首页 > 文献资料
-
1990～2004年上海市甲型流感病毒基因特性的研究
目的研究1990～2004年上海市甲型流感病毒流行株血凝素(HA)基因的特性,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系.方法采用鸡胚和MDCK细胞两种方法分离甲型流感病毒.提取病毒RNA进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增产物纯化,核苷酸序列测定,并用MegAlign软件进行基因种系发生树分析.结果2000年以来上海市流行的甲3亚型与A/Sydney/5/1997(H3N2),A/Wuhan/359/1995(H3N2)相比,HA1区的核苷酸同源性为95.7%～98.6%和96.8%～98.6%.与90年代流行甲3亚型同源性为88.4%～92.8%,氨基酸的替换发生在抗原决定簇A、B、E、D区和受体结合位点(RBS)的左臂.甲1亚型与A/HongKong/1131/1998(H1N1)、A/Shanghai/7/1999(H1N1)相比,核苷酸同源性为97.8%～99.3%,与90年代流行的甲1亚型同源性为96.8%～97.8%.基因种系发生树表明近几年甲型流感病毒与90年代流行株存在基因特性不同的分支.结论2000年以来上海市H1N1亚型的抗原性未发生明显的变异,H3N2亚型流感病毒的基因发生变异使抗原性发生漂移,是近年引起局部地区流感暴发的主要因素.
-
2005-2007年吉林省乙型流行性感冒病毒HA1基因序列分析
目的 了解2005-2007年吉林省乙型流行性感冒(流感)病毒HA1基因的演变特征.方法 采用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒RNA,经反转录和聚合酶链式反应扩增后测序.结果 2005-2007年吉林省同时流行着乙型Victoria系和Yamagata系流感毒株.与B/Shanghai/361/02相比,2005年流行的乙型Yamagata系病毒有8个氨基酸位点发生改变;2007年流行的乙型Yamagata系病毒有10个氨基酸变化位点;2007年流行的乙型Victoria系毒株与B/Malaysia/2506/04相比,只有3个氨基酸位点发生替换.结论 2005-2007年吉林省流行的乙型Yamagata系病毒与B/Shanghai/361/02相比已经发生变化;吉林省2007年Victoria系毒株与疫苗代表株B/Malaysia/2506/04比较接近.
-
野生和疫苗株衍生脊灰病毒的实验室监测
全球脊髓灰质炎(脊灰)实验室网络(GPLN)持续支持全球脊灰根除倡议,包括100个国家的145个机构和所有6个WHO地区的操作运转.其主要责任是分析来自急性弛缓性麻痹症(AFP)病例的粪便样本,鉴定这些样本按照血清型和内在型分离物的任何脊灰病毒,并提供核苷酸序列,以便用分子流行病学研究调查病毒传播链.有些GPLN网络的机构已经在本国开展了一些临床诊断或研究工作.
-
应用逆转录聚合酶链反应分离戊型肝炎病毒基因
应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)从新疆东部一起戊型肝炎(HE)流行期间3例HE病人的4份粪便标本中分离到了含665个核苷酸硷基对的戊型肝炎病毒(HEV)基因片段.核酸序列分析结果与缅甸HEV株(ET1.1)相比,核苷酸序列同源性为91.5%,氨基酸序列同源性为98.0%.
-
脆性X染色体综合征的生殖遗传研究进展
脆性X染色体综合征(FXS)为多数精神发育迟滞和孤独症患者所共有,同时也与人类生殖密切相关.减数分裂期X染色体长臂脆性X智力低下-1(FMR1)基因全突变可导致智力低下和孤独症,而前突变可导致震颤、共济失调、青春期后巨睾症和卵巢早衰(POF).FMR1突变基因具有扩展CGG核苷酸序列和超甲基化[1,2].超甲基化区域FMR1基因复制很少,故相关基因产物不足是导致FXS发生的重要原因[3].有研究显示检测FMR1基因重复区CGG重复数和5’端CpG岛是否甲基化可快速筛查和诊断FXS[4].FMR1基因全突变发病率男性为1/4 000,女性为1/8 000[5];前突变在女性中发病率为1/130～1/260,在男性中发病率为1/250 ～1/810[6].地区、种族、环境背景不同,发病率会有所差异.Cronister等[7]的研究显示前突变在中国人中较少见,与之相比,其在中东地区特别是以色列较为常见.为具有家族特征的前突变和全突变携带者提供孕前遗传优生咨询,通过制定系统的有效生殖策略提高出生人口素质.
