型，以Ⅱ、Ⅰ和Ⅲ型为主,它们分别占 40%、31%和25%；这3型菌株有1/4是从初治结核病人的痰标本中分离，而在20～39岁年龄段则有1/3是从初治结核病人的痰标本中分离。结论随机扩增DNA指纹是一种简便、敏感、重复性好的菌株分型方法，可用于耐药性结核病流行监测。重庆地区结核病的流行很可能与耐利福平结核分支杆菌的传播有关。
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基因探针在西双版纳小耳猪DNA指纹分析中的应用
目的: 以DNA指纹法检测西双版纳小耳猪的近交程度. 方法: 采用ECL核酸直接标记和检测试剂盒,以HRP标记JL-02和α-珠蛋白3′HVR多位点探针,对云南版纳小耳猪的HinfⅠ或HaeⅢ酶切图谱进行Southern杂交,以化学发光法进行检测,对两种探针所获得的DNA指纹图谱进行比较. 结果: JL-02探针杂交所获得的大于2 kb的谱带数在13～17条之间,JB亚系内805, 807家系和JS亚系内111, 121, 133, 151家系不同个体间的相似系数分别为0.92±0.04, 0.85±0.13, 0.86±0.02, 0.80±0.05, 0.84±0.09, 0.88±0.08,显著高于家系间的相似系数. 与其相对应的是,α-珠蛋白3′HVR探针杂交所获得的大于2 kb的谱带数在6～15条之间,HinfⅠ酶切产生的图带数低于HaeⅢ. JB亚系内805, 807家系和JS亚系内111, 121, 133, 151家系不同个体间的相似系数分别为0.94±0.09, 0.85±0.09, 0.84±1.70, 0.78±1.60, 0.85±0.42, 0.88±0.07,明显高于各家系间的相似系数. 结论: 两种探针均适用于西双版纳小耳猪的DNA指纹分析,且结果一致;家系内的相似系数显著高于家系间的相似系数;JB亚系内的805家系和JS亚系内的151家系不同个体间的相似系数大,说明其近交程度较高,个体间差异较小,均一性较强.
