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  • 2010-2011年深圳市宝安区诺如病毒的分子特征分析

    作者:张海龙;李苑;姚相杰;冼慧霞;杨洪;罗敏;何雅青

    目的 了解深圳市宝安区诺如病毒腹泻的分子流行病学特点.方法 采集深圳市宝安区2010年1月至2011年12月486例疑似病毒性腹泻患者粪便标本,使用商品化的GⅡ型诺如病毒荧光PCR试剂盒检测GⅡ型诺如病毒核酸.随机挑选若干GⅡ型诺如病毒阳性标本,用GⅡ型诺如病毒特异性引物COG2F/G2-SKR进行RT-PCR扩增,其他所有阴性标本用GⅠ型诺如病毒特异性引物GI-SKF/GI-SKR进行RT-PCR扩增.阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA 5.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 48份随机挑选的GⅡ型诺如病毒阳性标本中检出GⅡ.4/2006b型36株,GⅡ.4/2008型3株,GⅡ.5型9株;无诺如病毒GⅠ型检出.结论 GⅡ 型是2010年1月至2011年12月深圳市宝安区诺如病毒的主要型别,其中GⅡ.4/2006b是重要的流行株.

  • 2015年北京市房山区乙型Yamagata系流感病毒HA基因特性分析

    作者:阚震;刘海波;刘颖;史文凤;黄少平

    目的 了解北京市房山区2015年乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异情况.方法 选取2015年流感病原学监测中分离到的乙型Yamagata系毒株共13株,采用RT-PCR法扩增病毒HA基因片段后进行序列测定,与WHO推荐的疫苗株进行比对并构建进化树.采用MEGA6软件对测序结果进行分析.结果 2015年房山区乙型Yamagata系流感病毒HA1基因片段序列测定拼接后核苷酸长度为1059bp,编码氨基酸为353个,与2014-2015年的疫苗株B/Massachusetts/02/2012比较,13株毒株的氨基酸均在第123、131、165、180、187、196、211、217、244、313、327位点有变异;与2012-2013年的疫苗株B/Wisconsin/01/2010比较,13株毒株的氨基酸在第187、313、327均有变异.做进化树分析,房山区2015年分离到的乙型Yamagata系流感病毒与疫苗株B/Wisconsin/1/2010在同一个分支上,距离较近,与B/Massachusctts/2/2012不在一个分支上,距离较远.结论 2015年北京市房山区乙型Yamagata系流感病毒HA1基因在抗原决定簇区已发生变异,但疫苗株B/Wisconsin/01/2010有保护作用,应继续关注氨基酸的替换.

  • 两起GII.2型诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情的病原学分析

    作者:闫革彬;彭华;舒高林;李东迅;王维钧;徐代庆;严寒秋

    目的 调查2016年10月昌平区某两所幼儿园两起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,为疫情防控提供依据.方法 采集两所幼儿园各一起急性胃肠炎暴发疫情的病例和密切接触者粪便标本,采用实时荧光RT-PCR检测方法检测病毒核酸,抽取部分阳性标本采用一步法RT-PCR扩增诺如病毒衣壳蛋白区部分基因,将PCR产物双向测序,采用Bio Edit和MEGA 6.06软件进行序列比对和进化分析.结果 70份粪便标本中37份为诺如病毒GII组核酸阳性,检出率为52.86%;未检出GI组.13份阳性标本的测序结果经序列比对均为诺如病毒GII.2基因型.两所幼儿园疫情代表毒株同源性为99.6%,与2016年北京和江苏毒株(GenBank序列号KY421122和KY421121)同源性高.进化分析显示,两所幼儿园疫情代表毒株与诺如病毒GII.2基因型位于一个大的进化簇上,同中国的3株GII.2基因型毒株(GenBank序列号KY457736、KY421122、KY421121)亲缘关系近.结论 北京昌平区两所幼儿园出现的病毒性腹泻疫情的毒株为GII.2型,应加强日常监测与防控.

