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  • 分枝杆菌分子鉴定中常用的靶基因序列的研究进展

    作者:王洪秀;乐军

    分枝杆菌种类繁多,至2000年底已发现有128种分枝杆菌,包括结核分枝杆菌复合群(MTBC,包括结核分枝杆菌、牛分枝杆菌、非洲分枝杆菌、田鼠分枝杆菌),麻风分枝杆菌以及其他非结核分枝杆菌(nontuberculous mycobacteria,NTM).近年来,非结核分枝杆菌感染有逐渐增加的趋势,据1990年、2000年第二次全国结核病流行病学抽样调查资料

  • 天津口岸首次截获随人入境外来蜱的形态学及分子鉴定

    作者:赵丹云;孙毅;陈卫军;郭强;张琛

    目的 对天津口岸首次截获的随旅客人境的蜱类进行鉴定.方法 对一只澳大利亚入境旅客携带的蜱类进行形态学鉴定,再提取蜱DNA,扩增线粒体中包含ND4、ND4L、tRNA-Thr、tRNA-Pro、ND6及部分cytb在内的基因并测序、比对,结合流行病学调查信息对鉴定结果进行综合分析.结果 该蜱符合花蜱属的形态学特征,分子鉴定表明其基因序列与澳大利亚本土花蜱A mblyomma triguttatum Koch,1844 (kangaroo tick)的基因序列同源性为99%,鉴定为Amblyomma triguttatum.结论 该蜱是国内首次发现且由旅客携带入境的外来花蜱.

  • 中国大陆口岸蜚蠊监测中首次发现褐带皮蠊

    作者:廉国胜;杨泽;柯明剑;潘楚洁

    万山口岸位于广东省珠海市东南部的桂山岛,地处珠江入海口,濒临南海,西距澳门17海里,北距香港大屿山仅3海里.日照充足,雨量充沛,年平均气温22.4℃,年平均降雨量1 700~2 300 mm,空气平均相对湿度为79%.

  • 上海市南汇区鼠类分子鉴定及进化分析

    作者:王董;文海燕;周岚;张华荣;曹敏;张晓龙;郝玉通

    目的 鉴定上海市南汇区的鼠类, 并探讨大鼠属和小鼠属部分种类的进化关系.方法 使用鼠笼法和夹夜法, 于2014年5月—2015年4月在上海市南汇区捕获鼠类, 扩增鼠类的细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ) 、16S r RNA序列片段, 确定鼠种, 并运用邻接法 (Neighbor-Joining, NJ) 和贝叶斯法 (Bayesian Inference, BI) 构建发育树.结果 经比对, 上海市南汇区的38只鼠类分别为褐家鼠 (Rattus norvegicus) 30只和小家鼠 (Mus musculus) 8只, 共2种.序列组成分析显示, COⅠ和16S r RNA片段变异率分别为34.5%和27.7%;两者的碱基转换均大于颠换.遗传距离分析显示, COⅠ基因中种内遗传距离和种间遗传距离有重叠区域, 同理, 16S r RNA的种间遗传距离和属间遗传距离也出现重叠区域.发育树显示, 褐家鼠与大足鼠亲缘关系近, 黄胸鼠与黑家鼠亲缘关系近.结论 COⅠ和16S r RNA基因均可鉴定大部分鼠种, 仅有少数鼠种不能被区别开.另外, 遗传距离结合进化树拓扑结构能更好地鉴别不同鼠种.

