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采用二代测序对脊髓性肌萎缩家系行胚胎植入前遗传学诊断
目的 探讨二代测序技术对脊髓性肌萎缩症(SMA)家系行胚胎植入前遗传学诊断(PGD)的应用价值和优势.方法 选取1对于苏州市立医院生殖与遗传中心就诊的SMA基因携带者夫妇,经家系调查后,抽取家系成员外周血,采用Real-time PCR法进行分析,明确基因突变位点.针对突变位点涉及基因及基因的上下游区域内选择高密度紧密连锁的单核苷酸多态(SNP)作为遗传标记.二代测序(NGS)后,选择若干有效位点进行单体型分析.后使用单体型连锁分析技术进行单基因PGD. 结果 此对夫妇的SMN1基因exon7均为单拷贝,而先证者为SMN1基因exon7纯合缺失.通过单体型连锁分析之后进行单基因病PGD周期,形成4枚囊胚,NGS PGD检测结果为未携带突变的整倍体囊胚、单拷贝携带的整倍体囊胚、单拷贝携带但为非整倍体囊胚和致病的整倍体囊胚各1枚.将未携带突变的整倍体囊胚行冻融胚胎移植后获得临床妊娠,产前诊断结果显示未见异常,足月剖宫产分娩一正常男婴,体重3 150 g,健康状况良好. 结论 采用NGS对SMA家系行PGD可以阻断此单基因病在该家系中的再发风险,还可以避免选择非整倍体胚胎而导致的流产问题.
关键词： 二代测序 脊髓性肌萎缩 胚胎植入前遗传学诊断 单核苷酸多态 单体型连锁分析 -
MPO、NQO1、GSTP1和UGT1A6基因多态与慢性苯中毒遗传易感性关系
目的 探讨MPO、NQO1、GSTP1和UGT1A6基因多态与慢性苯中毒易感性的关系.方法 采用病例-对照研究,以268名苯中毒工人为病例组,268名接触苯而没有中毒表现的工人为对照组.应用TaqManPCR分析技术判定MPO(rs7208693),NQO1(rs1800566),GSTP1(rs947894)和UGT1A6(rs6759892,rs1105879,rs4124874,rs3755319,rs887829和rs4148323)基因型.结果 携带GSTP1基因rs947894 G等位基因个体患慢性苯中毒的危险性比AA基因型个体降低0.657倍(95% CI 0.434～0.994,P=0.046);携带MPO基因rs7208693 A等位基因人群中,UGT1A6 rs6759892 G等位基因个体发生慢性苯中毒的危险性是TT基因型的2.702倍(P=0.024),UGT1A6 rx1105879 C等位基因个体发生慢性苯中毒的危险性是TT型的2.619倍(P=0.035).在饮酒人群中,携带NQO1基因rs1800566 TT基因型个体慢性苯中毒的发病风险较携带CC和CT基因型个体增加9.000倍(95% CI 1.460～55.478,P=0.021);在吸烟人群中,带NQO1基因rs1800566 TT基因型个体慢性苯中毒的发病风险较携带CC和CT基因型个体增加7.000倍(95% CI 1.555～31.575,P=0.012).单倍型分析显示,本人群携带UGT1A6基因TACGGG单倍型个体慢性苯中毒的发病风险是携带TAATGG单倍型个体的1.446倍(OR=1.446,95% CI 1.005～2.080,P=0.046).结论 同时携带MPO基因rs7208693 A和UGT1A6基因rs6759892 G或rs1105879 C等位基因型个体对苯中毒易感;携带NQO1基因rs1800566 TT基因型且同时吸烟或饮酒的个体对苯中毒易感;携带UGT1A6基因TAATGG单倍型个体可增加慢性苯中毒的发病风险;GSTP1基因多态与慢性苯中毒遗传易感性的关系仍需进一步研究.