  • 辽宁省首株人腺病毒14型的分离与鉴定

    作者:张眉眉;于伟;孙海波;王璐璐;姚文清

    目的 研究从急性呼吸道感染(acute respiratory disease,ARD)患者咽拭样本中分离到的1株人腺病毒的基因型别.方法 从辽宁省沈阳市采集ARD患者咽拭样本,用细胞培养方法分离病毒,对引起HEP-2细胞病变(CPE)的病毒用人腺病毒属通用引物进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测,并对阳性PCR产物进行测序分析;对病毒六邻体基因(HEXON)进行测序并与GenBank中其他人腺病毒参考毒株序列进行比较;用Mega 3.1软件、以邻位相连法构建人腺病毒属HEXON基因遗传进化树.结果 从辽宁省沈阳市ARD患者咽拭样本中分离到1株病毒,人腺病毒属通用引物PCR检测阳性,阳性PCR产物测序结果与人腺病毒14型参考毒株序列完全一致;该腺病毒HEXON基因测序全长2838 bp,负责编码946个氨基酸,亦与人腺病毒14型参考毒株序列有100%的一致性;HEXON基因遗传进化树分析显示该腺病毒与人腺病毒14型参考毒株在系统发生树上处在同一进化分支上.结论 辽宁省沈阳市ARD患者咽拭中分离到的腺病毒为人腺病毒14型,GenBank收录号为KC825052.

  • 中国部分地区丙型肝炎病毒核心区基因分型的研究

    作者:蔡怡珊;黄金宝;郑大利

    [目的]了解中国部分地区丙型肝炎病毒的基因分型.[方法]采用HCV核心区的型特异性引物PCR检测并以基因序列系统进化树法对中国部分地区人群的HCV进行基因分型.[结果]在来自中国福建、山东、台湾等9个省、市的HCV-RNA阳性标本中共发现4种HCV基因型和6种HCV基因亚型,各型名称为:1b、2a、3b、6a、6n和6.其中1b型占29.7%(19/64);2a型占4.7%(3/64);3b型占28.1%(18/64);6a型占34.4%(22/64);6n型占1.6%(1/64);6型占1.6%(1/64).另从1名巴基斯坦藉入境人员血清标本中检出HCV 1a型.[结论]HCV核心区的型特异性引物PCR和基因序列系统进化树法可较好地对HCV进行基因分型,中国与相邻的东南亚国家或地区一样存在着HCV基因多样性.

  • 2012-2015年北京市西城区单核细胞增生李斯特菌多位点序列分型及耐药研究

    作者:霍哲;王晨;徐俊;高波;曹玮

    目的 探讨单核细胞增生李斯特菌多位点序列分型(MLST)与耐药性的关联性,确定某些具有高致病性潜能的流行克隆株的存在.方法 采用Kirby-Bauer(K-B)纸片扩散法和E-test药敏试条法对14种抗生素进行药物敏感性试验,以MLST技术对50株菌株进行基因分型.结果 单核细胞增生李斯特菌耐药率为22.00%(11/50),并出现多重耐药株.50株单核细胞增生李斯特菌MLST分析共获得12个型别,以ST9和ST121为优势型别.结论 特定ST型别在食品生产过程中存在特定菌株之间的传递,人源性和食源性单核细胞增生李斯特菌中均发现耐药株,可能存在耐药基因的传递,应加强对具有潜在致病性的ST型别的监测力度.

  • 北京市西城区食源性与临床感染性单核细胞增生李斯特菌PFGE和MLST分型研究

    作者:霍哲;王晨;徐俊;高波;曹玮

    目的 研究北京市西城区食源性和临床感染性单核细胞增生李斯特菌(listeria monocytogenes,Lm)的脉冲场凝胶电泳(plused-field gel electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分型特征,分析两种分型方法的应用价值.方法 采用PFGE和MLST两种方法对2012-2015年50株食源性和临床感染性单核细胞增生李斯特菌进行分型研究.结果50株单核细胞增生李斯特菌PFGE分型得到23种型别,GX6A16.CN0004为优势带型.MLST分析获得12个型别,ST9为优势型别.其中5组数据是ST型别只对应一种PFGE型别,3种PFGE型别同时存在食源性和临床感染性单核细胞增生李斯特菌,并且其ST型别进化关系比较远.结论 北京市西城区不同来源单核细胞增生李斯特菌污染长期存在,出现致病型别,并且致病性单核细胞增生李斯特菌的遗传关系呈多元化.两种分子分型方法的结合,从基因水平上解释了单核细胞增生李斯特菌的变化趋势及流行特征.

