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2010-2011年深圳市宝安区诺如病毒的分子特征分析
目的 了解深圳市宝安区诺如病毒腹泻的分子流行病学特点.方法 采集深圳市宝安区2010年1月至2011年12月486例疑似病毒性腹泻患者粪便标本,使用商品化的GⅡ型诺如病毒荧光PCR试剂盒检测GⅡ型诺如病毒核酸.随机挑选若干GⅡ型诺如病毒阳性标本,用GⅡ型诺如病毒特异性引物COG2F/G2-SKR进行RT-PCR扩增,其他所有阴性标本用GⅠ型诺如病毒特异性引物GI-SKF/GI-SKR进行RT-PCR扩增.阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA 5.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 48份随机挑选的GⅡ型诺如病毒阳性标本中检出GⅡ.4/2006b型36株,GⅡ.4/2008型3株,GⅡ.5型9株；无诺如病毒GⅠ型检出.结论 GⅡ 型是2010年1月至2011年12月深圳市宝安区诺如病毒的主要型别,其中GⅡ.4/2006b是重要的流行株.
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2016—2017年福建省腹泻儿童新型诺如病毒检测情况
目的 鉴定福建省2016—2017年导致儿童腹泻的新型诺如病毒,并分析其分子特征.方法 收集2016—2017年福建省病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便标本,共计892份.应用RT-PCR方法检测诺如病毒,对诺如病毒RNA聚合酶、衣壳蛋白片段进行序列测定和分子流行特征分析.结果 892份标本检出诺如病毒核酸阳性141份,其中GⅠ 型6份,GⅡ 型125份,GⅠ 和GⅡ 混合型10份.107份GⅡ 型诺如病毒标本成功测序.序列分析结果表明,主要型别为GⅡ.4型和GⅡ.3型,且检出多种新型诺如病毒,包括GⅡ.P17/GⅡ.17、GⅡ.P16/GⅡ.2和GⅡ.P16/GⅡ.4,毒株的核苷酸序列分别与2014年日本的Kawasaki323株、2016年日本的Kawasaki151毒株和2016年英国的NOR2565株高度同源.结论 福建省腹泻儿童检出多种新型诺如病毒,需密切关注其流行趋势.
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昆明市登革热输入性病例的调查及C/PreM基因序列分析
目的 调查云南省昆明市登革热输入性病例分布状况及病原分子特征.方法 收集登革热病例资料,采集本病急性期病人血清标本,用ELISA法检测登革病毒(DENV) IgM抗体,RT-PCR法检测DENV核酸,核酸阳性者进行DENV-C/PreM区的基因核苷酸序列测定和分析,采用MEGA5软件的邻接法构建进化树.结果 2010-2013年在昆明市第三人民医院住院病人中采集到登革热临床诊断病例血清标本13份,经检测DENV-IgM抗体均为阳性,DENV核酸阳性2份.根据流行病学史、临床表现和实验室检测结果,这13例病人均被诊断为登革热.获得了两株病毒(YNH8和YNH12)的C/PreM区基因核苷酸序列,进化分析表明YNH8和YNH12株均为登革Ⅰ型病毒.其中YNH8株与南亚地区印度流行株进化关系为接近,而YNH12株与泰国、缅甸、柬埔寨和越南等东南亚国家流行株具有较近亲缘关系.结论 昆明市登革热患者均为输入性病例.流行病学史和分子流行病学研究证实,YNH8和YNH12病例与印度和缅甸流行株具有较近亲缘关系.
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应用分子流行病学调查一起HIV-1CRF02_AG家庭内传播
目的 通过调查一起家庭内HIV-1传播事件,阐明家庭成员HIV-1毒株传播关系.方法 通过流行病学调查方法,对1例HIV-1抗体筛查有反应孕产妇及其配偶和所育婴儿进行随访和检测.运用一步法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HIV-1 ga基因和pol基因片段,构建系统进化树分析其进化传播关系.结果 孕产妇(EID1107M)在孕期保健期间存在HIV抗体血清阳转现象.其丈夫(EID1107F)随后确诊为HIV-1抗体阳性;其所育婴儿(EID1107I)在出生后8个月HIV-1核酸检测阳性.3个病例均感染HIV-1 CRF02_AG毒株,进化树上聚集成可靠进化簇,拓扑学结构表明“父-母-子”之间的传播关系.结论 加强婚前检查和孕期保健感染性疾病筛查,对阳性孕产妇病例实施及时有效的母婴阻断,避免传染性疾病的家庭内二代传播,提高出生人口质量.
