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2010-2015年湖北省乙型流感病毒流行和进化分析
目的 了解2010-2015年湖北省乙型流感病毒流行分布和基因进化情况.方法 通过测序和全球流感共享数据库(global initiative on sharing all influenza data,GISAID)获得2010-2015年湖北省乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuramidinase,NA)氨基酸序列,分别对其进行系统进化树、氨基酸突变位点和三维建模分析,结合同期病毒分离株流行分布,分析重配株基因进化与病毒流行分布间的关系.结果 2010-2015年湖北省乙型流感病毒存在系内重配和系间重配,首例重配株出现后,该病毒都会形成较大流行.同期病毒在HA四个主要抗原表位上发现的突变位点有:Nll6K、N129S、A146T、K162R和N197S,在NA上发现了神经氨酸酶活性突变位点D197N,三维建模表明该位点并非直接与底物或抑制物接触.结论 2010-2015年湖北省乙型流感病毒的流行与该病毒的基因进化关系密切,监测该病毒抗原表位突变位点和耐药突变位点有助于深入分析其进化特性.
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HIV-1CRF_07BC重组型逆转录酶区耐药进化通路分析
目的 探讨HIV-1的CRF_07BC重组型在药物压力下的进化通路,并与B亚型进行比较.方法 病毒样本来自2007-2011年新疆维吾尔自治区和四川省参加艾滋病多中心队列研究的共862例AIDS患者.根据未治疗的588例和治疗的274例AIDS患者病毒样本的逆转录酶区序列,采用选择压力的方法识别耐药相关位点,使用贝叶斯网络法构建CRF 07BC重组型在抗病毒治疗下的耐药进化通路,同时利用国际HIV耐药数据库中的数据构建B亚型在相同治疗方案下耐药进化通路,并与CRF_07BC重组型进行比较.结果 预测的CRF_07BC重组型主要耐药位点为K103N、Q197K、V179D和Y188L.预测的B亚型主要耐药位点为M184V、K103N、Y181C、T69N、G190A、K238T、Y188H和P225H.两者重叠较小,但经典的TAM1(41L、210W和215Y)和TAM2(67N、70R和219E/Q)通路均存在于两个病毒类型中.不同于B亚型的是,预测的CRF_07BC重组型的主要耐药位点中不包含TAM相关突变,并且在核苷类药物相关突变与非核苷类药物相关突变之间存在强的依赖关系.结论 HIV-1 CRF_07BC重组型形成了以K103N、Q197K、V179D和Y188L为主要耐药位点的独特耐药进化通路,并与B亚型的耐药进化通路有较大差异.
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2013～2014年中国湖北省新甲型H1N1流感病毒鸡胚适应性突变分析
为了解湖北省流感监测网络中新甲型H1N1流感病毒鸡胚适应性突变的情况,本研究对3株湖北省新甲型H1N1流感病毒鸡胚株和对应细胞株进行HA、NA和MP蛋白进化树和基因进化速率分析,氨基酸突变位点、鸡胚适应性突变位点和三维建模分析.鸡胚株和对应细胞株在进化树分布和基因进化速率上的差异均呈现NA＞HA＞MP的特点,在3株鸡胚株中发现4个鸡胚适应性突变位点:HA蛋白为Q223R和V527I,NA蛋白为M19I和H275Y,其中Q223R突变会造成抗原表位Sb和Ca2相邻间的结构变化,H275Y为典型的神经氨酸酶耐药突变位点.结果表明鸡胚适应性突变会在湖北省流感监测网络的流感病毒鸡胚分离工作中发生,这些突变可能影响疫苗候选株的筛选和疫苗有效性,因此需加强流感监测网络中鸡胚适应性突变的监测工作.