  • 云南省华宁县荒川库蠓形态和遗传多态性研究

    作者:王静林;李顺祥;叶绍飞;李楠;何于雯;李华春

    目的 了解云南省荒川库蠓形态多样性及遗传多态性.方法 2015年7月在云南省华宁县采集库蠓样本,制备压片进行形态学鉴定,同时提取基因组DNA,用细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因和间隔区-1(ITS-1)基因特异引物进行PCR扩增和序列测定,采用Clustal X、DNAStar和Mega 6.1等软件进行核苷酸同源性和遗传进化分析.结果 共采集到库蠓955只,其中12只库蠓在R1和R2室下端多出1个淡斑,翅面共有15个淡斑;另外943只库蠓翅面有14个淡斑.对12只翅面有15个淡斑的库蠓(A组)和14只翅面有14个淡斑的库蠓(B组)进行形态学和分子生物学鉴定,26只库蠓均具有两复眼分离、小眼面间无柔毛、触角第15节无嗅觉器、1个大梨形受精囊、翅面有小圆形淡斑的形态学特征.两组库蠓的HR和TR2值差异有统计学意义(P<0.05),而AR、PR、CR和TR1、TR3值的差异均无统计学意义(P>0.05).CO Ⅰ基因和ITS-1基因遗传进化分析显示26只库蠓与荒川库蠓亲缘关系近;但是在CO Ⅰ基因进化树上26只库蠓分为明显的两个进化簇,其中14只库蠓(B组)形成1个单独的进化簇,与另一进化簇核苷酸同源性在94%以下.结论 云南省华宁县除了荒川库蠓外,还存在1种翅面有形态差异的变种库蠓以及CO Ⅰ基因序列差异较大的荒川库蠓,提示该地区荒川库蠓的形态学和遗传学具有多态性.

  • 云南省江城县苏岛库蠓形态学和分子生物学鉴定

    作者:李钊;付强;白方;张纳西;徐勇;元正菊;何于雯;王静林

    目的 采用形态学和分子生物学方法对在云南省江城县采集的库蠓进行鉴定,明确该库蠓的准确分类.方法 2017年9月在云南省江城县采集蠓虫样本,采用不损伤库蠓形态的方法提取基因组DNA,用CO Ⅰ基因和ITS-1基因特异引物进行PCR扩增和序列测定,采用Clustal X、DNAStar和Mega 6.1等软件进行核苷酸同源性和系统进化分析.同时将库蠓虫体压片,在体视显微镜下进行形态学鉴定,并计算AR、HR、PR、CR和TR1、TR2、TR3等数值.结果 在江城县采集15只库蠓,均具有两复眼相连接,小眼面间无柔毛,触角15节,第3、11~15节分布有嗅觉器,翅面翅基、径中、径端、径5室、中4室各有1个淡斑,中1室、中2室分别有2个和3个淡斑,其中基淡斑大,向后延伸至臀室基部翅缘;腹部有2个发达受精囊不等大,PR=3.10:±0.48,与苏岛库蠓PR值差异无统计学意义(t=1.79,P> 0.05).遗传进化分析显示,在ITS-1基因进化树上江城县采集的15只库蠓与苏岛库蠓位于同一分支内,核苷酸同源性在96.8%~99.3%之间,而与其他库蠓核苷酸同源性均低于94.2%;在CO Ⅰ基因进化树上15只库蠓形成一个独立进化簇,这15只库蠓核苷酸同源性在99.4%以上.结论 15只江城采集的库蠓均为苏岛库蠓,其种内变异较小.本研究增添了苏岛库蠓种类鉴定所需要ITS-1基因和CO Ⅰ基因序列,为库蠓快速鉴定和遗传进化研究提供了序列信息.

  • 甘肃省新记录鼠种-索氏仓鼠的分子鉴定

    作者:赵志亮;陈健;王莉;陈利伟;邱德义;高晓强;巩伟兵

    目的 通过扩增线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因,鉴定在兰州中川国际机场鼠类调查中新发现的鼠类.方法 将新发现的6只鼠类,采集肝脏组织,提取DNA,用PCR方法扩增CO Ⅰ和Cytb基因并测序;通过遗传距离和系统进化分析鉴定鼠种.结果 6个样本成功扩增出CO Ⅰ和Cytb基因序列分析显示,样本序列与索氏仓鼠同源性高,均大于99%;在系统进化树中与索氏仓鼠聚在同一分支,从而确定该样本为索氏仓鼠.结论 兰州中川国际机场口岸鼠类调查中新发现的鼠种为索氏仓鼠(Cricetulus sokolovi),是甘肃省首次发现.

