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生物信息学在毒力岛研究中的应用
1986年Hacker等在泌尿道致病性大肠杆菌(UPEC)536株染色体上发现两个可以发生缺失的大片段,片段丢失后,细菌产生溶血素和P菌毛的能力随之丧失,细菌的毒力受到影响.在此发现的基础上于1994年提出了毒力岛(pathogenicity island)的概念,认为毒力岛是整合于细菌基因组的外源性DNA片段,这些特殊片段存在于致病型菌株上,赋予细菌毒力,却在与之亲缘关系密切的非致病菌株上不存在.
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上海市人群维生素D受体基因多态性频率分布调查
1.材料与方法:(1)标本来源:选择本院体检或骨质疏松门诊的无亲缘关系的上海地区汉族居民835人,男性281人,女性554人,年龄42～93岁.
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应正确把握遗传研究中有关病例对照研究的前提条件
病例对照研究是目前疾病关联分析中应用较多的方法.遗传研究中的病例对照研究是基于群体中无亲缘关系的病例组与表现型正常的对照组在某个易感候选基因或标记基因出现不同的频率而设计的.
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武汉某医院重症监护室分离碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学分析
鲍曼不动杆菌(A.baumannii,Ab)是医院获得性感染的主要条件致病菌.近3年来,其在武汉某医院的临床分离率明显高于其他非发酵菌,尤其是在重症监护室(ICU)中分离率更高,且碳青霉烯类耐药的鲍曼不动杆菌(CRAB)数量也呈递增趋势,对危重患者威胁很大.2009年2-4月,本院ICU连续分离出30株CRAB,为了解这些菌株间的亲缘关系、碳青霉烯类耐药基因的类型及传播机制,为进一步采取预防控制措施提供有力的实验室依据,笔者抽取了其中13株进行了相关分子流行病学研究.
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塞拉利昂埃博拉病毒的遗传多样性和进化动态研究
截至2014年3月，新型埃博拉病毒（EBOV）在西非已被确诊感染超过2.5万例，造成超过1万例死亡。针对2014年3月至6月在几内亚和塞拉利昂分离的81株EBOV的基因序列初步分析显示，2014年EBOV来源于天然宿主的一个独立传播事件，通过人传人的模式进行持续感染。Tong等详细描述从2014年9月28日至11月11日在塞拉利昂5个严重受灾地区提取的175株EBOV全长基因组序列，并发现从2014年7月到11月EBOV出现多个新的谱系，有更强的亲缘关系，遗传多样性急剧增加。EBOV基因组变异可能会影响以序列为基础的病毒检测和候选治疗方案，而该研究提供的数据将有助于国际社会开发疫苗和治疗方案。
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ISSR分子标记在白芍亲缘关系的应用研究
目的:研究安徽、山东、北京、四川的栽培白芍和山西野生白芍的遗传多样性和亲缘关系,确定不同产区的白芍种质资源的差异,为白芍育种研究提供一定参考.方法:运用ISSR分子标记技术,研究14份材料的遗传多样性水平.结果:选择条带清晰、多态性高、重复性好的7条引物进行扩增,共获得56条片段,其中多态性条带38条,平均多态性比率为67.86％;运用NTSYS软件计算样品间的遗传相似系数(GS值),得到样品间遗传相似系数矩阵,其中亳州1号和亳州2号间相似系数大,这说明两者间亲缘关系较近,遗传差异小;北京2号和山西野生白芍相似系数小,说明两者间亲缘关系较远,遗传差异大;利用UPGMA法,根据遗传相似系数对各样品进行聚类分析,在GS值为0.72时把14个样品分为两大类群,北京和安徽栽培白芍为一个类群,其他品种为另一个类群.结论:4个产区的栽培白芍和山西野生白芍存在一定的遗传差异性,可以从基因水平把植株外型相似的栽培品种区分开,对新品种的选育有很大的意义.
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分子鉴定技术在南药研究中的应用进展
"南药"是我国中药资源的重要组成部分,近年来,南部诸省均积极寻求"南药"道地药材产业之路,但"南药"植物资源种类和数量不清、种质资源难保存、野生资源遭受严重破坏、人工栽培品种品质退化等问题严重制约了"南药"产业的发展.分子鉴定技术是近年来兴起的一种鉴定技术,具有准确性高、重复性好的优点.本文对常用的分子鉴定技术进行了分析总结,从遗传多样性分析、亲缘关系分析、正伪替及多基原鉴定、种质资源评价4个方面对分子鉴定技术在"南药"中的应用进展进行归纳总结,为"南药"产业今后的发展方向提供依据.
