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北京市一例HIV-1 CRFl5_01B亚型类似毒株的鉴定
目的 通过对一例HIV-1毒株env、gag和pol基因的序列分析,表明HIV-1 CRF15_01B亚型类似毒株已在北京市出现.方法 从一例在北京居住的四川籍女性HIV-l感染者(BJ06108,通过性途径感染)血浆中提取病毒RNA,使用套式PCR方法扩增env、gag和pol基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 病例BJ06108在env、gag和pol基因区与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079基因离散率较近,基因离散率分别为8.8%、6.1%和7.2%.系统进化树分析表明BJ06108与CRF15_01B亚型参考株1501B.TH.99.99TH_MU2079聚在一起.结论 CRF15_01B亚型类似毒株已在北京市出现,应该加强HIV-1毒株亚型变异的监测.
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上海口岸2001-2005年HIV-1病原体变异分子流行病学研究
[目的]了解上海口岸2001-2005年艾滋病病毒Ⅰ型感染者(HIV-1)毒株基因亚型分布、变异情况及流行特征.[方法]收集2001-2005年上海口岸51份HIV抗体检测确认阳性的血样标本,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应进行体外扩增,获得核心蛋白(gag)和包膜蛋白(env)区基因的核酸片段,测定其序列和进行亚型分析.[结果]37份标本扩增阳性,共检出8个亚型,包括B亚型11份;CRF01-AE 10份;CRF02-AG5份;A亚型4份;C亚型4份;G亚型、B',和CRF07_BC亚型各1份.上海口岸毒株亚型分布于五大洲15个国家和地区,主要流行CRF01-AE和B亚型,从2004年开始出现其它亚型逐渐增多趋势.[结论]上海口岸流行的HIV-1毒株复杂多样,出入境人员是我国HIV毒株输入的主要渠道,流行毒株以性接触传播为主,AE重组毒株具有较强的传播优势.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 序列分析 分子 流行病学 -
辽宁省2008-2010年HIV-1基因亚型分布特征及流行病学分析
HIV-1毒株的感染力较强,是目前HIV流行的主要病毒株和重点研究对象[1].HW-1分为M(main)、O(outlier)和N(non-M-non-O)3个组.其中M组又分为A～K亚型.近年又证实了至少16种各种亚型的重组型CRF 01至CRF016.本研究对59例HIV-1感染者血浆样本进行基因扩增和序列分析并收集相关流行病学资料,结果报道如下.1.材料与方法:(1)样本来源:选取2008-2011年经病毒载量检测,载量＞1000 copy/ml的59例样本进行HIV蛋白酶(PR)和反转录酶(RT)基因区的扩增和测序.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 基因亚型 -
北京市2006年HIV-1流行毒株的gag和env基因序列测定及亚型分析
目的 监测2006年北京市北京户籍HIV感染者中HIV-1型流行病毒株的亚型分布特点和变化规律.方法 采集北京市2006年新确认北京户籍HIV-1感染者的抗凝全血样品32份,分离血浆,提取病毒RNA,用巢式聚合酶链反应方法扩增病毒gag和env基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 系统进化分析表明北京户籍HIV-1感染者样品分别属于5个亚型,分别为B亚型9份,泰国B亚型2份、C亚型2份,流行重组型CRF07 BC亚型5份,流行重组型CRF01 AE亚型4份.结论 北京市居民中已存在多种HIV-1亚型和流行重组型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 巢式聚合酶链反应 -
