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北京市顺义区轮状病毒与诺如病毒腹泻病原特征分析
目的 了解北京市顺义区2013-2014年轮状病毒与诺如病毒腹泻的流行特征,为本区病毒性腹泻防控提供依据.方法 选择顺义区两家哨点监测医院,收集腹泻病例粪便标本259份.采用实时荧光PCR方法检测轮状病毒(A组)和诺如病毒.结果 轮状病毒(A组)检出率为10.03％,诺如病毒GⅠ型检出率为1.54％,诺如病毒GⅡ型检出率为16.98％.两种病毒阳性率在男女和各年龄组间差别无统计学意义.轮状病毒的检出分布在10月份到次年4月份;诺如病毒全年均有检出,诺如病毒GⅡ型高峰期出现在10、11月份,GⅠ型较少见,出现在2014年5-7月.结论 2013-2014年顺义区病毒性腹泻主要由轮状病毒(A组)和诺如病毒GⅡ型引起.
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2011-2015年北京市肠道门诊老年腹泻患者诺如病毒感染的流行特征分析
目的 分析北京市肠道门诊60岁及以上老年腹泻患者中诺如病毒感染的流行特征.方法 收集2011年3月-2015年12月北京市肠道门诊监测点上报的老年腹泻患者监测数据,并采集患者粪便样本,采用RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法对粪便样本进行诺如病毒核酸检测.应用卡方检验进行组间率的比较,采用系统聚类分析的方法分析不同地区检出率的差异.结果 2011年3月-2015年12月期间,共l 450例老年腹泻患者,其中诺如病毒检出率为15.45％(224/1 450).诺如病毒检出率高峰为秋冬季.地区分布显示,昌平区、怀柔区、东城区、西城区、顺义区、房山区、海淀区聚为一类,诺如病毒检出率较高.不同性别(x2=0.02,P=0.90)及年龄组间(x2=3.58,P=0.17)诺如病毒检出率差异均无统计学意义.结论 诺如病毒为我市肠道门诊老年人散发腹泻的重要病原,秋冬季节为高发季节.
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一起旅行团诺如病毒感染性腹泻暴发疫情调查
目的 对一起感染性腹泻暴发疫情的病原和危险因素进行调查分析.方法 根据病例定义进行主动搜索,利用回顾性队列研究寻找可疑餐次和可疑食物.采集病例和密切接触者粪便、肛拭子等标本进行诺如病毒核酸检测和肠道致病菌分离培养.结果 该旅行团共发现病例28例,流行曲线提示为点源暴露.共采集患者和密切接触者标本分别为12件和7件,经RT-PCR检测11名患者和2名密切接触者GⅡ组诺如病毒核酸检测阳性.对其中1份阳性标本进行测序,该病毒与2014年8月日本提交的GⅡ.17型AB983218和2014年12月中国台湾提交GⅡ.17型KJ156329毒株相似度达到98％.根据诺如病毒的潜伏期和病例的发病时间推测暴露时点为2月6日中餐和晚餐可能性大.应用回顾性队列研究结果显示2月6日晚餐中的深海鱼是危险食物(RR=6.25,95％CI:1.05～37.32).结论 该起疫情是旅行团外出引起的诺如病毒感染性腹泻的暴发,感染来源可能是在旅行期间食用了诺如病毒污染的深海鱼.
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四川省乐山市一起诺如病毒胃肠炎暴发的病原学特征分析
目的 明确四川省乐山市一起学校急性胃肠炎暴发疫情的病原及基因型别,并对其基因特征进行初步研究.方法 采集暴发病例的粪便标本3份、呕吐物标本3份和健康儿童的粪便标本6份,采用实时荧光RT-PCR检测诺如病毒基因,诺如病毒阳性标本采用传统RT-PCR扩增并进一步测序分型.结果 诺如病毒实时荧光RT-PCR结果显示6份病例标本均检出诺如病毒阳性,基因序列比对和进化分析结果显示,6份均为G□.2基因型.结论 该起急性胃肠炎暴发疫情由G□.2诺如病毒引起.