  • 浙江省人感染H7N9禽流感病毒的基因组序列分析

    作者:陈寅;茅海燕;李榛;徐昌平;高见;冯燕;王欣莹;严菊英;张严峻

    目的 分析浙江省2013年4月初一例人感染甲型H7N9禽流感患者的病原学和基因组序列特征.方法 提取患者标本的病毒RNA并用荧光定量RT-PCR方法检测,一步法RT-PCR扩增H7N9禽流感病毒基因组的8个片段,测序并拼接出基因组序列.下载目前已经公布的H7N9禽流感病毒和其他H7、N9亚型的病毒的HA和NA序列,采用Mega 5.1软件对其进行序列比对并构建进化树.根据测序的结果分析该例H7N9禽流感病毒的序列变异情况.结果 该患者标本甲型流感、H7亚型和N9亚型均为阳性,通过扩增基因组各片段并进行测序.对血凝素和神经氨酸酶基因进行比对和进化树构建,结果显示该H7N9病毒HA基因与A/duck/Zhejiang/12/2011(H7N3)的亲缘关系近,NA基因与A/wild bird/Korea/A14/2011 (H7N9)的亲缘关系近.编码内部蛋白的6个基因均与中国大陆近两年的H9N2毒株为相似.该标本的病毒HA蛋白发生了Q226L突变,而与已经公布的人感染H7N9禽流感毒株均不一致的是PB2未发生E627K突变.结论 从该份临床标本完成了检测和基因组各片段的扩增与测序.该病毒与已报道的人感染H7N9禽流感病毒同源性高,存在Q226L等重要位点的突变,但PB2未发生E627K突变.

  • 全球历年人甲型流感病毒H3A1抗原的分子进化研究

    作者:张文形;姜庆五

    目的应用生物信息学数据库和工具,对现有的H3N2亚型人甲型流感病毒全球分离株的H3A1抗原序列进化规律进行分析研究.方法下载NCBI Genbank和流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒H3A1序列,首先用两步聚类法进行样本拆分,随后分类绘制出完整的进化树.结果人H3A1序列呈现出单一主干的进化趋势,随着时间的推移,进化树结构和进化模型相关参数均呈现出一定的变化规律,关键变异株的出现则无明显的地域分布特征.结论人流感病毒H3A1抗原的进化主要是病毒抗原漂移和人类免疫选择相互作用的结果,新变异株的出现并未出现明显的地域倾向性,中国华南地区不应当被认为是H3亚型新变异株的发源地.

  • 2013~2014年中国湖北省新甲型H1N1流感病毒鸡胚适应性突变分析

    作者:方斌;刘琳琳;叶国军;李翔;余晓;江永忠

    为了解湖北省流感监测网络中新甲型H1N1流感病毒鸡胚适应性突变的情况,本研究对3株湖北省新甲型H1N1流感病毒鸡胚株和对应细胞株进行HA、NA和MP蛋白进化树和基因进化速率分析,氨基酸突变位点、鸡胚适应性突变位点和三维建模分析.鸡胚株和对应细胞株在进化树分布和基因进化速率上的差异均呈现NA>HA>MP的特点,在3株鸡胚株中发现4个鸡胚适应性突变位点:HA蛋白为Q223R和V527I,NA蛋白为M19I和H275Y,其中Q223R突变会造成抗原表位Sb和Ca2相邻间的结构变化,H275Y为典型的神经氨酸酶耐药突变位点.结果表明鸡胚适应性突变会在湖北省流感监测网络的流感病毒鸡胚分离工作中发生,这些突变可能影响疫苗候选株的筛选和疫苗有效性,因此需加强流感监测网络中鸡胚适应性突变的监测工作.

  • 鹌鹑源H9N2亚型流感病毒的分离鉴定及其生物学特性研究

    作者:于杨;斯玮瑛;袁庄川;颜焰;周继勇

    本研究从人感染H7N9活禽交易市场的鹌鹑体内分离到1株H9N2亚型流感病毒并命名为A/Quail/Hangzhou/1/2013 (H9N2),并分析了该毒株的基因组特性及其对鸡的致病力.序列分析结果显示:基因组中HA、NS基因属于类CK/BJ/1/94分支,NA、NP、PA、PB1基因属于类SH/F/98分支,M和PB2属于类G1/97分支.关键氨基酸位点分析结果显示:HA的裂解位点为PSRSSR↓ GL,HA蛋白具有人样流感病毒受体结合位点Leu226,NA颈部出现63-65位氨基酸的缺失,M2蛋白Asn31和NS1蛋白Ser42、Ala149发生了突变.该毒株的IVPI为0.36.雏鸡感染性试验的结果显示:所有接种鸡在感染后的第3天从呼吸道和消化道都可检测到排毒,直至第11天停止排毒.同居感染动物于放入后的第2天达到排毒高峰,排毒率为100%,持续至第8天停止排毒.感染动物的病毒再分离结果显示:肺和气管的带毒时间可达5天,其他组织为3天.以上结果表明:该毒株是一株H9N2大陆流行谱系的低致病性禽流感病毒.本研究为H9N2亚型禽流感病毒的预防和监控提供了一定的理论依据.

