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肝病
一、乙型肝炎1.HBV基因型此前虽依S抗原的抗原性将HBV分类为4个主要亚型,这一血清型分类固然有其流行病学分布差异,但在临床上的重要性尚欠明了.近年在进行大量HBV基因测序的工作中发现了其多态性,以其碱基序列相差超过8%为指标,可分类为A~G基因型,并对其与临床表现的相关性作了深入的分析.至2002年,又发现H型,故HBV目前分类已有8个基因型(表1).
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宝鸡市37533例新生儿高苯丙氨酸血症筛查和诊断分析
苯丙酮尿症(Phenylketonuria,PKU)是一种常染色体隐性遗传疾病,是由于患者因遗传因素,使苯丙氨酸羟化酶(Phenylalanine Hydroxylase,PAH)基因突变,造成PAH活性降低或丧失,使体内苯丙氨酸( Phenylalanine,Phe)羟化成酪氨酸的代谢途径发生机能障碍,引起高苯丙氨酸血症( hyperphenylalaninaemia,HPA)及其有害的旁路代谢产物蓄积而致病,为氨基酸代谢异常症中常见的可造成智能残疾的先天性代谢异常疾病[1].新生儿筛查可以早期发现HPA,是预防HPA致残的有效措施.本文旨在通过对本市HPA筛查,对高Phe者进行鉴别诊断,并对其中4例患儿作了PAH基因测序确诊,以了解我市PKU的发病状况.
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人乳头瘤病毒的多重感染现象及其可能机制
高危型人乳头瘤病毒(high risk-human papil-lomavirus,HR-HPV)是宫颈癌(cervical cancer,CC)的主要病因[1].近年来,许多研究显示,宫颈病变患者存在HPV多重感染现象,其感染率可在0%~65%之间波动[2-5].而多重感染可能在宫颈病变的发生和发展过程中起着重要作用[6],在患者持续性的感染中也存在着一定的作用[7-8].相比较单一感染,多个HPV型别的存在会导致接受放疗作为首发治疗的宫颈癌患者较差的预后和生存率的降低[9].
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各国实施的人类基因组分析计划
1985年,美国科学家率先提出人类基因组计划,并于1990年正式启动.美国、英国、法国、德国、日本和中国科学家都参与了这一预算达30亿美元的人类基因组计划.2000年6月26日,六国科学家共同宣布,人类基因组草图的绘制工作已经完成.这场规模宏大、跨国跨学科的科学探索工程项目落幕后,各国也开始了自己的基因测序之路.
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深圳启动万人癌基因测序计划
近日,深圳市人民医院宣布该院将启动万人癌基因测序计划.根据该计划,到明年底,针对我国肺癌、肝癌、胃癌、结直肠癌和乳腺癌等五种高发癌症,利用基因测序的方法,帮助癌症高危人群进行无创早期肿瘤筛查,并帮助癌症患者进行预后监测、个体化用药指导等,提高肿瘤早期筛查率和治疗效果.
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深圳启动万人癌基因测序计划
近日,深圳市人民医院宣布该院将启动万人癌基因测序计划.根据该计划,到明年底,针对我国肺癌、肝癌、胃癌、结直肠癌和乳腺癌等五种高发癌症,利用基因测序的方法,帮助癌症高危人群进行无创早期肿瘤筛查,并帮助癌症患者进行预后监测、个体化用药指导等,提高肿瘤早期筛查率和治疗效果.
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基因检测或迎来医保春天
下一代基因测序(NGS)终于融入美国医保大家庭.借助于纷繁多样的新方法,下一代基因测序技术将肩负起在平行序列测定大量DNA的快速数据生成能力.部分下一代基因测序技术适用于筛检出人群是否存在某些特定遗传性癌症高危险,实际例子是Myriad遗传性癌症风险测试.不止于此,它还可被用于明确癌症患者的基因变异特征,进而尽早从癌症靶向治疗的非适应证用药的新希望中受益.