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深圳市腹泻患者肠道腺病毒感染的分子流行病学特征
目的 了解深圳地区感染性腹泻患者中肠道腺病毒的感染情况,并研究其分子流行病学特征.方法 采集深圳市2010年1月-2011年12月2083例疑似腹泻患者便标本,采用荧光PCR法检测肠道腺病毒核酸;应用特异性引物,对肠道腺病毒核酸阳性标本进一步扩增肠道腺病毒的hexon区,PCR扩增产物测序后,进行腺病毒型别鉴定和进化树分析,同时对病例的流行病学资料进行统计分析.结果 肠道腺病毒检出率为1.82％(38/2083);其中6月龄以下、6-11月龄、1-4岁和5岁以上患者检出分别为3.55％(6/169)、0.85％(6/707)、15.70％(19/121)和0.64％(7/1086);肠道腺病毒的感染无明显的季节变化特征,但不同月份检出率差异较大,介于0％ ～4.76％之间.对hexon区序列分析结果显示,深圳地区肠道腺病毒以41型为主要流行株,无40型肠道腺病毒的检出.结论 肠道腺病毒是深圳地区病毒性腹泻的重要病原体之一,41型肠道腺病毒是深圳地区肠道腺病毒的主要流行株,应加强对肠道腺病毒腹泻的监测.
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半巢式PCR法在鉴定风疹病毒标本基因型中的应用
目的在无法成功分离风疹病毒的前提下鉴定风疹病毒阳性标本的基因型,从而全面完整地了解河北省风疹病毒基因型的特征.方法采用半巢式PCR法,将盲传三代风疹病毒核酸检测为阴性而咽拭子标本风疹病毒核酸检测为阳性的风疹疑似病例咽拭子标本进行核酸扩增、序列测定和分析.结果检测的11份风疹疑似病例咽拭子标本中有6份为2B基因型风疹病毒,5份为1E基因型风疹病毒,11份标本与相应的各基因型参考株同源性高,重要抗原位点未发生变异.结论使用半巢式PCR法能够成功地鉴定出盲传为阴性的风疹病毒基因型,丰富了风疹病毒基因库,并为更全面地了解河北省风疹病毒分子流行病学提供依据.
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肠道病毒71型的分子病毒学研究进展
肠道病毒71(Enterovirus71,EV71)是导致婴幼儿感染的重要病原之一,自1974年首次报道以来,在世界范围内引起多次暴发与流行并且在我国地区的流行也呈上升趋势,该病毒感染具有较广的疾病谱,除引起大规模的手足口病暴发,也可引起严重的中枢神经系统感染,并可导致死亡,近年来受到人们的广泛关注.本文对EV71病毒生物学特征、分子流行病学、致病毒力及预防控制等方面的研究进展作一概述.
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肠道病毒71型的分子流行病学研究进展
肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)自1974年首次报道以来[1],全世界很多国家和地区,如保加利亚、日本、韩国、新加坡、法国、澳大利亚、马来西亚均报告了EV71的流行[2-9].近年来,有研究表明EV71在亚太地区的流行呈上升趋势,已引起人们的广泛关注.在我国,2007年的山东及2008年的安徽、广东的EV71大规模流行,上万名婴幼儿感染,几十名婴幼儿死亡.现在,EV71已取代脊髓灰质炎病毒成为主要的婴幼儿中枢神经病毒病原.本文主要就EV71分子流行病学特征方面作一综述,以探索基因变化对EV71流行、致病的影响.