-
利用逆转录聚合酶链反应在瑞士进口的矿泉水和瓶装矿泉水中发现类诺沃克病毒(HIV)
Beuret C,Kohler D,Luthi T等人于2000年11月在《J Food Prot》杂志上发表文章，介绍了在瑞士进口矿泉水中发现类诺沃克病毒(NLV)的情况。NLV病毒是萼状病毒(小杯状体)属。由NLVs引起的大多数非细菌性肠炎是通过痰及浮尘传播的。在美国由已知的食源性病原体引起的疾病中估计有67%是由NLVs引起的，许多疾病的爆发与摄入首次污染与再次污染的食品有关。还没有由污染的矿泉水引起疾病的流行的报道。对进口瑞士或在瑞士装瓶的29个不同品牌的63个矿泉水样本进行了NLV序列检测。通过逆转录聚合酶链反应检出21个矿泉水样中存在NLV。在污染的试样中有2种NLV基因组(genogroups,gg)—基因组Ⅰ和Ⅱ。发现NLV序列与瓶子的特征或化学性质(矿化\,pH)或碳酸无关。12种NLV阳性试样的核苷酸序列抽样分析排序显示出几个点突变。所有gg Ⅰ型NLV菌株与一般的Desert Shield有70%～87%病毒(U04469)类似，gg Ⅱ型NLV菌株与Camberwell病毒(U46500)有89%～93%的相似点。文章还讨论了矿泉水中出现NLV病毒的几个可能原因。(刘瑕供稿 郑云雁校)
-
福建省诺如病毒腹泻暴发的流行病学研究
对福建省三个地区出现的四起疑似诺如病毒腹泻暴发事件进行了流行病学调查,并对分离病毒进行核苷酸序列对比与分析.
-
浙江省2005年麻疹病毒流行株基因特性分析
目的分析浙江省2005年麻疹病毒流行株的基因特性.方法对暴发疫情中分离的4株麻疹病毒采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增血凝素蛋白(H)和核蛋白(N)基因,纯化产物进行核苷酸序列测定.结果浙江省2005年分离到的4株麻疹病毒流行株均为麻疹H1基因型,属于中国麻疹病毒优势基因型.各分离株之间H基因氨基酸同源性为99.2%～99.7%,N基因氨基酸同源性为99.8%;与中国疫苗株沪191株的H基因和N基因比较,其氨基酸水平上的同源性分别为95.2%～95.5%和95.5%.结论浙江省2005年分离到的麻疹病毒流行株属于同一性状毒株,均为H1基因型;与中国疫苗株沪191株相比较,两者在基因特性上存在明显差异.
-
新疆克里米亚-刚果出血热病毒株S基因分子生物学特性研究
目的 对新疆地区2005年分离自亚洲璃眼蜱的3株克里米亚-刚果出血热(CCHF)病毒株进行S基因序列测定并分析比较该病毒的分子生物学遗传特性.方法 应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒基因组S片段,纯化后直接测定其核苷酸序列,用DNASTAR软件对测定的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行比较分析.结果 3株病毒S基因都由1673个核苷酸组成,开放阅读框均为1449个核苷酸,编码482个氨基酸,3株病毒间核苷酸及氨基酸同源性序列为99.5%,与其他已发表的9株CCHF病毒株的核苷酸序列同源性在92.7%～99.8%之间.这3株病毒与已分离的7001和79121株同属1个基因组,序列相差2%～3%之间.与尼日利亚的原型株IBAR10200的差异性为13%,远大于与中国原型株66019之间的6.8%的差异.结论 中国株为相对独立的一个类群,新疆自治区境内不同地区分离的CCHF病毒S基因分子结构差异相对较小.
