首页 > 文献资料
-
CREBBP基因突变所致Rubinstein-Taybi综合征1例
目的 分析1例Rubinstein-Taybi综合征的临床及遗传学特点. 方法 对惠州第一妇幼保健院疑似Rubinstein-Taybi综合征病例进行临床分析,同时提取先证者DNA进行全外显子组测序,筛选致病突变位点,用Sanger测序对突变位点进行验证. 结果 在患儿的16号染色体CREBBP基因上存在1个杂合突变位点c.5790delC,这个位点的缺失造成了蛋白质翻译的提前终止.该位点在其父母中均未发生突变,为de novo突变. 结论 全外显子组测序结合Sanger测序发现CREBBP基因的c.5790delC位点为引起该Rubinstein-Taybi综合征的突变位点.
-
全外显子组测序发现中国Joubert综合征家系C5orf42基因的新突变
目的 探究一个中国Joubert综合征家系的致病基因及位点. 方法 对该Joubert综合征家系的先证者进行全外显子组测序,按照ACMG 解读规则筛选致病性变异位点,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger 测序进行验证,并在其他家庭成员及192例健康对照者中进行测序验证. 结果 在先证者的5号染色体的C5orf42基因上存在2个杂合突变位点,分别为c.3676C>T,p.R1226X以及c.8310_8311insT,p.L2770fsX5,这两个位点在家系中符合遗传共分离规律. 结论 全外显子组测序结合Sanger测序发现C5orf42基因的c.3676C>T,p.R1226X以及c.8310_8311insT,p.L2770fsX5位点为引起该Joubert综合征家系临床病变的突变位点.
关键词： Joubert综合征 C5orf42 全外显子组测序 小脑蚓部发育不全 -
全外显子组测序发现CSPP1所致Joubert综合征1例
目的:探讨一个中国Joubert综合征家系的致病基因及位点.方法:对该Joubert综合征家系的先证者进行全外显子组测序,通过与已知数据库的比对分析,找到候选的致病基因及位点,利用聚合酶链式反应(PCR)和Sanger测序进行验证.结果:在先证者的8号染色体CSPP1基因上存在2个杂合突变位点,分别为c.1132C＞T,p.R378X以及c.2244_2245delAA,p.E750GfsX30.这两个位点在家系中符合遗传共分离规律.结论:全外显子组测序结合Sanger测序发现CSPP1基因的c.1132C＞T,p.R378X以及c.2244_2245delAA p.E750fsX30位点为引起该Joubert综合征家系临床病变的突变位点,这是国内首次报道的由CSPP1基因突变导致的Joubert综合征病例.
关键词： Joubert综合征 CSPP1 全外显子组测序 小脑蚓部发育不良 纤毛相关疾病 -
循环游离DNA检测用血量的改进及其临床应用
目的 从少量肿瘤患者血液中提取循环游离DNA (cfDNA)并检测其与肿瘤相关的基因突变.方法 选用8例肿瘤患者血常规项目检测完成后剩余的EDTA抗凝全血,采用优化双离心法得到少量血浆并检测cfDNA浓度,对在检测范围内的标本进行建库和靶向外显子捕获,采用Agilent 2100 bioanalyzer进行构建文库的质量检测,随后采用HiSeq 3000 SequencingSystem进行测序,对测序结果进行质量检测(GC Bias检测、Quality by Cycle检测和Insert Size检测),随后进行突变分析.结果 通过优化双离心法可以从2mL血常规检测剩余血液中提取血浆,在这小于1mL的少量血浆中可以提取到浓度合格的cfDNA(11.2 ～58.3ng/μL),构建文库及测序结果均质量合格,并成功检测到cfDNA中肿瘤相关的的基因突变.结论 可以从肿瘤患者血常规检测项目完成后的剩余血液中检测到cfDNA中的基因突变,大大方便了液体活检在肿瘤患者既往留存的血液标本和患者预后随访留取的血液样本中的应用,可以更好对肿瘤患者的基因谱变化进行动态监测及评估.
