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天津地区丙型肝炎病毒基因型与临床的相关性研究
目的:研究丙型肝炎病毒(HCV)基因型,了解天津地区丙型肝炎的分布情况.方法:收集252例丙型肝炎患者的血清标本,采用基因测序法进行HCV基因型的检测,并对基因型与其他临床指标进行分析.结果:252例丙型肝炎患者分别感染1b、1a、1c、2a、2i、3a、3b、4a和6a共9种基因亚型,其中1b型占59.9％,其次是3a型,占12.7％.对1型、2型、3型和4型4种基因型进行肝功能、HCV RNA病毒载量比较,经单因素方差分析有明显统计学差异(P＜0.05);对HCV感染的不同肝病程度患者的基因型分布进行分析,无显著性差异(P＞0.05).结论:天津地区丙型肝炎病毒感染以1b型为主,其次为3a型.HCV基因型与HCV RNA病毒载量、肝脏损伤指标有明显统计学差异.
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产前基因筛查“放行”还要等多久
2月14日，国家食品药品监督管理总局和国家卫生计生委联合出台《关于加强临床使用基因测序相关产品和技术管理的通知》，叫停所有基因测序技术，在业内引起不小震动。特别是无创产前筛查“急刹车”，引发了不少孕产妇及家属的吐槽。
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人博卡病毒的研究进展
呼吸道感染是儿科发病率高的一类疾病,是导致儿童死亡的重要病因之一.目前仅有50%的呼吸道感染病原能被明确,儿童下呼吸道感染中仍有10%～39%病因未明;在婴幼儿住院患者中,仅美国平均1年就有大约25万下呼吸道感染的住院患者.因此,呼吸道病原学的研究对于医学界仍是一个巨大的挑战.人博卡病毒是新近发现的一种微小病毒.由于该病毒与儿童尤其是婴幼儿的呼吸道感染关系密切,虽然发现不久却引起了儿科医生的重视.
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血小板GPⅡb/Ⅲa抗体P140基因的分离及鉴定
目的:为深入研究抗血小板糖蛋白抗体基因的表达提供途径.方法:采用抑制血小板聚集和间接免疫荧光试验,对3种抗人血小板糖蛋白GPⅡb/Ⅲa单克隆抗体(简称血小板GPⅡb/Ⅲa抗体)P140、P256和H7的抑制血小板聚集的能力和血小板结合特异性进行了比较.将单克隆抗体P140的轻链和重链Fd段基因连接于克隆载体pGEM T-Easy上,并进行测序.结果:鼠源血小板GPⅡb/Ⅲa抗体P140的特异性和敏感性优于P256和H7,测序分析结果准确.结论:鼠源血小板GPⅡb/Ⅲa抗体P140血小板结合特异性和抑制血小板聚集的能力均较强.该鼠源性免疫球蛋白基因是一个值得深入探讨的抗血小板抗体基因.
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基因芯片技术在医学研究中的应用
基因芯片(Gene chip)又称DNA芯片(DNA chip)、DNA阵列(DNA arrays)、寡核苷酸微芯片(Dligonucleotide microchip),是近年发展起来的又一新的分子生物学研究工具,它综合了分子生物学、半导体微电子技术、激光化学、计算机科学等众多学科领域的相关技术,使研究者得以自动化、快速、平行地对大量的生物信息加以分析,从而成为基因测序、基因突变分析、基因表达等方面研究的高效手段之一.这项技术是90年代初由美国Affymetrix公司首先发展起来的,在随后的几年内技术不断完善,至今已在医学研究的各个领域中日渐显现出其应用价值,特别是随着人类基因组计划顺利利进行,越来越多的基因序列被解码,基因组研究的重心自然地从结构基因组学转到了功能基因组学,基因功能的研究将成为"后基因组计划"时期迫切需要解决的问题,DNA芯片技术的出现为基因功能的研究提供了一个强有力的工具[1].
