首页 > 文献资料
-
肺炎克雷伯菌泛耐药株的质粒耐药元件研究
目的 通过对泛耐药肺炎克雷伯菌JM45的质粒1(pJM45-1)耐药元件分析,从基因组水平研究其泛耐药的遗传学基础.方法 采用第二代高通量测序技术平台进行全基因组测序,生物信息学方法分析pJM45-1质粒的耐药元件,并与已在NCBI登录的质粒序列作聚类分析(Fast Minimum Evolutin法).结果 pJM45-1质粒大小为317 156 bp,功能注释分析发现该质粒为可接合转移质粒,携带了抗菌药物耐药编码基因、重金属离子耐受编码基因、毒素编码基因和转座子以及插入序列等83个耐药相关编码基因.pJM45-1质粒与耐药质粒R100(登录号:AP000342.1)的全长94 281个序列中的45 995个序列有99％相同;与接合性质粒F质粒(登录号:AP001918.1)的全长99 159个序列中的8322个序列有87％相同.pJM45-1质粒与源自肺炎克雷伯菌的质粒在同一簇(cluster),与源自其他肠杆菌的质粒不在一个簇.结论 肺炎克雷伯菌JM45 pJM45-1质粒携带大量耐药元件,是该菌株进化为泛耐药的主要原因.pJM45-1是可接合转移质粒,可将耐药基因在细菌间进行水平转移,造成耐药菌的播散.
-
控制基因跳跃
调节基因是不在基因组中移动的,相反,称为转座子(transposons)的遗传因子可以在染色体间跳跃,并引发突变.这种行为在生成卵子和精子细胞中尤其危险.
-
piRNA 的功能研究进展
piRNA 是一类种类繁多的小 RNA，通常在生殖类细胞中表达，其功能是抑制转座子的转座，维持基因组结构的稳定性。对线虫 piRNA 研究发现，piRNA 还具有记忆基因表达的功能。体细胞和癌细胞中 piRNA 的发现，更凸显了 piRNA 功能的重要性和多样性。本文梳理了近几年来 piRNA功能研究的新成果，包括 piRNA 在调控转座子、mRNA、lncRNA、DNA 甲基化修饰、染色体表观修饰等方面的功能，同时也探讨了 piRNA 和癌症的关系。
-
仅黏菌素敏感鲍曼不动杆菌多重耐药基因和整合子、转座子遗传标记研究
近年来,仅黏菌素敏感鲍曼不动杆菌(COS-AB)引起的医院感染倍受关注.我们对2004年5月18日分离自我院烧伤病人创面分泌物的1株COS-AB(编号为HZ8999)进行多重耐药基因和整合子、转座子遗传标记检测.
-
变形链球菌耐酸性缺陷株的构建
变形链球菌(简称变链菌)是主要的致龋菌,耐酸性是其关键的毒力因子,但对其基因调控机制并未明了.本实验欲用转座子Tn917随机诱变变链菌野生株UA159,筛选耐酸性变异的突变株,以便于找到一个与耐酸性相关的调控基因.
-
肺炎克雷伯菌中发现新的qnrB31和qnrB32基因亚型
近来的研究发现，由质粒介导的qnr各类基因、aac(6′)-Ⅰ b-cr基因、qepA基因、mdfa基因的变异是引起喹诺酮类耐药的主要原因。这些基因缺乏分子或转座子介导，极易在同种或不同种细菌间传播。自从2006年Jacoby GA等在肺炎克雷伯菌上首先发现qnrB1基因以来，陆续有新的qnrB亚型发现。
-
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的SCCmec基因型及耐药谱研究
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)常引起医院感染的暴发流行.MRSA由于获得了外源性甲氧西林耐药决定子A(methicillin resistance determinant A,mecA),该基因编码青霉素结合蛋白2a,造成对所有β内酰胺类药物耐药.mec基因存在于葡萄球菌盒式染色体(Staphylococcal cassette chromosome mec,SCCmec)中,SCCmec是一种新型的可移动元件,不同于噬菌体和转座子,而且该元件还携带除mec4基因外的其他抗生素耐药基因,造成多重耐药.
