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野生和疫苗株衍生脊灰病毒的实验室监测
全球脊髓灰质炎(脊灰)实验室网络(GPLN)持续支持全球脊灰根除倡议,包括100个国家的145个机构和所有6个WHO地区的操作运转.其主要责任是分析来自急性弛缓性麻痹症(AFP)病例的粪便样本,鉴定这些样本按照血清型和内在型分离物的任何脊灰病毒,并提供核苷酸序列,以便用分子流行病学研究调查病毒传播链.有些GPLN网络的机构已经在本国开展了一些临床诊断或研究工作.
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林州市食管癌病因及其变化的一次病例对照研究
河南省林州市是我国食管癌的高发区,国内外研究者就其病因进行了很多研究,发现的暴露因素主要有:不良的饮食习惯,如烫食、快食、粗食、硬性食物,食酸菜,少食新鲜蔬菜、水果或动物性食品,吸烟,食管癌家族史等.为了解目前的病因因素和变化趋势及其与宿主生物学标志(biomarkers)之间的关系,我们自1995年开始进行了分子流行病学研究.本文仅报告一次病例对照研究(1995年10月至1996年1月)中危险因素宏观研究的结果.
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昆明地区2006年秋冬季节婴幼儿轮状病毒腹泻基因分型研究
对昆明地区婴幼儿A组轮状病毒(RV)腹泻进行P和G基因型的分子流行病学研究.研究对象为2006年10月至2007年1月在昆明医学院第一附属医院儿科门诊和住院的腹泻患儿共973例,收取粪便标本60份,临床诊断标准参照文献[1],收集每例腹泻患儿临床资料.进行RV的RNA提取及VP7和VP4血清型分型实验.
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登革热分子流行病学研究概况
登革热(dengue fever,DF)是一种急性虫媒传染病,其病原体为登革病毒(dengue virus,DV),属于黄病毒科黄病毒属,分为4种血清型(DV 1~4).DV可引起人类一系列疾病:隐性感染、登革热和登革出血热(dengue hemorrhagic fever,DHF),严重的还可导致登革休克综合征(dengue shock syndrome,DSS).
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广西地区无症状猪中猪链球菌2型分子流行病学研究
目的 了解广西地区无症状猪中猪链球菌2型的带菌情况以及主要毒力因子的分布和抗药性.方法 从广西地区10个县区屠宰场采集无症状猪的扁桃体标本进行细菌分离、多重PCR鉴定和药物敏感性分析.结果 从采集到的1179份扁桃体标本中分离出1105株链球菌,其中猪链球菌667株,猪链球菌2型33株;对33株2型菌进行主要毒力因子检测,强毒型sly+mrp+epf+22株,占66.7%,sly+mrp+epf-1株,sly-mrp+epf-7株,sly-mrp+epf+2株,sly-mrp-epf-1株;33株2型菌对青霉素、红霉素、万古霉素、庆大霉素、壮观霉素、恩诺沙星、环丙沙星、先锋霉素Ⅵ、磺胺嘧啶钠、呋喃妥因、新霉素、丁胺卡那和四环素都存在不同程度的耐药性,其中先锋霉素Ⅵ、青霉素、恩诺沙星相对敏感,分别有93.9%(31/33)、87.9%(29/33)和81.8%(27/33)的菌株在中度敏感以上,而耐药性强的是丁胺卡那和四环素,耐药菌株分别有84.8%(28/33)和81.8%(27/33).结论 广西地区无症状猪中猪链球菌2型带菌率较低,疫点与非疫点的带菌率没有明显差异;分离的菌株多以强毒型sly+mrp+epf+存在,对先锋霉素Ⅵ敏感.