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抗HCV新型直接抗病毒药物相关耐药位点研究进展
近年来，新型直接抗病毒药物（DAAs）药物研发取得了突破性进展，使其在抗HCV过程中具备高SVR率、广泛基因型谱、治疗周期短以及耐药率低等优点。但随着新型抗病毒药物在临床中的广泛应用，已发现多个相关耐药位点直接影响抗HCV的疗效，本文针对新型DAAs药物（包括NS3/4A蛋白酶抑制剂、NS5A蛋白抑制剂及NS5B聚合酶抑制）及其相关耐药位点进行总结。
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唐山地区CHB患者HBV基因型与耐药种类和耐药位点的分析研究
目的 探讨唐山地区慢性乙型肝炎病毒(CHB)患者乙型肝炎病毒(HBV)基因分型,核苷酸类抗病毒药物的耐药种类分布和耐药位点的相关性.方法 选择2009年10月-2014年4月就诊于唐山市传染病医院门诊和住院的467例慢性乙型肝炎病毒患者,通过使用毛细管电泳仪采用双脱氧终止法测序技术,对患者血清进行HBV基因分型和耐药位点的检测,使用统计学软件对数据进行统计分析.结果 唐山地区CHB患者的467例样本中检测出HBV基因型445例,其中B基因型64例占14.38％,C基因型380例占85.39％,D基因型1例占0.22％;共检出耐药患者283例,其中对恩替卡韦、拉米夫定和替比夫定多药耐药的160例占56.54％;对阿德福韦酯的主要耐药位点是rtA181V/T/S突变,其次是rtA181V/T/S和rtN236T同时突变,B基因型与C基因型对阿德福韦酯的耐药位点突变分布比较差异有统计学意义(P＜0.05);对拉米夫定、恩替卡韦和替比夫定多药耐药的主要耐药位点是rtL180M和rtM204I/V/S同时突变,其次是单独rtM204I/V/S突变.结论 唐山地区HBV感染者的基因型主要以C基因型为优势基因型;通过对耐药位点的分析,B基因型CHB患者应用阿德福韦酯不易耐药,HBV基因型B型和C型的CHB患者对拉米夫定、恩替卡韦和替比夫定耐药的多药耐药位点分布无差异.
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CHB感染者耐核苷(酸)类似物种类与HBV基因分型的研究
目的 探讨唐山地区慢性乙型肝炎病毒(CHB)感染者的年龄、性别特征、耐药种类与乙型肝炎病毒(HBV)基因分型之间的相关性.方法 选择2009年10月-2014年4月医院慢性乙型肝炎病毒患者467例为研究对象,通过毛细管电泳仪采用双脱氧终止法测序技术对患者的血清进行HBV基因分型的检测,并分析HBV基因分型与耐药种类之间的相关性.结果 唐山地区CHB感染者的467份样本中未检出基因型22份,已检测出HBV基因型的445份样本中共检出B、C、D三种基因型,其中B基因型64例占14.38％,C基因型380例占85.39％,D基因型1例占0.22％,C基因型为优势基因型(P＜0.001).已检测出B、C基因型的444例感染者中,＜40岁和≥40岁分别占34.68％(154/444)和65.32％(290/444),差异有统计学意义(P＜0.001);男性和女性感染者中,均以C基因型为主;男性感染者355例多于女性感染者89例(P＜0.001);男性和女性CHB感染者不同基因分型间耐药种类的差异无统计学意义(P=0.345).结论 唐山地区CHB感染者主要耐药种类是拉米夫定、恩替卡韦和替比夫定的同时耐药,其次是阿德福韦酯的耐药.
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2015年中国部分地区16～25岁HIV感染者毒株基因特征及耐药株传播调查
目的 了解2015年中国部分地区新报告的16～25岁艾滋病病毒(HIV)感染者毒株的基因特征及耐药株传播情况.方法 根据世界卫生组织(WHO)耐药传播监测调查方案,2015年收集了来自中国14个省市16～25岁的HIV-1感染者的血浆样本,提取病毒核糖核酸(RNA),扩增HIV-1 pol区片段并进行序列测定和亚型分析,使用美国斯坦福CPRV 6.0进行耐药突变分析.结果 获得序列894条,HIV毒株亚型中CRF01_AE占39.9％、CRF07_ BC占42.6％、B占4.3％、CRF08_BC占2.1％、CRF55 01B占2.9％、CRF59_01B占0.6％、CRF67_01B占0.7％、CRF68 01B占0.6％,其他重组亚型占6.4％.耐药传播率为3.6％,其中经同性性传播的耐药率为3.0％,异性性传播的为5.8％;包含针对核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)、非核苷类反转录酶抑制剂(NNR-TI)和蛋白酶抑制剂(PI)的耐药突变样本分别有10例、9例和13例.NRTI的耐药株中发现有4例携带针对替诺福韦(TDF)耐药的位点.结论 当前流行毒株主要为CRF01 AE和CRF07 BC,同时在多个省份发现CRF55_01B和CRF59_01B新型重组毒株.在反转录酶和蛋白酶区均发现了主要耐药位点,而且针对TDF耐药的新型重组的传播性耐药株已在中国出现,需引起高度重视.