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2010-2011年深圳市宝安区诺如病毒的分子特征分析
目的 了解深圳市宝安区诺如病毒腹泻的分子流行病学特点.方法 采集深圳市宝安区2010年1月至2011年12月486例疑似病毒性腹泻患者粪便标本,使用商品化的GⅡ型诺如病毒荧光PCR试剂盒检测GⅡ型诺如病毒核酸.随机挑选若干GⅡ型诺如病毒阳性标本,用GⅡ型诺如病毒特异性引物COG2F/G2-SKR进行RT-PCR扩增,其他所有阴性标本用GⅠ型诺如病毒特异性引物GI-SKF/GI-SKR进行RT-PCR扩增.阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA 5.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 48份随机挑选的GⅡ型诺如病毒阳性标本中检出GⅡ.4/2006b型36株,GⅡ.4/2008型3株,GⅡ.5型9株；无诺如病毒GⅠ型检出.结论 GⅡ 型是2010年1月至2011年12月深圳市宝安区诺如病毒的主要型别,其中GⅡ.4/2006b是重要的流行株.
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2014年北京市某校连续三起诺如病毒疫情调查分析
目的 调查北京市某校连续三起诺如病毒疫情,为减少同类事件提供经验.方法 应用描述性分析方法,对三起疫情的调查结果进行分析.结果 2014年,北京市某小学2013级新生中连续发生三起诺如病毒疫情,罹患率分别为13.5％、10.56％及9.0％.随疫情起数增加,患儿就诊率下降(趋势x2=34.112,P＜0.001),且就诊患儿均未被诊断为法定报告传染病.造成三起疫情的诺如病毒基因型分别为GII.7型、GII.6型和GII.17型.结论 诺如病毒极易在集体单位内传播,扎实做好日常消毒和疫情报送工作,是预防及处置诺如疫情的关键措施.
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北京市市售牡蛎诺如病毒污染状况调查
目的 调查北京市市售牡蛎诺如病毒污染状况,并研究其分子特征.方法 2014年2月至2015年3月在北京市某水产市场摊位采集市售牡蛎样品56件,每件5只,共280只.取牡蛎的消化腺组织进行病毒富集,应用real-time RT-PCR方法检测样品的诺如病毒核酸.对阳性标本采用半巢式RT-PCR方法扩增诺如病毒衣壳蛋白区基因,PCR产物测序后采用BioEdit 7.0.9.0软件进行序列比对.采用MEGA 6.06软件构建进化树.结果 56件样品中,诺如病毒检出率为37.50％(21/56),其中GⅡ 组20件,GⅠ 和GⅡ 组混合1件.冬季诺如病毒检出率高(75.00％,15/20),其次为秋季(3/12)和春季(3/16),夏季未检出.6件GⅡ 组诺如病毒阳性样本测序成功,其中4件为GⅡ.17型、1件为GⅡ.3型、1件GⅡ.18和GⅡ.4 Sydney 2012型混合.结论 北京市市售牡蛎部分有诺如病毒污染,存在引起食源性疾病的风险.
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2016—2017年福建省腹泻儿童新型诺如病毒检测情况
目的 鉴定福建省2016—2017年导致儿童腹泻的新型诺如病毒,并分析其分子特征.方法 收集2016—2017年福建省病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便标本,共计892份.应用RT-PCR方法检测诺如病毒,对诺如病毒RNA聚合酶、衣壳蛋白片段进行序列测定和分子流行特征分析.结果 892份标本检出诺如病毒核酸阳性141份,其中GⅠ 型6份,GⅡ 型125份,GⅠ 和GⅡ 混合型10份.107份GⅡ 型诺如病毒标本成功测序.序列分析结果表明,主要型别为GⅡ.4型和GⅡ.3型,且检出多种新型诺如病毒,包括GⅡ.P17/GⅡ.17、GⅡ.P16/GⅡ.2和GⅡ.P16/GⅡ.4,毒株的核苷酸序列分别与2014年日本的Kawasaki323株、2016年日本的Kawasaki151毒株和2016年英国的NOR2565株高度同源.结论 福建省腹泻儿童检出多种新型诺如病毒,需密切关注其流行趋势.