  • 国境口岸10种重要蚊类分子鉴定及系统发育研究

    作者:程晓兰;王晓薇;王欣祥;宋锋林

    目的 建立国境口岸重要蚊类分子鉴定方法.方法 针对口岸10种重要蚊类,包括淡色库蚊(Culex pipiens pollens)、致倦库蚊(Culex pipiens quinquefasciatus)、凶小库蚊(Culex modestus)、三带喙库蚊(Culex tritae niorh ync hus)、埃及伊蚊(Aedes aegypti)、白纹伊蚊(Aedes albopictus)、背点伊蚊(Aedes dorsalis)、刺扰伊蚊(Aedes vexans)、中华按蚊(Anopheles sinensis)和骚扰阿蚊(Armigeres subalbatus)设计特异性引物或通用引物进行核酸扩增,测序后与GenBank中的序列比对分析.结果 测定的10种重要蚊类均确认为相应蚊种;利用CO Ⅰ基因的系统发育分析的结果显示与传统的形态鉴定结果一致.结论 分子鉴定能准确进行蚊类鉴定,CO Ⅰ基因在蚊类鉴定中可以作为有效的分子遗传标记.

  • 江西省铅山县一起蘑菇中毒事件的调查与鉴定

    作者:周厚德;刘洋;游兴勇;刘道峰;刘成伟

    目的 调查江西省铅山县一起蘑菇中毒事件并对引起中毒的毒蘑菇进行鉴定.方法 收集事件病例资料,开展流行病学调查,对蘑菇样品进行外观形态学、分子生物学鉴定.结果 流行病学调查结果显示患者均食用了自行采摘的蘑菇,潜伏期约为4h,出现呕吐、胃肠道不适等中毒症状,给予补液、激素、保肝等护胃解毒支持疗法进行治疗,3d后全部痊愈出院.分子生物学方法鉴定为疑似大青褶伞.结论 此次事件因误食可疑大青褶伞野生蘑菇而引起急性中毒,结合流行病学、分子生物学等方法可以较好地鉴定毒蘑菇种类.

  • 川木通与其混伪品和近缘种的ITS2条形码分子鉴定

    作者:刘美子;李美妮;姚辉;刘萍

    目的 分析川木通及其混伪品和近缘种的ITS2条形码序列,探讨川木通及其混伪品和近缘种鉴定的新方法.方法 对样品进行DNA提取,PCR扩增ITS2片段并进行双向测序,CodonCode Aligner拼接序列,MEGA5分析川木通的种内遗传距离及与混伪品和近缘物种的种间遗传距离,预测ITS2二级结构,应用BLAST方法进行鉴定分析.结果 川木通与混伪品的种间变异较大,ITS2二级结构的差异分析能够区分川木通与其主要混伪品开,用BLAST方法可将川木通与同属混伪品和近缘物种区分开.结论 ITS2条形码序列可用于区分中药川木通及其混伪品和近缘种,为中药材及其混伪品和近缘物种的分子鉴定提供依据.

  • ITS2序列鉴定小茴香及其常见混伪品

    作者:刘义梅;罗焜;陈科力;陈士林

    目的 探讨基于ITS2序列鉴定小茴香及其混伪品的新方法.方法 对小茴香4份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank上下载小茴香及其常见混伪品共6个物种42个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果 小茴香种内大K-2-P距离为0.0307,与混伪品的种间小K-2-P距离为0.0405;小茴香及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;构建的系统发育树显示小茴香的不同来源样本聚在一支,能很好与混伪品区分.结论 ITS2序列能够成功鉴定小茴香及其易混伪品,可以作为小茴香及其混伪品的分子鉴定方法.

