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慢性阻塞性肺疾病稳定期大鼠mtDNA ATPase 6亚基基因的变化
目的 观察慢性阻塞性肺疾病(COPD)稳定期大鼠mtDNA ATPase 6亚基基因的改变.方法 将20只SD大鼠按照宋一平等介绍的方法(香烟雾熏加脂多糖气管滴入法)复制大鼠COPD模型后提取mtDNA,采用PCR技术扩增后测序,检测突变点.结果 SD大鼠mtDNAATPase 6亚基基因存在多态性,COPD稳定期模型大鼠存在一定数量点突变,mtDNA ATPase 6:A8000T、G8074A、A8439G、C8009T、C8062.结论 COPD稳定期大鼠mtDNAATPase 6亚基基因会发生突变,由此可导致所编码的氨基酸的改变,有可能是酶活性改变的原因.
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结核病药效评价用结核分枝杆菌参考菌株的筛选
目的 筛选结核病(tuberculosis,TB)药效评价用结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)国家参考菌株.方法 取169株MTB临床分离株,采用结核杆菌生长指示管(mycobacterial growth indicator tube,MGIT)960液体培养基,对4种一线抗TB药物[链霉素(streptomycin,STR)、异烟肼(isoniazid,INH)、利福平(rifampin,RFP)和乙胺丁醇(ethambutol,EMB)]进行药敏试验,并对耐INH和/或耐RFP的菌株的相关耐药基因位点进行测序,确认突变位点;用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)对所有菌株进行基因分型,多位点可变数量串联重复序列分型方法(mutiple loci VNTR analysis,MLVA)对北京家族MTB临床分离株进行基因分型.结果 169株MTB临床分离株中耐STR 118株,INH 143株,RFP 129株,EMB 95株,耐多药(至少对NIH和RFP耐药)120株,单耐INH 5株,单耐RFP7株,四种抗TB药均敏感共11株.143株INH耐药菌株中,katG基因突变菌株占76.9％,inhA基因突变菌株占27.3％,aphC基因突变菌株占25.2％,至少2个基因发生突变的菌株有31株;129株RFP耐药菌株中,rpoB基因531位点发生突变,占67.4％,526位发生突变,占17.8％,516位点发生突变,占16.3％,至少2个位点发生突变的菌株有10株.169株MTB临床分离株分为北京家族和非北京家族,北京家族111株;非北京家族58株,主要有CAS家族2株,EAI家族7株,H家族11株,LAM家族6株,MANU家族6株,T家族7株,U家族1株,X3家族3株,还有15株在数据库中未表现的新基因型.111株北京家族MTB临床分离株分为4大群,其中Ⅱ群分布广,占68.5％,代表性好.筛选出耐多药菌株27株,敏感菌株5株,单耐异烟肼2株,单耐利福平3株.结论 成功筛选出敏感菌株、单耐药菌株、MDR菌株作为候选菌株.
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破伤风毒素全基因片段PCR扩增、克隆和序列分析
目的对破伤风毒素全基因片段扩增、克隆和测序,以便有效利用.方法根据A、B、C 3个片段的基因序列,分别设计上游和下游引物,采用PCR扩增,并克隆3个片段,进行序列测定.结果所克隆的基因(AF389424)与GenBank中的基因序列比较变异较小,C片段基因与国内克隆株AF154828相同.结论为进一步研究、利用奠定基础.
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我国开始迈入“精准医疗”时代
由北京协和医院肝外科和测序中国共同主办，中国医学科学院基础医学研究所协办的“精准医疗与基因测序大会”不久前在北京协和学术会堂开幕，参会嘉宾共计800余人。
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基因测序乱象丛生，两部委联合叫停
不久前，国家食药监管总局、国家卫计委联合发出通知，要求在相关准入标准、管理规范出台以前，任何医疗机构不得开展基因测序临床应用；已经开展的，要立即停止。
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基因测序在人类疾病中的应用
应用测序技术能够获得关于疾病人群和普通人群的大量遗传变异信息,合理有效地利用这些遗传信息将会极大地促进人类健康事业的发展,而对序列变异致病性的不正确判定则会给患者带来严重的后果.鉴于测序技术对医学的潜在巨大影响,本文将对测序技术在临床医学中的应用以及序列变异致病性的判定原则,作一简要概述.
