首页 > 文献资料
-
巨细胞病毒型别多样性的研究与临床
1 巨细胞病毒的型别多样性及分型方法概述人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)属于疱疹病毒β亚科,为线状双链DNA病毒,其DNA链全长超过240kb,是大的疱疹类病毒.虽然HCMV大部分的基因序列高度保守,但部分位点的基因存在不同程度的变异,如编码CXC趋化因子UL146、编码Ⅰ型膜糖蛋白的UL139和编码不同包膜糖蛋白的基因都高度可变.
-
丙型肝炎病毒窗口期感染核酸阳性血清检测和基因型别分析
目的 分析丙型肝炎病毒(HCV)早期感染血液样品核酸(RNA)检测的意义,并对检出的核酸阳性血清进行基因分型.方法 对8649份自然供血员及566份HCV可疑感染者血清进行核酸(TMA RNA试剂)检测,检测出的HCV RNA阳性样品利用基因分型芯片进行分型.同时利用HCV核心总抗原(HCVc Ag)和游离抗原(HCV free Ag)试剂以及抗体(Anti-HCV)试剂进行检测.并对检测数据进行比较分析.结果 在所有血液样品中发现1份HCV抗体、HCVc Ag、HCV free AS全部阴性但RNA阳性的样品,基因型别为1b型.在8649份自然供血员血清中筛出1份HCYd Ag、HCV free Ag以及HCV RNA阳性但抗体阴性血清,基因型别为1b型.在566份HCV可疑感染者血清中,筛出1份HCV free As和核心抗体同时阳性血清,基因型别为1b型.TMA试剂筛出5份RNA阳性血清但微粒子抗体试剂检测阴性,TMA试剂筛出6份RNA阳性的血清而酶标抗体试剂检测阴性.这6份血清,利用傲拓HCV总抗原试剂检测,其中5份HCV总抗原阳性.在澳大利亚国家血液中心进行复核,其中5份RNA阳性.在566份血清中,TMA试剂检出RNA阳性495份,阳性率87.4%.对RNA阳性血清进行型别分析,以1b、2a型为主,分别为46.5%和27%.结论 由于检出了HCVRNA单独阳性的窗口期样品,认为利用HCV抗体试剂对血液进行筛查的同时,使用HCV RNA试剂做必要的补充实验,可以减少因窗口期造成的漏检.型别分析认为,窗口期感染样品基因型别也以1b,2a型为主.
-
子宫颈癌高危妇女中人乳头瘤病毒16和18型血清抗体分布特征
目的：分析HPV16和18型（HPV16/18）血清抗体在高危人群中的分布。方法召回952名参加2011年河南省新密市子宫颈癌筛查阳性妇女，于2012年采集子宫颈口脱落细胞检测HPV DNA，采用ELISA检测血清HPV16/18抗体。结果952名妇女中230例（24.2%）HPV DNA阳性，HPV16/18病毒样颗粒（VLP）抗体阳性率分别为23.2%和6.5%，任意一种HPV16/18 VLP抗体阳性率为26.8%。HPV16/18抗体GMT分别为79.1 YU（Yangshengtang Unit）/ml和125.0 YU/ml。HPV16抗体阳性率在不同年龄、不同病毒载量和不同子宫颈病变组的差异有统计学意义（P＜0.05）；HPV18抗体阳性率与病毒载量相关（P＜0.01），且在不同病理等级中其滴度分布不同，差异有统计学意义（P＜0.01）。结合两年HPV DNA检测结果，HPV持续感染的妇女HPV16/18抗体阳性率高于HPV新发感染和无HPV感染妇女，差异有统计学意义（P＜0.001）；相对于无HPV感染妇女，HPV一过性感染者HPV16抗体阳性率和滴度均较高，差异有统计学意义（P＜0.001）。结论 HPV16/18抗体在调查的高危妇女中阳性率较高，且与年龄、病毒载量、子宫颈病变程度以及既往感染史有关，病毒载量高、病变程度重或有既往感染史者更易产生抗体。