-
全外显子组测序在肺癌的发病机制研究和诊治中的临床意义
全外显子组测序(WES)是利用序列捕获技术将全外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因分析方法.外显子组测序较全基因组序列测序更简便、经济和高效,其目标区域覆盖度也更高,便于变异检测.外显子组测序技术已经应用到寻找与各种复杂疾病相关的致病基因和易感基因的研究中.肺癌是常见的恶性肿瘤之一,基于国内外对全外显子测序在肺癌中的研究成果,现就全外显子测序在肺癌的诊治以及肺癌的发生机制的研究进行综述.
-
应用转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤中基因表达与突变的差异
目的 探讨通过转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤的差异.方法 多形性胶质母细胞瘤(GBM)数据下载自TCGA项目.将样本分为2组,不高于60岁的样本为中低年龄组,共78例;高于60岁的样本为高年龄组,共76例.使用R语言DESeq2软件包对RNA-seq原始基因水平的reads数目数据进行差异表达分析.使用Cytoscape插件ClueGO进行不同年龄组别差异表达基因功能富集分析.结果 GBM致病基因在两组之间大部分基因表达趋势一致,但存在差异基因.在中低龄组中差异基因主要和神经前体细胞增殖相关,而高年龄组偏重于代谢方面.在两组中高突变的基因有很多重叠.样本突变率不同的基因主要为中低年龄组特有,且具有高样本突变率的基因.结论 中低年龄组和高龄组GBM患者在基因表达和基因突变上存在明显差异.
-
全外显子组测序证实家族性肺动脉高压骨形成蛋白受体2基因新突变的研究
目的:探讨一个中国汉族肺动脉高压(PAH)家系的致病基因及其位点.方法:对该PAH家系中的2例PAH患者与2名正常者作对照进行全外显子组测序,利用生物信息学分析和组间比较,筛选出患者特有的变异,并对筛选出的变异使用Sanger测序法验证,同时在100名健康志愿者中进行测序验证.结果:共纳入该家系成员8例,有2位已确诊为PAH,其中男性1例(先证者),女性1例,为母子关系.先证者表现为活动后胸闷、气喘,右心导管测量肺动脉平均压77 mmHg(1 mmHg=0.133 kPa),心输出量4.92 L/min,肺小动脉阻力13.4 Wood units.本家系中母子患病符合常染色体显性遗传模式特征.经外显子组测序、数据分析和Sanger测序验证后发现骨形成蛋白受体2(BMPR2)基因6号外显子747位点发生插入杂合突变(c.747_748insCCTTTG ATGGAACATGA:p.V250fs).另外,在100名健康志愿者中,Sanger测序没有发现该位点杂合突变.结论:发现了BMPR2基因的一个新的突变位点,扩大了BMPR2致病基因位点谱.
-
Kartagener综合征合并分泌性中耳炎患者的基因诊断
目的：应用基因筛查技术进行kartagener综合征合并慢性分泌性中耳炎患者的基因诊断。方法将2010年1月至2013年12月就诊于解放军总医院耳鼻咽喉头颈外科的8例kartagener综合征合并慢性分泌性中耳炎患者作为研究对象。采集病史、绘制家系图，进行纯音测听、声导纳检查；应用sanger测序进行热点基因筛查，并对1例患者及其父母应用全外显子组测序进行基因筛查，应用Pomol软件对候选基因编码蛋白进行3D-蛋白结构模拟。结果8例患者均伴有慢性分泌性中耳炎。应用sanger测序进行热点基因筛查的患者，均未发现所筛查位点基因突变；应用全外显子组测序的1例患者发现c.8030G＞A(p. R2677Q)突变，位于基因DNAH5。结论慢性分泌性中耳炎患者应考虑kartagener综合征的可能性，以免漏诊误诊，基因筛查为该病提供了分子遗传学诊断证据。
-
外显子组测序一个常染色体显性遗传非综合征型聋家系致病基因ACTG1