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“精准”糖尿病为时尚早
“精准医学”已然成为时下备受国内医学界关注和研讨的热词,中国版“精准医学计划”也大有呼之欲出之势。
5月30日,在珠海召开的第四届赛诺菲东西方论坛上,中华医学会内分泌学分会主任委员、中山大学附属第三医院副院长翁建平告诉《中国医院院长》,“在今年1月20日美国总统奥巴马提出‘精准医学计划’的国情咨文会场,甫一入场即步入眼帘的摆放在讲台左侧的精致彩色DNA双螺旋模型绝非偶然,它代表了人类组基因测序,忽视这个前提大谈‘精准医学’必然会偏离正轨。” -
中国医生对基因和医疗大数据态度调研
样本构成参与答卷的医生共4986名.从职称上来看,主治医师及以下医生约占总数的85%,说明低职称医生的参与度更高;从所属医院来看,公立二级医院与公立三级医院占64%,一定程度上说明大医院医生对精准医疗的态度更积极、更感兴趣、了解得更多;从所属科室来看,人员分布不均,可能由于基因测序对疾病的预防功能,使得心血管科医生更关注精准医疗,其人数占到23%(图1).
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TMEM家族成员免疫功能的研究进展
2006年5月18日,Nature杂志公布了人类1号染色体的基因测序图,人类基因组计划完成,生命科学研究进入了功能基因组时代。虽然人类基因组全部序列已确定,但对许多基因的功能仍一无所知。基于此,跨膜蛋白(Transmembrane protein,TMEM)家族成员便成为研究对象,综合TMEM现有的功能报道文章,发现其多与细胞间、细胞内的信号传导、免疫相关疾病以及肿瘤发生、发展等相关,并且对这类蛋白进行了分型以及蛋白家族的确立,如MS4 A家族、Anocta min 家族等。 TMEM参与多项生理过程,如构成质膜的离子通道、活化信号转导通路、介导细胞趋化、黏附、凋亡、自噬作用等。但对家族成员功能报道的文献甚少,表明对其研究仍处于初级阶段,也为该领域研究提供了广泛空间。
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中国湖北地区健康人群RAC1基因多态性的测定与分析
目的:探讨人RAC1基因上8个单核苷酸多态性位点的基因型在中国湖北地区汉族健康人群中的分布情况,为进一步研究RAC1基因多态性与相关疾病及药物反应性之间的关系做铺垫。方法:采用实时荧光TaqMan-MGB探针等位基因分型技术测定150例湖北地区健康志愿者的RAC1基因上8个单核苷酸多态性位点的基因型,并采用分片段扩增直接测序方法对上述位点进行抽样验证。结果:所选8个位点均符合Hardy-weinberg 平衡,其中rs10951982与rs9374, rs702482与rs836488位点间高度连锁不平衡,并运用 Heploview 软件筛选出6个 Tag-SNPs:rs10951982、rs6954996、rs6951997、rs12977、rs702482、rs702483。本研究建立的方法能够准确地测定人RAC1基因上的SNP位点的基因分型,所选的人RAC1基因上8个SNP位点在中国湖北地区人群中的小等位基因频率与Hap Map数据库中北京地区汉族人群、亚洲人群相近,但亦观察到了人种之间的分布差异。结论:所测RAC1基因上8个位点的频率分布在本研究中的湖北人群中未观察到统计学差异,但是与已有数据库中其他人种的MAF比较有较大差异性。
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皖籍汉族正常人群TAP等位基因多态性分析
抗原处理相关转运蛋白体 (transporter associated with antigen processing, TAP)基因位于HLAⅡ类区域的DQB1和DPB1位点之间, 包括TAP1和TAP2,相距约70 kb.TAP基因产物是内质网膜上的跨膜二聚体,功能是将与胞浆内的蛋白酶体(proteosome)结合后并降解的内源性抗原转运至内质网腔,与HLAⅠ类分子结合,形成稳定的HLA-Ag复合物,然后才能表达于细胞表面并提呈给T细胞. Colonna M等[1]通过基因测序获得TAP全基因序列,证实该基因具有高度多态性和变异性.TAP的多态性可使不同的肽转运至内质网,因此,不同个体的MHCⅠ类分子对同一大分子提呈的抗原片段不同,从而使不同机体对同一抗原的免疫应答表现出个体差异[2].本研究对皖籍汉族正常人群进行TAP等位基因分型,并与不同种族、不同地区的资料进行比较,为进一步研究TAP关联疾病的发病机制奠定基础.