-
江苏省一起胃肠炎暴发疫情中分离的诺如病毒基因特征分析
目的 分析江苏省一起胃肠炎暴发疫情中分离的诺如病毒基因特征.方法 对2016年12月16-27日江苏省一起急性胃肠炎暴发疫情中病例的肛拭子标本进行核酸提取,利用诺如病毒特异性引物对部分RNA依赖的RNA聚合酶序列及完整衣壳蛋白序列(VPl)进行RT-PCR扩增,扩增产物测序后进行基因特征分析.结果 序列比对结果显示,PCR产物在诺如病毒RNA依赖的RNA聚合酶区与GⅡ.g型别的西班牙株及芬兰株处于同一分支,同源性为98.7％,在VP1区与GⅡ.1型别的美国株同源性更高(99.4％),初步推断为重组病毒.进一步通过重组分析软件Simplot分析,其可能重组位点在VPl的5 106位点,定位在ORF1/2交叠区.VP1氨基酸变异位点分析显示,其假定的抗原表位及受体结合表位均未出现变异,仅在1 32位氨基酸位点由N突变为S.结论 江苏省胃肠炎暴发疫情中分离的诺如病毒为GⅡ.g-GⅡ.1重组变异株.
-
杭州地区2009-2010年急性腹泻患者中杯状病毒的检测和分型
目的 了解2009-2010年杭州地区急性腹泻患者中杯状病毒基因型别和分子流行病学特征.方法 收集2009-2010年杭州地区920例急性腹泻患者的粪便标本和流行病学资料,用多重PCR方法进行杯状病毒检测,测定部分标本的阳性扩增片段基因序列,并对序列进行系统进化分析.结果 急性腹泻患者杯状病毒检出率为21.8％(201/920),其中诺如病毒(NV)G Ⅰ型25例、GⅡ型170例、札如病毒(SAV) 11例,4例为NVⅠ型和Ⅱ型混合感染、1例为NVⅡ型和SAV混合感染.NV基因型别包括:GⅠ-1(3株)、G Ⅰ-2(1株)、GⅡ-4/2006b变异株(7株)、GⅡ-2(1株)、GⅡ-7(1株)和GⅡ-4/2008变异株(2株);SAV基因型别包括:G Ⅰ -2(5株)、GⅠ-1(4株)和GⅡ-1(1株).杯状病毒的流行在不同季节、年龄组人群均有发病.结论 杯状病毒是2009-2010年引起杭州地区急性腹泻的主要病原之一,其病原具有病毒多样性和基因型别多样性,NVGⅡ-4/2006b变异株或类似株可能是2009-2010年杭州地区流行的优势株.
-
江苏省阜宁地区自然人群中18～45岁女性人乳头瘤病毒16、18型中和抗体及DNA的流行率
目的 研究江苏省阜宁地区自然人群中18～45岁女性人乳头瘤病毒(HPV) 16、18型中和抗体及DNA的分布.方法 2012年12月至2013年1月,采用多阶段随机抽样的方法,在江苏省阜宁地区共招募1 494名18～45岁女性,采集宫颈脱落细胞进行HPV DNA检测,采集血清并通过假病毒中和试验检测抗HPV16、18型中和抗体,采用SPSS 21.0软件分析不同年龄段HPV DNA阳性率及HPV中和抗体阳性率的差异.结果 1494名女性中HPV16型DNA阳性28例(1.9％)、中和抗体阳性188例(12.6％);HPV18型DNA阳性15例(1.0％)、中和抗体阳性60例(4.0％).HPV16、18型DNA和中和抗体阳性率在各年龄段的分布差异均无统计学意义(P＞0.0s).16.7％的研究对象已感染过HPV16和/或18型.结论 江苏省阜宁地区自然人群中18～45岁女性大多数未感染过HPV16、18型,是HPV16、18型疫苗应用的目标人群.
