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四川省首株盖塔病毒SC1210的鉴定
目的 对四川省从蚊虫分离到的病毒SC1210进行鉴定并分析其基因组特征.方法 利用披膜病毒科甲病毒属特异性引物进行RT-PCR鉴定,并采用二代测序平台Ion Torrent PGM进行基因组全序列测定,然后利用Mega Align软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,利用Mega 6软件绘制系统发生树.结果 SC1210为盖塔病毒(Getah virus,GETV),该株病毒基因组全长11 690nt,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为99.2％-99.7％,氨基酸同源性为96.5％-99.4％.衣壳蛋白全长为804nt,编码268个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.9％-99.2％,氨基酸同源性97％-99.6％.E2基因全长1 266 nt,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.6％-99.6,氨基酸同源性为97.1％-99.5％.3'UTR全长402 nt,具有GETV病毒独特的3个完整的重复序列元件和19 nt的保守序列.结论 四川省分离到的首株GETV SC1210与云南分离株YN0540亲缘关系较近,而与马来西亚原始株MM2021亲缘关系较远.
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我国新分离盖塔病毒的部分基因组分子特征研究
目的 通过分子生物学方法研究我国山东省2008年分离的盖塔病毒(DY0824)基因组分子生物学特征.方法 应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出结构区基因和3' UTR片段,连接到载体中进行序列测定,然后用Clustal X1.83和MegaAlign软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用Mega4软件绘制系统发生树.结果 DY0824病毒株衣壳蛋白由804个核苷酸组成,编码268个氨基酸,与国内外其他分离株的核苷酸同源性为95.4%～99.9%,氨基酸同源性为97.4%～100%.E2蛋白全长1266个核苷酸,编码422个氨基酸,与其他株的核苷酸同源性为94.8%～99.5%,氨基酸同源性为97.6%～100%.该病毒3' UTR由401个核苷酸组成,存在3个重复序列.结论 山东省新分离盖塔病毒衣壳蛋白和E蛋白基国与该病毒原型分离株相比分别存在7个和10个氨基酸差异位点,病毒3'UTR区域存在多个核苷酸差异位点.
