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川木通与其混伪品和近缘种的ITS2条形码分子鉴定
目的 分析川木通及其混伪品和近缘种的ITS2条形码序列,探讨川木通及其混伪品和近缘种鉴定的新方法.方法 对样品进行DNA提取,PCR扩增ITS2片段并进行双向测序,CodonCode Aligner拼接序列,MEGA5分析川木通的种内遗传距离及与混伪品和近缘物种的种间遗传距离,预测ITS2二级结构,应用BLAST方法进行鉴定分析.结果 川木通与混伪品的种间变异较大,ITS2二级结构的差异分析能够区分川木通与其主要混伪品开,用BLAST方法可将川木通与同属混伪品和近缘物种区分开.结论 ITS2条形码序列可用于区分中药川木通及其混伪品和近缘种,为中药材及其混伪品和近缘物种的分子鉴定提供依据.
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ITS2序列鉴定小茴香及其常见混伪品
目的 探讨基于ITS2序列鉴定小茴香及其混伪品的新方法.方法 对小茴香4份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank上下载小茴香及其常见混伪品共6个物种42个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果 小茴香种内大K-2-P距离为0.0307,与混伪品的种间小K-2-P距离为0.0405;小茴香及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;构建的系统发育树显示小茴香的不同来源样本聚在一支,能很好与混伪品区分.结论 ITS2序列能够成功鉴定小茴香及其易混伪品,可以作为小茴香及其混伪品的分子鉴定方法.
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大黄与易混伪品土大黄、虎杖原植物的ITS2序列鉴定
目的 分析大黄与其易混伪品原植物的rDNA上的ITS2序列信息,探索鉴定大黄及其混伪品的新方法.方法 提取DNA模板后对其ITS2区进行PCR扩增、测序;拼接序列;计算种内种间K2P距离,后基于K2P距离建立NJ树.结果 大黄与其混伪品的小种间K2P距离(38.6%)大于大种内K2P距离(8.0%),NJ树中大黄三个基原的不同来源样品聚为一支.结论 因此ITS2序列可以作为鉴定大黄与易混伪品土大黄、虎杖的候选条形码序列,DNA条形码技术在中药鉴定中具有极大的前景.
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基于 ITS2序列的荆芥及其混伪品的 DNA条形码鉴定
目的：通过分析裂叶荆芥及其混伪品的ITS2条形码序列,探索鉴定荆芥、荆芥穗及其混伪品的新方法,以保证荆芥的质量及临床疗效。方法对裂叶荆芥样品进行DNA提取、PCR扩增ITS2片段和双向测序,所有序列用软件MEGA 6.0进行相关数据分析,对裂叶荆芥及其混伪品间的种间序列差异进行分析比较,计算其种间、种内K2 P遗传距离,并构建邻接树。结果裂叶荆芥ITS2序列长度为232 bp,G+C含量为66.8%,序列高度保守,种内无变异位点。裂叶荆芥与其混伪品种间变异位点较多,种间K2P小距离为0.0175,大于其种内距离,NJ树显示可以将裂叶荆芥与其混伪品完全分开。结论 ITS2序列可鉴别荆芥、荆芥穗及其混伪品,为荆芥的种质资源鉴定和保证临床用药安全提供了良好的技术手段。
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基于ITS2序列的女贞子原植物及其混伪品的分子鉴定
目的:通过分析女贞子原植物及其混用品和伪品的ITS2序列,探究鉴定女贞及其混伪品的新方法.方法:采用CodonCode Aligner进行序列拼接,MEGA4.1计算女贞及其混伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树,后应用Schultz等建立的ITS2数据库和网站预测二级结构.结果:女贞的小种间K2P距离(3.2％)大于种内大K2P距离(0.90％),NJ树中女贞的不同来源样品聚为一支.女贞与其混伪品的二级结构的分子形态均有差异.结论:ITS2序列可以作为鉴定女贞子原植物及其混伪品的条形码序列,并且该序列在中药材原植物的鉴定中具有很大的潜力.