关键词： 克里米亚-刚果出血热 S基因 核苷酸序列 系统发生树 -
北京地区流行性出血热SEO型汉坦病毒基因差异的研究
目的 揭示北京地区啮齿类动物所携带的流行性出血热(EHF)汉坦病毒的基因型、毒株差异,追溯其传染来源.方法 本研究应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增技术及核苷酸序列测定方法对免疫荧光抗原阳性的标本进行研究分析.结果 对5个阳性标本的300 bp部分M基因组片段序列分析表明均为SEO型汉坦病毒;毒株核苷酸序列比较表明:与其他SEO型毒株同源性均达94%以上,而与其他HNT型毒株同源性均低于72%;毒株序列所构建的系统发生树显示,北京地区SEO型汉坦病毒可能至少存在4个不同的进化分支和两个不同的汉坦病毒亚型.结论 北京地区流行性出血热流行的主要毒株是SEO型汉坦病毒,毒株间存在着一定的基因差异,其传染来源有待深入研究.
-
2006-2009年济南市麻疹病毒流行株的基因测定分析
自1954年麻疹病毒(MV)分离成功以来,一直被认为是单一血清型.1998年5月,WHO规定对MV基因定型至少对血凝蛋白(HA)全长编码序列或核蛋白(N)基因碳末端450个核苷酸序列进行分析.至目前已发现MV存在8个基因组(A-H)23个基因型[1].
-
丙型肝炎病毒西安株2a型包膜蛋白E区部分cDNA的分析
丙型肝炎病毒（HCV）包膜蛋白区（E区）基因是HCV基因组中变异大的部位，不同分离株的核苷酸差异可达40%左右［1］。作者对陕西省HCV地方株的全部E1，部分E2/ NSI区进行了序列测定，并与已发表的多个株做同源性比较。 1.材料和方法：HCV血清取自西京医院丙型肝炎患者，血清经5′非编码区通用引物RT-PCR确认HCV RNA阳性，引物参照HC-J6设计［2］。序列分别为：R1（+）GTGGGTAA-GGTCATCGAT(695～712)，R2（+）GCCGACCTCATGGGGTAC-(731～748)，R3（-）ACCTAGTGCCAACTGCCATTGGT(1 586～1 603)，R4（-）GTTGATGTGCCAACTGCC(1 592～1 609)。 用异硫氢酸胍-冷酚法一步提取HCV RNA，反转录成cDNA，用R1/R4，R2/R3进行套式PCR扩增，琼脂糖凝胶电泳鉴定，产物纯化、回收，与PGEM-T载体连接，克隆并测序。 2．结果：将所分离毒株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列分别与已报道的HC-J6，HC-J1，BEBE1，HC-J8，HCV-H，HCV-HB，HCV-T的相应序列进行比较。从表1可见，在核苷酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为78.2%，与其他几株的同源性相对要低一些，与中国河北株HCV-HB的同源性低；在氨基酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为75.7%，与其他株的同源性低，与中国河北株HCV-HB的同源性低。 3.讨论：HCV 核酸存在广泛的异质性，其中E区不断发生变异，可能是使病毒在体内持续存在的原因，其变异亦可能与疾病程度、对干扰与治疗的抵抗、引起慢性化及肝细胞癌等有一定相关，赵小宁等［3］已经用RT-PCR法从1例陕西地区丙型肝炎患者血清中扩增并克隆和测定了5′NCR，C区的基因序列，分析同源性为2a型，本次研究用同一份血清，测定了全部E1区，部分E2/NSI区共878 bp的核苷酸序列，将所得序列与已报道的几株HCV序列比较后发现，我们的分离株同HC-J6的同源性大，同属于2a亚型。我国已有完整克隆的河北株、北京株和台湾株，但都属于HCV-1b型，本次对2a型的实验克隆对全面了解HCV基因组的结构及其变异，对HCV的基础及临床研究都具有重要意义。
-
我国分离的盖塔病毒衣壳蛋白基因和3'非翻译区分子特征研究
对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒(GETV)(M1、HB0215-3和HB0234)进行衣壳蛋白基因和3'UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征.首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3'UTR片段,纯化后连接到载体中进行测序,然后用Clastal X和DNASTAR软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用MEGA软件绘制系统发生树.3株病毒衣壳蛋白基因分别由801、804和804个核苷酸组成,分别编码267、268和268个氨基酸,3株病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性为97.6%～100%和97.8%～100%,与其他GETV分离株核苷酸同源性在95.4%～99.6%之间.3株病毒3'UTR分别由411、401和401个核苷酸组成,发现中国株存在10个(45～54位)核苷酸缺失和2个(64位、148位)特有的核苷酸位点.进化分析表明盖塔病毒之间的进化关系与分离年代相关,中国境内流行的盖塔病毒是相对独立的一个类群.