-
浙江省2005年麻疹病毒流行株基因特性分析
目的分析浙江省2005年麻疹病毒流行株的基因特性.方法对暴发疫情中分离的4株麻疹病毒采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增血凝素蛋白(H)和核蛋白(N)基因,纯化产物进行核苷酸序列测定.结果浙江省2005年分离到的4株麻疹病毒流行株均为麻疹H1基因型,属于中国麻疹病毒优势基因型.各分离株之间H基因氨基酸同源性为99.2%～99.7%,N基因氨基酸同源性为99.8%;与中国疫苗株沪191株的H基因和N基因比较,其氨基酸水平上的同源性分别为95.2%～95.5%和95.5%.结论浙江省2005年分离到的麻疹病毒流行株属于同一性状毒株,均为H1基因型;与中国疫苗株沪191株相比较,两者在基因特性上存在明显差异.
-
2012～2016年宁夏急性驰缓性麻痹病例监测系统中非脊灰肠道病毒病原鉴定分析
对宁夏2012～2016年急性驰缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例监测中分离到的非脊灰肠道病毒(Non-polio enterovirus,NPEV)进行血清型别鉴定和基因特征分析.采用RD和L20B两种细胞对采集自AFP病例及其接触者的粪便标本进行病毒分离,分离获得的毒株使用肠道病毒简并引物进行全长VP1区基因扩增、核苷酸序列测定、基因型别鉴定和基因系统发生学分析.2012～2016年共收集959份粪便标本,其中采自AFP病例粪便标本426份,密接者粪便标本533份,分离到67株NPEV,除4株未鉴定出型别外,共鉴定出23个肠道病毒血清型,其中A组肠道病毒(EV-A)23株(36.51％),包括7个血清型,以CV-A4(12.69％)、CV-A8(6.35％)和EV-A71(6.35％)为主;B组人肠道病毒(EV-B) 40株(63.5％),包括17个血清型,以CV-B组4、2和3为主,分别占11.11％、9.52％和7.93.％,未鉴定出C组和D组人肠道病毒.宁夏2012～2016年从AFP病例及密接者标本中分离到的NPEV以EV-B组为主要型别,占63.49％,随着时间的推移一些主要流行的血清型别发生了变化.
关键词： 急性迟缓性麻痹(AFP) 非脊灰肠道病毒 基因型别 基因进化树分析 -
2014～2017年南京地区胃肠炎暴发中诺如病毒分子流行病学特征
了解2014～2017年南京地区诺如病毒胃肠炎暴发流行特征、变化规律和流行株特征,为疫情控制、疫苗研发提供科学依据.收集2014年9月至2017年8月南京地区12个区疾控上送85起疑似诺如病毒急性胃肠炎暴发样本,应用荧光定量PCR和一步法RT-PCR检测诺如病毒基因序列,测序后利用分子生物学软件对序列进行分析.其中66起诺如病毒检测阳性,暴发集中于幼儿园和小学,冬春季节高发.诺如病毒优势株在连续的几个流行季持续变化,由GⅡ.4/Sydney 2012转变为新型GⅡ.P17-GⅡ.17,再到GⅡ.P16-GⅡ.2.其中GⅡ.P16-GⅡ.2与全球2016～2017年参考株同源性达98.4％～99.5％.2014～2017年南京地区诺如病毒急性胃肠炎暴发的流行强度呈上升趋势.引起暴发的诺如病毒以GⅡ为主,含多种基因型,并存在重组株,优势基因型在连续的几个流行季持续改变.诺如病毒近几年不断变异,从而逃脱人群免疫,可能是其流行趋势上升的原因之一.