  • 基于ITS2条形码的中药材威灵仙与其易混伪品的鉴定

    作者:曾旭;李莉;业宁;姚辉;刘志华;秦民坚

    目的 对中药材威灵仙及其易混伪品进行分子鉴定,为控制药材质量稳定和指导临床合理用药提供科学依据.方法 以核基因ITS2片段作为DNA条形码,对威灵仙基源植物及其易混品间的种内,种间序列差异进行分析比较,并构建NJ(邻接)树.通过Schultz等建立的ITS2数据库图及其网站预测ITS2二级结构.结果 威灵仙基源植物ITS2序列长度分别为220 bp和230 bp,由所构建的NJ树图可以看出,威灵仙、棉团铁线莲、东北铁线莲聚在一起,支持率达83%;由三种植物的枝长来看,支持了铁线莲属的分布中心在中国云南、四川等西南地区,以中心向四周散布的论点.比较威灵仙及其易混伪品的二级结构发现,威灵仙的正品来源与其它物种在螺旋区茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面具有较明显区别.结论 ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区别威灵仙药材的基源植物与其易混伪品,具有重要的应用价值.

  • 基于ITS2序列的女贞子原植物及其混伪品的分子鉴定

    作者:李美妮;韩蕊莲;韩建萍;刘美子;姚辉;宋经元

    目的:通过分析女贞子原植物及其混用品和伪品的ITS2序列,探究鉴定女贞及其混伪品的新方法.方法:采用CodonCode Aligner进行序列拼接,MEGA4.1计算女贞及其混伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树,后应用Schultz等建立的ITS2数据库和网站预测二级结构.结果:女贞的小种间K2P距离(3.2%)大于种内大K2P距离(0.90%),NJ树中女贞的不同来源样品聚为一支.女贞与其混伪品的二级结构的分子形态均有差异.结论:ITS2序列可以作为鉴定女贞子原植物及其混伪品的条形码序列,并且该序列在中药材原植物的鉴定中具有很大的潜力.

  • 金银花中几种分子的真伪鉴别方法比较及其研究进展

    作者:蒋超;黄璐琦;袁媛;余淑琳;陈敏

    中药材的真伪对于中医临床用药具有至关重要的作用。作为中药鉴定的重要组成部分,DNA分子标记技术已越来越广泛地应用于中药材的真伪鉴别。近年来,涌现出许多中药分子鉴定新方法,但对于这些新方法的系统比较分析尚未见报道。本文以药材金银花真伪鉴别为例,比较了表达序列标签-简单重复序列多态性、聚合酶链式反应-限制性酶切长度多态性、位点特异性PCR、DNA条形码技术和环介导等温扩增技术的原理、特点、检测方法以及检测时间和应用范围等,并针对各方法的缺陷提出相应的改进措施,以期筛选到适合金银花快速真伪鉴别的方法,也为其他中药材分子鉴别研究提供示范。

  • 基于DNA序列的石斛属药用植物鉴定研究进展

    作者:周红;马双姣;杨培;姚辉

    本文从核基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组三方面,综述了目前常用DNA序列在石斛属药用植物的分子鉴定和物种分类研究中的进展。文献显示,目前用于石斛属物种分子鉴定研究的DNA序列主要有核ITS/ITS2、LEAFY,叶绿体rbcL、matK、trnH-psbA、rpoB、rpoC1、trnL-F、rbl16、trnl intron和线粒体基因组nad1 intron2,这些DNA序列均对石斛属药用植物鉴定具有借鉴意义。笔者对叶绿体全基因组序列作为“超级条形码”在石斛属植物中应用的可行性进行了展望,以期为石斛属药用植物的鉴定研究提供参考。

  • 中药材北沙参种子DNA条形码鉴定研究

    作者:张改霞;金钺;贾静;石林春;孙稚颖

    目的:本研究旨在建立鉴定北沙参种子的新方法,确保药材生产种植中种质基原准确.方法:对北沙参不同产地种子经初步形态特征鉴定后,取单粒种子为一份样品,提取基因组DNA、PCR扩增、双向测序拼接获得ITS2序列,结合序列比对、变异位点分析,基于中药材DNA条形码鉴定系统(http://www.tcmbarcode.cn),系统地完成种子样品的分子鉴定.结果:研究表明66份种子样品中,64份与《中国药典中药材DNA条形码标准序列》中北沙参序列特征一致,2份样品序列中各有一处SNP位点,为北沙参暂未发现过的遗传多样性信息,鉴定结果显示为北沙参.结论:DNA条形码技术能准确鉴定北沙参种子,并为中药材种子鉴定提供新方法,同时SNP位点的发现为后续研究北沙参品种多样性问题提供参考.