-
龙岩市一起暴发性脑炎疫情分离的埃可病毒6型基因特征分析
对2010年福建省龙岩市长汀县埃可病毒6型(ECHO6)肠道病毒引起的暴发性脑炎,进行病原学分析,为该病的防控提供有价值的信息.对病例脑脊液标本进行荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)、中和鉴定进行病原确认,再经PCR法对其中4株毒株进行VP1片段或全基因组核苷酸序列测定,用DNAStar软件中的MegAlign等软件进行同源性分析,Mega 4.0软件进行进化树分析.经病原学检测方法确认为ECHO6型肠道病毒,VP1片段核苷酸序列分析显示为C2亚型.全基因组序列共7 407个核苷酸,与其他ECHO病毒和CVB(Coxsackie virus B)病毒基因组构成相似,同源性为78.5％～87.3％.此次暴发性脑炎是由肠道病毒ECHO6 C2亚型引起,病毒株全基因组序列长度与标准株(U16283)相近,同源性达80.4％.
-
中国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gei/07-30磷蛋白基因的分子特征及其编码蛋白特性分析
对我国西藏小反刍兽疫病毒野生株China/Tib/Gej/07-30进行磷蛋白基因序列测定,并进行分子生物学特征分析.首先应用逆转录聚合酶链式反应扩增出病毒磷蛋白基因片段,对聚合酶链式反应产物进行直接测序,然后对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析.小反刍兽疫病毒china/Tib/Gej/07-30磷蛋白基因由1 655个核苷酸组成,编码2个相互交叠的开放阅读框(0RF).第一个ORF长度为1530个核苷酸.编码的P蛋白长度为509个氨基酸.第二个ORF长度为534个核苷酸,编码的C蛋白长度为177个氨基酸.第一个ORF通过基因编辑在751位插入1个G核苷酸,转录生成第二个mRNA,长度为897个核苷酸,编码的V蛋白长度为298个氨基酸.小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的P蛋白与其他分离株氨基酸序列同源性为86.1%～97.3%,C蛋白氨基酸序列相似性为84.3%～94.9%,V蛋白为82.9%～96.3%.China/Tm/Gej/07-30的P蛋白第315～387位氨基酸是一段高度保守的七肽重复序列.
-
我国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30核衣壳蛋白基因和基因组启动子区的分子特征分析
首次对我国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的核农壳蛋白(N)基因和基因组启动子(GP)区进行序列测定和分子生物学特征分析.首先应用逆转录聚合酶链式反应从发病山羊病料中扩增出小反刍兽疫病毒N基因片段,用cDNA 3'末端快速扩增方法获得基因组启动子区片段,对聚合酶链式反应产物进行直接测序,然后对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,绘制系统发生树.我国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的N基因由1 689个核苷酸组成,编码525个氨基酸,与India/Jhansi/03等6个已知N基因全序列的PPRV毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为91.7%～97.6%和94.9%～98.5%.小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30N蛋白与磷蛋白作用的结构序列之一为495LFRLQAM501保守序列,N蛋白281-289位氨基酸含有一个T细胞表位,为281YPALGLHEF289保守序列.小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的GF区由107个核苷酸组成,与Tur-key 2000等5株其他PPRV毒株同源性为91.8%～98.2%.N基因核苷酸序列和相应的氨基酸序列系统进化分析表明小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30与亚洲国家分离株关系近.
