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柯萨奇B组病毒致病的分子生物学机制
本文对柯萨奇B组病毒(CVB)致病性与抗原性的近期研究内容进行了复习.CVB的每个血清型存在多种毒株,病毒基因组编码区与非编码区核苷酸决定CVB的致病力.心肌球蛋白的氨基酸序列与疾病的发生有关联.T细胞基因在CVB致病及CVB蛋白2PC在CVB性自身免疫反应中均有重要地位.
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HIVp24抗原检测技术的研究进展
p24是HIV的主要结构蛋白,在病毒的包装和成熟过程中起重要作用.p24蛋白的氨基酸序列在HIV各毒株之间高度保守.HIV p24抗原的检测在早期诊断、预测病程、胎儿感染确诊和基础研究等方面具有重要意义.本文主要介绍了HIV p24抗原的生物学特性、检测意义,评述了各种检测方法的主要优缺点和发展趋势.
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应用逆转录聚合酶链反应分离戊型肝炎病毒基因
应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)从新疆东部一起戊型肝炎(HE)流行期间3例HE病人的4份粪便标本中分离到了含665个核苷酸硷基对的戊型肝炎病毒(HEV)基因片段.核酸序列分析结果与缅甸HEV株(ET1.1)相比,核苷酸序列同源性为91.5%,氨基酸序列同源性为98.0%.
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1998-2002年杭州市流感病毒的HA1序列及与推荐疫苗株的比较研究
近年来,杭州市在部分人群中进行了流感灭活疫苗的接种.为了解杭州市当前甲型和乙型流感毒株HA1区氨基酸序列的变化情况及与流感疫苗株相应序列的关系,我们对1998-2002年于杭州分离的甲1、甲3和乙型流感病毒毒株HA1片段进行核酸序列测定,并与WHO推荐的流感疫苗株HA1序列进行比较分析,现将结果报告如下.
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中国地区丙型肝炎病毒的NS5A基因序列及干扰素敏感决定区特征分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)NS5A基因编码的ISDR、PKRBD和V3等区域氨基酸序列的变异与HCV对干扰素-α( interferon-α,IFN-α)治疗的不同反应性有关[1-6],了解NS5A基因的序列特征及干扰素敏感决定区(IFN Sensitivity Determining Region,ISDR)的氨基酸序列有助于进一步研究中国地区HCV的致病性及HCV相关肝炎的药物治疗与预后.笔者选取了美国国立生物技术信息中心数据库(NCBI)中发表的中国地区HCV多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列及NS5A蛋白的部分氨基酸片段,对NS5A基因序列及ISDR氨基酸序列进行多序列比对、聚类分析、相似性分析及氨基酸变异位点分析,分析中国地区HCV的NS5A基因序列及ISDR特征,现将结果报道如下.
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阿胶酶解物抗氧化肽的分离与质谱分析
采用阴离子交换纤维及Sephadex G-25柱色谱法对阿胶酶解物进行分离纯化,以DPPH,ABTS法对阿胶酶解物及其不同部位进行体外抗氧化能力测定,从阿胶酶解物中筛选出体外抗氧化活性强的部位,命名为GFC-1.GFC-1质量浓度为2.0g·L-1时对DPPH清除率为47.95％,0.40 g· L-1时对ABTS清除率为97.20％;利用LC-ESI-MS/MS结合TurboSEQUEST检索软件及Swiss-Prot数据库从GFC-1中鉴定出9个小分子肽,并从中识别出高重复核心序列GPAGPP* GPP*(P*为羟脯氨酸).