-
红霉素耐药肠球菌ermB基因与转座子Tn1545和Tn917的关系
目的 研究158株儿童临床标本中分离的肠球菌对红霉素耐药性及其转座子Tn1545和Tn917介导的耐大环内酯类抗生素ermB基因的特点.方法 采用琼脂稀释法对红霉素进行小抑菌浓度(MIC)测定,用PCR检测肠球菌ermB、mefA基因、Tn1545和Tn917.结果 158株红霉素MIC50和MIC90都为256μg/ml,红霉素耐药率为94.9%(150株/158株).在150株红霉素耐药株中,ermB基因的总携带率为70.7%,其中粪肠球菌、屎肠球菌、坚韧肠球菌、鸟肠球菌和海氏肠球菌其ermB基因的携带率分别为:78.3%、58.1%、100%、100%、100%,粪肠球菌ermB基因的携带率高于屎肠球菌(χ2=6.884,P=0.009);粪肠球菌末检测到mefA基因,只有1株屎肠球菌检测到mefA基因.106株ermB基因阳性红霉素耐药株中,46.2%的菌株ermB基因同时存在于转座子Tn1545和Tn917;ermB基因单纯存在于转座子Tn1545的43株,占40.6%;ermB基因单纯存在于转座子Tn917的1株,占0.9%.结论 儿童临床标本中分离出的肠球菌耐大环内酯类抗生素的主要耐药基因为ermB基因,并且 ermB基因主要是通过转座子Tn1545来携带其对大环内酯类抗生素的耐药.
-
肺炎链球菌耐药基因ermB、mefA、tetM与转座子整合酶基因intTn的检测
目的研究耐药基因ermB、mefA、tetM与转座子整合酶基因intTn在携带肺炎链球菌的北京儿童中分布特点. 方法对185株呼吸道感染患儿鼻咽部分离的肺炎链球菌进行以下检测:E-test、琼脂稀释或纸片扩散法测定对大环内酯类、四环素、β-内酰胺类及头孢类等15种抗生素的药物敏感性.PCR检测大环内酯类耐药基因ermB和mefA,四环素耐药基因tetM以及转座子Tn1545的整合酶基因intTn. 结果 185株肺炎链球菌的药敏结果显示,对红霉素、克林霉素、四环素和复方磺胺甲基异唑的耐药率较高,分别为78.9%、76.2%、86.0%和78.7%,对阿莫西林/克拉维酸、头孢克洛、头孢曲松和头孢呋辛耐药率较低,分别为2.2%、15.5%、2.8%和14.1%.所有红霉素耐药株均检出ermB和/或mefA,其中79.5%为ermB阳性,17.8%为ermB和mefA同时阳性,2.7%为mefA阳性.tetM基因在分离株中的阳性率是87%,四环素耐药组的tetM基因携带率是96.9%,高于敏感组(26.9%).四环素耐药株的红霉素耐药率(90.0%)亦高于敏感株组(11.5%).87.6%的肺炎链球菌存在intTn基因,intTn基因阳性组的红霉素、四环素、氯霉素、复方磺胺甲基异唑和环丙沙星的耐药率较intTn基因阴性组高.分离株常见的基因组合是intTn+tetM+ermB,占58.4%. 结论北京地区呼吸道感染儿童鼻咽部肺炎链球菌耐大环内酯类抗生素的主要原因是ermB编码的23S rRNA甲基化酶致靶位改变.tetM基因编码蛋白质的核糖体保护作用,是肺炎链球菌四环素耐药的重要机制.接合性转座子Tn1545的存在与菌株的红霉素和四环素耐药关系密切,可能是肺炎链球菌多重耐药的重要机制之一.
-
前脂蛋白乙二酰转移酶基因(lgt)与霍乱弧菌噬菌体VP3的受体相关
目的研究霍乱弧菌噬菌体VP3的受体相关基因,确定前脂蛋白乙二酰转移酶基因在霍乱菌株可被VP3感染中的作用.方法采用转座子(TnphoA)插入,筛选对VP3感染产生抗性的突变株.Southern blot鉴定突变株染色体中TnphoA的拷贝数,利用反向PCR扩增TnphoA插入位点旁侧研究菌株的染色体序列.对扩增产物测序确定插入位点基因.另外,克隆被破坏基因的完整序列,转入该突变株,以反式互补实验确定回补突变株对VP3的敏感性.结果获得1株VP3的抗性转座突变株,Southern blot确定TnphoA在其中为单拷贝插入,反向PCR(IPCR)扩增得到插入位点处的结构基因为霍乱弧菌lgt基因,其表达产物为前脂蛋白乙二酰转移酶(Lgt).反式互补表明突变株恢复了对VP3的敏感性.结论前脂蛋白乙二酰转移酶在赋予霍乱菌株噬菌体VP3的敏感性方面有重要作用,可能为VP3转染的受体合成中的必需酶类.