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手足口病的现状与展望
手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)又称发疹性口腔炎.主要由肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV 71)和柯萨奇A16型(Coxsackie A16,Cox A16)病毒引起的发疹性传染病.多发于5岁以下婴幼儿,引起手、足、口腔等部位的疱疹,口腔黏膜溃疡和四肢末端水疱样皮疹.少数患儿并发心肌炎、肺水肿、急性弛缓性麻痹和无菌性脑膜炎等,严重病例可以致死.夏秋季多发,病毒主要通过肠道途径和日常接触传播,也可通过空气飞沫传播.近年来,我国大部分地区发生了EV 71型病毒感染引发的手足口病疫情,出现神经系统和呼吸系统损害,导致部分患儿死亡,并形成流行趋势,引起了社会广泛关注.
关键词： 手足口病 肠道病毒71型 柯萨奇A组病毒16型 分子流行病学 -
丙型肝炎病毒感染分子溯源技术研究进展
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染主要经血液和母婴垂直传播,还可能经性传播.依据美国疾病预防控制中心的有关指南,对HCV职业暴露感染的鉴定依赖于文件记录和定期的随访检测结果[1].对于没有完整记录和随访检测结果的职业暴露感染、医源性感染等,比如近年来多次在我国发现的聚集性丙肝疫情,单纯依靠传统流行病学调查难以确认真正的传染源和传播途径,这就需要利用更精细的分子溯源技术获得更直接的证据.本文对HCV分子溯源技术的原理、方法和应用作一综述.
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079 高尿酸血症与痛风的分子流行病学研究进展
痛风和高尿酸血症患病率近年在我国及日本有不断增高趋势.我国发达地区高尿酸血症患病率已接近或达到发达国家水平.利用分子生物学、分子遗传学的技术与方法,从分子水平开展本病的流行病学研究,发现原发性痛风和高尿酸血症为性联染色体遗传,但外显不全.编码次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶(HGPRT)的基因HPRT、编码5-磷酸核糖-1-焦磷酸(PRPP)合成酶的PRS基因的移码、错位、缺失等突变造成酶活性降低或升高,使血尿酸升高,产生高尿酸血症和痛风;N5,N10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T突变、β3肾上腺索能受体基因Trp64Arg突变也可能与高尿酸血症相关.对此病基因水平的诊断与防治有待进一步研究.
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101 哮喘的遗传易感性研究进展
哮喘是慢性气道过敏性炎症疾病,又是多基因遗传病.目前已发现80多个哮喘相关基因,涉及多条生物学通路.一些基因的多态性可能影响个体哮喘易感性的差异.深入认识基因的遗传变异与疾病易感性的关系,有助于从基因水平筛选高危人群,提供早期诊断方法,及早干预和治疗.
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脉冲场凝胶电泳与质粒图谱分析应用于浙江省甲副伤寒菌株的分子流行病学调查
目的应用分子生物学方法对浙江省甲副伤寒流行菌株的特征和分子分型进行研究.方法对浙江省26株暴发及散发甲副伤寒菌株作药敏试验、应用快速小量质粒提取方法并作图谱分析,同时应用脉冲场凝胶电泳分型技术(PFGE)分析比较暴发及散发菌株的基因图谱.结果26株菌株对SM、CAR耐药率高于52.00%,对COS、AMP高于84.00%,对SD高达100.00%.所有菌株含有-2.3Kb和-23.1Kb大小质粒.经XbaⅠ酶切,作PFGE分析发现各个菌株的染色体酶切图谱显示19～21条带,26株菌株共出现四种带型,所有菌株分析的条带数仅相差1～2条.结论浙江省甲副伤寒菌株普遍带有质粒且绝大数菌株具多重耐药性,这可能与浙江省甲副伤寒持续性高发有关.PFGE分析所有菌株均为同一克隆系,有一定相关性,说明浙江省流行的甲副伤寒菌株相对保守.