  • HBV新亚型中C基因片段的B/C型结构分析

    作者:易青青;马磊;贾奇男;贺建峰

    乙型肝炎是严重威胁人类健康的疾病之一.分析乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)的进化过程,可以获得HBV序列间的亲疏进化关系,进而为乙型肝炎的预测、治疗等方面研究提供依据.为了研究乙肝病毒样本的基因亚型,本文使用序列分析方法对采集到的临床HBV序列和公共核酸数据库的HBV数据集进行系统进化树构建和序列结构分析.结果显示,样本中有一条克隆序列的C基因区域是一种新的HBV B/C混合亚型.并且,实验结果还验证了云南省西双版纳州HBV新亚型HBV/B6的存在.本文的实验结论对云南省少数民族聚居地区乙型肝炎病毒的系统进化研究具有一定的价值.

  • A/H7N9流感病毒神经氨酸酶进化分析

    作者:孙一桐;金能智;张海蓉;沈玉琳;马尧;彭天蜀

    世界卫生组织报道2013年在中国出现首例人感染H7N9流感病毒病例,这在我国一定的范围内造成了危害,引起了恐慌,因此利用生物信息技术对其进行研究显得十分必要.神经氨酸酶NA是流感病毒重要的抗原之一,也是抗流感药物的重要作用靶点.从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库下载A/ H7N9流感病毒NA基因核酸序列及其编码蛋白序列,利用MEGA5.0软件对核苷酸编码序列构建系统进化树,利用BioEdit软件进行比对,分别作核苷酸与氨基酸同源性计算,继而分析NA基因重要位点变异情况,结果显示H7N9流感病毒传播呈现一定的地域关系和时间关系,2013年流行的中国的毒株属于亚欧型,其NA茎区发生了比较明显的变异,这也许是该病毒感染人类的原因之一.这些分析结果对于研究H7N9流感病毒基因的进化关系和变异趋向具有重要的参考价值.

  • 2016年福建省人感染H7N9禽流感病毒全基因特征分析

    作者:黄婕莉;谢剑锋;赵琳;张炎华;林琦;翁育伟;郑奎城

    本文对2016年福建省7株人感染H7N9禽流感病毒的全基因序列进行分析,研究其遗传进化和基因特征,了解经历过3波流行后福建省人感染H7N9禽流感病毒分子特征变化.遗传进化分析结果显示:2016年福建省人感染H7N9禽流感病毒的HA、NA和M病毒表面基因均处在长三角进化簇中,而病毒的其他内部基因则分散在长三角和珠三角进化簇中.同源性分析结果显示:与疫苗株A/Anhui/1/2013 (H7N9)比较,2016年福建的7株毒株核苷酸和氨基酸同源性分别在95.2%和97.4%以上.关键氨基酸位点分析结果显示:HA受体结合关键氨基酸位点均发生G186V和Q226L变异;部分毒株具有毒力增强位点的改变,如PB2基因的L89V、E627K和Q591K,M1基因的N30D和T215A,NS1基因的P42S;病毒虽具有金刚烷胺耐药特征的M2基因S31N变异,但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点变异.以上结果表明:2016年福建7株人感染H7N9禽流感病毒的HA和NA片段源于长江三角洲的H7N9病毒,病毒具备对人的易感性,及时使用神经氨酸酶抑制剂是救治病例的关键.