-
耐药鲍曼不动杆菌获得性耐药基因和可移动遗传元件检测与指标聚类分析
为了探讨一组耐药鲍曼不动杆菌获得性耐药相关基因和可移动遗传元件的关系.我们收集2009年1月至12月医院住院患者痰标本中分离的耐药鲍曼不动杆菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)方法进行了54种水平转移获得的β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和12种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记检测,并对检测结果作指标聚类分析(UPGMA法).
-
2010—2016年丽水地区肺炎克雷伯菌blaKPC基因的分子流行病学研究
目的 分析丽水地区blaKPC基因分布特征,探讨肺炎克雷伯菌blaKPC基因的分子流行病学变迁规律.方法 收集丽水市中心医院2010—2016年从临床分离的所有非重复产KPC菌株,以梅里埃VITEK 2 Compact系统鉴定菌种,MLST法分析菌株ST型,复制起始子分析法鉴定质粒类型,PCR法扩增检测转座子结构,并以二代测序技术测定质粒DNA序列进而验证blaKPC基因定位,后从菌株、质粒、转座子三个水平分析本地区blaKPC基因的流行规律.结果 共收集blaKPC基因阳性菌株125株,其中肺炎克雷伯菌111株,占88.8％,且以ST11型为主(103株).肺炎克雷伯菌中,IncF质粒阳性占48.6％,主要整合缺失型Tn1721/Tn4401嵌合体(48/54株);而未分型质粒占50.5％,主要整合野生型嵌合体(54/56株).其中,94.4％的IncF质粒阳性菌分离自2011—2014年,而后急剧减少;而76.8％的未分型质粒阳性菌分离自2014—2016年,且逐年上升.结论 ST11型肺炎克雷伯菌是丽水地区blaKPC基因的主要宿主,且携带含缺失型嵌合体的IncF质粒和野生型嵌合体的未分型质粒的菌株在2014年前后交叉流行,现以后者为主.
-
转座子介导的肺炎链球菌耐药水平传播机制
目的 探索转座子介导的耐药基因水平转移在肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,Sp)耐药传播中的作用.方法 采用长片段聚合酶链反应(long and accurate PCR,LA-PCR)、DNA序列分析、Southern blot、脉冲场凝胶电泳(PFGE)等方法 分析3株不同遗传背景的Sp中转座子的种类、结构,用转化实验分析不同菌株之间耐药性转移方式.结果 (1)Sp中携带mefE的mega元件插入到接合转座子Tn916上形成复合转座子Tn2009-like,其序列与Tn2009具有99%同源性,染色体插入位点完全不同.(2)临床分离的多重耐药Sp(ET86)染色体184 kb和155 kb片段上同时携带Tn1545、Tn917和Tn2009-like,体现出携带耐药决定子的遗传元件集中分布的趋势.另外2株不同耐药表型的Sp分别携带1或2种转座子.(3)转座子上耐药基因可通过转化转移.结论 Sp染色体上转座子可捕获其他耐药元件形成复合转座子,且不同的转座子可在染色体上集中分布、协同作用,促进耐药性的传播和进化.
-
TraSH技术可确定微生物基因组间功能差异
转座子定点杂交技术(transposon site hybridization,TraSH)是科技进步需要的产物,是近几年来通过对转座子研究的不断深入建立起来的一整套成熟技术.
-
屎肠球菌高耐庆大霉素转座子Tn5281的检测
目的研究高耐庆大霉素(HLGR)屎肠球菌耐药性与转座子的关系.方法用聚合酶链反应(PCR)检测 48 株 HLGR 屎肠球菌 Tn5281 转座子,扩增产物用斑点杂交和测序法验证.结果 48 株 HLGR 屎肠球菌中,13 株含有完整的 Tn5281,26 株含有缺少右侧插入序列 IS256 的 Tn5281 缺失型,9 株不含 Tn5281,总阳性率为 81.3%.结论 Tn5281 在屎肠球菌高耐庆大霉素中起着重要作用.
-
在33株产ESBLs的肠杆菌科临床株中鉴定1类整合子
抗生素耐药基因水平播散是多重耐药菌株在临床加剧的重要原因.整合子(Integron)是继质粒、转座子之后人类发现的又一种细菌耐药基因水平播散机制[1].产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)是肠杆菌科临床株对β内酰胺类耐药的主要原因之一,本试验旨在研究1类整合子在我市产ESBLs肠杆菌科临床株中的分布.