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补体因子CD55启动子区多态影响食管癌发病的相关性
目的 探讨补体因子CD55启动子遗传变异与食管癌发病风险的相关性.方法 以2008年4月至2012年12月在华北理工大学附属唐山市工人医院和唐山市人民医院就诊的700例食管癌患者作为病例组,健康对照来自同期健康体检个体,以无肿瘤病史和体征者作为对照组,共700名.采用PCR-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对700例食管癌患者和700名正常对照者进行CD55 rs2564978基因分型.采用非条件logistic回归模型比较CD55 rs2564978变异与食管癌发病风险的关系.结果 病例组和对照组的年龄分别为(60.04±9.19)、(59.21±9.98)岁.与CD55 rs2564978 TT基因型携带者相比,CC基因型携带者患食管癌OR(95%CI)为1.94(1.42~2.66);不同性别分析显示,携带CC基因型的男、女性与食管癌发病的OR(95%CI)分别为1.92(1.37~2.70)、2.34(1.04~5.27);不同年龄组中,≤60、>60岁CC基因型携带者与食管癌发病的OR(95%CI)分别为1.79(1.19~2.68)、2.32(1.41~3.83).同时,在调整了其他变量后,饮酒、不饮酒的CC基因型携带者与食管癌发病的OR(95%CI)分别为1.93(1.03~3.63)、1.95(1.36~2.80).吸烟状况分层分析显示,与CD55 rs2564978 TT基因型相比,CC基因型中的非吸烟人群、累计吸烟量≤30包/年、累计吸烟量>30包/年的人群食管癌发病的OR(95%CI)分别为1.79(1.13~2.83)、1.86(1.31~2.64)和2.67(1.28~5.57).吸烟和CD55 rs2564978通过交互作用影响食管癌发病风险(P=0.001).结论 CD55启动子区rs2564978遗传变异可能与食管癌发病相关.
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ALI/ARDS易感基因多态性研究进展
急性肺损伤(acute lung in jury,ALI)是临床常见危重急症,由多种肺外致病危险因子导致的以血管通透性增加为主要临床表现的肺部炎症综合征.急性呼吸窘迫综合症(acute respiratory distress syndrome,ARDS)是ALI的严重病理过程.在美国,每年约有19万人患ALI/ARDS,死亡率高达35％[1].引起ALI/ARDS的原因很多,包括直接因素如淹溺、毒性或腐蚀性物质的吸入、肺损伤及各种病原微生物引起的肺炎等;间接因素如败血症、多发性创伤、烧伤、输血、急性胰腺炎及一些药物毒性反应等［2,3］.
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P2Y12基因T744C单核苷酸多态性与中国北方汉族冠心病人群氯吡格雷抵抗的关联研究
目的 探讨P2Y12基因T744C单核苷酸多态位点与中国北方汉族冠心病人群氯吡格雷抵抗(Clopidogrel Resistance,CR)的相关关系.方法 采用聚合酶链反应-重测序法对经冠脉造影证实的615例冠心病(coronary artery disease,CAD)患者进行血小板聚集率检测,根据血小板聚集率结果 分别分为氯吡格雷抵抗组(Clopidogrel Resistance,CR)和非氯吡格雷抵抗组(None-C1opidogrel Resistance,NCR),氯吡格雷抵抗定义为5μmoL/L ADP诱导的血小板聚集率大于70%,分析P2Y12基因T744C多态位点在两组间的基因型和等位基因分布情况.结果 P2Y12基因T744C多态位点三种基因型(TT、C/T、CC)在氯吡格雷抵抗组与非抵抗组的分布频率分别为63.69%,34.93%和1.38%,62.05%,35.18%和2.77%,三种基因型在两组间的分布差异分布不具有统计学意义(P=0.622).P2Y12基因T744C多态位点在两组间的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律.Logistic回归校正了性别、年龄、体重指数、吸烟、高血压、高脂血症、糖尿病等冠心病易患因素后,P2Y12基因T744C单核苷酸多态仍与氯吡格雷抵抗的发生无相关关系(P＞0.05).结论 P2Y12基因T744C单核苷酸多态与中国北方汉族冠心病人群氯吡格雷抵抗发生无相关关系.
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东北地区汉族人群DNA修复基因XPD单核苷酸多态性与胃癌的相关性
目的: 研究核苷酸切除修复基因XPD单核苷酸多态性与东北地区汉族人群胃癌风险倒叵?方法: 以聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析了238例胃癌患者标本XPD基因Asp312Asn和Lys751Gln多态性,比较不同基因型与胃癌风险的关系.结果: Lys751Gln多态在胃癌患者中的分布和正常对照组差异不显著,与胃癌风险无关.胃癌患者中Asp/Asn和Asn/Asn基因型频率明显高于正常对照组(P=0.041);与携带312 Asp/Asp基因型者比较,携带至少1个312 Asn等位基因者(即Asp/Asn和Asn/Asn基因型)罹患胃癌的风险增加1.901倍(95%CI:1.119-3.229).结论: XPD基因Asp312Asn多态是东北地区汉族人群胃癌传易感因素.