中国部分地区HIV患者B'和B'/C亚型毒株tat第一外显子基因变异与HIV疾病进展关系的研究
目的 了解中国B'和B'/C亚型HIV/AIDS患者tat第一外显子的基因序列及其二级结构的特征和变异特点,探讨其与HIV-1感染疾病进展之间的关系.方法 从辽宁、吉林和云南省HIV-1感染者中选取病情呈缓慢进展的B'亚型感染者8例和B'/C亚型感染者5例,选择年龄、性别感染时间与前二者匹配的病情呈典型进展的B'亚型感染者26例和B'/C亚型感染者9例.采集外周静脉血,提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1的tat基因,纯化后直接进行基因序列测定,序列编辑后翻译成氨基酸序列,进行氨基酸变异情况分析和二级结构预测.结果 B'和B'/C亚型缓慢进展者、典型进展者Tat第一外显子中发现多种氨基酸替换,但除A58T外均未显示出与病毒载量以及疾病进展的明确相关性.23N、31S、32Y、46F变异均显示出亚型特异性;Tat蛋白的二级结构未发现规律性变化.结论 中国HIV/AIDS患者tat第一外显子某些位点的基因变异,如A58T可能与病毒载量以及疾病进展有关,Tat蛋白的二级结构可能与HIV感染后的疾病进展无明显关系.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 tat基因 变异 二级结构 -
一例艾滋病痴呆综合征病人HIV-1 gp120基因多样性及生物学活性位点分析
为探讨人类免疫缺陷病毒1型HIV-1 gp120基因多样性和生物学活性位点与艾滋病痴呆综合征之间的关系,从一例艾滋病痴呆综合征病例尸检标本的淋巴结和中枢神经组织(大脑5个部位:颞叶灰/白质连接处、脑室周围组织、脉络丛、枕叶白质及枕叶灰/白质连接处)提取不同组织来源的基因组DNA,经PCR法扩增HIV-1 gp120基因,经克隆后挑选阳性克隆菌株,对插入片段进行测序.用生物学软件处理并绘制系统发生树,分析糖基化位点,计算ds/dn值,分析V3顶端四肽及关键位点的氨基酸.结果显示,该病人感染的病毒是HIV-1B亚型;分离自不同组织的HIV-1 gp120基因存在差异;与标准序列相比,分离自该病人的HIV-1 gP120基因的部分生物学活性位点存在改变,且源自外周淋巴组织与中枢神经组织的HIV-1 gp120基因中部分生物学活性位点也存在差异.结果表明,HIV-1 gp120基因多样性及与脑组织相关的某些生物学活性位点的改变可能与艾滋病痴呆综合征的发病机制存在一定关系.
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人类免疫缺陷病毒1型Tat蛋白N末端缺失突变体融合蛋白的表达及其免疫原性分析
本研究采用PCR方法从人类免疫缺陷病毒1型(Human immunodeficiency virus 1,HIV-1) HXB2株tat基因中扩增编码Tat蛋白N末端1-21位氨基酸缺失的突变体Tat22-101基因片段,构建其原核表达质粒pET32a-Tat22-101,经双酶切及测序验证后,转化大肠埃希菌BL21( DE3),进行IPTG诱导表达及Ni2+ NTA柱亲和层析纯化.纯化后的突变体融合蛋白PET32a-Tat22-101经SDS-PAGE及Western blotting鉴定,其相对分子质量约为26.9kD.该融合蛋白免疫BALB/c小鼠,经ELISA检测结果表明,pET32a-Tat22-101融合蛋白不仅较好地保留其免疫原性,而且能诱导产生高滴度的针对Tat N末端区之外的Tat其他功能区表位的抗体,为进一步研究Tat生物学功能和研制新型HIV Tat疫苗奠定试验基础.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 Tat蛋白 缺失突变 原核表达 免疫原性 -