关键词： 阿胶 抗氧化肽 LC-ESI-MS/MS 氨基酸序列 -
A型流感病毒M2蛋白疫苗的研究进展
目前用于免疫人群的流感疫苗多为三价灭活疫苗,包含A型流感病毒H1N1亚型、H3N2亚型和B型流感病毒.多年来的实践表明,三价灭活疫苗是有一定保护效果的.但是,由于流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)经常发生抗原转变和抗原漂移,使其抗原性表现出很大的变异,所以根据流感疫情监测预测的疫苗株也很难产生理想的保护效果.但流感病毒基质蛋白M2的膜外区氨基酸序列高度保守,有可能发展成为具有交叉保护能力的流感疫苗的候选抗原.该文就A型流感病毒基质蛋白M2疫苗的研究作一综述.
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猪伪狂犬病毒蛋白激酶基因的序列测定与分析
对伪狂犬病毒湖北株(PRV HB株)蛋白激酶(PK)基因进行了克隆和序列测定.分析比较了该序列与PRV NIA-3株、Ka株以及HSV-1、VZV PK基因的同源性.结果显示,在测定全长1?312bp的DNA序列中,包括着一个1?002核苷酸的开放读框,可编码334个氨基酸组成的多肽.PRV-HB株PK与PRV-NIA3、PRV-Ka、HSV-1、VZV PK基因比较,核苷酸的同源性分别为98.7%、97.5%、50.7%和42.0%;基因编码区氨基酸序列的同源性分别为98.2%、95.8%、37.7%和37.2%.PRV PK具有细胞丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化结构域的保守氨基酸共有序列和亚结构域特征序列.
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猪伪狂犬病毒鲁A株TK基因的序列测定及其结构功能与进化分析
对猪伪狂犬病毒鲁A株(PRV LA株)TK基因进行了克隆和序列测定,并分析比较了该序列与PRV NIA-3株、Ea株、SH以及HSV-1和VZV的同源性,结果表明:在全长1048bp的DNA序列中,包括着一个963bp的开放阅读框(ORF),可编码320个氯基酸组成的多肽;在整个TK基因的ORF内,PRV LA株与PRV NIA-3株、PRV Ea株、PRV SH株、HSV-1、VZV的TK基因比较,核苷酸的同源性分别为98.9%、99.5%、99.3%、36.4%、39.1%,氨基酸的同源性分别为98.4%、99.7%、98.7%、36.6%、37.2%.PRV LA株TK具有疱疹病毒胸苷激酶催化结构域的保守氨基酸共有序列和亚结构域特征序列.将PRV-LA TK、人类和小鼠的胸苷酸激酶、人类脱氧胞苷激酶、人类腺苷酸激酶的对应于这两个亚结构域的氨基酸用DNA Star分析的进化树表明,疱疹病毒的TK与人类和小鼠的胸苷酸激酶的亲缘关系比与人类脱氧胞嘧啶激酶的亲缘关系更近,因此疱疹病毒的TK基因在进化上可能起源于宿主细胞的胸苷酸激酶基因.
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我国禽脑脊髓炎病毒分离株全基因组的测定
测定了我国禽脑脊髓炎病毒(avian encephalomyelitis virus,AEV)分离株L2Z株的全基因组核苷酸序列.该病毒株的3′和5′非编码区核苷酸序列用3′和5′RACE(cDNA末端快速扩增)法获得.基因组全长为7 059个核苷酸残基,包括494个核苷酸残基的5′非编码区、6 402个核苷酸残基的开放阅读框和136个核苷酸残基的3′非编码区及poly(A)尾巴.与已发表的AEV疫苗株1 143的基因组序列比较发现,它们之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为98%和97.6%.结构蛋白(VP1～VP4)中,主要宿主保护性免疫原蛋白VP1氨基酸之间差异较小.与小RNA病毒科其它病毒属相比,在非结构蛋白3D中,预测的8个RNA依赖性RNA聚合酶主要结构域中的4个高度保守.从而进一步确认了AEV的分子特性.
