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肝豆状核变性2个家系的基因突变分析
肝豆状核变性也称Wilson病( Wilson’ s disease, WD),是ATP7B基因突变导致的一种常染色体隐性遗传性疾病。基因诊断可用于早期发现不典型患者。本文应用基因测序诊断了2例不典型WD病例,并对其父母进行了基因突变分析。
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聚合酶链反应联合直接基因测序快速诊断感染性眼内炎的研究
目的 探讨利用聚合酶链反应(PCR)联合直接基因测序技术检测感染性眼内炎的可行性及有效性,为感染性眼内炎患者的快速诊断寻求一种新的检测方式.方法 对我院2005年10月至2006年10月手术治疗的感染性眼内炎患者47例47眼.手术取材进行PCR联合直接基因测序检查并与细菌涂片、细菌培养、真菌培养、厌氧菌培养检查结果对比.结果 PCR联合基因诊断方法检查时间较传统方法耗时少.PCR病原菌检测阳性率高,为25例,25例阳性者中经直接基因测序出病原体类型19例.与病原体培养相比,敏感性为91.67%,特异性为77.14%,Kappa值为0.577.结论 对于感染性眼内炎,PCR联合直接基因测序技术是一种快速、有效的临床检查技术.
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非结核分枝杆菌(蟾分枝杆菌)肺病1例报告
患者女.25岁,因间断咳嗽、咯痰1周于2010年8月26日人院.患者无发热、盗汗,既往体健.入院后胸部CT检查显示左肺上叶尖后段厚壁空洞(图1A),查痰结核分枝杆菌荧光PCR阳性,血抗结核抗体阳性.支气管镜检查未见明显异常.初步诊断:继发性肺结核.给予异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、链霉素治疗.1个月后,痰分枝杆菌快速培养(MGIT培养)及基因测序为非结核分枝杆菌(nontuberculous mycobacteria,NTM)——蟾分枝杆菌,对链霉素、异烟肼、利福平、乙胺丁醇耐药.
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胆固醇酯转运蛋白基因单核苷酸多态与中国东北地区人群阿尔茨海默病的关系
目的 明确胆固醇酯转运蛋白(CEPT)基因在中国人种有影响CEPT活性、血清HDL水平的3个单核苷酸多态(SNP,rs708272、rs5882、rs2303790)与中国东北地区人群散发性阿尔茨海默病(sporadic alzheimer's disease,SAD)发病的关系.方法 184例来自中国东北地区无AD家族史的AD患者组成SAD组,205名性别、年龄匹配的健康老年人组成对照组.PCR扩增包含前述位点的基因片段,应用基因测序方法检测这些SNP,并分析两组间分布的差别.结果 SAD组的rs2303790G碱基及AG基因型频率低于对照组(二者P = 0.015及P = 0.001);用ApoEε4分层后,发现有ApoEε4的SAD组rs2303790G碱基、AG基因型频率低于对照组.而无ApoEε4的分组中,rs2303790G碱基、AG基因型频率在两组间无差异.结论 rs2303790G碱基、AG基因型可能在SAD的发病中具有保护作用,这种保护作用只在拥有ApoEε4等位基因的人群中存在.
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ABO亚型Bel06的分子生物学鉴定
本文介绍1例罕见ABO变异型Bel06亚型样本检测过程，通过利用单克隆抗体检测患者的红细胞ABO抗原，用标准A、B、O红细胞检测其血清中ABO抗体，采取吸收放散实验和血型物质做进一步血清学实验检测。同时采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)、A/B基因第6、7外显子PCR产物直接测序方法进行ABO亚型基因分型和序列分，结果表明该患者红细胞无A、B抗原，同时血清中存在抗A抗体，吸收放散实验检测有B抗原，血型物质检测有H物质，无B物质，证明基因测序结果为Bel06型。
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基因医学步入新时代
英美科学家在2006年5月18日出版的Nature (2006,441:315)上报告,人类后一个染色体,也是破译难度大的一个染色体--1号染色体的基因测序完成.该测序确定出人类1号染色体中的3141个基因,在破译过程中,至少发现了1000个新基因.这标志着历时16年的人类基因组计划宣告完成.有科学家预言,之后的10～20年内,基因医学将进入黄金时代.