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基因多态性与疾病易感性的分子流行病学研究:问题与对策
传统流行病学研究表明,在相同的环境暴露下,不同个体对疾病的易感性存在差异.研究表明,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)在阐明疾病的发生发展过程,个体对环境危险因素的易感性与耐受性等方面都起着重要的作用.与基因多态性相关的分子流行病学研究将促进在分子水平上探讨环境-基因交互作用在疾病发生发展中的影响.有关基因多态性与疾病易感性的分子流行病学研究近年来在我国也已逐步展开并渐深入,虽然在数量和质量上均无法与国外相比,但也有自己的特色和优势,即中国人群不同的环境暴露特点和中华民族有别于其他种族的遗传背景特征.本文主要讨论和分析目前基因多态性在疾病分子流行病学研究中存在的主要问题,并希望能对将来的研究有所裨益.
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单纯病例研究方法在流行病学研究中的应用
流行病学在公共卫生决策与计划、预防疾病和促进健康方面正在发挥着愈来愈重要的作用.分子流行病学研究的兴起为揭开疾病的"黑匣子"之谜创造了条件,为阐明致病因素与发病机制提供了有利的工具,与此同时也促进了该领域方法学的研究,并取得了令人瞩目的进展.其中,单纯病例研究(case-only study)方法在探索环境-基因交互作用、评价环境暴露和生物效应以及寻找突发病因的研究中已崭露头角,并在不断发展和完善之中.单纯病例研究的基本特征是研究对象仅用病例而不用对照.按其应用范围可分为四类:病例分布研究(case-distribution study)、病例-病例研究(case-case study)、病例-系列研究(case-series study)和病例-交叉研究(case-crossover study),现分别介绍如下.
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武汉某医院重症监护室分离碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学分析
鲍曼不动杆菌(A.baumannii,Ab)是医院获得性感染的主要条件致病菌.近3年来,其在武汉某医院的临床分离率明显高于其他非发酵菌,尤其是在重症监护室(ICU)中分离率更高,且碳青霉烯类耐药的鲍曼不动杆菌(CRAB)数量也呈递增趋势,对危重患者威胁很大.2009年2-4月,本院ICU连续分离出30株CRAB,为了解这些菌株间的亲缘关系、碳青霉烯类耐药基因的类型及传播机制,为进一步采取预防控制措施提供有力的实验室依据,笔者抽取了其中13株进行了相关分子流行病学研究.
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复杂基因-基因交互作用与中国人群贲门癌发病风险的关系
肿瘤的发生发展受多个基因和多种环境因素的共同影响,并普遍存在复杂基因-基因、基因-环境交互作用.对于复杂交互作用的探索一直是肿瘤分子流行病学研究的热点及难点.统计学交互作用在一定程度上可反映生物学交互,因而对交互作用的探讨通常首先是基于统计层面的分析,但目前尚缺乏对多个因子交互作用进行分析的有效统计方法.
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对来自马达加斯加的鼠疫杆菌进行系统生物地理学和分子流行病学分析
鼠疫杆菌各菌株间高度的遗传相似性导致对其进行系统生物地理学和分子流行病学研究面临较大困难.马达加斯加是鼠疫的高发国家,研究者在马达加斯加的25个区域收集了1939-2005年间分离得到的262株菌株,在全基因组水平上选取了56个单核苷酸多态性(SNP)以及43个可变数目串联重复序列(VNTR)位点,测定所收集菌株的上述SNP及VNTR标记数据,采用邻位法构建系统树,研究马达加斯加中鼠疫的扩散模式和不同亚型的地理分布特征.与SNP差异相比,研究者发现VNTR有着更高水平的多态性.
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假阳性结果报告率在分子流行病学研究中的应用
分子流行病学研究中通常面临这样的问题:初期具有统计学意义的遗传关联性研究,即使样本量大,实施很好,避免了所有研究偏倚,其研究结果为假阳性的概率却仍很高,研究表明至少为95%[1-4],我们称之为有统计学意义的研究结果下无真实关联的概率,即假阳性报告率(false positive report probability,FPRP)[5].