-
巢式-PCR检测蜱体中土拉弗氏菌的fopA基因及血清学调查
为调查陕西省部分地区是否存在土拉弗氏菌病,采集子午岭山区的的蜱标本及人群血标本.蜱标本提取体内细菌DNA,采用巢式PCR法进行检测并对阳性标本进行基因分型;对人群血清采用免疫吸附实验进行血清学抗体检测;统计处理应用SPSS软件.结果在富县、陇县共采集3个蜱种1 116只蜱标本,其中达吉斯坦革蜱、日本血蜱、嗜群血蜱3个蜱种25只蜱标本检测到土拉弗氏菌的fopA基因,总阳性率为2.24％;不同蜱种阳性率存在差异,以日本血蜱的阳性率高(15.39％).从25份阳性标本中选取10份进行序列测序,获得核酸序列与土拉弗氏菌B亚种菌株序列AF247690.2 100％同源.对阳性标本进行SSTR9区域扩增,共有6种不同的拷贝数,其中以拷贝数9的占多数(40.00％).利用MEGA (4.0)软件进行聚类分析显示主要分为两大群.检测当地居民血清标本725份,检测出土拉弗氏菌病血清IgG抗体阳性者37份,阳性率5.10％.本文首次证实陕西省土拉弗氏菌病的存在,对预防控制具有重要指导意义.
-
我国西北地区蜱土拉弗菌感染的检测与基因分型研究
目的:了解我国西北部分地区蜱土拉弗菌自然感染状况及基因型别特征.方法:采用布旗法收集蜱标本,鉴定种属后采用巢式PCR检测土拉弗菌的fopA基因,阳性标本用型特异性引物鉴定细菌种,通过两短串联重复序列(SSTR9、SSTR16)位点扩增进行基因型分析,用生物学软件对序列进行比较.结果:共捕获11个蜱种、2460只蜱标本,PCR扩增土拉弗菌fopA基因7个蜱种75只阳性,总阳性率为3.05%,不同蜱种阳性率差异有统计学意义(x2=20.91,P<0.01),以日本血蜱的阳性率高,为17.39%.所有阳性标本均属于B亚种.75份阳性蜱标本在SSTR9区共有9种不同的基因型,其中拷贝数为9的基因型在阳性蜱标本中占40.o0%(30/75);不同地区的阳性标本在SSTR9区基因型别存在明显交叉,而在SSTR16区有完全相同的序列及重复序列的拷贝数.结论:我国西北部分地区存在蜱土拉弗菌感染,且细菌的基因型丰富、复杂.
-
青岛地区腹泻患儿星状病毒感染的分子流行病学特征
目的 研究青岛地区婴幼儿腹泻患者星状病毒流行病学特点和基因型别.方法 收集青岛地区散发儿童病毒性腹泻患者粪便标本48份,经胶体金法、RT-PCR法分别检测轮状病毒和诺如病毒后,应用RT-PCR进行星状病毒检测,并对阳性标本进行测序,鉴定型别.结果 48份粪便标本中,4份检出星状病毒(8.3％),经序列分析鉴定为HastV-1型.结论 青岛地区散发病毒性腹泻患儿存在星状病毒感染,型别为HastV-1.
-
肺炎克雷伯菌中质粒介导喹诺酮耐药基因qnr的检测及其耐药特征
自1998年Martínez-Martínez等 [1]发现第一个质粒介导的喹诺酮类耐药基因qur(现名为qnrA1)以来,有关qnr基因的研究日益成为细菌耐药领域的热点.由qnr基因编码的qnr蛋白可保护细菌DNA螺旋酶和拓扑异构酶Ⅳ免受喹诺酮类抗菌药的攻击,从而增强细菌的耐药性.近年来,qnrB [2]、qnrS [3]等新型质粒介导的喹诺酮类耐药基因陆续被报道,其相应的基因型别亦不断增加.以往研究显示 [4-5],细菌对喹诺酮类的耐药主要由靶位改变及主动外排2个机制所致,2者均由染色体基因突变所介导,该基因突变引起的耐药被认为不具有水平传播性.qnr基因的发现进一步丰富了对细菌耐喹诺酮类药物的研究认识 [6-9].