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PNPLA3基因多态性与原发性肝癌遗传易感性的相关性研究
目的：评估PNPLA3 I148M基因多态性与原发性肝细胞癌（HCC）相关性，并探讨其机制。方法：本研究纳入HCC患者67例和健康对照组69例，对照组无肝癌家族史及肝病病史。通过聚合酶链反应（PCR）及基因测序法检测PNPLA3 rs738409基因表型，通过Hardy-weinbeurg遗传平衡定律分析HCC组与对照组各基因型是否具有群体代表。通过字2检验分析HCC组rs738409各基因型的频率分布有无差异。结果：对HCC组及对照组经吻合度检验，各组基因多态性分布均符合Hardy-Weinberg（H-W）平衡法则（P>0.05）。HCC组与对照组148 GG、148 CG、148 CC基因型频率分布差异均有统计学意义（字2=6.30，P<0.05）。结论：rs738409基因表型与原发性肝癌发病风险具有相关性。
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临床诊断的SARS患者鼻咽拭子采集、SARS冠状病毒分离及鉴定
目的从临床诊断的严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)患者鼻咽拭子标本分离并鉴定SARS冠状病毒.方法SARS患者鼻咽拭子标本接种于含Vero及MRC-5单层细胞的24孔培养板中.分离物使用血清学方法、电镜及基因测序进行鉴定.结果2003年4月～5月北京协和医院共采集79例临床诊断SARS患者的158份鼻咽拭子标本.3例接种Vero细胞孔的鼻拭子标本发现细胞病变效应(cytopathic effect,CPE).用分离物感染细胞做为抗原,免疫荧光血清学发现SARS患者急性期和恢复期血清标本存在SARS冠状病毒抗体(IgG和IgM)阳转和/或4倍及以L升高.分离物上清液负染电镜观察到冠状病毒.基因测序证实3株分离物是SARS冠状病毒.结论3株自79例SARS患者鼻咽拭子标本的病毒分离物是SARS冠状病毒.
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基因组学研究揭示癌变细胞进化过程
在世界范围内,临床上七分之一死亡病例是由于罹患癌症.而在西方社会,这一比例更是高达三分之一.很早之前,人们就知道吸烟会导致肺癌,日照会诱发皮肤癌.但是,对于癌变发生的机制和细节,却知之甚少.今年五月,在以破译人类基因组测序三分之一序列著称的英国桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute),斯特拉顿(Mike Stratton)教授领导的研究小组,通过对乳腺癌患者基因组进行研究,从体细胞变异的角度,阐释了癌变发生的详细过程,并找出了诱发癌变的关键基因.同期,以我国华大基因研究院为主的科院团队,也通过对单个癌细胞进行基因测序,揭示了肾癌、骨髓瘤的癌细胞进化过程,表明了癌症个体化医疗的重要性.
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戴尅戎：现代精准医学理念的启示与应用
“美国总统奥巴马不但是政治家，还有商人的精明。在人类基因组计划前期投入的巨额资金，通过向老百姓推行以基因测序为基础的精准医疗便都回了本。”戴尅戎院士说。
日前，在“2015朝阳国际医学大会（CICM）”骨科前沿高峰论坛上，中国工程院院士、上海交通大学医学院骨关节研究所主任、上海市关节外科临床医学中心主任戴尅戎教授深刻而生动地分析展望了现代精准医学的应用现况和前景。 -
非典疫苗问世的路还有多长
要彻底根除像非典这样的传染病,除了改善卫生环境、完善隔离消毒制度等应急措施外,根本的手段就是研制出成功的疫苗,但疫苗的研制是一项复杂而艰巨的任务.非典病毒被确定为一种冠状病毒的变种仅仅3个多月时间,我们只是明确了这种病毒的形态,完成了病毒基因测序,冠状病毒致病机理及人体免疫系统应答反应的特点、非典病毒的多样性和潜在的变异情况等尚不清楚.研制出成功的非典疫苗的路究竟还有多长?为此,笔者专访了解放军302医院医学博士刘士敬.
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军团菌测序鉴定与分子分型研究进展
用分子生物学方法检测军团菌已经被越来越多的专家和实验室所认可,其中以基因测序为基础的军团菌鉴定和分型方法是目前认为客观、准确且具有较好重复性的方法.军团菌常用的测序靶点有16S rRNA基因、mip基因、rpoB基因、dotA基因、23S5S rDNA基因间隔区,5SrRNA基因、gyrA基因、dnaJ基因、rnpB基因等位点,但观其分型效果、重复性、流行病学可信度及分辨能力,具优势的是欧洲军团菌感染工作组(EWGLI)提出的利用7个基因(flaA,mornpS,pilE,asd,mip,proA,neuA)测序对军团菌进行分型.随着基因测序技术和序列数据库的发展,基因测序在军团菌的鉴定、分型中发挥着越来越重要的作用.本文对基因测序鉴定军团菌的技术方法及其优缺点和实用价值做一简要概述.