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基于ITS2序列的吴茱萸属植物亲缘关系及分子鉴别研究
目的:研究吴茱萸药材3种不同基原植物及伪品楝叶吴茱萸的亲缘关系和真伪鉴别.方法:采用DNA条形码技术,对ITS2区段进行PCR扩增和测序,使用MEGA 5.1软件计算种内、种间Kimura-2-parameter遗传距离,采用邻接(NJ)法构建其系统发育树.使用DNAstar 5.0软件比对特异性位点.结果:4个物种共18个样本的ITS2序列长度均为220bp,产生了17个单核苷酸多态性位点,其中特异性位点7个;正品吴茱萸药材的3种基原植物种内大遗传距离为0.023,种间遗传距离为0.036-0.039,与楝叶吴茱萸的小种间遗传距离为0.042; NJ系统发育树表明:基于ITS2序列聚类的吴茱萸基原植物可与楝叶吴茱萸有效区分,3种基原植物同一品种样本优先聚类,其次是同一产区聚类.结论:ITS2 DNA条形码可以准确有效地用于吴茱萸属植物亲缘关系研究和真伪品的鉴别.
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仙茅属植物7个国产种的SRAP遗传关系研究
目的:研究仙茅属植物7个国产种亲缘关系.方法:通过SRAP分析,利用TREECONW软件分析遗传距离,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图.结果:25对引物组合共得到923条扩增条带,其中有910条呈现多态性,占98.6%.遗传距离0.631～0.912.聚类结果显示仙茅属植物7个国产种分类结果与传统形态分类结果基本一致.结论:仙茅属植物7个国产种的多态性水平高,SRAP用于其分类是可行的.
关键词： 仙茅属 相关序列扩增多态性(SRAP) 亲缘关系 分类 -
地黄不同品种遗传关系的RAPD分析
目的:揭示地黄不同品种的亲缘关系和遗传特点.方法:采用RAPD技术和群体遗传学的分析方法,对地黄16个栽培品种、2个野生居群共54个个体进行了亲缘关系、遗传多样性和遗传结构分析.结果:邻接法构建的多数一致树将54个地黄样品划分为3个明显的类群;Popgene和AMOVA分析均显示地黄品种间的遗传分化大于品种内;类群II所包含的各品种未表现出明显的遗传分化.结论:长期的无性繁殖为地黄积累了一定的遗传分化,野生地黄与栽培品之间遗传距离较大,但在主要栽培品种中遗传分化不明显,显示遗传背景较为单一.野生地黄作为地黄的育种资源应给予充分重视和研究.
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地黄不同品种的RAPD分析
目的:探讨地黄不同品种(种质)的遗传多样性和亲缘关系,为地黄育种提供依据.方法:采用20个10 bp随机引物对19个地黄不同品种的基因组DNA进行RAPD分析.结果:共扩增出163个位点,其中多态性位点114条,占69.9%.根据SPSS 10.0分析软件中的Jaccard相似系数矩阵绘制遗传关系树系图,19个地黄品种分为北京系列、85-5系列、郭里茂等4个类型.结论:北京系列的8个品种首先聚在一起,85-5系列中5个品种较早地聚在一起,表明其类内具有较近的亲缘关系.这一关系为地黄的育种材料的选择提供了参考.
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灰毡毛忍冬主栽品种的遗传多样性及其亲缘关系分析
目的:研究灰毡毛忍冬主栽品种的遗传多样性及其亲缘关系.方法:以灰毡毛忍冬的5个主栽品种为试材,采用ISSR和SRAP分子标记技术,利用Treeconw软件分析处理数据,UPGMA法聚类,构建亲缘关系系统图.结果:20条ISSR引物共得到186条扩增条带,其中有103条呈现多态性,占54.63％,遗传距离0.058 4～0.230 8,平均值为0.1902.58个SRAP引物组合共得到591条扩增条带,其中有347条呈现多态性,占55.46％,遗传距离在0.1071～0.261 1,平均值为0.212 2.2种标记均表明灰毡毛忍冬主栽品种的遗传多样性仅居中等水平.2种标记系统得到了相似但并不完全相同的聚类图.结论:灰毡毛忍冬主栽品种有中等水平的遗传多样性,ISSR与SRAP标记均适用于其遗传多样性的分析.