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对慢性乙型肝炎及肝硬化患者的核苷(酸)类药物耐药位点的分析
目的 研究接受核苷(酸)类似物抗病毒治疗、出现病毒学突破后的慢性乙型肝炎、肝硬化患者血清乙型肝炎病毒(HBV)P区基因序列突变率,突变形式及用药情况,为评估病情进展和实施下一步抗病毒治疗方案提供较为全面的信息.方法 选取浙江中医药大学附属第六医院2009年3月～2012年10月447例接受核苷(酸)类似物抗病毒治疗、出现病毒学突破后的慢性乙型肝炎、肝硬化患者为研究对象,采用基因直接测序法,对其血清HBV P区基因PCR扩增产物进行测序,分析各个耐药位点,同时搜集相关用药史进行回顾性分析.结果 在447例病例中存在位点突变者227例(50.8％),共存在30种变异形式,变异形式以M204I、L180M+ M204V、L180M+ M204I三者居多.其余种类复杂多样,大多以联合突变形式出现;耐药药物的使用及产生的耐药位点基本一致;主要的变异位点集中发生在M204I和L180M,余均较为分散.且经统计分析,乙型肝炎及肝硬化两总体的突变率有统计学差异.结论 对核苷(酸)类似物抗病毒治疗中出现病毒学突破的慢性乙型肝炎及肝硬化患者血清中HBVP区基因耐药位点的分析研究对合理用药以及发生耐药后及时调整治疗方案有重要的作用.
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猴免疫缺陷病毒(SIVmac239)恒河猴适应株耐9-(2-磷酸甲氧丙基)腺嘌呤(PMPA)突变位点筛查
目的 初步明确猴免疫缺陷病毒(SIVmac239)耐9-(2-磷酸甲氧丙基)腺嘌呤(PMPA)突变基因位点,指导SIV/恒河猴模型在药物评价中的应用.方法 SIVmac239恒河猴适应株感染恒河猴,之后进行PMPA治疗,测定不同时间点血浆病毒载量和外周血CD4+ T细胞数;使用CEMx174细胞进行药物敏感实验.单拷贝PCR测定病毒rt基因变异情况.结果 PMPA治疗不能有效降低感染猴血浆病毒载量,且对血CD4+ T细胞数没有显著影响;细胞水平药物敏感实验证实该病毒株对PMPA不敏感.序列比对发现S205L和M502I可能影响到病毒对PMPA的药物敏感性.结论 本研究为SIV/恒河猴模型的合理使用及HIV-1的临床治疗提供了信息.