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2014-2017年成都市成华区诺如病毒感染聚集性疫情流行病学特征分析
目的 了解成都市成华区2014-2017年诺如病毒感染聚集性疫情的流行病学特征及影响因素.方法 收集2014-2017年成都市成华区接报并调查处置的40起诺如病毒感染聚集性疫情资料.采用描述性流行病学方法分析疫情的流行病学特征;根据疫情平均涉及病例数(8例)将所有疫情分为2组(≤8例组和＞8例组),探讨疫情发生的影响因素.结果 40起诺如疫情共涉及病例数335例,春季(17起)、冬季(12起)为疫情高发季节;涉农地区报告疫情16起、非涉农地区报告24起;托幼机构报告疫情多(31起),其次为中小学(9起);疫情接报方式主要为学校和托幼机构报告(26起).发病病例中男性189例、女性146例;14岁及以下儿童325例,成年人10例;病例初次呕吐地点在学校者128例,在家者207例.非涉农辖区发生涉及病例数＞8例疫情的比例(82.4％,14/17)高于涉农区(17.6％,3/17),差异有统计学意义(x2=6.16,P=0.013);涉及病例数≤8例的疫情中,病例初次呕吐地点在家的比例(72.2％,130/180)高于学校和托幼机构(27.8％,50/180),差异有统计学意义(x2=17.93,P＜0.01).结论 春季和冬季为诺如病毒感染聚集性疫情高发季节,涉农辖区要加强疫情防控,学校和托幼机构应做好呕吐物消毒及个人防护.
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北京市东城区2013-2015年诺如病毒感染聚集性疫情流行病学特征分析
目的 对2013-2015年北京市东城区诺如病毒感染聚集性疫情的流行病学特征和病原学特征进行分析.方法 采取面对面问卷调查的方式,对2013年1月至2015年12月北京市东城区报告的诺如病毒感染聚集性疫情开展流行病学调查,描述性分析疫情流行病学特征;采集病例及环境标本进行诺如病毒实时荧光PCR检测和基因序列分析,掌握疫情病原学特征.结果 2013-2015年共报告20起聚集性疫情,每起疫情发病人数在8-78例之间,罹患率在6.3-61.5％之间.三年报告起数呈逐年递增趋势,34月和10-12月报告17起,占总起数的85.0％.疫情主要发生在小学、幼儿园、集体单位和医院病房.采集患者便标本、密接便标本和环境涂抹标本260份,检出诺如病毒GⅡ型核酸阳性122份,阳性率为46.9％.对14起疫情的阳性标本基因序列分析结果:GⅡ.17型6起,GⅡ.6型3起,GⅡ.4Sydney-2012型2起,GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.7型各1起.结论 2013-2015年北京市东城区诺如病毒聚集性疫情春季和秋冬季高发,应加强学校和托幼机构疫情的监测,加强集体单位食堂员工以及医院护理人员的监测与管理.
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南京市门诊腹泻患儿轮状病毒及诺如病毒的感染状况分析
目的 了解南京市门诊腹泻患儿轮状病毒及诺如病毒的感染状况.方法 收集2017年4月至2018年3月在南京市妇幼保健院门诊就诊的5岁以下疑似病毒性腹泻患儿粪便标本300份,进行轮状病毒及诺如病毒的检测,阳性标本通过普通RT-PCR扩增目的片段,测序得出进一步的型别信息.结果 在收集的300份标本中,共检出轮状病毒阳性标本66份,阳性率为22.0％.轮状病毒感染的高峰时间为2017年10月至2018年2月之间.轮状病毒分型结果显示,共检出4种型别的G/P组合,分别为:G1P[8]、G2P[4]、G3P[8]和G9P[8].VP7和VP4基因测序比对后发现,G1与G2毒株分别属于G1-Ⅰ亚型及G2-Ⅱ亚型,G3毒株大部分属于G3-Ⅰa亚型,另有2株属于G3-Ⅰb亚型,而G9毒株均属于G9-Ⅳ亚型;P[8]型毒株主要为P[8]-Ⅱb亚型,另有8株为P[8]-Ⅱa亚型及1株为P[8]-Ⅳ亚型,2株P[4]毒株属于P[4]-Ⅴb型.诺如病毒阳性标本31例,阳性率为10.3％,在2017年9月至12月间有一个小的高峰.进一步测序结果显示,共检出4种型别的诺如病毒,均为重组毒株,分别为:GⅡ.P16/GⅡ.2、GⅡ.P7/GⅡ.6、GⅡ.P12/GⅡ.3和GⅡ.Pe/GⅡ.4-Sydney2012.结论 南京地区门诊腹泻患儿中轮状病毒及诺如病毒是重要的病原体,其中轮状病毒以G9P[8]为主,诺如病毒以GⅡ.Pe/GⅡ.4-Sydney2012为主.
