首页 > 文献资料
-
人工栽培铁皮石斛种质资源遗传多样性的SCoT分析
目的:将目标起始密码子多态性分子标记(SCoT)技术应用于铁皮石斛的遗传多样性研究.方法:采用SCoT分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对20份不同来源的人工栽培铁皮石斛样品进行遗传多样性分析.结果:从备选的56个引物中筛选出20个SCoT引物,对共扩增共获得226个条带,平均每个引物产生11.3个条带,其中多态性条带204条,多态性比率达到90.3％.结论:本实验发现不同来源的铁皮石斛人工栽培种存在较大的遗传差异,目前药材市场中的人工栽培铁皮石斛遗传多样性丰富,SCoT技术可有效应用于铁皮石斛的遗传多样性研究.
-
应用SCoT标记分析玄参种质资源的遗传多样性
目的:研究玄参种质资源的遗传多样性及亲缘关系.方法:应用目标起始密码子多态性(SCoT)技术对来源于全国各地的48份玄参种质进行遗传多态性分析.遗传距离采用TREECONW软件计算,UPGMA方法构建亲缘关系树状图.结果:28条引物共检测到279个位点,其中214个为多态位点,占76.7％.遗传距离变化范围在0.150 7 ～0.493 3.聚类结果显示栽培玄参亲缘关系较为复杂:有的种质具明显的地理相关性；有的种质聚类混杂,与地理分布无明显相关性；也有来源于同一地区的种质仅部分聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律.结论:栽培玄参的遗传多样性水平较高,为优良品种的培育提供了丰富的遗传基础.
-
川续断野生种质资源遗传多样性的SCoT分析
采用目标起始密码子多态性(SCoT)技术对66份川续断种质进行多态性检测,揭示野生川续断种质资源的遗传多样性.用TREECONW软件计算遗传距离,UPGMA方法构建亲缘关系树状图.结果表明,20条引物共检测到181个位点,其中109个为多态位点,占60.13％;遗传距离变化范围在0.0306～0.181 4;聚类结果显示野生川续断种质分类与地理来源无明显相关性.野生川续断的遗传多样性水平较高,为改良种质资源提供了丰富的遗传基础.
-
黄花蒿品种(品系)群体遗传结构及遗传多样性的SCoT分析
利用SCoT分子标记分析国内外8个黄花蒿品种(品系)群体的遗传结构及遗传多样性,运用POPGENE软件计算相关遗传参数,UPGMA方法聚类生成树状图.结果表明:20条引物共检测到145个扩增位点,其中多态位点122个;物种水平上,PPB=84.1％,H=0.217 3和Hsp=0.341 9,表明8个黄花蒿品种(品系)的遗传多样性较高;在群体水平上,各遗传参数的平均值为PPB=41.9％,H=0.121 5,Hpop=0.186 8,表明遗传多样性较低;Nei's基因多样性指数计算的遗传分化系数(Gst=0.441 0)说明大部分遗传变异存在于品种(品系)内;品种(品系)间存在基因流障碍(Nm=0.633 9);品种(品系)间的Nei's遗传一致度(I)为0.755 1～0.985 7;8个品种(品系)聚为2个大类,具有相同或相似遗传背景的品种(品系)具有聚为一类的倾向.研究结果显示,在黄花蒿品种选育中应加强育成品种的交流、增加优异基因的相互渗透,从而拓宽黄花蒿的遗传基础.
-
濒危药用植物桃儿七野生居群遗传多样性与遗传结构的SCoT分析
目的:揭示珍稀濒危药用植物桃儿七的遗传多样性水平及居群遗传结构特点.方法:采用新型分子标记SCoT对来源于我国的6个桃儿七野生居群共45个个体进行遗传多态性检测.运用POPGENE软件计算相关遗传参数,UPGMA方法聚类,结合MEGA5软件生成树状图.结果:筛选出的27条引物,共检测到350个位点,其中284个为多态位点,平均每条引物扩增所得多态条带为10.52条.物种水平上,桃儿七6个野生居群的遗传多样性较为丰富,PPB 79.27％,Ne 1.332 7,H 0.210 9,Hspp0.328 6.在居群水平上,遗传多样性水平较低:PPB 10.48％(4.00％～23.71％),Ne 1.0487(1.020 7～1.1037),H 0.029 7(0.012 9 ～0.063 1),Hpop0.046 2(0.019 9 ～0.098 6).Nei's基因多样性指数计算的居群间遗传分化系数Gst=0.841 1与Shannon's居群分化系数(Hsp-Hpop)/H.p=0.849 4基本一致,均说明大部分遗传变异存在于居群间.基因流Nm=0.094 4,表明桃儿七居群间基因交流处于低等水平.Nei's遗传一致度(I)范围为0.570 8～0.978 7.聚类分析将供试居群分为2类,相同地理来源或相似生境的材料具有聚为一类的倾向.结论:供试野生桃儿七具有较丰富的遗传多样性,为有效保护和改良种质资源奠定了一定的基础.