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人脑胶质瘤中的IDH1/2突变
胶质母细胞瘤的基因组突变分析中发现的异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase,IDH1)突变对胶质瘤的认识具有突破性意义.随后,在胶质瘤中发现了IDH1的R132碱基和IDH2的R172碱基突变.IDH1突变较多的发生在WHOⅡ-Ⅲ级胶质瘤和继发胶质母细胞瘤中.这种突变改变了异柠檬酸脱氢酶的结构,从而使将异柠檬酸转化为a-酮戊二酸的能力丧失,而获得将a-酮戊二酸转化为2-羟基戊二酸这一新的酶活性.在临床中,IDH1和IDH2突变已经显示对胶质瘤患者有诊断和预后意义.同时,现今也发展了一些检测方法.
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结直肠癌 K-ras 基因突变检测及其意义
目的：研究结直肠癌中K-ras基因突变率及突变类型，探讨结直肠癌K-ras基因野生型及突变型与患者临床参数的关系；通过基因测序，指导临床靶向药物用药。方法随机选取哈尔滨医科大学附属第三医院结直肠外科2008年9月至2010年3月收治的100例结直肠癌患者组织标本通过手术室取材、组织标本DNA提取、逆转录PCR、凝胶电泳、胶回收、直接测序等技术筛选K-ras基因突变标本进行统计分析，从中得出突变率及突变类型。结果共筛选出了34例（34％）K-ras基因突变标本，其基因突变均发生在第一外显子的第12及第13密码子。结果表明：第一外显子的第12密码子GGT突变为GAT或GTT；第一外显子第13密码子由GGC突变为GGT。其中并未发现第二外显子第59及第61位发生突变，及第一外显子12位13位同时突变。结论 K-ras基因结直肠癌中约有34％发生突变。在K-ras基因突变类型与患者的病期、病理类型、肿瘤的浸润深度、发病部位等因素无关。
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针对大鼠ICOS基因的shRNA表达质粒的构建与鉴定
目的 构建针对大鼠可诱导共刺激因子(inducible co-stimulater,ICOS)基因的特异性RNA干扰质粒,并进行鉴定.方法 采用U6启动子,分别把被9bp序列间隔的19bp长短的ICOS靶序列的反向重复序列,连接到线性化处理的pRNAT-U6.1/Neo载体质粒中,分别构建ICOS短发夹环RNA(ShRNA),产生重组质粒pRNAT-U6.1/Neo-ICOS.结果 将合成的DNA序列退火后克隆到载体上,并作测序分析,经测序鉴定确定为所需序列.结论 针对大鼠ICOS基因的特异性RNA干扰质粒pRNAT-U6.1/Neo-ICOS的成功构建,为进一步研究阻断ICOS表达对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎(experimental autoimmune uveoretinitis,EAU)的影响奠定基础.
关键词： 可诱导共刺激因子 RNA干扰 实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎 基因测序 -
PCR微流芯片与基因芯片、基因测序在HBV基因型、病毒变异上应用比较
目的 对PCR微流芯片与基因芯片、基因测序在HBV基因型、病毒变异上应用进行比较.方法 分别采用PCR-微流芯片、基因芯片法对15例临床考虑拉米呋定耐药的患者血清进行HBV多点变异检测,从中随机抽取8例患者标本采用PCR-微流芯片、基因测序法进行HBV基因型、HBVYMDD检测.结果 基因芯片法与PCR-微流芯片检测HBV多点变异9/15三项完全一致,3/15两项一致;8例患者双份标本两种方法检测HBV基因型结果完全一致均为HBV C型;基因测序法8例患者中1例HBVYMDD阳性,PCR微流芯片法8例患者中检出2例HBVYMDD.结论 PCR-微流芯片法与基因芯片法、基因测序法有较好的一致性,适用于临床和流行病学调查研究.
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人巨细胞病毒潜伏感染机制的研究进展
人巨细胞病毒可通过原发感染或者潜伏感染再激活而广泛传播.基于对人巨细胞病毒AD169株和Towne株基因测序的完成,以及人巨细胞病毒的基因功能研究及其相关动物模型如小鼠模型、猪模型、恒河猴模型等的研究,人巨细胞病毒感染的潜伏机制研究取得了一定进展.本文从人巨细胞病毒的感染机制、免疫应答和免疫逃避三方面对人巨细胞病毒潜伏感染机制的研究现状进行简要综述.
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毛细管电泳技术在微生物学研究中的应用
毛细管电泳(capillary electrophoresis,CE)又称高效毛细管电泳(HPCE),是当前发展快的分析技术之一.近年来,CE已被广泛应用于核酸、蛋白质、多肽、药物等大分子物质的分析,核酸序列测定等生命科学的各个领域.目前,在微生物学领域,CE除了在微生物基因测序等方面得到广泛应用外,在微生物学检测方面,CE也得到了广泛的应用.本文对近年来CE在细菌、真菌、病毒等微生物颗粒及基因检测方面的应用加以综述.