  • 腺病毒7d基因型与7b基因型全基因组比较分析

    作者:任洛;付扬喜;郑首燕;王鹂鹂;倪科;王莉佳;臧娜;谢晓虹;邓昱;刘恩梅

    为了解重庆地区流行的7型腺病毒(Human adenovirus 7,HAdV-7)基因型型别,从全基因组水平探讨HAdV-7b和HAdV-7d可能的致病性差异,收集儿童急性下呼吸道感染患儿的呼吸道分泌物标本分离培养,提取DNA后进行HAdV-7基因型别鉴定、限制性酶切分析和全基因组测序,再利用MEGA6比较分析.本研究在2009年6月~2013年1月间共收集4334份急性下呼吸道感染患儿的鼻咽抽吸物标本,随机选取2411份进行病毒分离培养,共有164份(164/2411,6.8%)鼻咽抽吸物HAdV阳性,其中HAdV-7 87例.限制性酶切分析显示,随机挑选的3株HAdV-7分离株均为HAdV-7d.CQ1198株行全基因组测序并与其他HAdV-7全基因组构建进化树,结果发现16株中国地区的HAdV-7为HAdV-7d基因型,且上述16株HAdV-7与7d2的同源性为99.9%,与7b的同源性为98.2%.相较于ak40株(HAdV-7b),CQ1198共有49处核苷酸替换,其中20处可导致非同义替换;4处核苷酸插入,其中24 bp和18 bp 2个片段插入分别位于病毒相关RNAⅡ(Virus-associated RNAⅡ,VA RNAⅡ)和L3的pⅥ区域.HAdV-7可有多个基因型致病,且一直处于进化过程中,其主要流行基因型由HAdV-7b变为HAdV-7d.应加强对HAdV分子流行病学监测,明确其进化规律,为HAdV疫苗研发提供分子流行病学依据.

  • 星状病毒ORF2基因的克隆及进化树分析

    作者:钟家禹;朱冰;周荣;王长兵;肖密丝;龚四堂

    目的探讨广州地区儿童感染的星状病毒ORF2基因特点和基因类型.方法参考GenBank上的星状病毒1型ORF2基因设计了两对特异性引物,进行巢式PCR扩增出目标片段,克隆于T载体上,测定序列,用phylip3.65软件、NJ法构建进化树.结果星状病毒ORF2基因为2316bp,编码771个氨基酸,ClustalW同源性比较发现,Hastv-gz克隆与4型星状病毒氨基酸同源性为高(93%),与其它基因型的同源性为61%~70%.结论广州地区儿童腹泻感染的星状病毒Hastv-gz克隆ORF2基因序列为2316bp,Hastv-gz克隆与4型星状病毒同源性为93%,以phylip3.65软件、NJ法构建ORF2基因进化树中,Hastv-gz与4型星状病毒密切相关,确认Hastv-gz是4型星状病毒.

  • 浙江省宁波市2016年流行性腮腺炎病毒基因型特征分析

    作者:顾文珍;傅小红;焦素黎;马瑞;王蓉;李保军;陈懿;倪红霞

    目的 了解宁波市2016年流行性腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)基因型特征.方法 采用Vero/SLAM细胞分离MuV,对MuV毒株小疏水蛋白(Small hydrophobic protein,SH)基因进行逆转录-聚合酶链反应扩增和序列测定,与GenBank中参考株序列进行比较.结果 宁波市2016年共分离到5株MuV,均为F基因型,核苷酸及氨基酸之间同源性分别为95.07%和94.74%;与F基因型参考株Z77161同源性分别为96.42%-97.09%和94.74%-96.49%;与中国疫苗株S79同源性分别为80.66%-81.52%和73.68%-75.44%;与中国其他地区F基因型之间同源性分别为95.05%-97.42%和91.23%-96.49%.结论 2016年宁波地区MuV流行株均为F基因型,未发现SH基因变异.

  • 宫颈癌患者感染HPV16 E6基因突变分析

    作者:张文娟;张庆玲;亓云芳

    目的 分析宫颈癌患者感染HPV16癌基因E6的突变情况,为宫颈癌的防治提供科学指导.方法 选取2012-2014年2月经病理检查确诊为宫颈癌患者的宫颈癌组织作为样本,采用常规的蛋白酶K裂解、苯酚-氯仿抽提法提取HPV16的全基因组,对HPV16的全基因组和癌基因E6进行PCR扩增,对E6基因序列突变株进行测序分析,并进一步分析其进化发生学.结果 经基因序列对比发现,30份样本中有23份存在突变位点,占总样本数的76.67%,其余7份样本均未发现突变位点.在所有的突变位点中,错义突变位点有7个:176位点发生G→A的突变(1份,占3.33%);178位点发生的T→G的突变(13份,占43.33%);296位点发生T→G的突变(1份,占3.33%);350位点发生T→G的突变(6份,占20.00%);442位点发生A→C的突变(2份,占6.67%);443位点发生G→A突变(5份,16.67%);525位点发生G→A的突变(1份,占3.33%).而178位点发生的T→A突变(10.00%)和241位点T→G突变(6.67%)均为无义突变.选择HPV35型的E6基因序列作为外类群参考,引入HPV16变异体AF472508和AF472509,HPV16 E6基因的进化树分析结果显示非洲株单独构成分枝,本研究进行测序的样本中没有与三者位于同一分枝的,且样品T11和T19为Ep型变异体,而T01,03,05,07,08,10,12,14为As型变异体.结论 本研究成功找到了HPV16 E6基因的突变位点,并分析了其基因进化树,为宫颈癌的防治提供新的依据.