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2010年广州市甲型H1 N1流感病毒分离株NA基因变异分析
目的：比较2010年从广州市分离到的甲型H1 N1流感病毒神经氨酸酶（NA）基因与2009年中国大陆甲型H1 N1流感病毒NA基因的变异情况，为甲型H1 N1流感的监测和防控提供参考资料。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状患者的咽拭子标本，用甲型H1 N1流感病毒特异性引物进行聚合酶链反应（PCR）检测，扩增分离到的甲型H1 N1流感病毒NA基因片段，测序后与2009年的H1 N1毒株进行比对和进化分析，并用生物信息学方法对耐药位点和糖基化位点进行分析。结果共收集1194份咽拭子标本，检测到甲型流感病毒阳性327份，其中H1 N1流感病毒6株，与2009年分离的甲型H1 N1流感病毒相比，有16个位点发生了有义突变，3个位点和NA活性相关，其中222位氨基酸的变异位于NA活性位点上。结论成功扩增了2010年广州市6株甲型H1 N1流感病毒株NA基因并测序，未发现H275 Y耐药位点的变异。3毒株在NA活性位点222位、228位和425位等氨基酸位点处发生了变异，需继续加强监测。
关键词： 甲型H1 N1 流感病毒 神经氨酸酶 耐药位点 -
乙肝基因分型与耐药位点突变的关系
目的:检测本地区乙肝病毒复制病人中基因型分布情况,探讨HBV基因型与抗病毒疗效关系.方法:应用乙肝病毒型特异性引物采用巢式PCR方法,对45例HBV-DNA阳性患者进行HBV基因型分析,用DNA测序方法检测耐药位点突变.结果:B型7例,占15.56%;C型34例,占75.56%;未分型3例,占6.67%;B+C混合型1例,占2.22%.未发现其他型别.C型病人人均病毒载量5.67±1.61(loglncopies/ml)较B+C混合型5.54(只有1例)、B型(4.42±1.39)及未分型(2.65±0.57)高.C型病人耐药变异位点多,病人比例高.结论:浙江等地区HBV-DNA基因分型以C、B为主,而B基因型抗病毒治疗疗效好,C型、混合型及其它型对抗病毒治疗药物疗效较差.
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HIV-1耐药基因检测的研究进展
HIV-1耐药是影响艾滋病抗病毒治疗效果的主要因素.随着抗病毒疗法的普及和接受治疗者的增多,HIV-1耐药的问题日益凸显,使艾滋病治疗面临巨大的挑战.因此,了解各抗病毒药物治疗引起的HIV-1耐药突变位点并及时采用有效方法进行耐药基因检测对临床治疗具有重要指导意义.HIV-1耐药位点基因型检测方法因其快速准确的特点,目前是HIV-1耐药检测常用也是有前景的方法.本文对HIV-1耐药位点和耐药基因检测的研究进展做简单综述.
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核苷(酸)类似物治疗慢性乙型肝炎患者的HBV耐药位点分析
目的 探讨核苷(酸)类似物治疗慢性乙型肝炎患者的乙型肝炎病毒(HBV)耐药位点情况.方法 选取接受核苷(酸)类似物治疗的慢性乙型肝炎患者182例,采用PCR反向点杂交法检测HBV基因型和耐药变异位点.结果 182例慢性乙型肝炎患者中,基因C型150例(82.42％),基因B型32例(17.58％),未见其他基因型;182例患者中检出67例有耐药变异(36.81％),其中B基因型11例,C基因型56例,B基因型和C基因型变异率比较差异无统计学意义(P>0.05);共检测出6种耐药变异位点,分别为rtL80、rtV173、rtL180、rtA181、rtM204和rtN236,其中耐药变异位点rtM204检测率高,为61.19％;rtM204变异株耐药突变模式有16种类型,包括2种rtM204单一位点变异和14种rtM204与其他耐药位点联合突变模式.结论 核苷(酸)类似物治疗的慢性乙型肝炎患者HBV基因型分布以C基因型为主,其中rtM204位点检出率高,变异模式复杂.
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核苷类似物联合治疗拉米夫定不同耐药位点慢性乙型肝炎患者的疗效观察
目的 探讨阿德福韦酯联合拉米夫定抗病毒治疗拉米夫定耐药的慢性乙肝患者的临床效果.方法 纳入拉米夫定耐药的慢性乙肝患者56例,按照患者耐药位点不同分为A组(180位点变异)和B组(204位点变异)各28例,所有患者均给予阿德福韦酯联合拉米夫定抗病毒治疗48周,于治疗前、治疗12周、治疗24周、治疗48周测定两组的ALT水平以及HBV-DNA水平,并记录两组的HBeAg/HBeAb转换率和HBV-DNA阴转率.结果 治疗12周、24周、48周时,两组的ALT水平以及HBV-DNA水平均显著低于治疗前(P＜0.05),其中两组的ALT水平比较无统计学差异(P＞0.05),B组的HBV-DNA水平显著低于A组(P＜0.05).B组的HBeAg/HBeAb转换率和HBV-DNA阴转率分别为28.6％和57.1％,均分别高于A组的7.1％和28.6％ (P ＜0.05).结论 对拉米夫定耐药后的慢性乙肝患者,204位点变异者使用联合治疗效果明显,可取得较高的e抗原血清转换率、HBV-DNA阴转率,可以为抗乙肝病毒过程中发生的耐药进行较早、更有针对性的挽救治疗提供更好的选择.