抗HIV-1细胞毒性T细胞克隆的体外功能研究
人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)特异细胞毒性T细胞(Cytotoxic T-lymphocytes,CTL)是产生保护性免疫应答反应的重要宿主细胞.由于HIV 1特异性CTL免疫应答反应的异质性,CTL有效抗HIV-1病毒反应的功能机制仍然不明确.为了研究HIV-1特异性CTL抗病毒反应的功能特性,本研究应用分离培养的HIV-1特异性CTL克隆细胞株在细胞水平直接测定抗原肽刺激CTL产生的多种功能反应.选取12株具有不同HLA分子和抗原识别表位的HIV-1特异性CTL克隆细胞平行进行多种体外功能实验,包括杀伤活性实验、脱颗粒功能实验、胞内多重细胞因子测定实验,并对CTL的细胞毒性颗粒成分和耗竭分子表达进行定量分析.本研究发现HIV-1特异性CTL克隆细胞的杀伤活性与脱颗粒功能紧密相关,杀伤活性和脱颗粒功能又与多种细胞因子的生成水平和多重功能性相关.这些发现提示HIV-1特异性CTL克隆细胞的多种功能反应之间具有协同调节的机制特点.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 细胞毒性T细胞 免疫应答反应 功能实验 -
北京市2007年新确认HIV-1感染者流行毒株gag基因序列测定和亚型分析
为了解北京市HIV-1亚型特点和流行特征,随机采集北京市2007年新确证HIV-1感染者的抗凝全血标本200份,分离血浆,提取病毒RNA,用套式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.系统进化分析确定北京市HIV-1流行毒株分别属于7个亚型和流行重组型,分别为A1亚型1份,B亚型35份,泰国B亚型19份,C亚型3份,CRF01_AE亚型49份,CRF07_BC亚型51份,CRF08_BC亚型3份.北京市己存在7种HIV-1亚型和流行重组型,应该加强北京市HIV-1亚型流行情况的监测.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 套式聚合酶链式反应 -
我国河南、陕西两省献血感染者HIV-1 B亚型毒株gag基因变异研究
从河南和陕西既往献血感染的109份HIV-1阳性血浆样本中提取病毒RNA,扩增并测定其gag全长基因序列.按照采样时间对序列进行分组并利用Entropy软件分析不同组别的氨基酸序列差异.结果表明,2004年、2005年的序列与2002年的序列比较,分别存在8个和13个氨基酸组成有统计学意义的位点,其中有5个位点在两组比较中同时出现.存在差异的16个氨基酸位点中,10个位点的氨基酸分布呈现多态性增加的趋势,其中8个位点被我国人群主要HLA递呈的CTL表位覆盖;6个位点的氨基酸分布呈现多态性减少的趋势,这些位点均位于Gag蛋白重要的功能区内.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 B亚型 gag基因 遗传变异 -
限制性显示技术制备HIV-1B亚型基因片段的研究
目前已知引起人类艾滋病(AIDS)的人类免疫缺陷病毒(HIV)有HIV-1和HIV-2两个型,其中在世界范围内流行的是HIV-1.该型已确定至少有A～J 11个亚型,而在我国则以B、C、E亚型为主[1].
关键词： 限制性显示 人类免疫缺陷病毒1型 DNA芯片 -
艾滋病痴呆综合征患者HIV-1Vpr基因多态性及氨基酸序列分析