目的分析一个遗传性非综合征型耳聋家系的临床听力学特征，应用全外显子组测序技术鉴定该家系的致聋基因。方法通过家系调查，对一个感音神经性聋家系进行临床资料的收集、整理及临床听力学和遗传学特征分析，对家系成员进行调查并绘制系谱图。对2名患病的家系成员进行全外显子组测序确定候选基因，对所有家系成员进行候选基因突变的Sanger测序验证。结果该耳聋家系遗传方式为常染色体显性遗传，患者表现为迟发性、渐进性、早期以高频下降为主的听力损失，全外显子组测序提示已知耳聋基因ACTG1第4外显子存在c.364A>G杂合突变，并引起编码蛋白p.I122V的改变，该位点在多物种之间保守，Sanger测序确认该位点突变与此家系耳聋表型共分离。ACTG1编码的γ-肌动蛋白I122位点的改变可能破坏肌动蛋白纤维的组装，从而影响内耳毛细胞的静纤毛结构和功能。结论该耳聋家系为常染色体显性遗传方式，已知耳聋基因ACTG1第4外显子c.364A>G（p.I122V）突变为该耳聋家系的致病原因。
-
利用全外显子组测序法筛选Leber先天性黑矇一家系候选致病基因的实验研究
目的 利用全外显子组测序法筛选Leber先天性黑矇(LCA)一个家系的候选致病基因,为补充或验证LCA致病基因的研究奠定基础.方法 采用横断面研究方法 .收集一个在深圳市眼科医院就诊的中国汉族LCA家系的临床资料.详细询问并记录全部家系成员的疾病史、家族史及婚育史,并对全部家系成员进行全面的身体检查.其中,眼部检查项目包括视力、眼位、眼压、验光、眼球运动情况、眼前段、眼底照相、光学相干断层扫描及视网膜电图检查等.提取先证者、另外1例患者及其父母的静脉血基因组DNA,采用磁珠提取法对DNA进行提纯.使用高通量测序平台对质量检测通过的DNA文库进行测序.在进行生物信息学分析时,对采集的数据行标准信息分析流程处理,同时对数据进行质控检测.采用GATK基因组分析网络工具库检索单核苷酸多态性位点和缺失标记位点的数量.测序结果 经生物信息学分析工具SeattleSeq Annotation138注释后,与人类HAPMAP、dbSNP138、Exome Sequencing Project及Exome Aggregation Consortium数据库进行比对.过滤掉已报道的常见变异后,再过滤掉位于非编码区的变异和同义突变,并进一步筛选出该LCA家系的候选致病基因.结果 该家系成员共有3代16人.其中,3名LCA患者均为第Ⅱ代成员,第Ⅰ代及第Ⅲ代成员均无发病者,符合常染色体隐性遗传规律.经测序及分析后,得到17个LCA的候选致病基因,分别为ACTN1、C1QTNF3、FAN1、MMP28、MYO9B、NAV1、NUP62、PHLDB3、PRDM12、SLC24A4、ST3GAL3、TCIRG1、TP53、USP54、YIF1B、ZDHHC17及ZNF107.这些基因均与目前已报道的24个LCA相关的致病基因不同.结论 对该家系的DNA进行分析后,发现了17个新的LCA候选致病基因,可为进一步明确该家系LCA致病基因的研究奠定了基础.
关键词： Leber先天性黑矇 家系 全外显子组测序 候选致病基因 -
骨骼发育不良的分子遗传学研究进展
骨骼发育不良(SD)是一组以全身骨骼生长发育障碍为特征的遗传性骨骼系统疾病,其临床表型具有多样性和复杂性.分子诊断技术可帮助临床医师明确疾病的类型、病因和转归.全外显子组测序(WES)目前作为基因组学中被广泛应用的技术,在SD的致病突变和发病机制研究中取得了显著成果.本文就近3年来应用WES在SD领域的分子遗传学研究进展进行综述.
-
全外显子组测序技术检出Kallmann syndrome患者KAL1基因新突变
目的 分析Kallmann syndrome家系患者的分子遗传机制.方法 利用全外显子组测序技术对先证者进行测序分析,按照ACMG解读规则筛选致病性突变,Sanger测序对所有家系成员验证突变结果.结果 捕获且比对到目标区的碱基量为3418.98Mb,平均测序深度为77.66X,覆盖度为99.23％,共检出5056个变异,3174为罕见变异(RSV),KAL1基因c.1735_1736insT突变为疑似致病性突变,且满足家系共分离.结论 KAL1基因c.1735 1736insT框移突变为新的疑似致病性突变.