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急性加重期支气管扩张症患者血清白细胞介素13的表达及其基因多态性的意义
目的：探讨急性加重期支气管扩张症患者血清白细胞介素13（ IL-13）的表达及其基因多态性的意义。方法纳入2014年12月至2016年3月于福建省立医院呼吸科病房住院的急性加重期支气管扩张患者43例（支扩加重组）及同期进行健康体检者33名（对照组），皆抽取空腹外周血5 ml，采用酶联免疫吸附测定（ ELISA）法测定其血清IL-13，采用聚合酶链反应（ PCR）结合基因测序方法检测两组人群IL-13基因＋1923 C／T、＋2044 G／A基因多态性。43例患者中病情好转30例（支扩好转组），于入院后1周抽取空腹外周血3 ml采用ELISA法测定其血清IL-13。分析比较支扩加重组与对照组的血清IL-13及基因多态性及急性加重期与好转期的血清IL-13变化。结果支扩加重组IL-13水平显著低于对照组[（31.1±26.3）比（70.6±53.6）μg／L，P＜0.05]；＋1923位点等位基因C、T频率在两组间分布差异无统计学意义（χ2＝0.915，P＞0.05），支扩加重组等位基因C、T的频率为79.1％、20.9％；IL-13基因＋1923C／T 与＋2044G／A显著相关（R2＝0.835，P ＜0.001）；支扩加重组T携带基因组的血清IL-13与CC基因组之间的差异及A携带基因组的血清IL-13与GG基因组之间的差异均无统计学意义（均P＞0.05）。结论急性加重期支气管扩张患者血清IL-13特异性下降；但IL-13基因＋1923C／T、＋2044 G／A基因多态性与支气管扩张易感性无显著相关性。
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进行性肌营养不良的分子生物学诊断现状
进行性肌营养不良(progressive muscular dystrophy,PMD)是以进行性加重肌力低下及肌萎缩为主要临床表现的一组遗传性疾病的总称.分子生物学技术使该组疾病的责任基因、编码蛋白、发病机制被逐步认识.由于临床症状、实验室检查、肌电图及骨骼肌组化染色病理表现相似,需要借助免疫组织化学染色、Western印迹、聚合酶链反应(PCR)或基因测序,在蛋白或基因水平进一步分型诊断.本文对各型PMD分子生物学诊断现状归纳如下.
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成就医学科学家:加强基础与临床结合
当今我国的医学科学已达到可以出更多成果、发表更多更好的论文的时候了.但是,由于长期条块分割,基础与临床脱节,医生们苦于临床工作的繁忙和实验条件不足,基础人员因缺乏病种、病例、标本、家系等科研"底料"而拿不出有规模、有影响、有民族特点的研究论文.SARS早发现在我国本土,但病毒分离、基因测序和诸多的早期诊断方法都不是在我国本土完成的.这些技术不能说我们当时尚未掌握,而应该从管理体制上去检讨,是由于临床与基础、医疗与科研、甚至中央与地方等关系处理上缺乏通盘考虑和有效机制所造成的.
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基于科学论文和专利信息的基因测序技术领域创新态势分析
目的:了解基因测序技术的国际创新态势,以促进我国精准医学以及基因测序技术的发展.方法:以科学论文和专利信息作为基础数据,构建创新态势研究分析框架,从科学研究和技术研发两方面对基因测序技术的国际研发态势进行综合分析.结果:基因测序技术的科学研究和技术研发主题主要集中在肿瘤诊疗、植物基因组测序、HIV病毒和胃肠道菌群的鉴别等方面,单细胞基因组扩增新技术(MALBAC)极大的推动了基因测序技术的发展.结论:我国基因测序技术的科学研究和技术研发已处于较为领先的水平.