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广州无偿献血人群中丙型肝炎抗体阳性者HCV基因型与病毒载量的关系
目的:了解新广州地区无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)基因型与病毒载量的关联性.方法:收集2008 ~2011年广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本605份,采用荧光定量PCR (Q-PCR)的方法对其进行核酸及病毒载量检测,阳性标本作NS5B基因扩增;核苷酸序列测定后运用DNASTAR、BioEdit和Mega4.0等软件作序列分析和基因分型,采用SPSS16.0软件对病毒载量与基因型(亚型)的关联性进行分析.结果:337份HCV RNA阳性的标本扩增出NS5B基因320份,HCV 1b、6a、3a、2a、3b、1a、6n比例依次为45.00%、33.44%、8.75%、7.81%、4.38%、0.31%和0.31%.HCV1b与2a、3a、6a、6a与2a、3a之间病毒载量存在显著差异:HCVba病毒载量高于2a、3a和6a,HCV6a病毒载量高于2a和3a.结论:广州地区无偿献血人群中HCV1b和6a为主要亚型且其病毒载量高于其他亚型.
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应用基因测序方法检测哮喘儿童的PTEN基因突变
目的 分析10号染色体上缺失的磷酸酶与张力蛋白同源基因(phophatase and tensin homolog deleted on chromosone 10,PTEN)突变与儿童哮喘的相关性,及其与外周血嗜酸性粒细胞(eosinophils,EOS)的关系,进一步探讨儿童哮喘的发病机制,并为其新治疗方法的研发提供一定理论依据.方法 设定30例哮喘患儿(临床缓解期)为哮喘组,30例健康儿童为对照组.均于清晨空腹抽取外周静脉血,制备血涂片后提取全基因组DNA.对其PTEN基因第5、第8外显子(exon 5,exon 8)进行基因测序分析,同时进行外周血EOS计数.计量资料采用χ2 test,计数资料采用t检验进行统计分析.结果 83.3%(25/30)哮喘组儿童有PTEN基因第8内含子(intron 8)突变,对照组无基因突变.外周血EOS计数在哮喘组明显高于对照组,差异显著(P<0.05);发生基因突变的哮喘患儿外周血EOS计数高于无突变的哮喘患儿,差异显著(P<0.05).结论 哮喘儿童绝大部分存在PTEN基因第8内含子突变,其与EOS的数量相关,PTEN基因可能通过抑制EOS的活化和趋化在哮喘发病中发挥作用.
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家族性扩张型心肌病家系基因筛查的研究
扩张型心肌病(DCM)是以左心室扩大和收缩功能受损终导致心力衰竭以及恶性心律失常为指征的心肌疾病.是危害人类健康的严重疾病之一,占所有心肌病的60%[1].扩张型心肌病是特发性,而不是像心肌缺血、瓣膜病或者高血压等可识别的原因导致的.目前认为家族性扩张型心肌病(FDCM)占特发性扩张型心肌病(IDC)病人数目的比例约上升至50%,而据20世纪80年代初的报道称,FDCM的发生率是2%-6.5%[2-5].家族性扩张型心肌病是扩张型心肌病没有被认知的一部分,核纤层蛋白A/C的缺乏可能是导致扩张型心肌病常见的原因[6].本篇就核纤层蛋白A/C的基因LMNA有无发生突变,我们收集一个中国人扩张型心肌病的家系,用基因测序的方法对LMNA基因的12个外显子进行基因突变筛查.初步探索该家系引起扩张型心肌病的基因突变位点.
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传染性非典型肺炎实验室诊断技术的研究现状
2003年4月16日,来自全球10个国家13个实验室的科学家,在世界卫生组织(WHO)总部日内瓦举行的会议上,正式确认冠状病毒的一个变种是引起这次严重急性呼吸综合征(SARS)的病原体,科学家将其命名为"SARS病毒"[1]. 随着SARS冠状病毒的确定、基因测序的完成,WHO的SARS研究项目组已决定在今后工作中优先发展诊断实验.WHO实验室协作网的科学家目前正在研究快速而准确的SARS冠状病毒的实验室诊断性检测方法.在加拿大、中国、中国香港特别行政区、法国、德国、意大利、日本、荷兰、新加坡、英国以及美国,已经对来自于SARS的疑似病例或者可能病例的样品进行SARS冠状病毒的检测,用于确诊或排除SARS病例.本文就SARS病毒的实验室诊断方面的研究现状作一综述.