关键词： Kallmann syndrome KAL1 全外显子组测序 -
家族性发作性运动诱发性运动障碍的分子遗传学研究进展
发作性运动诱发性运动障碍(PKD)是静止状态下突然运动诱发的、反复发作的短暂性不自主运动为特征的一种发作性运动障碍疾病,以家族性PKD为常见.近年来,有学者采用全外显子组测序技术将家族性PKD的致病基因成功克隆,该基因位于16p11.2,基因产物为一种富含脯氨酸的跨膜蛋白2(PRRT2).该文就PKD家系的PRRT2基因定位、克隆、基因突变和PRRT2蛋白功能研究等进行综述.
-
全外显子组测序在遗传性乳腺癌易感基因发掘中的应用
遗传易感因素是诱发乳腺癌的重要原因之一.乳腺癌易感变异根据个体发病率可分为低外显率、中外显率和高外显率3种.传统方法 限制了中外显率和高外显率乳腺癌易感基因的发掘,而全外显子测序技术为乳腺癌易感基因的发掘提供了快速高效的方法.目前,利用全外显子组测序发现了一些此前未发现的乳腺癌易感基因,这些易感基因对遗传性乳腺癌发病的危险评估和发病机制的研究提供了有益指导.本文对遗传性乳腺癌的全外显子组测序研究进行综述,对试验设计、数据过滤策略、统计意义和关联分析进行讨论.
-
全外显子组测序技术及其在肺癌研究中的进展
全外显子组是人类全部外显子组区域的总称,全外显子组测序又称为定向外显子组捕获,可选择性地对人类基因组的编码区进行测序,以发现常见疾病相关的异常基因.因为全外显子组测序相比人类全基因组测序成本低、效率高,目前在疾病诊断中应用越来越多.本文主要对当前临床上全外显子组测序技术及其在肺癌研究中的应用等问题进行综述.
-
原发性免疫缺陷病分子诊断及新发原发性免疫缺陷病
原发性免疫缺陷病(PID)是免疫系统1个或多个要素缺陷所致的一类罕见病,大多数PID为单基因遗传病.由于遗传的多效性与异质性,明确的分子诊断对PID精准诊治非常重要.Sanger测序和下一代测序(NGS)是PID分子诊断的主要工具.前者是检测单个基因以及验证NGS结果的金标准.NGS越来越多地应用于临床,但对生物信息分析的要求较高.二者各有优势与不足,需合理结合、扬长避短,才能发挥优作用.PID分子诊断的4步法策略值得借鉴.另外,对NGS的临床应用和PID分子诊断发展的一些建议也值得学习.
-
应用全外显子组测序技术鉴定1个白化病家系致病基因HPS1
目的 采用全外显子组测序鉴定1个常染色体隐性遗传白化病家系患者的致病基因,探讨其发病机制.方法 采集先证者及其家系成员外周血并提取其基因组DNA,对先证者进行全基因外显子组测序,并结合序列变异生物信息学分析方法,鉴定其致病基因,利用Sanger测序对基因突变位点验证.结果 全外显子组测序结果显示,先证者HPS1基因存在由c.1276_1279dupGGAG(p.Asp427fs)移码突变和c.398+5G>A剪切位点变异组成的复合杂合突变,而其表型正常的父亲为c.1276_1279dupGGAG(p.Asp427fs)杂合突变,表型正常的母亲为c.398+5G>A杂合突变.结论 该白化病先证者由HPS1基因c.1276_1279dupGGAG和c.398+5G>A复合杂合突变导致,此患者被诊断为Hermansky-Pudlak综合征1型.外显子测序技术可以快速准确地筛查白化病候选基因,并明确其具体临床亚型,有利于临床医师积极干预患者潜在并发症以及改善患者生存质量.