目的 研究艾滋病痴呆综合征(AIDS dementia complex,ADC)患者体内不同部位来源的HIV-1 Vpr基因突变及其氨基酸序列的改变,为HIV-1神经致病机制的研究提供依据.方法 取1例ADC患者外周(淋巴结、脾脏、肝脏)和中枢神经系统(脑膜、额叶灰质、额叶白质、颞叶皮质、基底核)共8个部位的尸检标本基因组DNA,巢式PCR扩增并克隆HIV-1 Vpr基因,与克隆载体pMD19-T连接,转化大肠杆菌DH5α后,分别挑取5个阳性菌落进行Vpv基因测序,测序结果通过MEGA6生成系统进化树并计算基因距离,SNAP进行同义/非同义替换值(ds/dn)的计算并分析氨基酸位点的改变.结果 该病例感染的病毒是HIV-1 B亚型,分离自ADC患者不同组织的HIV-1 Vpr基因序列存在差异,其中枢神经系统和外周HIV-1 Vpr基因序列在系统进化树中相互交织在一起,中枢和外周与HXB2 Vpr基因距离差异无统计学意义,所有HIV-1 Vpr基因序列的ds/dn=3.3749.与标准序列相比,该病例的HIV-1 Vpr基因编码的氨基酸序列有22个位点发生了变异,并且中枢各部位部分氨基酸位点的变异与外周不同.结论 ADC患者体内HIV-1 Vpr序列存在变异,且在外周和中枢不同部位中的变异不同,这些变异导致Vpr氨基酸位点的改变对Vpr蛋白生物学活性的影响及在ADC发病机制中的作用,还有待进一步研究.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 VPR 艾滋病痴呆综合征 基因多态性 -
HIV-1糖蛋白gp120在昆虫细胞中的表达、纯化、性质鉴定以及免疫原性分析
目的 利用杆状病毒-昆虫细胞表达系统建立高效分泌表达人类免疫缺陷病毒(HIV)-1 Env gp120糖蛋白的方法,并对其理化性质及免疫原特性进行分析.方法 选择B亚型HIV-1 NL4-3 gp120进行蛋白克隆设计,将目的蛋白基因序列克隆到杆状病毒转移载体pAcgp67B中pH启动子的下游,构建成重组转移载体pAc-gp120,利用同源重组的方式在宿主细胞内获得重组杆状病毒,并在High FiveTM昆虫细胞中表达gp120蛋白.之后使用酶联免疫吸附试验、分析超离和分子排阻色谱进行理化性质分析,并通过小鼠免疫实验分析其免疫原性.结果 建立昆虫细胞表达系统制备和纯化重组HIV-1 gp120蛋白的方法,终获得纯度约90％的gp120蛋白,多批次纯化后鉴定产量约为13 mg/L;酶联免疫吸附测定、分析超离和分子排阻色谱性质分析试验显示,重组HIV gp120蛋白在溶液有良好的抗原性并且在溶液中较为均一;通过弗氏佐剂与目的蛋白混合免疫BALB/c小鼠,免疫血清对NL4-3病毒具有一定程度中和活性,表明gp120蛋白能有效刺激机体产生免疫应答.结论成功建立了简便、可放大的HIV gp120蛋白表达和纯化方法,获得较为均一的、免疫原性良好的gp120抗原,为进一步开展HIV疫苗研究工作奠定了基础.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 昆虫细胞表达系统 包膜糖蛋白 gp120 免疫应答 -
艾滋病痴呆综合征患者体内HIV-1 Nef氨基酸位点变异分析
目的 研究艾滋病痴呆综合征(ADC)患者体内不同部位HIV-1nef基因变异导致氨基酸位点的改变,为研究ADC发病机制提供思路.方法 克隆1例ADC病例尸检标本的外周(脾)和中枢神经系统(基底核、额叶灰质、脑膜、颞叶)共5个部位HIV-1 nef基因并测序,利用Bioedit、MEGA4等生物学软件与HIV-1标准株HXB2 Nef氨基酸序列进行比对,分析氨基酸位点变异情况.结果 该ADC患者Nef蛋白某些氨基酸位点发生改变,且外周组织与中枢神经系统间及中枢神经系统不同部位间的变异情况不同,某些变异为外周和中枢所共有,某些变异仅发生在外周脾,而某些变异仅发生于中枢神经系统.这些变异可能不同程度地改变Nef蛋白某些生物学活性及功能,进而影响到HIV-1病毒的复制、感染及凋亡等.结论 ADC患者体内的HIV-1 nef基因变异可导致Nef蛋白某些氨基酸位点改变,且可能对其生物学活性造成影响,这些变异是否与ADC的发病机制有关有待进一步研究.