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基因测序临床应用试点“再开闸”
近期，国家卫生计生委妇幼健康服务司下发《关于产前诊断机构开展高通量基因测序产前筛查与诊断临床应用试点工作的通知》明确，中国医学科学院北京协和医院等108家医疗机构作为开展高通量基因测序产前筛查与诊断的临床试点。妇幼健康服务司还组织制定了《高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范（试行）》。
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肽核酸对癌基因的作用
基因测序使人们从基因水平认识了为某一蛋白质编码的基因,但对基因所编码的蛋白质及其功能的知识还甚少.以基因测序得到的信息为基础,人工合成反义寡核苷酸以抑制某些基因的表达,研究相关基因在活细胞中的作用是一种常用的研究基因-蛋白质功能的方法.在细胞内反义DNA或RNA分子是RNA酶H的底物,RNA酶H能将与反义分子结合的mRNA裂解而终止翻译过程,以后RNA酶H又与另一相关mRNA结合而导致其裂解,据此反义分子被重复使用且作用被放大.但由于DNA、RNA寡核苷酸在细胞内稳定性差,易被核酸酶降解,所含的磷酸二酯键极易与细胞内的蛋白质发生反应,在影响基因表达时常常受非特异性因素的影响及进入细胞后对特定的靶位选择性差,因而不是理想的核酸类药物.目前,人们已将注意力转移到第二代反义药物-肽核酸的研究上[1].
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微小RNA在风湿性疾病中的研究进展
风湿性疾病是侵犯关节、骨骼、肌肉、血管及结缔组织为主的一组疾病,其中多数为自身免疫病.目前该类疾病发生、发展的分子机制尚不明确,多数认为是由机体免疫紊乱导致,但又是什么诱导了这种紊乱的产生仍然未知.随着2006年人类基因组计划中基因测序的完成,人类基因图谱绘制的完成标志着人类已经进入后基因时代.
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肝螺杆菌及相关疾病的研究进展
自幽门螺杆菌被发现以来，越来越多的肠螺杆菌被人们从动物或人的消化道中分离，迄今为止已发现并命名肠螺杆菌20余种，其中幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）、胆汁螺杆菌（H ．bilis）、胆囊螺杆菌（H ． cholecystus）、犬螺杆菌（H ． canis）、幼禽螺杆菌（H ．pullorun）以及肝螺杆菌（H ．hepaticus）6种被证明与人和动物的胃肠肝胆疾病有关［1］。1992年，美国国家癌症研究所Frederick癌症研究和发展中心发现无菌饲养 A／JC r小鼠出现不明原因肝炎和肝脏肿瘤［1］。1994年，Fox等先报道在A／JCr小鼠肝炎组织中分离出一种新的非胃内且耐胆汁的螺杆菌［2］，后被命名为肝螺杆菌。此后对于肝螺杆菌的研究逐渐成为热点，众多国内外实验室展开对于肝螺杆菌形态、生化反应、基因测序、分离鉴定等多项研究，并取得较大进展，对于在国内开展有关肝螺杆菌的研究具有重要意义。
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病理基因测序技术及临床应用
目的:应用基因测序仪对肿瘤及相关疾病进行临床病理基因直接测序,以指导医疗保健、疾病预防、基因治疗.方法:石蜡组织、血液标本提取DNA,经凝胶成像及核酸定量仪定量、定性,设计相应的引物及购买测序试剂盒,经PCR扩增后进行基因测序,通过Seq-Scap软件诊断分析测序结果,并对阳性结果做反向测序证实.结果:石蜡组织标本DNA提取成功率80%,总提取成功率90%以上,在此基础上的PCR扩增、纯化及测序成功率达99%.测序基线平整,平均信号强度在200～1 000之间,噪音＜5,Raw基线接近0.预报分子靶向药物治疗有效率及无效率均达100%.结论:临床病理基因测序是癌症基因组计划的核心内容,基因测序技术可以快速准确地完成肿瘤基因序列分析,该技术重复率高、结果可靠、科学性强,是分子病理学发展的一个重要新领域.