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北京市西城区2017年急性胃肠炎疫情流行特征与病原学分析
目的 分析北京市西城区2017年急性胃肠炎聚集性和暴发疫情的流行特征.方法 采用现场流行病学方法对每一起急性胃肠炎疫情进行调查,采集病例及相关人员便标本进行急性胃肠炎病毒检测.结果 2017年西城区共调查处置急性胃肠炎暴发疫情7起、聚集性疫情66起,累计病例788例,总罹患率为12.39％.疫情发生时间集中在春夏季的3月至6月,多发生在小学(68.49％)和幼儿园(28.77％).患者临床表现主要为呕吐(93.27％)和腹泻(30.46％).病例便标本急性胃肠炎病毒检出率为71.90％,以诺如病毒GⅡ型为主(90.76％).8起疫情密切接触者中有隐性感染者,6起疫情中食堂工作人员中有隐性感染者.结论 诺如病毒GⅡ型是引起北京市西城区急性胃肠炎聚集和暴发的主要病原体,疫情春夏季高发,小学为重点场所.加强食堂工作人员及隐性感染者的监测与管理对于疫情的防控非常必要.
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两起GII.2型诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情的病原学分析
目的 调查2016年10月昌平区某两所幼儿园两起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,为疫情防控提供依据.方法 采集两所幼儿园各一起急性胃肠炎暴发疫情的病例和密切接触者粪便标本,采用实时荧光RT-PCR检测方法检测病毒核酸,抽取部分阳性标本采用一步法RT-PCR扩增诺如病毒衣壳蛋白区部分基因,将PCR产物双向测序,采用Bio Edit和MEGA 6.06软件进行序列比对和进化分析.结果 70份粪便标本中37份为诺如病毒GII组核酸阳性,检出率为52.86％;未检出GI组.13份阳性标本的测序结果经序列比对均为诺如病毒GII.2基因型.两所幼儿园疫情代表毒株同源性为99.6％,与2016年北京和江苏毒株(GenBank序列号KY421122和KY421121)同源性高.进化分析显示,两所幼儿园疫情代表毒株与诺如病毒GII.2基因型位于一个大的进化簇上,同中国的3株GII.2基因型毒株(GenBank序列号KY457736、KY421122、KY421121)亲缘关系近.结论 北京昌平区两所幼儿园出现的病毒性腹泻疫情的毒株为GII.2型,应加强日常监测与防控.
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GII.P7/GII.14型诺如病毒暴发的分子特征分析
目的 了解江苏地区3起诺如病毒(Norovirus,NoV)暴发疫情中病毒感染情况,并对其分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集暴发疫情中患者的肛拭子标本53份,采用实时荧光RT-PCR定性检测NoV,阳性标本利用普通RT-PCR对其聚合酶区(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)及衣壳蛋白区(VP1)片段进行扩增和测序分析.结果 3起NoV暴发疫情中,阳性检出率为56.6%(30/53).对30株阳性标本序列进行分析,其RdRp区与GII.P7的同源性高(93.86%),VP1区与GII.14的同源性较高(97.13%).初步判断为GII.P7/GII.14重组毒株,SimPlot分析可能的重组位点在核苷酸5009位.对其氨基酸序列进行分析发现在RdRp区和VP1区均出现部分氨基酸突变.结论 3起NoV暴发疫情均由同一重组毒株引起,提示GII.P7/GII.14重组株传染性较强,有可能再次引起暴发,应加强监测防控.