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APE1 D148E、PARP1 V762A、XRCC1 R399Q的多态性与结直肠癌的易患性
目的:探讨APE1 D148E、PARP1 V762A及XRCC1 R399Q的碱基切除修复基因单核苷酸多态位点对结直肠癌发病风险的修饰作用.方法:选取158例健康对照与123例原发性结直肠癌患者,提取外周血基因组DNA,用基质辅助激光解吸电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱技术对SNP位点进行基因分型,在各混杂因素配比下,采用X2检验比较病例组与对照组中各SNP的基因型分布差异以及多SNP的联合基因型分布差异,从而分析他们对结直肠癌风险的修饰程度OR值.结果:3个SNP在本研究中均符合Hardy-Weinberg平衡,其中只有XRCC1 R399Q的GA/AA变异(V)型与结直肠癌发病有正相关性,OR值为1.633(95%CI:1.011-2.640.P=0.045);而APE1 D148E、PARP1 V762A的SNP变异单独对结直肠癌风险未见明显影响(P>0.05).联合基因型在两组比较显示,携带APE1(V)-PARP1(W)-XRCC1(V)者,结直肠癌发病风险是其他联合基因型携带者的2.604倍(95%CI:1.066-6.361,P=0.031);而其他联合基因型对结直肠癌风险的修饰作用则不明显.结论:XRCC1 rs25487的GA/AA变异型是结直肠癌的危险因素;BER和SNP存在交互作用;携带联合基因型APE1(V)-PARP1(W)-XRCC1(V)者患结直肠癌的风险可能较高.
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结肠癌组织中CASP9的表达及其多态性
目的:探讨CASP9基因在结肠癌中的表达及其SNP多态位点在结肠癌患者和正常人中的分布情况.方法:应用RT-PCR方法检测170例结肠癌患者及对应癌旁正常组织中CASP9的表达情况;应用限制性片段长度多态性技术结合测序,分析结肠癌患者及100例正常人CPSP9基因2个SNP位点基因型;应用列联表法统计分析患者组和对照组各SNP位点基因型及等位基因频率.结果:47％(80/170)的结肠癌组织CASP9基因表达明显下调,与癌旁正常组织相比差异有统计学意义(P<0.05).位于CASP9基因第5外显子的SNP位点rs1052576的基因型频率和等位基因频率在两组人群中的分布差异有统计学意义;患者组G等位基因频率明显高于对照组(x2=9.99,P=0.001);基因型频率的分布与结肠癌的组织分化程度有关(x2=15.8,P=0.003).结论:CASP9基因在结肠癌中低表达,rs1052576多态位点G等位基因和结肠癌的发生相关.
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胃癌组织中caspase 9的表达及其多态性变化
目的:探讨胃癌中caspase 9基因的表达及其单核苷酸多态位点的分布.方法:应用Western-blot方法检测70例胃癌患者及对应癌旁正常组织中caspase 9的表达情况.应用限制性片段长度多态性技术结合测序,分析70例胃患者及100例正常人caspase 9基因rs1052576位点基因型.应用列联表法统计分析患者组和对照组SNP位点基因型及等位基因频率.结果:51.4%(36/70)的胃癌组织caspase 9基因表达明显下调,与癌旁正常组织相比差异有统计学意义(P＜0.05).位于caspase 9基因第5外显子的SNP位点rs1052576的基因型频率和等位基因频率在两组人群中的分布差异有统计学意义.患者组G等位基因频率明显高于对照组(22.9% vs 13.0%,P＜0.05),AG基因型频率在有淋巴结转移的患者中明显高于无淋巴结转移的患者(P＜0.05).结论:caspase 9基因在胃癌中低表达,rs1052576多态位点G等位基因和胃癌的发生相关,AG基因型和淋巴结转移有关.