-
老年慢性阻塞性肺疾病患者产AmpC β-内酰胺酶阴沟肠杆菌基因型及用药策略初步探讨
阴沟肠杆菌对广谱头孢菌素的严重耐药性一直是临床关注的问题,其主要耐药机制之一就是产生持续高产型AmpC β-内酰胺酶(简称AmpC酶)[1],尤其是质粒介导的AmpC酶,具有可在不同菌属细菌之间水平传播的特点,易导致医院内感染的暴发流行[2].因此检测、分析阴沟肠杆菌AmpC酶的基因型别株对于研究和了解阴沟肠杆菌的耐药机制、指导临床合理用药,及时有效地控制产酶菌株引起的感染,有重要的实用价值.
-
大肠埃希菌新的氨基糖苷类修饰酶基因型别研究
目的 研究大肠埃希菌氨基糖苷类修饰酶基因aac(6')-Ⅰb各亚型的流行情况.方法 对氨基糖苷类修饰酶基因aac(6')-Ⅰb阳性的菌株进行DNA序列测定,测得序列与已在美国国立生物信息中心(NCBI)登录的aac(6')-Ⅰb基因家族序列比对,确定型别.结果 6株aac(6')-Ⅰb阳性的大肠埃希菌,经DNA序列测定,其中4株为经典型,1株为aac(6')-Ⅰb-Cr型,另外1株为aac(6')-Ⅰb新亚型.结论 大肠埃希菌氨基糖苷类修饰酶基因aac(6')-Ⅰb至少存在3种型别,以经典型为主,同时存在aac(6')-Ⅰb-Cr型和aac6-Ⅰb新亚型.
-
高原牧区藏族妇女宫颈鳞癌HPV感染型别分析
目的 探讨高原牧区藏族妇女宫颈鳞癌患者的人乳头瘤病毒(HPV)感染特点、常见型别及好发年龄.方法 对75例高原牧区藏族宫颈癌鳞患者的临床资料进行分析,包括HPV感染率、好发年龄,不同HPV亚型感染率和HPV多重感染率,并与同期收治的50例汉族患者进行比较.结果 两组HPV感染率均为100％,感染均为高危型,藏族组以HPV16、18、33亚型多见,汉族组以HPV16、33亚型多见,藏族组HPV16、18感染率分别为56.0％和36.0％,均高于汉族组的38.0％和10.0％ (P＜0.05).感染均以单一感染为主,藏族组的双重及以上感染比例为30.0％,明显高于汉族组的2.0％(P＜0.05).结论 高原牧区藏族宫颈癌患者HPV感染及型别分布与汉族患者存在差异.
-
河南地区女性HPV感染及基因型分布研究
目的:研究河南地区女性人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)的感染状况及基因型别分布特点,为宫颈癌防治及HPV疫苗研制提供流行病学资料.方法:选取2012-02-2013-05郑州大学第三附属医院妇科门诊、生殖医学门诊、妇女保健及健康体检的河南女性14 873例,采用PCR-反向点杂交技术对14 873例女性进行HPV基因分型检测,可检测HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66、68、73、83和MM4等18种高危亚型以及HPV6、11、42、43和44等5种低危亚型,并对各亚型感染情况进行分析.结果:14 873例女性中共检出HPV阳性者3 566例,总阳性率为23.98％(3 566/14 873),其中高危型感染占69.01％(2 461/3 566),低危型感染占17.33％(618/3 566),低、高危混合感染占13.66％(487/3 566).23种亚型共检出22种,低危型44未检出.高危型HPV基因型按检出频次由高到低排序依次为16(16.73％)、58(10.17％)、52(9.11％)、56(6.48％)、66(5.76％)、33(4.74％)、68(3.92％)、31(3.60％)、53(3.13％)、59(3.00％)、35(2.53％)、51(2.00％)、73(1.08％)、45(0.94％)、83(0.84％)、39(0.69％)、18(0.61％)和MM4(0.04％);低危型由高到低排序依次为43(11.34％)、6(5.17％)、42(4.76％)、11(3.35％)和44(0).感染类型以单一感染为主,占71.17％(2 538/3 566),其中以高危型为主,占54.66％(1 949/3 566),低危型占16.52％(589/3 566);多重感染占28.83％(1 028/3 566),其中以二重感染为主,占20.11％(717/3 566).按年龄将研究对象分为5组,年龄段与HPV感染率呈U型曲线关系,＜25岁年龄组HPV感染率高达28.31％,显著高于其他年龄段,x2=22.747,P＜0.001;≥55岁年龄组感染率也呈上升趋势.结论:河南地区HPV感染类型以高危型和单一感染为主,主要感染亚型为16、43、58、52和56.