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美国微生物学会会讯摘要
1.核糖体基因库项目(ribosomal database project,RDP)已成为具有对微生物生态学很重要的进展,至2004年8月已有100 000个16S基因序列登录该基因库,但至今对16S核糖体序列引起的重视程度还不够.RDP应更受到重视的原因是,这一项目将分类学进行了革命性的变化.同时,生态学者也得益匪浅,用聚合酶链反应(PCR)技术已可将外界环境中的rRNA小亚单位扩增,而并不需要将该种微生物分离培养.通过对微生物核糖体基因测序,现已了解有80个进化树分类,其中只有20种微生物可被培养.通过这些测序材料,可以建立起"自然类"(natural classes)而不是建立在主观的物理学特征上的分类,作为Bergey's手册的编者之一,Garrify认为16S核糖体基因序列已作为微生物分类的"客观数码标志"(digital object identifier),它是"了解微生物历史并获得其他重要资料的一把钥匙".甚至有学者认为,16S rRNA已等同于革兰染色,但其内容更为丰富.
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生物芯片将给医学带来什么
21世纪是生命科学的世纪,人类基因组计划即将完成,蛋白质组计划已经启动,基因序列数据及蛋白序列数据正在以前所未有的速度增长.然而,怎样去研究如此众多基因及蛋白质在生命过程中所担负的功能就成了全世界生命科学工作者共同的课题,生物芯片正是在这样的背景下应运而生.生物芯片不仅在高通量基因测序、基因表达研究中发挥了重要作用,也将在后基因组时代研究蛋白质及蛋白质间的相互作用方面发挥极其重要的作用,也将在临床基因诊断中占据重要地位.生物芯片技术是生命科学研究中继基因克隆技术、基因自动测序技术、PCR技术后的又一次革命性技术突破.科学界认为,生物芯片技术将给生命科学和医学研究带来一场革命.
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rDNA-ITS序列分析对临床少见丝状真菌鉴定作用的评估
目的 评价内转录间隔区(ITS)的多态性序列分析(rDNA-ITS序列分析)对临床少见丝状真菌的鉴定作用,以形态学鉴定方法加以补充验证.方法 将3株待检真菌通过聚合酶链反应(PCR)扩增和基因测序方法分析rDNA-ITS序列,从GenBank获取相似序列,使用BLAST工具对rDNA-ITS序列进行对比分析,利用GenBank 中的系统发育软件自动生成系统,构建系统发育树,根据系统发育树并结合对比指标确定距离与同源性均有较大鉴定意义的对比序列,并与真菌ITS1、ITS2、26S rDNA D1/D2片段的序列分析结果及形态学鉴定结果进行比较.结果 2株菌株能通过rDNA-ITS序列分析的方法鉴定到种,另1株由于相似序列较多,需要形态学方法加以配合鉴定.rDNA -ITS序列分析相对真菌ITS1、ITS2、26S rDNA D1/D2片段有更好的真菌鉴定作用.结论 相对于传统形态学方法,利用rDNA-ITS序列分析鉴定丝状真菌不受检验人员经验水平影响,较为客观,同时由于其包含的信息量相对丰富,因此,较其他靶序列具有更好的真菌鉴定作用.但该方法也存在一定局限,因此,仍需结合形态学方法进行鉴定.
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Sotos综合征2例报道及文献复习
目的 对2例疑似Sotos综合征的患儿进行分子诊断,以寻找病因、明确临床诊断,并分析其基因型与表型的关系.方法 2例患儿均来自于上海儿童医学中心医学遗传科门诊,临床主要表现为生长过快、发育落后、头颅巨大,具有特殊面容等遗传病症状.分别对其进行全基因组芯片分析和基因panel测序,并复习相关文献,了解基因型与表型的关系.结果 1例患儿通过全基因组芯片分析,发现在5q35.2-q35.3区存在1个1907 kb的杂合性缺失,内含NSD1基因,确诊为5q35缺失型Sotos综合征.另1例患儿采用基因panel测序,结果显示NSD1基因存在1个杂合无义突变c.1262G>A,p.Trp421*,诊断为NSD1基因内突变型Sotos综合征,并合并分析了中国内地5例病例的基因型与表型的特征,进一步明确其基因型与表型的关系.结论 Sotos综合征是由NSD 1基因变异引起,其临床表现的多样性与NSD1基因异质性高度相关,基因检测有利于提高此类罕见病的临床诊断率.