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2014-2015年北京市房山区H3N2亚型流感病毒基因特性
目的 了解北京市房山区2014-2015年H3N2亚型流感病毒HA1基因变异情况.方法 随机分别选择2014-2015年流感病原学监测中分离到的H3N2型毒株共26株,采用RT-PCR法扩增病毒目的基因片段后进行序列测定,与WHO推荐的北半球疫苗株及常见H3N2毒株进行比对并构建进化树.采用MEGA6软件对测序结果进行分析,同源性计算使用BLAST网站,利用NetNGlyc 1.0软件进行糖基化位点预测.结果 2014-2015年房山区H3N2亚型流感病毒HA1目的基因片段序列测定拼接后长核苷酸片段为703 bp短核苷酸片段为696 bp,没有核苷酸的丢失,编码氨基酸为232-234个;抗原表位A抗原表位和D抗原表位有变异;受体结合位点第228位由丙氨酸变为丝氨酸,第130位由丝氨酸变为苏氨酸;做进化树分析,发现该分析中的H3N2亚型流感病毒位于2个分支上,分别为A/Switzerland/9 715 293/2013和A/HongKong/5 738/2014,大部分与前者在一个分支.结论 北京市房山区2014-2015年H3N2流感病毒的血凝素重链区HA1基因特性有部分变化,抗原表位A抗原表位和D抗原表位有变异,且在基因进化上与当年的疫苗株分属不同分支,具有一定的进化距离,相似度较低,可能导致H3N2流行.
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麻疹、风疹病毒核酸荧光定量PCR检测试剂盒的检测质量评价
目的 本研究拟在湖北省疾病预防控制中心对珠海海泰生物制药有限公司研制的麻疹、风疹病毒核酸荧光定量聚合酶链式反应(polymerase china reaction PCR)检测试剂盒开展临床试验,以对该试剂盒的各项性能进行评估.方法 本试验设计采用单盲方法对我省范围内的134份咽拭子、尿液、漱口水、分离培养物样品进行检测,本研究中用海泰试剂和逆转录PCR(reverse transcription-PCR,RT-PCR)法对考核样品进行平行检测.采用国家下发的麻疹,风疹病毒分型引物分别进行RT-PCR,对RT-PCR产物进行凝胶电泳和基因测序分析.对与凝胶电泳结果不一致的样本,同时用海泰试剂和RT-PCR法重复试验并做凝胶电泳和基因测序分析.对于基因测序成功的样本,以基因测序法为准;基因测序失败的样本以凝胶电泳结果为准.终结果以重复试验为准,通过对检测结果进行统计、分析,对海泰试剂的灵敏度、特异性、精密性及准确性等做出评价.结果 在本试验中海泰试剂与参考方法相比较,其灵敏度为100％,特异度为92.9％,假阳性率为7.1％,假阴性率为0,粗一致性为99.3％,调整一致性为98％,约登指数为0.929,阳性预示值为99.2％,阴性预示值为100％.采用交叉四格表Kappa检验的统计方式进行分析,海泰试剂和参比试剂检测结果的一致率为99.3％,Kappa＞0.75.结论 评估试剂同参照试剂相比结果符合较好.该试剂盒为疾病的临床诊断、流行病调查提供了一种更为简捷精确,切实可行的检测手段.
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武汉地区263例乙型肝炎患者HBV分型及耐药分析
目的 应用基因测序技术检测武汉地区慢性乙型肝炎患者的乙型肝炎病毒(HBV)基因型并分析其耐药情况.方法 收集2015年1月-2016年12月武汉大学人民医院感染科263例乙型肝炎病毒基因(HBV-DNA)阳性的慢性乙型肝炎患者血浆标本,通过Sanger测序法测定HBV P基因RT区的基因序列,与NCBI genebank数据库中HBV基因型数据进行比对,分析患者HBV基因型.同时分析P基因RT区的突变位点和耐药情况.结果 共检测出5种HBV基因型,分别是B型181例(68.82％),C型76例(28.90％),D型3例(1.14％),B/C混合型1例(0.38％)和B/F/G混合型2例(0.76％).共检出耐药株109例(41.44％),HBV B基因型耐药突变发生率高于C基因型,以L180M+M204V/I和M204V/I耐药模式为常见.结论 武汉地区HBV基因型以B型为主,其次为C型;耐药形式复杂多样,耐药发生率与基因型别存在一定关系.
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精准医疗在感染性疾病中的应用
感染性疾病严重危害人类的健康与生命，抗生素耐药问题日益严重，感染性疾病的治疗已经进入“后抗生素时代”。精准医疗旨在建立一种在个体基因、环境、生活方式等的基础上的、因人因病而异的、更加精确的个体化医疗，并且已经广泛应用于癌症的治疗和管理。下一代测序技术（NGS）为获取疾病的基因信息提供了强大的技术支持，并在感染性疾病的精准治疗中取得了一定的进展。文章综述了精准医疗在由细菌、病毒及其他一些病原微生物引起的感染性疾病中的应用及前景。应用NGS检测感染性疾病中病原微生物的基因组信息，对致病基因、耐药基因及其他重要的标记精准医疗基因深入解读，有望在一定程度上实现精准医疗的目的。