-
一个侵染山东大葱的胡葱黄条病毒分离物的鉴定
在山东章丘大葱上发现了一种引起畸形黄条症状的线状病毒.该病毒容易摩擦接种侵染大葱和胡葱,但不侵染其它22种测试植物,能经由豌豆蚜传播.病毒粒子形态和细胞病理特征具有马铃薯Y病毒科成员的典型特征.Western blot分析表明,提纯病毒制备的抗血清能与病毒自身外壳蛋白起特异性的强反应,与薤花叶病毒、晚香玉轻斑驳病毒、小西葫芦黄花叶病毒和芋花叶病毒外壳蛋白有较弱的反应.采用马铃薯Y病毒科简并引物PCR技术扩增了该病毒的基因组3′-末端部分序列,序列比较表明它为胡葱黄条病毒(SYSV),系统进化树分析表明世界范围内的SYSV分离物可以区分为4个主要群体,在一定程度上与寄主植物种类及地理分布相关.
-
在传染性非典型肺炎患者组织和血液中发现冠状病毒
用RT-PCR从广东两例传染性非典型肺炎(非典型肺炎)死亡病例的肺和脾标本中,以及北京、辽宁和宁夏非典型肺炎患者血清中,扩增出冠状病毒核苷酸序列.这些PCR产物为冠状病毒RNA聚合酶基因部分片段,所有测定的序列和国内外SARS病毒序列相同.这些发现提示,冠状病毒和非典型肺炎关系密切,有助于确定我国非典型肺炎的病因.所建立的套式PCR方法可以用于检测临床标本.由于血液中存在SARS病毒,进行血清操作时需要注意安全保护.
-
猪伪狂犬病毒蛋白激酶基因的序列测定与分析
对伪狂犬病毒湖北株(PRV HB株)蛋白激酶(PK)基因进行了克隆和序列测定.分析比较了该序列与PRV NIA-3株、Ka株以及HSV-1、VZV PK基因的同源性.结果显示,在测定全长1?312bp的DNA序列中,包括着一个1?002核苷酸的开放读框,可编码334个氨基酸组成的多肽.PRV-HB株PK与PRV-NIA3、PRV-Ka、HSV-1、VZV PK基因比较,核苷酸的同源性分别为98.7%、97.5%、50.7%和42.0%;基因编码区氨基酸序列的同源性分别为98.2%、95.8%、37.7%和37.2%.PRV PK具有细胞丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化结构域的保守氨基酸共有序列和亚结构域特征序列.
-
马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗gag基因的序列测定及分析
以马传染性贫血病毒(EIAV)驴白细胞弱毒疫苗株(DLA)病毒基因组RNA为材料,用RT-PCR方法扩增出EIAV gag基因,经平端连接将其克隆到质粒载体pUC19中.由于疫苗不是克隆株,因此通过5次单独克隆与测序,推导出EIAV-DLA gag基因的优势序列.gag基因全长1 458个碱基,编码一486个氨基酸残基的前体蛋白.与美国EIAV Wyoming 1369株比较,核苷酸同源性为80%,氨基酸同源性为84.47%.其中,衣壳蛋白P26的主要同源区(MHR)、核衣壳蛋白P11的两个CCHC型锌指结构及酸性蛋白P9的YXXL基元为高度保守的结构.为进一步研究马传染性贫血病毒弱毒疫苗的致弱机理提供了理论依据.