  • 基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定

    作者:高婷;朱珣之

    目的:通过DNA条形码鉴定技术区分中药材藤梨根及其常见混伪品.方法:对采集的中药材藤梨根样品及其常见混伪品进行DNA提取,PCR扩增和测序,运用CodonCode Aligner 3.5.7对所获ITS2序列进行拼接.应用MEGA 5.0软件计算藤梨根及其常见混伪品的Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离,并构建NJ(邻接)系统聚类树,后分析种间ITS2序列的二级结构差异.结果:中药材藤梨根两种基原植物的平均种内K2P遗传距离分别为0.001和0.002,远小于藤梨根与其常见混伪品之间的平均K2P遗传距离0.120;藤梨根与其常见混伪品的ITS2二级结构也存在明显差异;NJ树显示藤梨根的基原植物聚在一起,与混伪品可明显区分,但无法区别所有猕猴桃属植物.结论:ITS2序列可高效区分藤梨根及其常见混伪品,弥补了传统鉴定方法的不足,提高了鉴定效率及准确性.

  • 白头翁属药用植物及药材鉴别研究

    作者:张立秋;于俊林;姚辉;石林春;宋经元

    目的:本研究对白头翁、朝鲜白头翁、兴安白头翁3种药用植物及药材进行了形态分类和ITS2序列分子鉴别研究,为建立其分子鉴定方法提供有力依据.方法:通过对长白山区白头翁属3种药用植物进行野外实地考察采样,形态分类描述及提取样品总DNA,扩增ITS2序列、双向测序.所得序列经CodonCode Aligner拼接、比对,采用MEGA 6.0软件对样品进行变异位点分析、计算种内和种间遗传距离(K2P)并构建邻接树(NJ).结果:形态鉴别容易区分白头翁与朝鲜白头翁和兴安白头翁,但朝鲜白头翁和兴安白头翁不易区分,ITS2序列片段长度均为219 bp,3种药用植物的药材ITS2序列与其基原植物序列一致,种间变异位点有6个,遗传距离显示物种种内大K2P距离远远小于种间小K2P距离,NJ树结果显示,白头翁、朝鲜白头翁、兴安白头翁均可明显区分.结论:ITS2序列能够准确鉴定白头翁属3种药用植物的药材和基原植物,可作为形态鉴别的有力补充.

  • 基于叶绿体全基因组的贝母属特异性DNA条形码的筛选

    作者:李滢;姚辉;宋经元;任风鸣;李西文;孙超

    本研究通过对贝母属4个物种叶绿体基因组进行全局分析,分别查找基因区域和基因间区的高变异区域,筛选用于高效鉴别贝母属植物的新DNA条形码序列.相关研究发现贝母属植物的基因区域序列相似度极高,不适用于DNA条形码鉴定研究;共有7个基因间区可以作为潜在的贝母属植物鉴定的特异性DNA条形码.本研究所构建的DNA条形码筛选方法,为筛选用于难鉴定科属的新的DNA条形码提供了通用的方法体系.

  • 应用DNA条形码技术鉴定中药材酸枣仁

    作者:任莉;陈新连;石林春;辛天怡;庞晓慧

    目的:利用DNA条形码鉴定技术对中药材酸枣仁及其混伪品进行分子鉴定.方法:对研究材料进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,利用CodonCode Aligner拼接后,将所得序列转换为彩色条形码图片及二维DNA条形码.用软件MEGA进行遗传距离分析,构建NJ(邻接)树.结果:酸枣仁基原植物酸枣的ITS2序列种内遗传距离为0-0.009,远小于其与混伪品的种间遗传距离(0.084-0.190);由所构建的NJ树可以看出,酸枣不同来源的样本聚在一起,表现出单系性.结论:ITS2条形码能够有效地鉴别酸枣仁药材与其混伪品,为保障其用药安全提供新的技术手段.同时,专属二维DNA条形码可以跨平台快速获取酸枣仁的DNA条形码信息,实现对该药材市场流通的数字化监控.

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