关键词： 禽脑脊髓炎病毒(AEV) 核苷酸序列 氨基酸序列 测定 -
HGF与风湿免疫性疾病
在健康及疾病状态下众多的生长因子(growth factor,GF)参与维持机体内环境的稳定,因此认识GF的功能调节及临床意义是非常重要的.到目前为止,肝细胞生长因子(HGF)被认为是强的肝再生促进剂.1987年日本的中村敏一从3000只大鼠的血小板中将GF纯化成单一的蛋白质,1989年根据GF N末端氨基酸序列成功地克隆了GF的cDNA并解明其全氨基酸序列和用基因重组的方法人工合成了GF.
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基于数据挖掘的丙型肝炎患者氨基酸序列与TNF-α间的规律性研究
目的 研究丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)高度可变区1(hypervariable region 1,HVR1)各位点氨基酸(amino acid,AA)的极性及带电情况与TNF-α表达量之间的规律性.方法 根据样本聚类结果,以HCV的HVR1区域各位点氨基酸的极性及带电情况作为属性,对数据集进行规则挖掘.结果 当aa5为极性不带电氨基酸时,TNF-α表达量下调;当aa5为非极性氨基酸,aa16为极性不带电氨基酸时,TNF-α上调.当aa5和aa16为非极性氨基酸,aa10为极性不带电氨基酸时,TNF -α上调.当aa5、aa16和aa10为非极性氨基酸时,aa19不带电,则TNF-α下调;aa19带电则TNF-α上调.结论 丙型肝炎患者HCV的HVR1区域氨基酸的极性及带电情况与TNF-α的表达量之间具有一定的规律性.
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中东呼吸综合征冠状病毒刺突蛋白特征分析
目的 研究中东呼吸综合症病毒刺突蛋白的流行特点. 方法 从美国生物信息中心(NCBI)下载2012年以来流行的中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列,通过生物信息学手段(多序列比对和蛋白进化树)分析中东呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列的流行特征. 结果 1)2012年以来中东呼吸综合症病毒流行以来刺突蛋白氨基酸序列呈现出一定的地域性特点,其中来自法国的人源刺突蛋白序列之间的同源性为99.70％～100％,来自阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白序列之间的同源性为99.63％～100％,来自2014年阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白序列在同一进化树分枝上.2)来自沙特阿拉伯的人源刺突蛋白序列未表现出时间上的差异,2013、2014和2015年分离株刺突蛋白的同源性为99.63％～100％,但是来自沙特阿拉伯的刺突蛋白与来自法国和阿拉伯联合酋长国的刺突蛋白区别明显;在进化树上,来自沙特阿拉伯的呼吸综合症病毒刺突蛋白氨基酸序列并没有完全聚在相同的进化分枝上,而是分散在相对集中的不同分枝上.3)2014年3、5、6月来自美国的3条刺突蛋白序列之间的同源性为99.70％～99.85％低于和来自沙特阿拉伯的人源刺突蛋白之间的同源性(99.70％～100％).4)不同宿主间来源株的刺突蛋白序列之间无明显区别,其中单峰驼来源的刺突蛋白序列间的同源性为98.15％～100％,其与人源刺突蛋白序列之间的同源性为99.56％～100％,单峰驼源的刺突蛋白序列在进化树上分散在沙特阿拉伯人源刺突蛋白分枝上.5)英格兰分离株刺突蛋白之间的同源性为99.70％～99.93％,低于和分离较晚的几条源于沙特阿拉伯的人源刺突蛋白之间的同源性(100％),而与分离较早的来自沙特阿拉伯的刺突蛋白氨基酸序列(Seq36,Seq51)的同源性较低(99.78％～99.93％),且分散在不同的分枝上.6)来源于韩国分离株的一刺突蛋白与其他刺突蛋白之间的同源性高为99.78％,处于单独分支上.7)来自中国分离株的刺突蛋白序列与来自英格兰以及沙特阿拉伯部分人源刺突蛋白序列同源性为100％. 结论 地区间中东呼吸综合症病毒刺突蛋白的同源性很高,达98.15％～100％,说明刺突蛋白氨基酸序列非常保守.本次流行的中东呼吸综合症冠状病毒在同一地域内有多种不同的病毒株流行,多地可能同时存在中东呼吸综合症流行,也同时存在地区间输入性快速传播;同一地区不同年份病毒的刺突蛋白变异不明显,不同宿主间的病毒刺突蛋白序列无显著差别.