关键词： 基因测序 癌症基因组 Seq-Scap软件 -
霍乱弧菌04-5a糖发酵激活蛋白编码基因分析
目的 比较霍乱弧菌04-5a株糖发酵激活蛋白编码基因与霍乱流行株与非流行株相关序列的差异,明确其基因型.方法 采用基因克隆测序方法,对霍乱弧菌04-5a株糖发酵激活蛋白编码基因进行序列分析,并与相关序列进行比较.结果 霍乱弧菌04-5a株糖发酵激活蛋白编码基因由771个碱基对组成,编码258个氨基酸的多肽,流行株和非流行株相关序列比较发现,04-5a株与流行株两者基因完全相同,与非流行株在334、622和666位核苷酸碱基的具有差异,第666位碱基的差异导致了氨基酸的不同,在非流行株与流行株分别为丙氨酸与苏氨酸.结论 霍乱弧菌04-5a株糖发酵激活蛋白编码基因序列符合流行株基因特征,在非流行株与流行株第666位碱基差异可能与其致病性及流行有关,值得深入研究.
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河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析
目的 分析河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的变异情况,了解其变异现状及特点.方法 对35株甲型H1N1流感病毒毒株提取病毒总RNA,设计引物运用RT-PCR技术扩增编码NA蛋白的基因序列,测序分析核酸序列并用MEGA4.1软件构建进化树,用BLAST进行比对分析.结果 分离株NA基因316位G/A和742位A/G(N端106位V/I和248位N/D)发生变异,2个突变位点同时存在；同时,通过BLAST分析,发现我国多个省份和亚洲其它多个地区病毒株NA基因存在945位A/G和1338位T/C突变,进化树分析发现,这两个位点的突变可能来自于中国猪-人之间相互感染.结论 甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因在中国内地传播期间个别核酸位点发生了突变,其氨基酸抗原区有一位点发生变异( 106 V/I).
关键词： 甲型H1N1流感病毒 基因测序 神经氨酸酶基因变异 -
贝叶斯网络方法在基因调控研究中的应用
随着人类基因测序的完成,目前基因研究的主要任务是确定各个基因的功能.通常,基因和基因产物之间并非彼此独立工作,而是在细胞中形成了一个高度结构化的信息网络.
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Myod1和Myog真核共表达载体构建及鉴定
背景：目前研究发现，生肌调节因子家族的各成员之间具有相互协同和相互促进的作用。因此，联合应用Myod1和Myog两个成员进行基因治疗，可能会取得更好的疗效，能够为防治失神经支配骨骼肌萎缩寻找新的思路。
目的：构建Myod1和Myog基因的真核共表达载体。
方法：通过RT-PCR的方法克隆大鼠Myod1和Myog基因的全长cDNA，酶切后依次插入到pVAX1载体中，以构建重组的Myod1和Myog真核共表达载体pVAX1-Myod1-IRES2-Myog-IRES2-EGFP，采用基因测序的方法进行鉴定。将pVAX1-Myod1-IRES2-Myog-IRES2-EGFP对体外培养的3T3细胞进行转染，利用Western blot检测3T3细胞中Myod1蛋白和Myog蛋白的表达，验证其能否正确表达目的蛋白。
结果与结论：基因测序结果表明，真核共表达载体 pVAX1-Myod1-IRES2-Myog-IRES2-EGFP 内的 Myod1和 Myog cDNA 的序列长度及碱基顺序均与所公布的序列相同。将该载体转染到体外培养的3T3细胞内， Western blot能够检测到3T3细胞中Myod1和Myog蛋白的条带。结果证实，实验成功构建了重组Myod1和Myog真核共表达载体pVAX1-Myod1-IRES2-Myog-IRES2-EGFP。 -
抑郁症患者肠道菌群研究
目的 研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况.方法 选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例.收集患者新鲜粪便,利用16S rRNA基因测序技术分析患者肠道菌群.结果 对159例粪便标本进行16S rRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16S rRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组.在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属.对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属.抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组.抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关.结论 抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比.
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瘢痕疙瘩Fas基因外显子8突变序列分析
目的探讨Fas基因缺失在瘢痕疙瘩形成中的意义.方法采用PCR-SSCP银染技术及基因序列分析,检测15个瘢痕疙瘩标本Fas基因外显子8的基因结构.结果所检测的15个瘢痕疙瘩标本100%有Fas基因外显子8的杂合丢失,基因测序发现11个标本共4个位点存在基因突变.结论瘢痕疙瘩Fas基因外显子8的基因结构异常与其编码的蛋白无功能关系密切.
