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HIV分型的分子流行病学和临床意义
HIV在病毒分类中属逆转录病毒科慢病毒属中的人类免疫缺陷病毒组.由于以下4个方面的原因其基因有很高的变异特征,①高错误率的逆转录酶,其复制时,不能及时切除错误引入的核苷酸,约每个复制循环中就会发生一个错误使病毒复制时发生随机变异;②病毒快速的复制,估计每天一个HIV感染者要产生并清除100亿个病毒颗粒;③宿主的免疫选择作用,在宿主免疫压力的作用下,使能激发宿主细胞或体液免疫的基因组的变异高于其他部位,如gp120 V3环高变区;④不同病毒株DNA之间的基因重组.迄今为止,全球流行的HIV根据血清学反应和病毒核酸序列测定可分为二型,HIV-1型和HIV-2型.
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肝内胆管癌分子生物学特性的研究进展
肝内胆管癌(intrahepatic cholangiocarcinoma, ICC)是仅次于肝细胞癌(hepatocellularcarcinoma, HCC)的第二大肝脏常见恶性肿瘤,在我国约占肝脏恶性肿瘤的2.3%[1],其恶性程度极高,容易转移,非手术病人的中位生存期一般仅为9个月.相比较HCC而言,以往对ICC发生与发展过程中的多基因变异特征缺乏系统的研究和了解,研究水平相对滞后.但近些年来,对ICC的研究开始引起重视,对其分子生物学特性有了一些新的认识.本文拟就与ICC相关的分子生物学研究进展做一扼要综述.
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基因检测或迎来医保春天
下一代基因测序(NGS)终于融入美国医保大家庭.借助于纷繁多样的新方法,下一代基因测序技术将肩负起在平行序列测定大量DNA的快速数据生成能力.部分下一代基因测序技术适用于筛检出人群是否存在某些特定遗传性癌症高危险,实际例子是Myriad遗传性癌症风险测试.不止于此,它还可被用于明确癌症患者的基因变异特征,进而尽早从癌症靶向治疗的非适应证用药的新希望中受益.
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成人IDH野生型星形细胞瘤从生物学和临床上归为其他肿瘤类型
WHO III级的IDH野生型间变性星形细胞瘤预后差。为了对星形细胞瘤进行分子亚组分型或诊断上的重新分类,作者分析160例成人IDH野生型星形细胞肿瘤的分子标志性变异,并行甲基化和拷贝数分析,其中包括120例 WHO III级的间变性星形细胞瘤和40例WHO II级的弥漫型星形细胞瘤。基于分子谱系和标志性变异特征,将这些肿瘤分为四个主要亚型。78%肿瘤诊断为传统胶质母细胞瘤分子亚型。9%为GBM-H3F3A突变(GBM-H3)亚型。8%具有独特的甲基化特征,与GBM-H3-K27相似,但缺乏H3F3A突变,这组肿瘤主要发生在幕下及中线部位,并且预后较好。120例IDH野生型的间变性星形细胞瘤除1例外均可归入上述3种亚型中。40例WHO II级的弥漫型星形细胞瘤中7例具有不同的分子特征,其中6例重新归类为其他不同的低级别肿瘤类型。有趣的是,TERT突变只发生在分子亚型的GBM (78%),且预后不良。 GBM-H3组缺乏 TERT突变,然而其预后更差。
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乙肝病毒前C/C区基因一级结构及变异特征的临床探讨
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)前C/C基因突变与HBV-DNA水平及转氨酶的关系;方法:收集慢性乙型病毒性肝炎患者血清423份,进行前C/C区基因测序、HBV标志物、HBV-DNA、ALT、AST测定.结果:HBVnt1896突变毒株158例,nt1899突变毒株57例.C区变异大部分集中在第5、27、60位氨基酸的序列中.结论:乙肝病毒基因突变主要集中在nt1896.nt1896突变与HBeAg分泌障碍有关,nt1896突变可加重肝脏损害.
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无偿献血者隐匿性乙型肝炎病毒Pre-S/S区变异的研究
目的 调查无偿献血人群的隐匿性乙型肝炎病毒感染( OBI)流行率情况与分析Pre-S/S区变异特征.方法 使用EIA/NAT方法筛查深圳地区15 338人份无偿献血者血标本,经跟踪检测,获得1例HBV窗口期感染毒株和5例OBI毒株,采用荧光定量聚合酶链反应(QPCR)测定OBI病毒载量,应用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)技术从5例OBI样品中获得3例Pre-S/S基因片段并测定序列,进行基因分型,与对应基因型HBsAg阳性野毒株序列比对.结果 深圳市无偿献血者隐匿性乙型肝炎病毒感染( OBI)的流行率为1:3 068.5例OBI样品其病毒载量为<1 IU/ml(不能定量)~121.8 IU/ml(中位数为54.6 IU/ml).3例OBI样本为基因C型,在Pre-S/S蛋白区出现随机变异,OBI样品Pre-S/S区氨基酸置换率显著高于对应基因型野毒株(P<0.01),其中在Pre-S/S区的免疫表位区氨基酸置换率亦显著高于野毒株(P<0.01),但在高频变异的主要素水区(MHR)却是高度保守,只有1例OBI出现改变基因亚型的I126S变异.结论 乙肝病毒的Pre-S/S蛋白区变异,特别是Pre-S/S蛋白免疫表位区的变异,可能是OBI发生机制之一.
关键词: 无偿献血者 隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI) 流行率 Pre-S/S区 变异特征 -
献血者HBV DNA存在的确认与S蛋白变异特征分析
目的 对HBsAg阴性和阳性献血者血样HBV DNA存在的确认并分析隐匿性乙型肝炎病毒S区变异特征.方法 使用EIA/NAT方法筛查深圳地区19 397份无偿献血者血样,把109例乙肝不合格样品分成3类(HBsAg+/NAT+、HBsAg +/NAT-、HBsAg-/NAT+),通过跟踪检测,确认为OBI毒株10例、HBV窗口期感染期3例和5例缺失追踪的HBsAg-/HBV DNA+样品,采用荧光定量聚合酶链反应(QPCR)测定HBV病毒载量,应用Nested-PCR技术扩增S基因片段并测定序列,与B/C基因型HBsAg+/HBV DNA+阳性野毒株序列比对.结果 深圳市无偿献血者经乙肝表面抗原胶体金快速试纸筛查后的HBsAg阳性检出率为0.34% (66/19 397);隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI)的流行率范围为1∶1 939-1∶1 293,HBV窗口期感染流行率范围为1∶6 465-1∶2 424;10例OBI样品其病毒载量介于不能定量至112.0 IU/mL(中位数98.5 IU/mL).10例OBI样本在S蛋白区(nt215-710)出现随机变异,OBI样品S区氨基酸置换率显著高于野毒株(P <0.000 1),有4、2、3个OBI样品分别在CTL表位21-29、86-96、172-180出现L21S(2)、K/R24E(1)、I25M(1)、L88P(2)、S172F/L(2)、V178T(1)变异;OBI非CTL表位免疫区的氨基酸置换率亦显著高于野毒株(P<0.05);其中1个OBI样品在nt636发生缺失变异.结论 深圳献血者OBI流行率有增高趋势,OBI发生机制与乙型肝炎病毒的S蛋白区变异,特别是免疫活性区的变异密切相关.
关键词: 无偿献血者 隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI) 流行率 S区 变异特征