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武汉市2003年流感监测及当前优势流行毒株的抗原性和基因特性分析
目的探讨2003年武汉市流感流行概况,分析优势流行毒株抗原性和基因特性变异特征.方法每周在流感监测哨点医院统计流行病学资料,采样分离流感病毒标本,对其中3株H3病毒做血凝抑制试验并对其编码HA1区基因进行序列测定和分析.结果从418份咽拭标本中分离到流感病毒58株,其中57株为H3亚型,1株为乙型;全年月分离率和门诊流感样病例数的变化有冬、夏两个高峰,高峰均出现在7月;新分离到的3株H3病毒的抗原性与本年度疫苗组分株A/Panama/2007/99有较大差异,编码HA1区的氨基酸序列有14个位点发生了变异,基因种系发生树分析也证实他们的HA1基因存在较大差异.结论 2003年武汉市流感活动呈双峰型增强,H3病毒活动显著加强,其抗原性和基因特性与疫苗株相比均发生了较大的变异.
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人巨细胞病毒PPUL44蛋白核定位信号结合多肽氨基酸序列分析
目的寻找与人巨细胞病毒(HCMV)PPUL44蛋白核定位信号(NLS)具有较强结合能力的多肽，研究这些多肽的氨基酸序列特点。方法采用合成的HCMV PPUL44 NLSA和NLSB分别在一个随机多肽文库中筛选出与NLS具有结合能力的克隆，用四色荧光自动测序的方法测定上述克隆的DNA序列，对这些克隆的多肽氨基酸序列进行同源性比较，并与蛋白质文库中已知蛋白的氨基酸序列进行比较。结果与HCMV PPUL44 NLSA具有结合能力的多肽(bNLSApep)的氨基酸序列与细胞输入蛋白Importin a亚单位的氨基酸具有较高的同源序列，其中bNLSApep48氨基酸序列AVVTPVLTEILK与【mportinα亚单位的Arm7区的第18至29氨基酸序列ANIFPVLTEILQ具有极高的相似性；bNLSBpep39氨基酸序列则与lmportin a亚单位的全部8个Arm区的第10至21氨基酸的同源序列相似。结论 HCMV PPUL44 NLSA可能是lmportin α亚单位针对HCMV PPUL44蛋白的特异性识别位点，与lmportin a亚单位Arm 7区结合；而HCMV PPULA4 NLSB则为lmportin a亚单位的非特异性识别位点。本研究结果提供了lmportin a亚单位的Arm重复区是NLS结构结合区的实验证据。
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慢性丙型肝炎患者丙型肝炎病毒NS5A区序列与干扰素疗效的关系
目的探讨上海地区丙型肝炎病毒(HCV)1 b亚型慢性感染者的血清HCV非结构基因5A(NS5A)与干扰素(IFN)疗效的关系.方法收集上海地区24例HCV1 b慢性感染者在干扰素治疗前后及随访过程中的血清标本,定量检测治疗前血清HCV RNA,用逆转录-聚合酶链反应方法扩增NS5A的干扰素敏感决定区(ISDR)基因并进行测序和分析.另扩增干扰素应答类型不同的3例患者治疗前后共5株HCV病毒的NS5A全长序列,测序后作种系发生树分析及蛋白二级结构预测.结果治疗前血清HCV RNA的定量结果显示,持续应答组的病毒滴度(平均滴度4.50×104 copies/ml)明显低于复发组和无应答组(平均滴度1.82×107 copies/ml).24例慢性丙型肝炎患者干扰素治疗前血清HCV的ISDR氨基酸序列与抗干扰素的HCV-J株比较,13例为野生型,11例为中间型,无突变型.6例完全应答者3例感染的是野生型株,另3例感染的是中间型病毒株.5株HCV病毒的NS5A全长序列种系发生树显示,3种不同应答类型株在种系发生上分属3个组别,无应答株与抗干扰素的HCV-J株关系相近被归为1组.蛋白质二级结构预测显示,上述病毒株NS5A蛋白在二级结构方面基本相似,仅在2 255～2 289范围内有明显不同,这一区域与PKR结合域部分重叠.结论 HCV NS5A基因的ISDR区不能单独用于预测干扰素疗效,治疗前血清HCV RNA水平结合NS5A区的PKR结合域序列的分析,可能有助于预测干扰素疗效,指导临床用药.