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广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型的关系
目的 研究广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株env基因V3环序列变异及其与生物表型间的关系.方法 从广西主要流行区收集来的50份HIV-1感染者血液样本中提取前病毒DNA,使用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)扩增HIV-1 env基因片段并进行亚型鉴定,选择38份CRF01-AE重组型HIV-1毒株env基因V3环及邻近区域的序列进行系统树和氨基酸变异分析.结果 38份CRF01-AE重组毒株中36份与分离于广西地区的CRF01-AE.97CNGX2f和泰国代表毒株THCM240接近,另外2份与中非共和国代表株90CF402聚成一簇;CRF01-AE重组毒株V3环顶端四肽存在着4种类型:GPGQ、GPGR、GPGH和GPGA;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:71.05%的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5作为辅助受体,28.95%不能对其辅助受体的使用情况做出预测.结论 广西HIV-1 CRF01-AE重组毒株V3顶端四肽变异较大,而且大部分毒株可能为NSI型,这可为广西该毒株的防治和诊断试剂的更新提供参考.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 变异 生物表型 -
广西地区HIV合并结核感染及其他因素对HIV复制影响的研究
目的 分析合并结核( tuberculosis,TB)感染及其他因素对广西地区HIV感染者病毒复制的影响.方法 2010年4月至2010年9月间在广西招募到未接受抗病毒治疗、CD4+T细胞数＜350个/μl的HIV/TB感染者61例,单纯HIV感染者34例.收集人口学、流行病学、临床信息,测定HIV病毒载量.结果 HIV/TB双重感染者与单纯HIV感染者血浆病毒载量差异无统计学意义[ (5.05±0.93) lg拷贝/ml vs (5.06±0.76) lg拷贝/ml,P=0.94].二元logistic回归分析显示,CRF01_AE亚型较其他亚型HIV感染者血浆病毒复制水平高,OR=8.07 (95％CI 1.07～61.20,P=0.04).年龄、感染途径、CD4+T细胞数,是否合并结核分枝杆菌(MTB)感染及TB临床类型对病毒复制水平的影响均不明显.结论 广西地区CD4+T细胞数较低的HIV感染者中,合并结核感染对病毒复制影响不明显；CRF01_AE亚型HIV-1病毒复制水平较高,在监测和治疗过程中需加强关注.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 结核分枝杆菌 病毒载量 -
我国HIV-1主要流行株外膜蛋白(env)基因V3～V4区变异及其与生物学特性的关系
目的研究我国HIV-1主要流行毒株亚型的env V3～V4区变异与生物学特性的关系. 方法应用nested-PCR对157份获自我国12个省份的HIV-1毒株env区序列进行扩增,并使用ABI 377型测序仪测序,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程序对env基因V3～V4区序列进行分析. 结果 B′亚型毒株V3顶端四肽存在着4种类型:GPGR(54%)、GPGQ(28%)、GPGK(16%)和GPGA(2%),B′/C重组毒株全部为GPGQ(100%),CRF01-AE重组毒株呈现GPGQ(95%)和GPGR(5%)两种类型;B′/C和CRF01-AE重组毒株V3～V4区及其临近区域N-糖基化位点比B′亚型毒株N-糖基化位点保守.而B′亚型毒株V3环的净电荷分别显著高于B′/C和CRF01-AE毒株(P<0.01);根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示:B′亚型毒株有9.26%可能使用CCR5,7.41%可能使用CXCR4,其余83.33%不能对辅助受体的使用作出预测.所有B′/C重组毒株被预测可能使用CCR5.CRF01-AE重组毒株有90.48%被预测可能使用CCR5,没有被预测为使用CXCR4的序列,9.52%不能作出预测. 结论 B′亚型毒株大部分可能为NSI型,少部分可能为SI型,而B′/C和CRF01-AE重组毒株绝大部分为NSI型.我国主要流行株的V3～V4区尤其是V3环的氨基酸变异可能与病毒生物学功能限制有关.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 生物表型 基因变异 -
从一名HIV-1感染者中分离出能中和2株Tier 2病毒的单克隆抗体
目的 从中国HIV-1感染者中分离和鉴定能够中和二级难中和(Tier 2)病毒的单克隆中和抗体.方法 单个B细胞流式分选和单克隆抗体表达技术获得单克隆抗体,免疫遗传学数据库分析抗体可变区基因,酶联免疫吸附试验测定抗体的结合能力,TZM-bl/假病毒中和试验测定抗体的中和能力.结果 从一个HIV-1 B亚型病毒感染者中分离到了E11和H2两个能够中和2株Tier 2病毒的单克隆中和抗体;E11和 H2抗体的重链基因均来源于 IGHV4-4*08家系,突变率分别为15.79%和14.74%,轻链基因均来源于IGKV3-15*01家系,突变率分别为8.33%和7.95%;两个抗体可与B亚型、CRF01_AE和CRF07_BC病毒蛋白结合;E11和H2抗体对398-F1病毒(Tier 2)的50%抑制浓度分别为18. 78 μg/ml 和22. 43 μg/ml,中和25710病毒(Tier 2)的浓度分别为43.35 μg/ml和39.45 μg/ml.结论 本研究成功分离到了两个能够中和2株Tier 2病毒的单克隆中和抗体,能够为相关艾滋病疫苗的设计提供研究基础.
