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SARS病毒的基因特性分析
严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新的冠状病毒感染所致的传染性疾病,现已分离出多株地方株,其中29株完成序列的测定,我们从美国国家生物中心(NCBI)的人类、小鼠和病毒数据库中获取用于比较的序列,SARS病毒:中国大陆分离株AY351680、AY278487-27490、AY279354、AY297028;中国香港株AY278491、AY278554、AY282752;中国台湾株AY291451、AP006557-561、AY348314、AY338174-175、AY321118;新加坡分离株AY283794-798;其他AY291315、AY274119、AY278441、AY323977.动物冠状病毒:AF201929.1、NC-001846、AF208066-208067、NC-003045.1、AF220295.1、NC-001451.1、NC-002306.2、NC-002645.1、AF353511.1、NC-003436.1、AF207551.1、AY078417.1.应用系统进化PHYLIP(Phylogeny Inference Package,version 3.0)及序列比较软件(Bioedit)对各地方株进行系统进化及基因特点分析.
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HCV山东株C区的基因序列分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)为RNA病毒,其基因组的变异性较大,不同地理区域分离株的基因组结构有较大差异,根据病毒编码区和非编码区核苷酸序列的不同可把病毒分为不同的基因型.对HCV基因型的研究国内外均有报道.本研究采用C区基因的核苷酸序列作为HCV基因分型的依据,对山东省HCV地方株的C区进行了序列测定及分析,以摸清山东省HCV地方株的基因型.
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轮状病毒北京地方株VP4基因的序列分析和原核系统的初步表达
A组轮状病毒是引起婴幼儿重症腹泻的主要病原[1],结构蛋白VP4是A组轮状病毒感染后刺激机体产生保护性抗体的主要抗原之一.由于VP4仅占病毒毒粒蛋白的1.5%,对VP4的高效表达将非常有助于进行其多肽的功能性、抗原性和免疫原性的研究.我们先前的工作发现A组轮状病毒在我国的流行以P1A型为主,本文初步探讨了轮状病毒P1A型我国地方株VP4基因的一级结构特点及通过序列分析预测血清型的分子基础,并且将地方株VP4完整基因在原核系统中进行了表达.
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丙型肝炎病毒武威地方株核心区全基因片段的克隆与分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus)是一种高度异质性的单股正链RNA病毒,不同地区所克隆的HCV株,无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列都有很大不同。对各地HCV流行株核苷酸序列的克隆,可为开展HCV的分子流行病学研究、HCV的基础研究工作及其疫苗的研制提供资料。本文克隆了武威地方株HCV核心区基因全片段,对其进行了序列测定,并与河北株、美国株进行了比较。现将结果简报如下。用兰州生物制品研究所诊断用品二室提供的抗-HCV ELISA诊断试剂盒,从武威地区献血员供血中筛选出抗-HCV阳性血清,再从此阳性血清中用HCV PCR试剂盒(购自华美生物工程公司)筛选出HCV RNA阳性血清,按酚/氯仿法用Trizol(Gibco-BRL)试剂提取病毒RNA。用Random Primer,参照HCV-Hebei、HCV-Tai、HCV91序列,选取保守序列,用oligo 4.0设计待扩增区域引物。
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地方株HPV16 L1基因免疫保护性研究
人乳头状瘤病毒(human papillomavirus,HPV)至今已鉴定的HPV型超过200个,约40个型能感染生殖道,以性接触方式传播.分子流行病学证据显示HPV是引起浸润性宫颈癌和宫颈上皮内癌的主要原因,其中HPV16型在宫颈癌中检出率高,约50%的宫颈癌患者肿瘤组织能被检测到,HPV16也是我国妇女宫颈癌的主要型别.因为HPV感染性疾病的难治性、复发性和潜在致癌性,研制开发安全、有效的HPV疫苗有一定的实用意义.
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地方株HPV16L1基因免疫小鼠诱发的抗体反应
为了检测pcDNA-L1的表达,评价地方株HPV16L1基因诱导的体液免疫反应.我们采用PCR技术从宫颈癌组织中获得HPV16L1基因,以pGEM-Teasy为克隆载体构建重组质粒pGEM-T-L1,进行限制性核酸内切酶及核苷酸序列分析,再将L1基因亚克隆到真核表达载体pcDNA3.1(-)中,构建重组pcDNA-L1,转染Cos-7细胞,通过IFA试验验证L1蛋白的表达.
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地方株肾综合征出血热病毒生物学特性研究
肾综合征出血热(HFRS)分为4个血清型,目前国内已证实存在Hantaan型(HTN),Seoul(SEO)2个血清型.根据单克隆抗体的抗原分析认为,出血热病毒有复杂的抗原决定簇,毒株间存在明显的抗原差异.我们选择肾综合征出血热疫区抗原阳性鼠肺组织,现症病人外周静脉血及尿液,分离出11株出血热病毒.用McAb对其抗原性进行分析,同时测定毒株毒力.
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显色培养基在微生物检验初筛中的应用
目前,国内检查沙门氏菌、变形杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、假单胞菌属等都按照国标方法进行常规的检测,但对一些突发事件的紧急检验,却争取不了时间。我们应用CHROMagarParisFrance显色培养基分离致病菌,并同时与标准菌株、地方株(食物中毒菌株)作对比试验,获得较为满意的效果,现将方法介绍如下。1材料与方法1.1样品来源显色培养基购自郑州博赛科技有限责任公司,由法国进口分装成品;实验用沙门氏菌、大肠埃希氏菌、蜡样芽胞杆菌、金黄色葡萄球菌购自中国药品生物制品检定所,其余为地方株及盲样考核中的未知菌株。1.2方法与步骤1.2.1显色培养基的配制将购置的干燥培养基成品沙门氏菌显色培养基、定位显色培养基按说明称取一定分量,分别放入盛有100ml无菌蒸馏水或纯净水的灭菌三角烧瓶内,搅拌均匀,然后在电炉上加热至琼脂完全溶解,待冷却至50℃左右,即可倒入直径为9cm无菌平皿内,100ml培养基约倒6~7个平皿,冷却凝固后翻转平板并包好置冰箱备用(避光,于4℃可保存两周)。肉汤等培养基按GB4789.28进行配制。1.2.2菌液制备从各种平板上挑选标本中可疑菌落及标准菌株的菌落、地方菌株菌落均转种到肉汤管中,于36±1℃培养18~24小时备用。1.2.3平板接种将各肉汤培养液,以无菌接种环挑取菌液,每个菌株分别接种沙门氏菌显色平板、定位显色平板,用分区划线法接种,分离出单个菌落,经36±1℃培养24及48小时,分别观察各平板上菌落生长后显色情况,并作详细记录。1.3评价依据将标准菌株、地方菌株、考核菌株(未知菌株)分别接种在两种显色培养基平板上(CHROMagar显色培养基)。在同一条件、同一环境内进行培养,然后以标准菌株为准,对比识别各种菌落在不同培养基上生长后的菌落色彩。2结果按使用说明制作好的显色平板,当天制作,当天使用,当天接种实验菌株,然后于24及48小时观察各种菌落的颜色,结果如表1。