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EB病毒潜伏膜蛋白1诱导细胞免疫的研究进展
Epstein-Barr Virus(EBV)是1964年Epstein等发现的.研究证实EB病毒与许多人类肿瘤相关.潜伏膜蛋白1(Latent membrane protein 1,LMP1)是EBV编码的潜伏感染过程中表达的病毒膜蛋白,是较早被确认的病毒癌基因之一.近期研究发现LMP1的氨基酸序列中存在诱导细胞免疫应答的多肽表位.可以诱导LMP1特异性细胞免疫反应.本文就LMP1在细胞免疫应答方面的研究做一介绍.
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幽门螺杆菌临床分离株flaA和flaB基因的克隆、表达和鉴定
所有幽门螺杆菌(Hp)菌株均有鞭毛,由染色体基因组中的flaA和flaB两个基因编码,全长分别为1 533bp和1 545bp,其核苷酸或氨基酸序列高度保守,与其它细菌鞭毛蛋白无抗原交叉,多数Hp感染者血清中可出现FlaA和FlaB抗体[1],因而FlaA和FlaB可作为基因工程疫苗和诊断试剂盒的候选抗原.我们构建了Hp临床菌株Y06的高效原核表达系统,鉴定了重组FlaA(rFlaA)和重组FlaB(rFlaB)抗原性和免疫反应性,检测了Hp临床分离菌株FlaA、FlaB抗原表达和感染者血清抗体情况.
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幽门螺杆菌lpp20基因的克隆及序列分析
幽门螺杆菌(Hp) lpp20基因编码Hp外膜上的一种相对分子质量约为18×103的脂蛋白(Lpp20).有研究表明,Lpp20具有良好的免疫原性和免疫保护性,是一种理想的疫苗候选抗原.本研究对Hp郑州分离株MEL-HP27 lpp20基因进行克隆和测序;通过对7株Hp lpp20基因的核苷酸序列及相应的氨基酸序列进行同源性分析,确定Hp lpp20基因的变异性.
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艾滋病痴呆综合征患者体内HIV-1 Nef氨基酸位点变异分析
目的 研究艾滋病痴呆综合征(ADC)患者体内不同部位HIV-1nef基因变异导致氨基酸位点的改变,为研究ADC发病机制提供思路.方法 克隆1例ADC病例尸检标本的外周(脾)和中枢神经系统(基底核、额叶灰质、脑膜、颞叶)共5个部位HIV-1 nef基因并测序,利用Bioedit、MEGA4等生物学软件与HIV-1标准株HXB2 Nef氨基酸序列进行比对,分析氨基酸位点变异情况.结果 该ADC患者Nef蛋白某些氨基酸位点发生改变,且外周组织与中枢神经系统间及中枢神经系统不同部位间的变异情况不同,某些变异为外周和中枢所共有,某些变异仅发生在外周脾,而某些变异仅发生于中枢神经系统.这些变异可能不同程度地改变Nef蛋白某些生物学活性及功能,进而影响到HIV-1病毒的复制、感染及凋亡等.结论 ADC患者体内的HIV-1 nef基因变异可导致Nef蛋白某些氨基酸位点改变,且可能对其生物学活性造成影响,这些变异是否与ADC的发病机制有关有待进一步研究.