-
椎体软骨发育不良伴免疫调节异常1例基因诊断及文献复习
目的：探讨1例罕见的矮小症伴多系统异常病例的临床和实验室诊断。方法采用全外显子组测序技术，结合高通量数据分析流程进行基因检测，并采用Sanger测序进行验证。结果患儿，男，14岁，发现身材矮小5年余。身高132cm，有面部色素沉着斑点和甲癣。外翻足已手术矫正，因自身免疫性溶血性贫血长期口服泼尼松治疗。头颅CT示两侧基底节、两侧额叶及左侧顶叶多发性钙化。脊柱平片示胸腰椎椎体变扁。全外显子组测序结合Sanger测序验证，发现ACP5基因纯合致病突变（c.643G>?A, p.G215R），确诊为罕见的椎体软骨发育不良伴免疫调节异常（SPENCDI）。结论全外显子组测序是确诊疑难罕见病的有效方法之一。
-
CCDC39基因突变致原发性纤毛运动障碍1例及其遗传咨询和产前诊断
目的：探讨对原发性纤毛运动障碍（ PCD）患儿进行基因检测对指导优生优育的意义。方法对1例临床诊断Kartagener综合征并随访4年的患儿进行家系全外显子组测序（ WES），经高通量测序数据分析及临床诊断流程确定致病基因突变，根据基因诊断结果行针对性遗传咨询后对患儿母亲第2胎行羊水穿刺，分离羊水脱落细胞，提取基因组DNA并PCR 扩增羊水脱落细胞相应基因突变所在外显子，行直接Sanger测序。结果临床随访发现患儿肺功能较诊断时明显下降，胸部CT支气管扩张较前加重。WES患儿中检测到CCDC39基因c.1819A﹥A／T，p. K607X无义突变和c.24472448het delCA，p.T816Kfs*3移码突变，2个突变均为未报道的新突变，均经功能预测工具MutationTaster预测为致病突变，分析父母突变来源确定为复合杂合突变。同时结合患儿支气管黏膜活检电镜特征性的纤毛结构异常，认定该复合杂合突变为患儿的致病突变。患儿母亲第2胎羊水细胞CCDC39基因2个突变位点所在外显子的Sanger测序结果显示，胎儿携带母亲来源的移码突变，无父亲的无义突变，为单杂合突变携带者。结论采用WES检测有助于明确PCD患儿的遗传病因，在此基础上对患儿家庭行遗传咨询和产前基因诊断，可以指导优生优育。
-
基于单中心儿童样本库人群全外显子组数据的致病突变携带者分析
目的 通过对比公共数据库和复旦大学附属儿科医院分子诊断中心(复旦儿科)样本库全外显子组测序(WES)数据中已知儿童致病突变频率差异,推测中国人群隐性遗传致病基因携带者频率分布.方法 整理公共数据库(OMIM、ClinVar、HGMD)中常染色体隐性遗传病的致病基因和突变位点,计算复旦儿科样本库中的WES数据,基于公共数据库的致病基因的携带者频率.结果 从公共数据库分析中共得到1 368个常染色体隐性致病基因上的60 209个位点.在复旦儿科1 147例临床WES样本中,共筛出408个基因上的1 016个突变位点.比较复旦儿科、人类外显子组整合数据库(ExAC)东亚(4 312例)和欧洲人群(33 301例)突变位点的出现频率,3个人群中均发现了人群特有的突变位点,相比ExAC欧洲人群,复旦儿科人群中的突变位点出现频率与ExAC东亚人群更为相近.在携带者频率＞1％的基因中,复旦儿科和ExAC东亚人群相同的基因分别为70/81个(86.4％)和70/102个(68.6％);复旦儿科和ExAC欧洲人群相同的基因分别为37/81个(45.7％)和37/136个(27.2％).结论 通过与ExAC东亚和欧洲人群数据进行对比,中国人群中隐性致病基因及致病突变位点的携带者频率与ExAC东亚人群较为相似,与欧洲人群差异较大,建立针对中国人群特异性的常见遗传携带者突变位点筛查项目十分必要.