-
结核分枝杆菌耐药机制及耐药性检测的研究进展
自20世纪80年代以来，结核病疫情重新上升，成为严重危害公共卫生的问题之一。据世界卫生组织估计，目前全球约有20亿人感染结核分枝杆菌(结核菌)，其中约有5 000万人感染耐药结核菌［1］。因此对结核菌耐药机制和耐药性检测的研究意义重大。结核菌的耐药性的产生主要是由于不合理用药引起的结核菌内抗结核药物作用靶基因突变所致［2］。目前检测结核菌耐药性的方法有表型检测和基因型检测两大类。 一、结核菌的耐药机制 染色体基因变异是结核菌产生耐药性的主要机制。结核菌95%以上的基因变异是直接由于抗结核药物引起［2］。细菌可以通过染色体自身突变或者外源遗传因子如质粒或转座子而获得耐药性，但迄今为止结核菌中尚未发现质粒和转座子介导的耐药［2］。Musser等经大量研究发现大约12种基因突变和结核菌的耐药性有关。已确定主要为基因突变引起耐药性的抗结核药有利福平（RFP）、异烟肼（INH）、链霉素（SM）、吡秦酰胺（PZA）、乙胺丁醇（EMB）、喹诺酮类等。 1.RFP通过和结核菌中DNA依赖的RNA聚合酶的结合来抑制转录过程，导致细胞死亡［3］。96%RFP耐药菌株的产生是因为编码该酶β亚基的rpoB基因发生改变所致。这些改变主要是集中在rpoB中的81个碱基区域（利福平耐药决定区）内的各种突变，也有少量碱基插入或缺失，共35种，其中43%为531-Ser错义突变，此位点突变常见；36%为526-His错义突变。rpoB基因中513、526、531位点突变导致RFP高度耐药（MIC>32 μg/ml），尤以513位点突变产生的耐药性高；514、521、533位点突变导致RFP低度耐药（MIC<12.5 μg/ml）［4］。已知rpoB基因的9种突变同时和结核菌对利福布丁（refabutine）、利福喷丁（refapentine）等的耐药有关［3］。 2.INH被结核菌内过氧化氢-过氧化物酶（由katG基因编码）激活，作用于enoyl-ACP还原酶（由inhA基因编码），抑制杆菌酸和细胞壁合成。结核菌耐INH的机制比较复杂，katG基因的突变、部分缺失是主要机制，该基因的完全缺失在INH耐药株中只占很小一部分但导致高度耐药［5］。多数文献都对KatG基因中315位AGC突变成ACC及463位CGG突变成CTG作了报道，认为这两个突变和耐药性关系密切［6］。但近年来有些学者认为R463/L突变无意义［7］。inhA、katA、ahpC等基因和结核菌对INH的耐药关系正在研究之中，近又提出kasA可能是一个耐药相关基因［8］。InhA 突变也对乙硫异烟胺1314th（ETH 1314th）耐药［3］。
-
RNAi研究进展
RNA干扰(RNAinterference,RNAi)是由双链RNA(doublestrandedRNA,dsRNA)引发的转录后基因静默机制.RNAi是真核生物中普遍存在的抵抗病毒入侵、抑制转座子活动、调控基因表达的监控机制.目前已成功用于基因功能和信号转导系统上下游分子相互关系的研究,有可能为肿瘤基因治疗提供新策略.
-
耐药志贺菌中2类整合子的分析研究
由志贺菌感染引起的细菌性痢疾是急性腹泻的重要病因之一[1].志贺菌对抗菌药物耐药的发生率逐渐增加是控制细菌性痢疾的一个主要难题.研究表明多种机制包括可移动的遗传因素如质粒和转座子参与了细菌抗生素耐药性的传播,滥用药物和基因水平传播导致了志贺菌对常用抗生素产生了耐药性.
-
老年患者多重耐药大肠埃希菌分离株可移动遗传元件检测
多重耐药大肠埃希菌(multidrug-resistant Escherichia coli,MDR-ECO)在医院感染病原菌中占重要地位.先前,我们已报道了MDR-ECO老年患者分离株β-内酰胺类、磺胺类、氯霉素等耐药基因检测状况[1-4],国内有关MDR-ECO耐药基因的载体—可移动遗传元件的研究鲜见报道[5-6].为了解MDR-ECO可移动遗传元件的存在情况,我们对分离自老年患者20株MDR-ECO的2种接合性质粒遗传标记(traA和trbC),6种转座子标记(tnpA/Tn3、tnpA/Tn21、tnpU、tnp513、ISEcp1和IS26)和3种整合子标记(int I 1、int I 2和int I 3),共11种可移动遗传元件进行了检测.