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转化生长因子-β1Ⅱ型受体基因在瘢痕疙瘩中改变的实验研究
目的 通过检测瘢痕疙瘩中的转化生长因子-β1Ⅱ型受体(TβRⅡ)Poly A与CA重复序列两个基因突变热点的改变情况,论证瘢痕疙瘩是否与肿瘤具有相同的基因改变.方法 选取瘢痕疙瘩标本20例、正常皮肤标本8例,提取标本中的DNA;在TβRⅡ基因Poly A位点和CA重复序列两个突变热点两侧设计并合成引物,利用PCR仪扩增,对PCR产物进行单链构象多态性分析(PCR-SSCP),PCR产物纯化后自动测序仪鉴定基因突变的位点和类型.结果 PCR-SSCP显示,20例瘢痕疙瘩标本的TβRⅡPoly A位点有4例、CA重复序列有1例显示泳动条带较正常加快,且均缺失了1 bp;基因测序发现,4例SSCP阳性的瘢痕疙瘩标本TβRⅡPoly A位点均出现一个A的缺失突变,正常皮肤基因序列正常;CA重复序列基因测序未见异常.结论 瘢痕疙瘩组织中的TβRⅡPoly A和CA重复序列位点表现出类似肿瘤中所发现的基因缺失突变.
关键词： 瘢痕疙瘩 转化生长因子-β1Ⅱ型受体 单链构象多态性分析 基因测序 -
甲状腺髓样癌诊治的若干问题
甲状腺髓样癌来源于甲状腺滤泡旁细胞,约占甲状腺癌的4%,其中25%为多发性内分泌肿瘤2型相关的遗传性病变,主要包括2a型、2b型和家族性甲状腺髓样癌.降钙素是甲状腺髓样癌特异的肿瘤指标,提示肿瘤发生、残留或复发,而其翻倍时间与预后相关.全甲状腺切除及颈部淋巴结清扫是根治甲状腺髓样癌的唯一希望.基因测序技术的应用使多发性内分泌肿瘤2型相关的甲状腺髓样癌家系病人通过预防性手术而获益.
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川北地区68例宫颈癌组织人乳头瘤病毒感染调查
HPV感染是诱发宫颈癌的主要因素之一,90%以上的宫颈癌组织携带高危型HPV.HPV的型别分布随不同的地理位置和不同的种族而存在差异.本研究用PCR并结合基因测序的方法对来自宫颈癌高发区川北地区68例宫颈癌组织进行HPV检测,得到HPV总体感染率为92.6%,明确了HPV16、HPV58为该地区宫颈癌组织中HPV主要的流行亚型.
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miRNAs参与养血柔肝法治疗骨关节炎的生物信息学分析
目的 分析miRNAs在养血柔肝法“养血软坚胶囊”治疗骨关节炎中的生物学信息.方法 将40只SD大鼠进行前交叉切除(ACLT)造模成骨关节炎模型,模型验证造模成功后,随机分为模型组(n=20)和中药组(n=20).模型组不干预,中药组予大鼠灌胃饲养,药物采用养血柔肝法中成药养血软坚胶囊.4周后取材,提取关节软骨组织的RNA,制备文库,通过数据预处理、测序错误率分布检查、测序数据过滤、差异表达的miRNAs的鉴定、差异表达的miRNA的靶基因的鉴定、差异表达的miRNA的靶基因的功能分析、网络图构建等步骤,对差异表达的miRNAs进行数据分析.并RT-PCR验证所得结果.结果 中药组与模型组并共有35个miRNAs表达有差异.其中7个上调(共调控了1174个靶基因),28个下调(共调控了2216个靶基因);对差异miRNAs的靶基因进行蛋白互作网络分析(PPI)后,通过连接度高的几个节点,获得了19个重要的靶基因.关节软骨中,中药组rno-miR-199a-5p、mo-miR-140-3p的表达高于模型组,中药组rno-miR-300-3p、mo-miR-9a-3p的表达低于模型组,差异具有统计学意义(P＜0.05).结论 养血柔肝法中药“养血软坚胶囊”可以调控骨关节炎大鼠模型的miR-199a-5p,miR-140-3p,miR-300-3p和miR-9a-3p等miRNAs.