关键词： 单克隆抗体 中和活性 流式分选 二级难中和 人类免疫缺陷病毒1型 -
HIV-1亚型与CD4+T淋巴细胞计数自然变化趋势的相关性分析
目的 了解不同HIV-1亚型感染者CD4+T细胞计数自然变化情况,分析HIV-1亚型和CD4+ T细胞计数自然变化的关系.方法 94例在南京市诊断的抗病毒治疗前至少有过2次CD4+ T细胞计数检测的HIV-1感染者被纳入研究.描述分析不同亚型感染者CD4+ T细胞计数自然变化情况.运用多元Logistic回归分析探索影响CD4+ T细胞计数变化的因素,运用非参数检验分析HIV-1亚型与CD4+ T细胞计数变化的关系.结果 94例HIV-1感染者的CD4+T细胞计数月均自然变化速率为-2.20(IQR:-11.36~2.13)细胞/μl.其中24例(25.5%)研究对象末次计数水平较首次显著下降(≥30%).多元Logistic回归分析显示,CRF07_BC和其他亚型感染者出现CD4+ T细胞计数显著下降的风险分别是CRF01_AE感染者的0.28(95%CI:0.08~0.95)倍和0.16(95%CI:0.03~0.80)倍.非参数检验分析结果进一步表明,CRF01_AE感染者(M=-21.54,IQR:-30.97~-11.92 细胞/μl)比CRF07_BC感染者(M=-11.26,IQR:-14.06~-5.63细胞/μl)具有更快的CD4+ T细胞计数下降速率(P=0.033).结论 HIV-1亚型对CD4+T细胞计数自然下降速率具有显著影响,应密切关注CRF01_AE感染者的免疫状况,尽早开始抗病毒治疗.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 CD4+T淋巴细胞 相关性分析 -
中国HIV-1 B'亚型毒株nef基因多态性及其对疾病进展影响的研究
目的 研究我国北方地区B'亚型HIV-1感染者病毒基因组中nef基因多态性、重要功能区的保守程度,探索其与疾病进展的关系.方法 HIV-1 B'亚型感染长期不进展者(LTNP)30例,典型进展者(TP)42例,从全血标本中提取全前病毒DNA,经nested-PCR扩增nef基因全长,扩增产物纯化后直接测序,对测得的序列进行系统进化和氨基酸变异分析,并计算比较LTNP组与TP的HIV/AIDS组氨基酸突变位置和频率的差异.结果 nef氨基酸序列长度可变区R21K/E/H/I/Q取代,TP组突变频率(59.52%)低于LTNP组(93.33%,P<0.005,OR=0.11).功能区外S15R/K/N取代,TP组突变频率(64.29%)高于LTNP组(33.33%,P<0.01,OR=3.60);K39R/E/N取代,TP组突变频率高于LTNP组(P<0.005).其他功能区内有少数序列发生变异,但在两组间无差异.结论 未发现中国北方地区HIV-1 B'亚型nef基因与疾病长期不进展相关联的明显缺失或缺陷,但nef基因序列长度可变区R21位K/E/H/I/Q取代R可能与疾病缓慢进展有关,S15R/K/N取代、K39R/E/N取代可能与疾病进展相关.nfe氨基酸序列的重要功能区较为保守.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 Nef 基因多态性 长期不进展