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O139霍乱弧菌的分子流行病学特征
利用ctxA,Zot,Ace,RS1,st和iga等基因探针检测578株霍乱弧菌,发现其中1株埃尔托型霍乱弧菌和6株O139霍乱弧菌不含ctxA,进一步分析证明这7个菌株中,除1株含RS1序列外,其他毒力基因检测均为阴性,这为菌苗候选株的筛选提供了依据.用16SrRNA基因探针检测不同地区分离的62株O139菌株和O-1群埃尔托型菌株,将其分为9个16SrRNA基因型.结合ctxA探针检测结果,认为我国流行的O139霍乱弧菌有两种类型,与印度、孟加拉国分离的菌株不尽相同.本文首次报导,通过16SrRNA基因检测,可区分O-1群埃尔托型霍乱弧菌与O139霍乱弧菌,并建议将ctxA、16SrRNA两个基因作为确定O139霍乱弧菌分子流行病学特征的指标.
关键词： O139霍乱弧菌 16SrRNA基因型 分子流行病学 -
贵州省2000年甲型副伤寒沙门菌分离株16S rRNA基因型分析
近年来贵州省出现甲型副伤寒的流行.为探讨贵州省不同地区甲型副伤寒流行菌株的分子流行病学特征以及菌株间的相关关系,对贵州省6个地(市)2000年部分甲型副伤寒沙门菌分离株进行染色体DNA基因限制性酶切16s rRNA探针杂交图谱分析.PstⅠ酶切后进行的杂交显示64株均为一个基因型,然后进一步采用BglⅠ、SalⅠ两个内切酶对其中部分菌株进行酶切杂交分析,核糖体杂交谱上仍没有差异,分析认为同一个克隆群的菌株广泛传播是造成贵州省甲型副伤寒流行的主要原因.
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浙江省134株甲型副伤寒沙门菌的分子分型研究
目的应用分子分型分析浙江省甲型副伤寒沙门菌的遗传相关性,分析流行规律,制定有效的防治措施.方法运用PFGE方法对浙江省134株甲型副伤寒进行分子流行病学研究.结果134株受检菌株分为11个型,其中1型占47.8%,2型占36.6%,3型占0.7%,4型占4.5%,5型占0.7%,6型占0.7%,7型占0.7%,8型占1.5%,9型占0.7%,10型占1.5%,11型占4.5%.结论1、2型菌株占全部134株的84.3%.可见,受检的134株菌同源性较高.其中8种菌型为少见菌型,可能与浙江省甲型副伤寒高度散发有关.
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2015-2016年浙江省台州市感染性腹泻轮状病毒分子流行病学研究
目的 分析2015-2016年浙江省台州市腹泻病例轮状病毒感染的流行病学特征、病毒基因型别及变化特征,为感染性腹泻的预防与控制提供实验室支持.方法 收集2015-2016年台州市哨点医院感染性腹泻就诊患者信息及粪便标本,采用双重荧光方法检测A/B组轮状病毒,对A组轮状病毒阳性的标本进行G/P基因分型和测序,并对主要型别的VP7基因进行同源性和系统进化分析.结果 轮状病毒总检出率为5.10％(81/1 589),其中A组轮状病毒占98.77％(80/81),B组轮状病毒占1.23％(1/81).流行特征显示年龄、季节、职业等差异有统计学意义,性别和籍贯等差异无统计学意义.A组轮状病毒基因型别主要包括G9P[8](53.75％)、G2P [4] (25.00％)、G3P [8] (11.25％)、G1P[8](2.50％)、G4P[6](2.50％).VP7基因同源性和进化分析显示,G9P[8]型主要是G9-Ⅵ亚型,相同基因型轮状病毒同源性高.结论 轮状病毒是台州市感染性腹泻人群中的常见病原体;A组轮状病毒在本地区呈现多样性和稳定性.建议将G9型引入疫苗株,并对腹泻人群尤其是儿童进行持续性的病原学监测.