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Tn5及其应用研究进展
转座子是基因组中一段可移动的DNA序列,可以通过切割、重新整合等一系列过程从基因组的一个位置"跳跃"到另一个位置[1].Barbara Mc-Clintock[2,3]根据大量遗传学和细胞学研究结果,于1951年提出了生物的基因组中存在转座子学说,这是遗传学发展史中划时代的重大发现,将基因概念向前推进了一大步.近年来,随着现代分子生物学技术的发展及基因功能研究的不断深入,转座子技术的应用越来越广泛.Transposon 5(Tn5)由于其转座的随机性好、稳定性高、插入位点容易测序等特点,得到越来越多的应用,已经成为分子遗传学及基因诊断学研究的热门工具[4,5].本文主要对Tn5的基本结构、转座机制及其在必需基因、蛋白质结构功能、基因测序方面的应用研究进展作一综述.
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肺癌脑转移瘤的肿瘤基因序列研究
目的:探讨肺癌脑转移瘤不同部位组织基因序列与肺癌脑转移发生机制的相关性。方法收集肺癌脑转移瘤患者临床资料,提取该患者的肺癌原发灶、癌旁组织及肺癌脑转移瘤组织RNA并进行测序;将测序结果进行序列聚类分析,基于基因表达水平分析三个组织的差异,寻找肺癌脑转移发生中的关键基因。结果原发肿瘤组织、癌旁组织及脑转移癌组织基因表达差异显著,这些基因与肿瘤的发生及转移相关;α-辅基蛋白-4(ACTN4)与肺癌脑转移发生相关。结论原发肿瘤组织、癌旁组织及脑转移癌组织基因表达水平差异明显;ACTN4与肺癌脑转移发生相关。
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ApoE基因多态性的测序检测与阿尔茨海默病的相关性研究
目的 探讨载脂蛋白E(ApoE)基因多态性分布及其与阿尔茨海默病(Alzheimer disease,AD)的关系.方法 采用基因测序法对212例心脑血管疾病患者和126例健康对照组进行ApoE基因多态性测定,观察其分布情况以及与AD患者的相关性进行分析.结果 正常人群ε3/ε3、ε2/ε3、ε4/ε4基因型比例分别为73.0%、12.7%、0.8%,AD组和对照组含ε4等位基因分别为48%、12.7%,差异有统计学意义(P<0.05).结论 ApoE ε3/ε3基因型是正常人群的主要形式,ApoE ε4等位基因是AD的风险基因之一,与AD的发病呈显著性相关.
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NOTCH3基因测序发现一个新的致病突变CADASIL诊断的复杂性
目的 通过一个新发现的伴皮质下梗死和白质脑病的常染色体显性遗传性脑动脉病(cerebral au-tosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy,CADASIL)致病基因,说明基因测序对于CADASIL诊断的必要性及CADASIL诊断的复杂性.方法 对1例疑似CADASIL患者的临床表现、实验室检查、影像学检查、家系及基因测序进行分析.临床上主要表现为反复缺血性卒中及进行性记忆力下降;实验室检查排除一些高凝疾病及血管炎;头部MRI提示皮质下白质广泛对侧性信号异常及多部位的新旧梗死病灶;家系分析患者家族成员存在偏头痛、反复卒中及记忆力下降;基因测序提示NOTCH3基因3号外显子存在一个基因突变(c.331G>T p.Gly111Cys),而这个突变位点截止到目前并未报道过.结果 结合患者临床表现、影像学、家系及基因测序分析确诊该患者为CADASIL,通过分析CADASIL突变基因的致病机制确认该患者存在的突变基因为CADASIL一个新发现的致病突变.结论 新的CADASIL致病基因突变的发现强调了基因测序及提高对突变基因致病机制认识的重要性.