  • 中东呼吸综合征冠状病毒刺突蛋白特征分析

    作者:王国戗;王小方;汪磊;潘亚晶;张磊;仲华;张华丽;范艳茹;武艳伟

    目的 研究中东呼吸综合症病毒刺突蛋白的流行特点. 方法 从美国生物信息中心(NCBI)下载2012年以来流行的中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列,通过生物信息学手段(多序列比对和蛋白进化树)分析中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列的流行特征. 结果 1)2012年以来中东呼吸综合症病毒流行以来刺突蛋白氨基酸序列呈现出一定的地域性特点,其中来自法国的人源刺突蛋白序列之间的同源性为99.70%~100%,来自阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白序列之间的同源性为99.63%~100%,来自2014年阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白序列在同一进化树分枝上.2)来自沙特阿拉伯的人源刺突蛋白序列未表现出时间上的差异,2013、2014和2015年分离株刺突蛋白的同源性为99.63%~100%,但是来自沙特阿拉伯的刺突蛋白与来自法国和阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白区别明显;在进化树上,来自沙特阿拉伯的呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列并没有完全聚在相同的进化分枝上,而是分散在相对集中的不同分枝上.3)2014年3、5、6月来自美国的3条刺突蛋白序列之间的同源性为99.70%~99.85%低于和来自沙特阿拉伯的人源刺突蛋白之间的同源性(99.70%~100%).4)不同宿主间来源株的刺突蛋白序列之间无明显区别,其中单峰驼来源的刺突蛋白序列间的同源性为98.15%~100%,其与人源刺突蛋白序列之间的同源性为99.56%~100%,单峰驼源的刺突蛋白序列在进化树上分散在沙特阿拉伯人源刺突蛋白分枝上.5)英格兰分离株刺突蛋白之间的同源性为99.70%~99.93%,低于和分离较晚的几条源于沙特阿拉伯的人源刺突蛋白之间的同源性(100%),而与分离较早的来自沙特阿拉伯的刺突蛋白氨基酸序列(Seq36,Seq51)的同源性较低(99.78%~99.93%),且分散在不同的分枝上.6)来源于韩国分离株的一刺突蛋白与其他刺突蛋白之间的同源性高为99.78%,处于单独分支上.7)来自中国分离株的刺突蛋白序列与来自英格兰以及沙特阿拉伯部分人源刺突蛋白序列同源性为100%. 结论 地区间中东呼吸综合症病毒刺突蛋白的同源性很高,达98.15%~100%,说明刺突蛋白氨基酸序列非常保守.本次流行的中东呼吸综合症冠状病毒在同一地域内有多种不同的病毒株流行,多地可能同时存在中东呼吸综合症流行,也同时存在地区间输入性快速传播;同一地区不同年份病毒的刺突蛋白变异不明显,不同宿主间的病毒刺突蛋白序列无显著差别.

  • 中国广西登革3型病毒分离株基因组序列特征分析

    作者:陈柠;俞永新;徐宏山;刘欣玉;贾丽丽;董关木;李玉华

    目的 对我国广西登革3型病毒分离株桂登-1株(GD-1株)和桂登-11株(GD-11株)进行全基因组序列测定和分析,为了解其地理来源提供依据. 方法 根据GenBank提交的登革3型病毒基因序列设计9对引物,RT-PCR方法分段扩增GD-1和GD-11株基因序列,测序后进行拼接,得到其全基因组序列. 结果 两株病毒全长均为10 707 nt,与国际参考株H87株核苷酸同源性为96.0%,氨基酸同源性为98.8%.GD-1株和GD-11株间仅有4个氨基酸差异,二者与H87株分别存在39和41个氨基酸差异.对3'UTR二级结构进行预测,二者与H87株存在较大差异.根据E蛋白基因序列对两株病毒进行进化分析,GD-1和GD-11均属于亚型Ⅱ,与分离自泰国的两毒株进化关系较近. 结论 GD-1和GD-11均属于登革3型病毒亚型Ⅱ,二者可能是源自泰国的病原.

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