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中医药研究中运用分子流行病学的方法和意义
分子流行病学是流行病学的一个分支学科,是传统流行病学与现代生物技术,尤其是分子生物学技术之间一门边缘学科、交叉学科.虽然才诞生不久,却已显示出其强大的生命力,有关的研究文献风起云涌.1994年开始,"美国医学索引"即将Epidemio1ogy,Molecular引入主题词表.同时分子流行病学已经超越了传统流行病学研究的疾病分布及其影响因素,而是研究暴露至疾病发生的整个过程,不仅是传染病,而且重点是慢性病.因此,中医药学的临床科研,对分子流行病学研究将有益于研究思路的拓展.
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中国流行的麻疹病毒基因型和亚型趋势分析
目的 分析中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区)1993~2006年本土麻疹病毒基因型和基因亚型的流行趋势.方法 依据全国麻疹实验室网络监测数据库、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家麻疹实验室病毒学监测数据库,分析中国麻疹病毒分子流行病学资料.结果 1993~2006年,从29个省(自治区、直辖市,下同)分离到748株麻疹病毒,其中743株为H.基因型,1株为H2基因型,1株为A基因型,3株为疫苗相关A基因型.在H1基因型中,684株为H1a基因亚型,50株为H1b基因亚型,9株为H1c基因亚型.从29个省分离到H1a基因亚型(西藏、湖北省未开展),H1b基因亚型只从10个省分离到,H1c基因亚型在1993~1994年从4个省分离到.自2000年以来,H1a基因亚型逐年成为优势流行亚型,并呈上升趋势;H1b基因亚型逐年转为弱势,其传播于2006年被阻断;而H1c基因亚型的流行自1995年已经消失.结论 通过对1993~2006年中国29个省流行的麻疹病毒分子流行病学的系统研究,阐明了在麻疹控制和加速控制阶段中国流行的麻疹野病毒的基因变异规律,以及病毒基因型别在地域和年代上的分布,证实H1基因型是中国近14年麻疹病毒流行的绝对优势本土基因型,其中H1a逐渐成为中国近几年流行的绝对优势基因亚型.
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我国流行性乙型脑炎病毒基因型研究
国外20世纪80年代开始流行性乙型脑炎病毒(乙脑病毒)分子生物学研究,目前结合生物信息学等技术可以进行病毒基因分型、病毒分子流行病学研究等,并用基因分型和进化理论揭示病毒的起源和疾病的预防控制.我国此项工作起步较晚,尤其对乙脑病毒分子特征如毒株基因型别及其在我国的分布等缺乏了解.但是近几年发展很快,有些研究已经达到国际水平.本期杂志收集了一些我国近几年有关乙脑的研究报告,包括疾病的流行,宿主和媒介以及新分离乙脑病毒病原学研究成果,文章不仅报告了病毒分离与鉴定情况,还包括病毒基因分型研究,将病毒学与分子生物学结合起来,是近年来我国乙脑病毒乃至虫媒病毒研究领域的极大进步.
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超广谱β-内酰胺酶TEM和SHV型全长基因PCR直接测序
超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)TEM和SHV型是常见的基因型,并且呈全球性分布.TEM和SHV的衍生型不断出现.TEM和SHV型全长基因测序对亚型的区别、新亚型的确认和各衍生型的基因进化树分析以及分子流行病学研究具有重要意义.本文介绍TEM和SHV型全长基因PCR直接测序方法.