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ISSR标记研究云南产牛奶菜属几种药用植物的亲缘关系
目的:分析常用傣药“傣百解”原植物等9种云南产牛奶菜属植物种间亲缘关系.方法:应用ISSR分子标记技术.结果:从60个ISSR引物中筛选出25个引物用于试验,共扩增出391个条带,每个引物检测到的位点为8～21,平均每个引物扩增出15.6个位点；种间遗传相似系数(CS)在0.667 5 ～0.821 0；9种牛奶菜属植物间,傣百解Marsdenia auricularis sp.nov.ined.为通光散M.tenacissima的近缘种,云南牛奶菜M.balansae与海枫屯M.officinalis间的亲缘关系近.结论:ISSR结果支持傣百解为牛奶菜属植物,且与通光散近缘,牛奶菜属多种民族药和民间药值得深入研究.
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川滇地区麻疯树遗传多样性及亲缘关系的cpSSR研究
目的:研究川滇地区麻疯树遗传多样性,探讨居群间亲缘关系,为合理利用麻疯树种质资源及良种选育奠定理论基础.方法:作者运用12对叶绿体微卫星(cpSSR)标记引物对10个麻疯树野生居群进行分析,将扩增出的条带作为原始矩阵,用POPGENE version 1.32软件分析遗传多样性参数,并采用NTSYSpc version 2.10软件进行UPGMA聚类分析,构建系统树状图.结果:共检测到多态性位点22个,多态性位点百分率(P)平均为76.28％.其中,云南双柏(YNSB)居群多态性位点百分率高,达95.45％；而云南泸水(YNLS)居群多态性位点百分率低,仅45.45％.Nei's基因多样性指数He0.4020,Shannon信息多样性指数I0.5767,有效等位基因数A.1.7136,总基因多样性(HT)0.4433,基因分化系数Ga10.0802,基因流(Nm)3.0585；居群内基因多样性Hs0.4051,居群间基因多样性(Da1)0.0357,表明麻疯树居群内的基因多样性在总居群基因多样性中所占比例较大,麻疯树居群间几乎没有分化；ANOVA分析结果表明,91.02％的变异来源于居群内,8.98％变异来源于居群间,即10个供试麻疯树居群遗传变异主要发生在居群内,居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异,这与Nei's基因分化系数分析结果一致；麻疯树各居群遗传多样性由低到高依次为:云南泸水(YNLS)居群＜云南西双版纳(XSBN)居群＜四川花棚子(SCHPZ)居群＜四川会东(SCHD)居群＜四川金河(SCJH)居群＜云南普洱(YNPR)居群＜四川雷波(SCLB)居群＜云南双柏(YNSB)居群＜云南法依(YNFY)居群＜四川会理(SCHL)居群；10个麻疯树居群的遗传一致度为0.8127～0.9798；遗传距离为0.0204～0.2073,表明这10个居群间的相似程度较高,遗传距离较小,亲缘关系较近；UPGMA聚类分析显示:10个麻疯树居群可分为两大类,即SCJH居群和SGCHPZ居群聚为一类；SCHL居群、SCHD居群、SCLB居群、YNSB居群、YNFY居群、YNPR居群、XSBN居群和YNLS居群聚为另一类.结论:川滇地区麻疯树具有丰富的遗传多样性,但各居群间亲缘关系较近.
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基于亲缘关系的中药药性研究
通过分析中药药性研究的现状及瓶颈问题,提出基于亲缘关系的中药药性研究思路,即按照文献整理和数据挖掘提供的线索,在一定亲缘关系范围内,确定同一药性的共性药理效应,分析与药性相关联的化学成分,进而揭示中药药性-药理效应-化学成分之间的关联规律.将中药药性、药理效应、化学成分有机结合,为突破制约中药药性研究的瓶颈,提供新的思路和视角.
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黄连属部分药用植物遗传多样性与亲缘关系的SCoT分析
采用SCoT分子标记分析4种黄连属药用植物的遗传多样性和亲缘关系,并用POPGENE计算遗传参数,TREECONW软件进行聚类分析.结果表明:28条引物共检测到434条带,其中多态性条带430条;各遗传参数均表明黄连属药用植物种间的遗传多样性极为丰富(种间PPB=99.1%,Na=1.9906,Ne=1.3293,H=0.2122,I=0.3378),但种内遗传多样性较低(种内PPB=16.8%,Na=1.1682,Ne=1.0730,H=0.0437,I=0.0677);遗传分化系数Gst=0.7940,说明79.4%的遗传变异来源于种间;同种黄连属药用植物的不同植株均聚在一起,证实SCoT分子标记可作为黄连属药用植物亲缘关系研究的有效方法之一.