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基于ITS2序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定
目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2条形码序列，探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA提取、PCR扩增和双向测序，所得序列经过CodonCode Aligner拼接后，用软件MEGA5进行相关数据分析，计算其种间、种内遗传距离，并利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内大K2P距离为0.0099，与混伪品种间小K2P距离为0.4976；平车前种内大K2P距离为0.0052，与混伪品种间小K2P距离为0.5191。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出，车前与平车前的不同来源样品聚在一支，并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品，为车前子的基原鉴定提供了新的方法。
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中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究
目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究，为规范中药材半夏的市场流通，保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品，通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列，并采用Mega6.0软件进行多序列比对，计算种内及种间K2P遗传距离，采用邻接（NJ）法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、小距离法、NJ树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果：半夏药材的ITS2序列长度为251 bp，应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品；半夏种内大K2P距离小于半夏与混伪品间的小K2P距离；NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论：ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。
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中国黄芪属药用植物DNA条形码(ITS2)鉴定
中国黄芪属植物种类繁多,具有重要的药用及生物学价值.本文采用了植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段来探讨在黄芪属药用植物中的鉴定能力.结果显示,ITS2基因区通用性强,序列在黄芪属物种问的差异较大,具有明显的Barcoding Gap,能够正确鉴定41个黄芪属植物物种,仅6个物种不能鉴定.此外,ITS2的二级结构也具有一定的系统学及分类学意义.本研究表明ITS2能够作为黄芪属药用植物鉴定的DNA条形码序列,具有重要的应用价值.
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药用植物三尖杉及其同属易混物种的DNA条形码鉴定研究
目的:探索建立适用于鉴定药用植物三尖杉及其同属易混物种的DNA条形码鉴定体系,以保障其用药安全.方法:提取三尖杉属3个物种(三尖杉、粗榧和篦子三尖杉)共22份样本的基因组DNA、扩增ITS2和psbA-trnH序列并测序,通过CodonCode Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接.应用MEGA 5.1计算种内和种间Kimura 2-Paramter(K2P)遗传距离,构建邻接(Neighbor-Joining,NJ)系统聚类树.结果:基于ITS2序列分析,三尖杉的种内大遗传距离小于种间小遗传距离;基于psbA-trnH序列分析,三尖杉的种内和种间遗传距离有重合.结论:应用ITS2序列,可以实现对三尖杉及其易混物种的鉴别,为三尖杉药材的安全使用提供鉴定依据.
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基于ITS2序列鉴定白及与其伪品小白及
目的:通过分析白及与小白及的ITS2条形码序列,鉴定白及与其伪品小白及.方法:以采集自云南、湖北、贵州、湖南、四川的38份白及和小白及叶片为实验材料,提取其总DNA,并PCR扩增其ITS2序列,对序列进行双向测序,并从GenBank上下载2个物种共8条ITS2序列,用MAGA5.0进行序列分析,计算种内、种间遗传距离,构建邻接树.结果:白及与小白及的ITS2序列全长均为259 bp,种间有14个变异位点;ITS2序列种内大遗传距离0.008,种间小遗传距离0.040.由所构建的系统聚类树可以看出,不同来源的白及与小白及的样本均分别聚为一支,两者明显分开.结论:利用ITS2序列可快速准确地鉴别白及与小白及.
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ITS2序列鉴定筋骨草及其近缘种
本研究对筋骨草ITS2区段测序,探讨该片段用于中药筋骨草、白苞筋骨草、白毛夏枯草和夏枯草种间分子鉴别和系统学研究中的意义,我们对核基因ITS2区段进行PCR扩增并测序,获得了该区间的完整序列,所得序列用软件MEGA4.0进行相关分析.测得筋骨草、白苞筋骨草、夏枯草和白毛夏枯草的ITS2片段长度分别为312 bp,304 bp,303bp,304bp.四个物种ITS2片段序列的遗传距离(Kimura 2)为0.010～0.175,各个筋骨草种内的不同产地该序列无差异.用MP法根据ITS2序列的遗传距离建立系统发生树,聚类结果和形态分类相符.根据ITS2序列特征,能有效区分筋骨草和其他易混中药材.ITS2具有做为鉴定的条形码序列的潜力.应用该序列可以有效鉴定筋骨草及其近缘种.