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南宁市静脉注射吸毒人群HIV-1基因亚型及耐药性分析
目的 了解南宁市静脉注射吸毒人群(IDUs)中HIV-1流行基因亚型及其耐药性,为辖区艾滋病防治策略制定提供科学依据.方法 收集2017年南宁市静脉注射吸毒人员HIV感染者血浆样本总共68份,提取病毒核糖核酸(RNA),通过巢式PCR对HIV pol基因片段进行扩增测序,构建系统进化树进行基因分型,并将序列提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库分析,利用ol基因测序结果分析HIV-1亚型和耐药性情况.结果 68份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段62份,系统进化分析显示检出3种HIV-1重组基因亚型,CRF_01-AE亚型占72.6％ (45/62)、CRF_07-BC亚型占12.9％ (8/62)、CRF_08-BC亚型占14.5％(9/62),CRF01_AE型为主要流行亚型.x2检验分析显示在性别、年龄、民族、婚姻4个人口学特征中62份样本HIV-1亚型组成差异无统计学意义(P＞0.05).62份样本中3例CRF_08-BC亚型发现T69S耐药突变,1例CRF_01-AE亚型发现L210W突变,1例CRF_07-BC亚型发现A71V突变.结论 南宁市IDUs人群HIV-1感染者中至少存在3种HIV-1基因亚型流行,CRF_01-AE重组型为优势流行株,研究中出现的耐药突变位点为低度耐药突变位点,应密切监视其流行趋势.
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双循环线性滚环扩增检测HBV替诺福韦耐药位点的方法学研究
目的 探讨双循环线性滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)检测HBV替诺福韦耐药基因突变位点的可行性.方法 以HBV替诺福韦耐药基因突变位点为检测靶点,设计该位点的锁式探针以及包括该位点的HBV野生型、突变性模板.锁式探针与野生型模板特异识别并结合,通过E.coli连接酶连接为闭合环形结构,加入引物启动第1轮RCA;扩增产物用HpaI酶切游离出检测模板,重复上述过程进行第2轮RCA,琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物；并对该方法的特异性、检测限及连接效率的影响因素进行初步探讨.结果 探针与模板的杂交温度为45℃时,探针的环化连接效率高、特异性好.通过对不同浓度野生型模板的检测,单循环RCA的检测限为50 pmol/L,双循环RCA的检测限为5 pmol/L,检测灵敏度提高了10倍.结论 初步建立了检测HBV替诺福韦基因耐药位点突变的双循环RCA方法.
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乙型肝炎患者基因分型和耐药情况分析
目的：分析乙型肝炎患者的基因分型及耐药情况.方法：采取临床基因扩增技术和基因测序技术对149例乙型肝炎患者血清进行乙型肝炎病毒基因分型和耐药位点检测.结果：149例乙型肝炎患者基因分型：B 型3例,C 型133例,13例病毒序列无扩增；114例乙肝患者的相关耐药药物和百分比为拉米夫定(LAM)46．02％、阿德福韦脂(ADV)4．42％、恩替卡韦(ETV)22．12％、替比夫定(LDT)28．31％、替诺福韦脂(TDF)0％.结论乙型肝炎疑似耐药患者其基因型以 C 型为主；耐药位点以 rtL180M、rtA181V/T、rtM204V/I 为主；易产生耐药抗病毒药物是拉米夫定(LAM),恩替卡韦(ETV),替比夫定(LDT)次之.