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口蹄疫病毒基因组RNA结构与功能研究进展
1 概述口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)属小RNA病毒科FMDV属,根据动物交叉保护和血清学试验分为O、A、C、SAT1、SAT2、SAT3和Asial 7个血清型,型间无交叉反应.每型又根据抗原亲缘关系分为不同亚型.小RNA病毒科包括鼻病毒、肠道病毒、甲肝病毒、心病毒和口蹄疫病毒5个属.
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冠状病毒分子生物学研究进展
1 冠状病毒概述 冠状病毒属于冠状病毒科,是病毒中的一个大家族,因电镜下病毒颗粒形似王冠而得名.形态为圆形、椭圆形或轻度多形性,直径为100nm～120nm.人冠状病毒有两个血清型,即HcoV-229E和HcoV-OC43,是人呼吸道感染的重要病原,人类20%的普通感冒由冠状病毒引起[1].儿童的冠状病毒感染并不常见,但是5～9岁儿童有50%可检出中和抗体,成人中70%中和抗体阳性.冠状病毒也是成人慢性气管炎患者急性加重的重要病因之一.由于冠状病毒易于变异,同一株病毒可重复感染人体.冠状病毒具有严格的宿主特异性,只感染自然宿主或亲缘关系密切的宿主.冠状病毒感染广泛分布于全世界各地,主要发生在冬春季节.
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满-通古斯语族人群头面部特征比较
目的 探讨满-通古斯语族人群头面部特征及其亲缘关系.方法 随机抽取居住在辽宁、黑龙江、内蒙古自治区的1014例(男542、女472)满-通古斯语族(包括满族、锡伯族、赫哲族、鄂温克族、鄂伦春族)健康成人为研究对象,按照《人体测量方法》,对头长、头宽等17项头面部指标进行调查对比.所得数据录入SPSS 20.0统计学软件包,进行方差分析、卡方检验及聚类分析等统计学处理.结果 赫哲族的头面部指标与满族和鄂伦春族有差异的项目较少(男性分别为6项和5项,女性分别为2项和6项),而与锡伯族有差异的项目较多(男性15项,女性11项).赫哲族体质特征具有介于南北通古斯人之间的特点,以特圆头型、中面型和狭面型、狭鼻型、额部较宽为特点;满族、锡伯族均以头圆型、超狭面型、狭鼻型(男)及中鼻型(女)、额部窄为特点;鄂温克以特圆头型、中面型(男)及狭面型(女)、中鼻型、额部较宽为特征;鄂伦春族以中头型(男)及圆头型(女)、超狭面型、狭鼻型、额部较窄为特点.聚类分析结果表明,满族、鄂温克族、赫哲族、鄂伦春族等16个族群聚为一类,锡伯族、裕固族、朝鲜族分别聚为一类.结论 满族、赫哲族、鄂伦春族、鄂温克人群彼此之间亲缘关系较近、而锡伯族与满-通古斯语族其他人群亲缘关系较远.
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鼠疫杆菌基因测序已完成
英国桑格中心的科学家近日宣布完成了鼠疫杆菌的基因组测序工作,这将有助于研究该病菌的进化过程,为这种烈性传染病寻找新的抗菌药和疫苗.桑格中心的科学家在新一期英国<自然>杂志上报告说,他们从一位于1992年死于肺炎型鼠疫的人身上收集到一种称为"C092"的鼠疫杆菌菌株,对之进行了测序.这一菌株的染色体约包含465万个碱基对,其中约3.7%的序列是重复的,还有约150个已经不起作用的假基因,以及一些可能导致疾病的染色体片段.鼠疫杆菌基因组特征表明,这种病菌在进化的过程中,曾经频繁地从其它微生物获取新的基因,本身的染色体片段也经常发生重组.这些过程可能是病菌迅速进化的关键.科学家认为,鼠疫杆菌是由一种生活在动物肠道、危害性相对较小的微生物--假结核耶尔森氏菌进化来的,而且产生的历史已有几千年.可能正是通过从其它微生物窃取基因及自身染色体片段重组的过程,鼠疫杆菌在极短的时间里获得了在啮齿类哺乳动物和跳蚤之间转移的能力,并学会了在血液里生存.跳蚤将鼠疫杆菌传播给人类,引起肿胀、出血、咳嗽等症状,然后迅速导致死亡.研究人员希望对鼠疫杆菌的多种菌株及与它亲缘关系较近的其它病菌进行测序,通过对比研究,更好地了解鼠疫杆菌的特性和进化过程.摘自<中国病理学网>