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基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材基因识别
目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法.方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品的DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的1 1份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树.结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种大K2P距离均小于其与混伪品的种间小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品.药材检测结果表明,1 1份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品.结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速鉴别禹州漏芦和漏芦药材真伪.
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基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定
目的:通过DNA条形码鉴定技术区分中药材藤梨根及其常见混伪品.方法:对采集的中药材藤梨根样品及其常见混伪品进行DNA提取,PCR扩增和测序,运用CodonCode Aligner 3.5.7对所获ITS2序列进行拼接.应用MEGA 5.0软件计算藤梨根及其常见混伪品的Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离,并构建NJ(邻接)系统聚类树,后分析种间ITS2序列的二级结构差异.结果:中药材藤梨根两种基原植物的平均种内K2P遗传距离分别为0.001和0.002,远小于藤梨根与其常见混伪品之间的平均K2P遗传距离0.120;藤梨根与其常见混伪品的ITS2二级结构也存在明显差异;NJ树显示藤梨根的基原植物聚在一起,与混伪品可明显区分,但无法区别所有猕猴桃属植物.结论:ITS2序列可高效区分藤梨根及其常见混伪品,弥补了传统鉴定方法的不足,提高了鉴定效率及准确性.
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基于ITS2序列鉴定红白二丸药材及其近缘易混品
目的:基于ITS2序列建立红白二丸药材及其近缘易混品的分子鉴定方法.方法:共收集67份红白二丸药材(中华秋海棠)及其近缘易混品(秋海棠、掌裂叶秋海棠和柔毛秋海棠),提取总DNA、PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,通过CodonCode Aligner V4.2.1对测序序列进行质量分析和拼接,采用MEGA 6.0进行多序列比对分析,并基于近距离法和建树法(NJ树和UPGMA树)对红白二丸药材及其近缘易混品进行物种鉴定.结果:近距离法和建树法的结果均表明中华秋海棠与其近缘易混品掌裂叶秋海棠、柔毛秋海棠能有效区分,但其与秋海棠未能区分开(秋海棠与中华秋海棠为原亚种与亚种的关系).结论:ITS2序列可以有效区分红白二丸药材及其近缘易混品的物种基原,可以作为红白二丸药材的分子鉴定方法,为红白二丸药材的真伪鉴别和保证临床用药安全提供有效的技术支持.
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应用DNA条形码技术对市场苦木药材的检测研究
目的:利用DNA条形码技术对市场上中药材苦木进行检测,为其市场监管及用药安全提供保障.方法:对15份苦木药材(每份取样2个)共30个样品进行DNA提取,PCR扩增其ITS2序列并双向测序,应用CodonCode Aligner version 6.0.2软件对测序峰图进行校对拼接,将得到的所有序列与GenBank 以及中药材DNA条形码鉴定系统分别进行比对,选择相似度相近的物种在中国植物志网站上查询.在此基础上扩增其psb A-trnH序列以验证结果的可靠性.结果:市场购买的苦木样品中正品苦木Picrasma quassioides占70％、臭椿Ailanthus altissima占6.67％、板蓝Baphicacanthus cusia占13.33％、楝叶吴茱萸Tetradium glabrifolium占3.33％、柘Maclura tricuspidata占6.67％.结论:市场上苦木药材存在混伪品,DNA条形码技术能有效鉴别药材真伪.
关键词： 苦木 DNA条形码 ITS2序列 psbA-trnH序列 -
应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究
目的:应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全.方法:对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树.结果:90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列.川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间小K2P遗传距离(0.051和0.056);NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支.结论:基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法.