-
子宫颈腺癌人乳头状瘤病毒感染与型别分布研究中应注意的问题
子宫颈癌是女性常见的恶性肿瘤之一.在过去的几十年中,以细胞学为基础的筛查已大大降低了一些国家子宫颈鳞状细胞癌的发病率.但是,子宫颈腺癌的绝对和相对发病率在全世界范围内有所增高,即使在成功开展了子宫颈癌筛查的国家之中,其腺癌发病率也呈现出上升趋势.这种变化趋势使得腺癌成为子宫颈癌预防的焦点之一,同时也提示以细胞学为基础的常规筛查并不能有效预防子宫颈腺癌.人乳头状瘤病毒(HPV)是子宫颈腺癌的一个重要的致病因素,因此,以HPV DNA为基础的筛查和子宫颈癌疫苗能有效预防子宫颈腺癌的发生.但是,这些措施的实施和评价有赖于腺癌中HPV感染率和型别分布的可靠数据.文章综述了目前关于子宫颈腺癌HPV感染和型别分布研究所存在的问题及相应的解决方法.
-
皮肤鳞状细胞癌组织中人乳头瘤病毒型别的检测
目的：分析皮肤鳞状细胞癌患者感染人乳头瘤病毒（HPV）的现状和分布规律，探讨HPV感染与皮肤鳞状细胞癌发生的关系。方法应用多聚酶链式反应（PCR）技术对300例组织病理学诊断为皮肤鳞状细胞癌的组织标本进行HPV DNA检测，主要检测型别为HPV6、11、16、18、31、33。结果300例皮肤鳞状细胞癌患者中，HPV阳性188例，HPV感染率为62.67%；男性HPV感染率为66.33%，女性HPV感染率为55.78%，性别差异无统计学意义（P＞0.05）。高分化（Ⅰ～Ⅱ级）HPV感染率为67.86%，低分化（Ⅲ～Ⅳ级）HPV感染率为47.37%，两组之间差异有统计学意义（P＜0.01）。头面部、颈部、四肢、躯干以及生殖器和腹股沟部HPV感染率分别为70.23%、65.79%、43.33%、28.00%和68.42%。共检出高危型（HPV16和HPV33）感染51例，低危型（HPV6）感染49例，均为单一型别感染。结论 HPV感染型别检测对皮肤鳞状细胞癌的防治有重要意义。
-
HPV DNA 检测在宫颈病变病人分层管理中的应用
目的：探讨不同 HPV 感染型别、不同年龄等对宫颈病变发展程度的影响，用于指导病人分层管理的合理策略。方法：采用凯普医用核酸分子快速导流杂交基因芯片技术，对2012年4月至2013年3月就诊于我院妇产科的1070名女性进行生殖道21种人乳头瘤病毒（HPV）分型检测。结果：HPV 总感染率17.20％，常见感染型别依次为 HPV16（27.17％），HPV58（21.20％），HPV31（11.96％），HPV52（9.24％）及 HPV18（7.07％）。20～25岁和55～59岁两个年龄段，HPV 阳性率高，但40～44岁 HPV16、33、31三种高危型阳性率高。35～39岁CINⅡ及以上病变的比率高。结论：不同情况的 HPV 阳性病人需分层管理，区别对待。