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湖北省某中学一起诺如病毒感染性腹泻暴发疫情的调查分析
目的 分析湖北省某中学一起感染性腹泻暴发疫情的流行病学特征,为制定防控措施提供依据.方法 采用现场流行病学方法,制定病例定义并开展病例搜索和调查,采集患者、厨工及相关环境样本进行实验室检测,运用描述性流行病学方法、病例对照研究方法进行分析.结果 共搜索到85例患者,罹患率为31.6％(85/269).71.8％(61/85)的病例在2017年2月15日8:00至24:00发病.从17例患者(16名学生和1名老师)和2例隐性感染者(厨工)的肛拭子中检出GⅡ组诺如病毒核酸阳性.病例对照研究结果显示,进食2017年2月14日早餐是发病的危险因素(OR=21.77,95％CI:2.61～181.77).结论 该次事件为一起由诺如病毒引起的感染性腹泻暴发疫情,隐性感染的厨工可能与疫情发生有关.
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牡蛎中诺如病毒检测的前处理方法比较及应用
目的 对牡蛎中诺如病毒检测的三种前处理方法进行比较并探讨应用策略.方法 2014年8月-2015年3月采集160只市售牡蛎,每组5只,共32组样品,取其肠腺组织采用直接处理法(M1)、PEG 8000沉淀法(M2)和蛋白酶K消化-PEG 8000沉淀法(M3)三种方法进行前处理,提取核酸后荧光定量RT-PCR检测诺如病毒核酸.应用串并联法对三种前处理方法的样品阳性率进行分析,利用x2检验比较不同方法的阳性率差异,应用一致性检验比较不同方法的一致性,对荧光RT-PCR所得到的Ct值进行ANOVA检验.结果 M1、M2、M3三种前处理方法诺如病毒阳性率依次为15.63％(5/32)、34.38％ (11/32)和37.50％ (12/32);M1/M2/M3并联使用的阳性率高,为50.00％ (16/32);其次为M2/M3并联法,阳性率为46.88％ (15/32);M1+ M3串联或M1+ M2+ M3串联的阳性率低,均为9.38％ (3/32).M2/M3与M1/M2/M3的阳性率经x2检验比较,差异无统计学意义(P＞0.05),两种方法经一致性检验,kappa=0.931(P＜0.05),一致性较高.M1、M2、M3三种方法检测阳性样品的Ct值依次为33.44±0.66、33.70±1.88和33.42±2.44.经ANOVA检验,差异无统计学意义(P＞0.05).结论 常规监测时推荐使用M2或M3,暴发疫情溯源时可考虑使用M2/M3并联法.
关键词： 牡蛎 诺如病毒 前处理 荧光定量RT-PCR -
诺如病毒与轮状病毒所致的110例婴幼儿急性腹泻病例临床特征分析
目的 对诺如病毒与轮状病毒所致婴幼儿急性腹泻的临床特点进行分析探讨.方法 收集2010年1月-2015年3月间病毒性婴幼儿急性腹泻患者110例临床资料进行回顾性分析,按照病原学检测情况分为诺如病毒组51例及轮状病毒组59例.另取45例细菌感染所致急性腹泻患儿作为对照组.对诺如病毒与轮状病毒所致婴幼儿急性腹泻的实验室检查、临床症状以及流行病学特征进行分析比较.结果 诺如病毒组患者与轮状病毒组患者在各项实验室检查及临床症状方面均无统计学差异(P＞0.05),但与对照组相比均有统计学差异(P＜0.05).两组病毒均易感小于2岁的患儿,其中诺如病毒组患儿年龄在13-24个月中所占全部患儿比例为17.65％、轮状病毒组为35.59％,两者比较差异有统计学意义(P＜0.05).诺如病毒及轮状病毒组患儿集中检出月份均为11月、12月及1月.结论 诺如病毒与轮状病毒感染所致的婴幼儿急性腹泻在实验室检查、临床特点以及流行情况差异均不显著,为明确诊断,需进行病原学实验室检查.