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基于ITS2序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘混伪品
目的：应用ITS2序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘种混伪品，以确保药材质量，保障临床安全用药。方法：通过对金沸草、旋覆花等药材的3个基原物种条叶旋覆花、旋覆花和欧亚旋覆花及其同属近缘物种进行DNA提取、PCR扩增ITS2序列并双向测序，用CodonCode Aligner对测序峰图进行拼接后，用MEGA5.0软件进行相关数据分析，并构建NJ系统聚类树以直观反映鉴定结果。结果：各基原物种ITS2序列变异位点稳定，其种内平均K2P距离均远小于各自药材以及同属近缘混伪品的种间平均K2P距离；基于ITS2序列的NJ树可以将金沸草和旋覆花药材与同属其它近缘混伪品明显区分开。结论：ITS2序列可准确鉴别中药材金沸草和旋覆花及其同属近缘混伪品。
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基于ITS2序列鉴定南北葶苈子药材及其混伪品
目的：利用ITS2序列对多基原药材葶苈子及其混伪品进行分子鉴定，以保证药材质量及临床疗效。方法：提取46份葶苈子药材及其混伪品的DNA ，通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列并双向测序，应用CodonCode Aligner v 4.25对测序峰图进行校对拼接，并去除低质量序列及引物区，得到ITS2序列。用MEGA 6.0软件计算物种种内和种间 Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离，分析变异位点并构建邻接（NJ）系统聚类树，综合应用相似性搜索法、近距离法以及NJ系统发育树等进行鉴定分析。结果：葶苈子的基原植物播娘蒿和独行菜的种内大K2P遗传距离分别为0.021和0.010，均小于其与混伪品之间的种间小K2P遗传距离；NJ树结果显示播娘蒿和独行菜各自聚为一支，表现出良好的单系性，均可与混伪品明显区分开。结论：以上几种鉴定方法分析结果表明，ITS2序列能准确鉴别南北葶苈子药材与混伪品，为保障临床安全用药提供了新的技术手段。
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细小种子类毒性药材天仙子的DNA条形码鉴定＊
目的：毒性中药的误用滥用对人类健康造成了严重危害。本研究应用DNA条形码技术对细小种子类毒性药材天仙子及其混淆品进行鉴定，为中药材的安全使用提供保障。方法：使用试剂盒提取61份样本的总DNA，通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列并双向测序，应用Codon Code Aligner v 4.25对测序峰图进行校对拼接，去除低质量序列及引物区获得ITS2序列。用MEGA 6.0软件计算物种种内和种间Kimura2-Parameter（K2P）遗传距离，分析变异位点并构建邻接（NJ）系统聚类树。结果：天仙子的基原植物莨菪种内大K2P遗传距离为0.005，远小于其与混淆品之间的种间小K2P遗传距离（0.360）；NJ树结果显示莨菪独自聚为一支，表现出良好的单系性，与混淆品明显区分开。结论：ITS2序列能准确鉴别毒性药材天仙子及其混淆品，为保障临床用药的安全提供了有效的技术手段。
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基于ITS2序列鉴定谷物芽类药材及其混伪品＊
目的：应用ITS2序列对2010版《中国药典》谷物芽类药材稻芽、谷芽、麦芽及其混伪品进行分子鉴定，以保证药材质量和临床疗效。方法：提取稻芽、谷芽和麦芽药材DNA ，通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列并双向测序，应用CodonCode Aligner软件对测序峰图进行校对拼接，并去除低质量序列及引物区，得到ITS2序列。用MEGA6.0软件对所有10个物种74条序列计算种内和种间K2P （Kimura 2-Parameter）遗传距离，分析变异位点并构建邻接（NJ）树。结果：稻芽、谷芽和麦芽的基原植物稻、粟和大麦的种内大K2P遗传距离均远小于其与混伪品之间的种间小K2P遗传遗传距离；NJ树结果显示稻、粟和大麦各自聚为一支，均与混伪品明显区分开，各混伪品物种也单独聚为一支。结论：ITS2序列能准确鉴别稻芽、谷芽、麦芽药材及其混伪品，该研究为保障谷物芽类药材临床准确用药提供了新的技术手段。