关键词： 胃癌 Caspase 9 单核苷酸多态 限制性片段长度多态性技术 -
关联性研究中的单体型分析
对人类基因组上的连锁不平衡的了解将会对我们进行复杂性疾病的基因定位研究产生巨大的影响,目前研究多人群中的单体型结构的HapMap计划正在进行中.本文综述了连锁不平衡和单体型的概念,并探讨了其在关联性研究中的重要应用.
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IC53基因多态性与脑卒中的关系
目的:研究我们实验室从人主动脉cDNA文库克隆的新基因IC53单核苷酸多态与脑卒中的关系.方法:利用序列测定方法对IC53基因在基因组水平对96例正常人及96例脑卒中病人进行小规模SNP筛选的结果为基础,确定IC53基因Exon14终止密码子下游第213个碱基的10586位点作为大规模筛查的对象,应用PCR-RFLP方法对1461例脑卒中患者(脑卒中患者按照CT诊断标准又分为血栓性脑梗塞、腔隙性脑梗塞和高血压性脑出血三组)和1056例非脑卒中患者(即对照组,入选标准为年龄差别不超过5岁未患脑卒中的健康人或医院内其他与脑血管疾病无关的其他病人)进行比较.结果:统计分析结果显示,脑卒中组三组病人中仅血栓性脑梗塞组与对照组之间基因型频率有显著性差异(P＜0.05见表),TT基因型比CT基因型、CC基因型具有更高的致病危险,CT基因型的OR值为1.361(95%CI 1.029-1.800)、TT型为1.553(95%CI 1.056-2.085).同时,血栓性脑梗塞组分别与腔隙性脑梗塞,高血压性脑出血组基因型频率有显著性差异(P＜0.05).结论:提示IC 53基因10586位点多态性可能与血栓性脑梗塞病有关,TT基因型增加了血栓性脑梗塞的发生.
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SNP与遗传流行病学的发展
在本篇综述中,我们对现今单核苷酸多态(SNP)研究所蕴之动机进行了分析.许多此方面的研究都是建立于大样本、群体水平之上的,在此,着重探讨它在遗传流行病研究中的应用.首先回顾遗传性多态用于减数分裂绘图分析疾病易感基因的历史,继而讨论SNP的一些独特之处,以及它在人群研究中的利弊.以下就SNP技术在六方面的应用作一描述和评价.
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酪氨酸激酶基因单核苷酸多态与2型糖尿病关系的研究
目的 通过对酪氨酸激酶(TEK)基因进行单核苷酸多态(SNP)的检测,并对该基因外显子的SNP进行基因分型,研究TEK基因与2型糖尿病(T2DM)的相关性. 方法 使用PCR方法对TEK基因的外显子及临近的内含子进行测序以确定该基因的SNP,对外显子的高频SNP,在华东地区汉族T2DM人群与正常人群中进行基因分型.结果 共发现TEK基因有23个SNP,高频19个,低频4个.其中TEK E14(A775A)、TEK E23/129两个SNP在T2DM人群与正常人群中差异有统计学意义(P＜0.05).结论 TEK基因SNP可能与华东地区T2DM的发病有关.
