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中国7个地区诺如病毒GⅡ.4/Sydney2012变异株分析
目的 分析2012-2013年冬季中国地区诺如病毒新流行株GⅡ.4/Sydney 2012的衣壳蛋白区核苷酸与氨基酸变异特点.方法 对已获得的22份2012-2013年冬季北京地区GⅡ.4/Sydney 2012株进行全衣壳蛋白区基因扩增.从GenBank检索中国其他地区的GⅡ.4/Sydney 2012株衣壳蛋白区核苷酸序列.对获得的GⅡ.4/Sydney 2012株的衣壳蛋白区核苷酸及氨基酸序列与往年GⅡ.4流行株进行系谱分析.结果 获得中国7个地区(北京、上海、江苏、湖州、荆州、香港和台湾)的GⅡ.4/Sydney 2012株资料共38份(至少包含完整VP1核苷酸序列).GⅡ.4/Sydney 2012株之间VP1核苷酸差异为0.1％～3.3％,氨基酸差异为0～3.1％.系谱分析发现GⅡ.4/Sydney2012株与Apeldoom 2008和New Orleans 2009起自共同的分支.中国和悉尼GⅡ.4/Sydney 2012代表株的A、D、E抗原表位氨基酸序列组合有两种:TSRN-GTT-SNT和TSRN-STT-SNT.结论 GⅡ.4/Sydney 2012株已在中国多个地区出现,各地区病毒株同源性较高.GⅡ.4/Sydney 2012株的抗原表位氨基酸组合发生明显改变.
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我国分离的盖塔病毒衣壳蛋白基因和3'非翻译区分子特征研究
对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒(GETV)(M1、HB0215-3和HB0234)进行衣壳蛋白基因和3'UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征.首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3'UTR片段,纯化后连接到载体中进行测序,然后用Clastal X和DNASTAR软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用MEGA软件绘制系统发生树.3株病毒衣壳蛋白基因分别由801、804和804个核苷酸组成,分别编码267、268和268个氨基酸,3株病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性为97.6%～100%和97.8%～100%,与其他GETV分离株核苷酸同源性在95.4%～99.6%之间.3株病毒3'UTR分别由411、401和401个核苷酸组成,发现中国株存在10个(45～54位)核苷酸缺失和2个(64位、148位)特有的核苷酸位点.进化分析表明盖塔病毒之间的进化关系与分离年代相关,中国境内流行的盖塔病毒是相对独立的一个类群.
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四川省首株盖塔病毒SC1210的鉴定
目的 对四川省从蚊虫分离到的病毒SC1210进行鉴定并分析其基因组特征.方法 利用披膜病毒科甲病毒属特异性引物进行RT-PCR鉴定,并采用二代测序平台Ion Torrent PGM进行基因组全序列测定,然后利用Mega Align软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,利用Mega 6软件绘制系统发生树.结果 SC1210为盖塔病毒(Getah virus,GETV),该株病毒基因组全长11 690nt,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为99.2％-99.7％,氨基酸同源性为96.5％-99.4％.衣壳蛋白全长为804nt,编码268个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.9％-99.2％,氨基酸同源性97％-99.6％.E2基因全长1 266 nt,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.6％-99.6,氨基酸同源性为97.1％-99.5％.3'UTR全长402 nt,具有GETV病毒独特的3个完整的重复序列元件和19 nt的保守序列.结论 四川省分离到的首株GETV SC1210与云南分离株YN0540亲缘关系较近,而与马来西亚原始株MM2021亲缘关系较远.
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我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究
目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒(DY0824)基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出结构区基因和3' UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树.结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%.E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%.该病毒3' UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列.结论 山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基国与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3'UTR区域存在多个核苷酸差异位点.
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兔出血症病毒遗传变异分析及RT-PCR检测方法的建立
目的 获得兔出血症病毒(浙江分离株)近20年间遗传变异概况,建立兔出血症病毒的RT-PCR检测方法.方法 对1989～2006年间的7株RHDV浙江分离株的衣壳蛋白基因(VP60)进行了克隆与测序,并与国内、外RHDV的基因组序列进行了遗传比对和分析;根据兔出血症病毒株的VP60设计引物,对20只人工感染兔的实质脏器、全血和350只实验兔全血样本进行了检测.结果 7株RHDV的VP60基因均由1740个核苷酸组成,编码580个氨基酸.它们与参考序列之间的氨基酸同源性为94.0%～99.8%.系统发生树分析结果显示,RHDV可划分为2个大的基因群,浙江(中国)的RHDV分离株主要集中于C亚群.RT-PCR检测方法表明20只实验兔全部扩出预期条带,而350只实验兔全血检测中出现13只RHDV可疑样本.经血凝抑制试验检测,13例PCR阳性样品中有10个HAI阳性,3个阴性.检测敏感度达100%.特异性为99.12%,经统计检验,kappa=0.865,表明PCR检出RHDV的结果与HAI高度一致.结论 RHDV基因群之间的遗传距离有逐渐加大的趋势.我们建立的RT-PCR法可用于RHDV浙江分离株的检测,用RT-PCR检测全血中RHDV方法的建立为活体检测RHDV打下了基础.
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四川地区儿童呼吸道感染人博卡病毒的流行特征与基因变异分析
目的 分析四川地区儿童呼吸道感染人博卡病毒(HBoV)的流行概况和临床特征,探讨HBoV四川分离株衣壳蛋白基因(VP1)变异特征.方法 收集787例呼吸道感染儿童鼻咽分泌物标本,PCR方法检测HBoV,扩增VP1基因序列全长并测序,分析核苷酸和氨基酸变异特征.结果 HBoV的检出率为8.26％(65/787),50.77％(33/65)混合感染其它呼吸道病毒.全年均有检出,主要感染＜3岁的儿童,其中男童检出率高于女童.引起的呼吸道症状主要有咳嗽、发热及咳痰.系统进化树分析表明8株四川分离株均为HBoV1基因型.碱基变异以GA+ AG转换为主,非同义突变大于同义突变.结论 HBoV是四川地区儿童呼吸道感染的重要病原之一;VP1基因核苷酸序列变异以碱基转换为主;氨基酸突变位点可能与免疫逃避有关.
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噬菌体展示技术的原理及在肿瘤治疗中的应用
噬菌体展示技术初是由美国Missouri大学的Smith创建的，是一种噬菌体表面表达及筛选技术[1]。噬菌体展示技术的原理是以噬菌体为载体将外源蛋白的核酸片段克隆至噬菌体衣壳蛋白基因中，以融合蛋白的形式表达于噬菌体表面，用固定化的靶分子筛选与外源蛋白亲和的噬菌体分子,不能结合的噬菌体被洗掉，而能结合的噬菌体被保留下来并通过感染大肠杆菌得以扩增、富集和筛选[2，3]。本文将概述噬菌体展示技术的基本原理与类型及其在肿瘤治疗中的应用。