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多耐鲍曼不动杆菌分子流行病学分析
目的 分析云南省第三人民医院鲍曼不动杆菌分离株耐药表型及耐药基因分子流行病学特征.方法 2013年6-9月,分离该院不同重症监护室(ICU)院内感染患者鲍曼不动杆菌28株,全自动微生物分析仪分类鉴定及耐药分析.PCR扩增及测序β-内酰胺酶、氟喹诺酮类及氨基糖苷类等抗性基因及IS插入元件及整合子等.结果 78.6％菌株为多药耐药菌,14.3％菌株为广泛耐药菌,7.1％的菌株为泛耐药菌.100％菌株不仅对一代/二代头孢类抗生素耐药,且对三代/四代抗生素CRO、CAZ、FEP及单环β-内酰胺类(ATM)、氟喹诺酮类(CIP、LEV)、氨基糖苷类(AN)及磺胺类(FD)耐药.特别是92.9％菌株对碳青霉烯类抗生素耐药.质粒介导的D类β-内酰胺类抗性基因blaOXA、氟喹诺酮类[aac(6')-Ib-cr、qnrA及qnrD]及氨基糖苷类(aacA4、aadA1及aacC2)为主要基因型.100％菌株复合携带blaOXA、aac(6')-Ib-cr及aacA4等抗性基因及整合酶int1基因.85.7％菌株携带ISCR1.全部菌株为同一脉冲场凝胶电泳(PFGE)克隆群,且多位点序列分型(MLST)优势基因型为ST2.结论 云南昆明第三人民医院ICU病房可能存在ST2多耐产碳青霉烯酶A.baumanni院内感染流行,有必要进行进一步流行病学及临床深入调查.防控措施及合理使用抗生素是当地医院当务之急.
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铜绿假单胞菌耐药基因分子流行病学调查
目的 了解云南省昆明某医院临床铜绿假单胞菌分离株耐药特征及耐药基因分子流行病学特征,为临床治疗与控制院内感染提供依据.方法 2013年6-9月共收集全院不同病区感染患者28株铜绿假单胞菌.微生物自动分析仪鉴定菌株及耐药分析.PCR扩增及序列分析β-内酰胺酶bla基因、氟喹诺酮类及氨基糖苷类耐药基因及IS插入元件及整合子.脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分析菌株间遗传变异关系.结果 全部菌株呈现多重耐药且存在有广泛耐药性(extensively drug-resistant,XDR)及泛耐药性(pendrug-resistant,PDR)菌.100％(28/28)菌株对一代/二代及大部分三代/四代头孢霉素、磺胺类及叶酸代谢途径抑制剂耐药.85.7％(24/28)菌株对碳青霉烯类抗生素美罗培南(MEM)、亚胺培南(IMP)耐药,50.0％(14/28)菌株对厄他培南(ETP)耐药.92.9％(26/28)菌株同时携带β-内酰胺酶基因、氟喹诺酮类及氨基糖苷类耐药基因,且菌株间基因谱存在较大不同.blaFOX/qnrB/aacA4为主要耐药基因谱(21.4％,6/28).57.1％ (16/28)菌株携带int1整合酶基因,21.4％(6/28)菌株携带ISCR1插入元件,35.7％ (10/28)菌株携带ISEcpl插入元件.PFGE显示14株菌株分为8个克隆群.结论 本研究铜绿假单胞菌分离株存在较高耐药率,多种耐药基因存在不同克隆菌株中,提示耐药基因在菌株间及不同菌种间存在快速传播风险.
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山东省济南市脑膜炎奈瑟菌多位点序列分型研究
目的 分析2005-2018年山东省济南市分离的脑膜炎奈瑟菌(Nm)分子流行病学特征.方法 采用多位点序列分型(MLST)方法,对Nm的分子分型进行研究,并使用BioNumerics软件进行分子分型分析.结果 2005-2018年,共分离到130株Nm,涵盖A、B、C、W135、Y5种血清群及不可分群(NG).130株Nm分为37种序列型(ST):2株A群分为2种ST,分别属于已知克隆群(cc)5和未知克隆群(UA);24株B群分为17种ST,分别属于cc4821、cc162及UA;39株C群分为8种ST,分别属于cc4821、cc32及UA;54株W135群分为3种ST,分别属于cc11和cc4821;1株Y群为ST-92型,属于cc92;10株NG分为8种ST,分别属于cc4821、cc198及UA.108株已知cc菌株中,cc11占48.15％(52/108),cc4821占45.37％(49/108);22株UA菌株包括18种ST,其中,15株B群具有10种ST.结论 济南市2005-2018年分离的Nm ST型别分布呈现多态性,在NG和B群中尤为明显.cc4821和cc11为两大优势克隆群,B群Nm呈现多克隆化趋势.