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丙型肝炎病毒武威地方株核心区全基因片段的克隆与分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus)是一种高度异质性的单股正链RNA病毒,不同地区所克隆的HCV株,无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列都有很大不同。对各地HCV流行株核苷酸序列的克隆,可为开展HCV的分子流行病学研究、HCV的基础研究工作及其疫苗的研制提供资料。本文克隆了武威地方株HCV核心区基因全片段,对其进行了序列测定,并与河北株、美国株进行了比较。现将结果简报如下。用兰州生物制品研究所诊断用品二室提供的抗-HCV ELISA诊断试剂盒,从武威地区献血员供血中筛选出抗-HCV阳性血清,再从此阳性血清中用HCV PCR试剂盒(购自华美生物工程公司)筛选出HCV RNA阳性血清,按酚/氯仿法用Trizol(Gibco-BRL)试剂提取病毒RNA。用Random Primer,参照HCV-Hebei、HCV-Tai、HCV91序列,选取保守序列,用oligo 4.0设计待扩增区域引物。
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分子流行病学在细菌耐药性研究中的应用
流行病学方法在细菌耐药现象研究传统意义上的应用是通过监测、观察以及分析和实验研究等方法来明确耐药细菌分布的规律及其影响因素,借以探讨耐药细菌的流行与传播规律,并为制订预防和控制措施提供科学依据。尽管存在一些不足,此类研究结果在帮助人们认识耐药细菌的传播与流行规律中仍发挥了重要作用[1-2]。与此同时,还有许多研究探讨了不同分子型别耐药细菌以及与细菌耐药性相关的各种因子(如耐药质粒、耐药基因、相关基因组件等)的分布、作用方式与程度、传播规律及其影响因素等问题,即有关细菌耐药性的各种问题。此类研究能够揭示细菌耐药性在耐药细菌中(或间)的存在现状、发生发展和相互传播的规律。将此类研究与耐药细菌流行病学研究(细菌耐药监测和耐药细菌传播相关因素分析等)相结合可构成有关细菌耐药现象的多层次流行病学( multilevel epidemiol-ogy),涵盖相关的人群特征、细菌群个体或克隆特征、耐药质粒、耐药基因以及相关的移动组件特征等[3-4]。有关细菌耐药性的流行病学研究按照研究内容可分为两大类:一类是通过各种分子分型方法对耐药细菌的分布、传播规律等问题进行流行病学分析,通常被称为耐药细菌的分子流行病学研究[5]。另一类是研究与细菌耐药性相关的各种分子(如质粒、耐药基因以及与其相关的调控基因等)的分布及其与细菌耐药性发生发展过程的关系和影响因素,也就是对与细菌耐药性相关的各种分子进行分布与传播规律等方面的流行病学研究[6]。本研究尝试就以上两类研究进行简单综述,借以与相关领域内的同行们进行探讨。
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杭州地区1998-2008年产ESBL的志贺菌基因型及分子流行病学研究
1999年Ahamed和Kundu~([1])在印度首次发现了志贺菌中存在SHV-11型ESBL.ESBL通常由质粒介导,对三代头孢和单环类抗生素有很高的活性,此后,世界各地均有志贺菌中ESBL的报道.
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体内微核实验检测结直肠癌患者遗传不稳定性
大多数人类肿瘤都具有基因组遗传不稳定的物质基础.其表达在细胞水平上为染色体不稳定性和微卫星不稳定性[1-3],这种遗传与环境风险因子相互作用对体细胞基因组稳定性的影响,为目前肿瘤细胞遗传学和分子流行病学研究提供了新的思路.微核作为染色体损伤的生物学标记物,反映了机体遗传不稳定性状态或受到环境诱变剂和致癌剂暴露作用的影响,在肿瘤的遗传易感性检测及肿瘤防治研究中已广泛运用[4-5].本研究随机在临床抽取一组结直肠癌患者,进行人外周血淋巴细胞微核检测,以探讨患者体内自发淋巴细胞微核形成与结直肠癌基因组遗传不稳定的相关性.
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嗜麦芽窄食单胞菌的分子流行病学研究
嗜麦芽窄食单胞菌感染多发生在机体免疫受损、肿瘤患者以及器官移植患者中.不合理使用广谱抗生素、有创性治疗,均是该菌感染发生率增加的因素.因此,有必要对该菌进行分子流行病学研究.对细菌同源性、耐药性研究中,与复杂的脉冲凝胶电泳相比,肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR),亦不失为一种简便、可靠、重复性好、分辨率高的分子生物学方法[1-3].一、材料与方法