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云南省德宏州人民医院276例丙型肝炎病毒患者基因型分布
目的:了解云南省德宏地区丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因型的分布特征.方法:选取2014年1月至2017年3月在云南省德宏州人民医院诊治的HCV RNA阳性患者276例,采集其血清样本,采用PCR反向点杂交法分析HCV基因型(1a、1b、2a、3a、3b和6型);对不能确定型别的样本采用非结构蛋白5B (nonstructural protein 5B,NS5B)测序法进行分型.结果:276例患者的HCV基因型中,主要为6型120例(4348％)、3b型80例(28.99％),其次是1b型33例(11.96％)、3a型30例(10.87％)、1a型9例(3.26％)、2a型4例(1.45％).其中德宏地区的患者有151例,主要为6型61例(40.40％)、3b型53例(35.10％),其次是1b型15例(9.93％)、3a型14例(9.27％)、1a型4例(2.65％)、2a型4例(2.65％).将德宏地区151例基因分型分布结果与国内其他地区进行比较,结果提示差异有统计学意义,云南省德宏州地区的HCV 6型及3型(包括6n、6u、6a、6m、6型混合)所占百分比明显高于其他地区,而1a和2a型检出百分比较低(P＜0.05).结论:云南省德宏州地区的HCV基因亚型共检出9种,主要以3b型和6型为主,其次是1b型及3a型,与国内其他地区比较有显著差异,提示本地区HCV亚型有其独特性.
关键词： 丙型肝炎病毒 基因型 基因测序 PCR反向点杂交分析 -
弓形虫韩国KI-1分离株的生物学特性鉴定
目的研究弓形虫韩国KI-1分离株的生物学特性.方法分别将弓形虫韩国KI-1株与国际标准RH株进行下列实验:透射电镜观察虫体的形态,不同浓度的速殖子接种BALB/c小鼠观察其毒力,蛋白质印迹(Westernblotting)分析弓形虫抗原与抗弓形虫单抗Tg563和抗新孢子虫单抗12B4反应,PCR-限制性片段长度多态(PCR-RFLP)技术分析其基因型,检测SAG1和ROP1基因编码区的序列.结果弓形虫韩国KI-1株的形态、毒力与RH株相似.KI-1和RH抗原仅与抗弓形虫单抗Tg563反应,而不与抗新孢子虫单抗12B4反应.PCR-RFLP技术分析表明,KI-1株属基因型Ⅰ型弓形虫虫株.KI-1株与RH株相比,SAG1和ROP1基因均各有7个核苷酸及6个氨基酸差异.结论KI-1株为基因型Ⅰ型弓形虫强毒株,与RH株间存在一定的基因差异.
关键词： 弓形虫 蛋白质印迹法 PCR 限制性片段长度多态(RFLP) 基因测序 -
泉州地区慢性重型肝炎患者乙型肝炎病毒基因型及亚型分布特点
目前已知,HBV被分为A～H 8种基因型,由于在同一基因型病毒株之间还存在着一定的差异,故依据全基因序列异质性>4%且<8%的原则,进一步将基因型分为不同亚型,如B型分为B1(Bj)、B2(Ba)、B3(Ba)、B4(Ba)等亚型,C型分为C1(Cs)、C2(Ce)、C3、C4、C5等亚型,在基因型亚型之间也存在着地域分布及临床差异[1-3].泉州地区HBV感染引起慢性重型肝炎的基因型以B型为主,其次为C型,亦存在一定比例的B/C基因型混合感染[4].为进一步明确泉州地区重型肝炎HBV基因型、基因亚型的分布特点,我们对慢性重型肝炎患者进行HBV S基因测序,通过HBV S基因进化树图验证了HBV基因型、区分HBV基因亚型.
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乙型肝炎病毒前C/C变异对抗-HBc缺失和病毒复制的影响
HBcAg有很高的免疫原性,HBsAg阳性者抗-HBc几乎100%被检出.但有些患者HBsAg和HBeAg均阳性而抗-HBc持续阴性,我们通过基因测序和检测病毒含量对这些特殊病例进行了研究,现将结果报道如下.材料与方法一、研究对象本组18例为无锡市传染病医院1999年9月～2000年9月的门诊及住院患者.按照1995年北京传染病与寄生虫病学术会议修订的临床肝炎诊断标准[1],其中乙型肝炎病毒携带者(AsC)12例、慢性乙型肝炎(CHB)轻度6例;男11例,女7例;年龄(27.3±8.4)岁.所有患者HBsAg和HBeAg均阳性而抗-HBc、抗-HBe持续阴性,且其他病毒标志阴性.