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2016-2017年哈尔滨市诺如病毒感染暴发疫情流行特征分析
目的 了解哈尔滨市诺如病毒感染暴发的流行特征.方法 收集2016年1月至2017年12月哈尔滨市诺如病毒暴发疫情流行病学调查个案、调查报告及实验室检测资料,对疫情发生的三间分布、病例临床表现及传播途径等进行统计分析.结果 2016-2017年哈尔滨市累计报告疫情13起,总罹患率为3.6％(421/11 654),病原体以诺如病毒GⅡ型为主.疫情全部发生在学校,病例均为学生,小年龄为3岁,大年龄为23岁,平均年龄(13.7±3.1)岁.学龄前儿童罹患率高,为18.3％(102/557);其次为小学生(8.8％,208/2 376)与大中专院校学生(1.3％,111/8 721),差异有统计学意义(x2=663.17,P＜0.01).5至6月出现一个小高峰,发生疫情8起,病例占57.2％(241/421),传播途径主要为人与人传播.结论 诺如病毒感染疫情主要发生在学校、托幼等集体机构,在高发季节对高发场所加强监测,可有效控制疫情的发生和蔓延.
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北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒变异株全基因组序列分析
目的 对北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒变异株进行全基因组序列扩增及进化分析,了解其基因遗传变异特征.方法 采用一步法反转录聚合酶链反应,对2017年北京发现的两株GⅡ.P16-GⅡ.2诺如病毒进行全基因组序列分段扩增及测序,利用DNAStar 7.0、BioEdit进行序列拼接,采用Mega 5.05软件以大似然法构建进化树,采用SimPlot软件进行相似性分析,并分析其组织血型抗原结合位点及附近氨基酸变异情况.结果 全基因组及衣壳蛋白区进化树分析显示,北京市2017年发现的两株诺如病毒与其他2016-2017年出现的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒单独形成一个分支.聚合酶区进化树分析显示,这两株病毒与其他2016-2017年的GⅡ.P16-GⅡ.2型、2015-2016年的GⅡ.P16-GⅡ.4 Sydney 2012型混合形成一个分支.与2016年以前的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒相比,衣壳蛋白区及聚合酶区序列进化树分析提示,GⅡ.P16-GⅡ.2 2016-2017与201 1年该型诺如病毒分离株进化距离更近.氨基酸序列比较发现,两株病毒组织血型抗原结合位点附近的氨基酸与其他该型别诺如病毒相比,各有一处点突变.结论 北京市2017年发现的两株诺如病毒经全基因分析证实为GⅡ.P16-GⅡ.2型重组株,并且有可能是从2011年发现的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒进化而来.
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2016—2017年深圳市龙华区诺如病毒疫情流行特征及病原学特点
目的 分析深圳市龙华区诺如病毒疫情流行特征及病原学特点.方法 选取2016年10月—2017年9月期间深圳市龙华区共6个街道(观湖、民治、龙华、大浪、福城和观澜)29起聚集性胃肠炎疫情中的317例疑似病例作为研究对象.收集研究对象肛拭子标本,共计317份,采用荧光定量PCR方法对样品进行诺如病毒检测,阳性样本进一步用逆转录PCR法同时对聚合酶区-衣壳区进行基因扩增,并进行测序和进化分析以鉴定其基因型.结果 317例疑似病例中,实验室确诊156例,其中5岁以下儿童99例(63.46%,99/156).29起聚集性胃肠炎疫情报告单位主要为幼儿园,占75.9%(22/29).在317份标本中,156份为诺如病毒GⅡ核酸阳性,阳性率为49.21%.未检出诺如病毒GI.对156份诺如病毒GⅡ核酸阳性的标本进行聚合酶区-衣壳区序列逆转录PCR扩增,共82份阳性,获得82株毒株序列.系统发生树构建结果发现,2016年10月—2017年9月期间,引起深圳市龙华区诺如病毒疫情的基因型有4种,包括GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.Pe-GⅡ.4 Sydney 2012、GⅡ.P17-GⅡ.17和GⅡ.P12-GⅡ.3.其中,GⅡ.P16-GⅡ.2引起的有18起,占62.1%(18/29). 结论 深圳市龙华区应进一步加强诺如病毒聚集性疫情监测,重点关注幼儿园5岁及以下儿童,并且要重点监测是否有变异株出现.