-
黄连属部分药用植物遗传多样性与亲缘关系的SCoT分析
采用SCoT分子标记分析4种黄连属药用植物的遗传多样性和亲缘关系,并用POPGENE计算遗传参数,TREECONW软件进行聚类分析.结果表明:28条引物共检测到434条带,其中多态性条带430条;各遗传参数均表明黄连属药用植物种间的遗传多样性极为丰富(种间PPB=99.1%,Na=1.9906,Ne=1.3293,H=0.2122,I=0.3378),但种内遗传多样性较低(种内PPB=16.8%,Na=1.1682,Ne=1.0730,H=0.0437,I=0.0677);遗传分化系数Gst=0.7940,说明79.4%的遗传变异来源于种间;同种黄连属药用植物的不同植株均聚在一起,证实SCoT分子标记可作为黄连属药用植物亲缘关系研究的有效方法之一.
-
冷胁迫下铁皮石斛抗寒相关基因的SCoT差异表达分析
为了探讨铁皮石斛在冷胁迫下相关基因表达差异的分子机制,选用抗寒性较强的铁皮石斛种质,分别构建了冷胁迫处理总RNA混合池,利用反转录cDNA进行SCoT PCR进行差异表达分析.通过64条引物筛选了约500个cDNA片段,获得差异片段11个,并进行割胶回收、克隆、测序和序列分析.结果表明,利用SCoT方法可以筛选出冷胁迫下铁皮石斛的抗寒相关基因,获得的基因片段分别与膜相关蛋白、渗透调节蛋白、CBF转录因子、抗逆性蛋白有很高的同源性,还有1个基因片段功能未知,可能与铁皮石斛的抗寒有关.
-
基于SCoT标记的陕产茜草野生居群遗传多样性分析
茜草是我国传统中药材,近年来,其药材价格不断上涨,导致野生资源急剧减少,因此对其野生资源的遗传多样性进行评价,对茜草的资源保护、优良品种选育和开发利用意义重大.本文采用SCoT分子标记方法对陕西境内8个野生茜草居群64份种质进行了遗传多样性和遗传结构分析.结果表明,陕产野生茜草遗传多样性丰富,14条引物共扩增得到182条带,其中多态性条带163条,多态性百分比为89.56％;种群水平上Nei's基因多样性指数(H)为0.2936、Shannon指数(D平均值为0.4446、居群间遗传分化系数(Gst)为0.555 3、种群间基因流(Nm)为0.440 8;不同野生居群按遗传多样性水平排序为:安康＞榆林＞商洛＞宝鸡＞铜川＞延安＞渭南＞咸阳.Mantel分析表明,陕产茜草野生居群间的亲缘关系与它们之间的地理距离存在显著的正相关性(r=0.7764,P＜0.05).本文为陕产茜草野生居群的保护和资源利用提供了理论依据.
-
贵州栽培杜仲表型性状与SCoT分子标记的遗传多样性分析
目的:研究贵州栽培杜仲的表型特征及遗传多样性.方法:综合运用表型差异分析与SCoT分子标记方法对贵州栽培的40份杜仲进行遗传多样性分析.结果:贵州栽培杜仲表型多样性指数高的是新生小枝上芽数,为2.0638,低的是新生小枝上叶片数,为1.7084;基于各样本间的表型差异,40份杜仲样本可聚为4类.10条SCoT引物扩增出76条带,其中多态性条带50条,多态位点百分率为65.79％;Nei's遗传多样性指数(H)平均值0.1937,Shannon's多态性指数(I)平均值为0.2832,种群间遗传分化系数(Gst)为0.1733,种群间基因流(Nm)为2.3848;基于遗传一致度,4个种群可聚为2类.结论:贵州栽培杜仲不同种群的遗传多样性差异较小;种群间存在一定的遗传分化,但遗传分化主要存在于种群内;种群间基因交流频繁,有利于该物种的扩展;种群间表型差异聚类和SCoT聚类结果相似,均与地理位置有一定的相关性,为种质资源的鉴定打下良好基础.
-
广西产拳卷地钱DNA的SCoT-PCR引物筛选及反应体系优化
目的:通过筛选引物并优化反应条件,建立以目标起始密码子多态性(SCoT)技术进行标记的广西产拳卷地钱DNA的聚合酶链式反应(PCR)体系.方法:采用改进的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取广西产拳卷地钱药材样品DNA,以凝胶电泳法与紫外分光光度法考察样品DNA的纯度和浓度;以样品DNA为模板,对36条SCoT引物进行PCR扩增反应,并对产物进行电泳、染色、成像以筛选合适引物;以DNA浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度等5个主要因素进行5因素4水平的正交试验,对SCoT-PCR反应体系条件进行优化.结果:所提取的样品DNA条带整齐,无RNA污染、无降解、无弥散荧光,加样孔清晰;260、280 nm紫外波长处吸光度比值在1.8～2.0范围内,样品DNA纯度和浓度均适合后续试验;36条引物PCR结果显示,4号引物所得产物条带整齐、无弥散荧光且亮度高,故以其为引物进行PCR反应;佳SCoT-PCR反应体系为30.00μg/mL DNA、2.00 mmol/L Mg2+、0.20 mmol/L dNTP、0.40μmol/L引物、0.50 U/mL Taq DNA聚合酶(总反应体积20μL).结论:筛选得到合适的样品DNA的SCoT-PCR引物并优化了反应体系,可为广西产拳卷地钱的品种鉴定、遗传多样性评价及亲缘关系分析提供技术基础.