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SOCS3基因多态性与新疆维吾尔族人糖代谢异常的相关性研究
目的：研究SOCS3基因多态性与新疆维吾尔族人群糖代谢异常的关系。
方法：将研究对象新疆和田地区维吾尔族居民1232人根据其不同血糖水平分为2型糖尿病患者252例（2型糖尿病组），糖尿病前期患者451例（糖尿病前期组）和血糖正常者529例（正常对照组）。在HapMap数据库中挑选了三种SOCS3基因的标签单核苷酸多态（rs 12953258，rs 4969168，rs 9914220），分析其在糖尿病前期组，2型糖尿病组和正常对照组的基因型和等位基因的频率分布及与维吾尔族人群糖代谢异常的相关性。 -
中国汉族人群中NEURL基因和TBX5基因变异与心房颤动的关联研究
目的：近一项联合基因关联研究、基因表达数量分析性状定位分析技术（cis-eQTL）以及生物功能学方法的研究在欧洲和日本人群中证实了6个单核苷酸多态是心房颤动的易感位点。另外，近年来多项研究表明与Brugada综合征或PR间期相关的多态性位点与心房颤动也有相关性。本研究旨在探讨这些位点与我国汉族人群心房颤动的相关性。
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中国汉族人群PITX2基因多态性与心房颤动的关联研究
目的：近年来，全基因组关联研究已经明确几个变异基因与心房颤动相关，其中包括靠近染色体4q25的变异基因PITX2，其编码的同源结构域转录因子2，是一种在心脏和左右不对称发育的形成中起重要作用的转录因子。我们的研究旨在探索在中国汉族人群中PITX2基因上单核苷酸多态与心房颤动的相关性。
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-1195G》A多态对胰腺癌细胞COX-2基因启动子转录活性的影响
目的 观察-1195G>A单核苷酸多态对胰腺癌细胞中COX-2基因启动子转录活性的影响.方法 采用PCR-RFLP对COX-2基因-1195位点各基因型进行分型;构建COX-2基因启动子区pA-1195和pG-1195荧光素酶报告基因表达质粒;转染胰腺癌细胞系Asp-1;采用双荧光素酶报告基因方法,检测-1195AA和-1195GG基因型对报告基因表达的影响.结果 与含-1195GG基因型的COX-2启动子相比,含-1195AA基因型的COX-2启动子,在胰腺癌细胞Aspc-1具有较高的报告基因表达水平.重组质粒pA1195驱动的报告基因表达水平为pG1195驱动的报告基因表达水平的17.83倍.结论 COX-2基因启动子区的-1195G>A单核苷酸多态-1195位点G→A改变明显增加胰腺癌细胞COX-2基因启动子的转录活性.
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单核苷酸多态与乳腺癌治疗反应相关研究进展
单核苷酸多态(SNP)指基因组DNA序列中频率大于1%的单核苷酸变异.这种变异有时导致其编码不同的蛋白从而引起生物学特征的变化,在乳腺癌的治疗上表现为不同患者出现不同的治疗反应和毒性.研究不同基因的SNP与乳腺癌治疗反应的相关性可以为实现乳腺癌个体化治疗提供坚实的理论基础.
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单核苷酸多态与乳腺癌患者的预后
单核苷酸基因多态(SNP)是指在基因组DNA序列中频率大于1%的单个核苷酸的变异.这种基因组DNA的微小变化(基因型)有时导致其编码的蛋白质结构和功能发生改变.在乳腺癌患者中,不同SNP基因型患者经过治疗后的预后不同.通过研究发现与乳腺癌患者预后密切相关的SNP,有助于实现治疗和随访的个体化,并为临床治疗决策提供重要的依据.
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ERCC2/XPD基因312位点单核苷酸多态与肺癌发病关联的Meta分析
目的 核苷酸切除修复交叉互补基因2/人类着色性干皮病基因D(excision repair cross complementation group2/Dxeroderma pigmentosum group D,ERCC2/XPD)单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)与肺癌发病相关联.本研究通过对近15年间发表的相关文献进行Meta分析,评价ERCC2/XPD Asp312Asn位点SNP与肺癌发病的关联.方法 检索2000-01-2014-05年PubMed、中国知网(CNKI)、维普资讯网(cqVIP)和万方全文数据库中关于ERCC2/XPD基因312位点SNP与肺癌发病关联的病例对照研究.按拟定的入选标准和排除标准进行筛选,提取符合纳入标准文献的相关数据,采用RevMan 4.2软件计算合并相对危险度(OR值)及其95％可信区间(95％CI),同时绘制漏斗图,估计发表偏倚的影响.结果 共纳入国内外文献20篇,累计病例组7 525例,对照组8 570例.Asp/Asn versusAsp/Asp异质性检验结果显示,x2=19.97,P=0.40.采用固定效应模型分析,合并OR=1.02,95％CI为0.94～1.10,P=0.65.Asn/Asn versus Asp/Asp异质性检验结果显示,x2=20.99,P=0.28.采用固定效应模型分析,合并OR=1.22,95％CI为1.07～1.40,P=0.004.根据种族分组后,结果显示,无论在高加索人群,还是亚洲人群中携带Asn/Asn基因型个体与肺癌发病升高均有关,差异有统计学意义,P＜0.05.结论 ERCC2/XPD基因312位点多态与肺癌发病风险相关联,携带312位点Asn/Asn基因型的个体,其肺癌发病风险显著高于携带Asp/Asp基因型的个体,按种族进行分层分析后,此关联仍然存在.
