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免疫相关基因在结核性肉芽组织中的表达变化分析
目的:研究免疫相关基因在结核性肉芽组织中的差异表达.方法应用基因芯片技术和生物信息学方法,采用多聚赖氨酸修饰玻璃载玻片进行接触式点样,制作包含626个人体免疫相关基因片段的cDNA芯片.
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子痫前期胎盘组织基因谱变化
目的 利用CDNA微阵列芯片检测技术比较子痫前期(PE)患者与正常妊娠者的胎盘组织基因表达的差异,寻找PE可能的发病基因. 方法 以混合的20例正常孕妇胎盘组织总mRNA为对照,应用人类基因表达谱01igo芯片技术检测PE患者胎盘基因表达的改变. 结果 检测到显著表达差异的基因共有95个,与对照组相比,有19个基因表达下调,76个基因表达上调. 结论 PE的基因表达谱发生明显改变,这些基因涉及到代谢、转录调节、细胞凋亡、信号转导、免疫等,可能参与PE的发病机制.
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中医证候的转录组学研究进展与探析
中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节.转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用.本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法.
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基于悬液微珠抗体芯片技术的慢性乙型病毒性肝炎后肝硬化证候研究
目的:探讨70例慢性乙型病毒性肝炎后肝硬化肝胆湿热证和肝郁脾虚证的特征性差异表达细胞因子.方法:运用悬液微珠抗体芯片技术,定量检测分析证候间48种细胞因子的差异表达谱;ELISA法进行验证.结果:与健康者相比,乙肝后肝硬化肝胆湿热证和肝郁脾虚证各自具有不同的差异表达细胞因子谱.通过统计分析干扰素诱导蛋白(IP-10)和白细胞介素-18(IL-18)能够区分两证,但临床肝功能指标无法区分两证.在27例肝胆湿热证和33例肝郁脾虚证之间,IP-10具有差异表达(P<0.05).ROC曲线分析显示,IP-10和IL-18结合具有较高的诊断效果(AUC=0.761).生物学通路分析发现NOD样受体通路,JAK-STAT信号转导通路和RIG-I样受体信号转导通路与肝胆湿热证相关;造血细胞谱系和肿瘤相关通路与肝郁脾虚证相关.结论:IP-10和IL-18可能为临床辨别乙肝后肝硬化肝胆湿热证和肝郁脾虚证提供参考.
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基于CCl4诱导大鼠纤维化肝组织microRNA差异表达分析加减三甲散改善大鼠肝纤维化的分子机制
目的:研究加减三甲散对四氯化碳(CCl4)诱导的肝纤维化大鼠模型microRNAs的影响,从基因水平探索该方抗肝纤维化的分子机制.方法:采用microRNA高通量测序技术检测正常组、模型组与加减三甲散组肝组织microRNAs表达;取正常较模型组差异miroRNAs与模型组较加减三甲散组差异miroRNAs的交集进行靶基因预测,对靶基因进行GO分析和Pathway分析.结果:正常较模型组、模型组较加减三甲散组差异miroRNAs的交集中,筛选出14个差异microRNAs;GO分析和Pathway分析提示,差异microRNAs调控细胞内有机/无机物质的应答,细胞化学平衡、抗凋亡作用、积极的调节蛋白激酶活性、脂肪酸代谢过程等;显著信号转导通路主要包括钙信号通路、PPAR信号通路,Wnt信号通路、MAPK信号通路,凋亡,TGF-β信号通路等.结论:加减三甲散通过调控多个miroRNAs,进而调控多个生物学功能和多个信号转导通路进行抗肝纤维化治疗.
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冷胁迫下铁皮石斛抗寒相关基因的SCoT差异表达分析
为了探讨铁皮石斛在冷胁迫下相关基因表达差异的分子机制,选用抗寒性较强的铁皮石斛种质,分别构建了冷胁迫处理总RNA混合池,利用反转录cDNA进行SCoT PCR进行差异表达分析.通过64条引物筛选了约500个cDNA片段,获得差异片段11个,并进行割胶回收、克隆、测序和序列分析.结果表明,利用SCoT方法可以筛选出冷胁迫下铁皮石斛的抗寒相关基因,获得的基因片段分别与膜相关蛋白、渗透调节蛋白、CBF转录因子、抗逆性蛋白有很高的同源性,还有1个基因片段功能未知,可能与铁皮石斛的抗寒有关.
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与原发性食管癌进展相关基因的筛选
目的 应用基因微矩阵技术分析原发性食管癌基因表达谱,筛选与食管癌进展相关基因.方法 利用激光捕获微切割-T7 RNA聚合酶体外扩增联合cDNA芯片技术对15例原发性食管癌的基因表达谱进行筛选,并通过比较组间差异基因筛选出与肿瘤进展相关的基因.结果 在886条目的 基因中,筛选出34条基因在Ⅰ/Ⅱ和Ⅲ/Ⅳ组间存在显著性差异(P<0.05),其中细胞周期调节类基因与早期食管癌发生有关,而细胞外基质类、黏附分子类基因主要参与食管癌的浸润和转移.结论 多个基因表达变化在食管癌发生中起作用,而进展相关基因的筛选为其临床诊治提供了新的思路和线索.
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抑制性消减杂交应用的研究进展
抑制性消减杂交是一种简便易行、特异性高的高效分离差异表达基因的方法.该技术应用于肿瘤、干细胞等方面的研究已取得重要进展.
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贝氏柯克斯体抑制宿主单核细胞的碳源代谢
贝氏柯克斯体是一种专性细胞内寄生的革兰阴性小球杆菌,为Q热的病原体.本文通过比较贝氏柯克斯体感染单核细胞和非感染单核细胞的蛋白表达谱,研究该病原体感染引发宿主细胞表达差异的蛋白.用贝氏柯克斯体I相毒株感染人单核细胞(THP-1),采用等电聚焦和SDS-PAGE双向电泳对感染单核细胞和非感染单核细胞进行比较蛋白质组学研究,用电泳图谱分析软件发现它们之间的差异表达蛋白,用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱仪鉴定差异表达蛋白.结果发现,电泳图谱分析发现137个差异蛋白,质谱分析鉴定到15种差异蛋白与细胞生理代谢有关.这些蛋白的表达变化说明贝氏柯克斯体感染单核细胞使宿主细胞碳源代谢受到抑制,由此可能影响单核细胞正常杀菌功能,而有利于贝氏柯克斯体在细胞内的生存.
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应用微阵列技术初步探讨间变性星形细胞瘤基因表达谱
间变性星形细胞瘤为星形细胞起源的恶性肿瘤(WHOⅢ级),占脑肿瘤的26.6%,既可以是原发,也可由低度恶性星形细胞瘤发展而来[1].我们拟应用微阵列技术对该肿瘤的差异表达进行初步探索.
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差异表达蛋白质的分离鉴定及其应用
蛋白质组(proteome)的概念由Wilkins和Williams于1994年首先提出.它源于蛋白质(protein)与基因组(genome)两个词的组合,指一个基因组(genOME)或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(PROTein).蛋白质组学(proteomics)是以蛋白质组为研究对象,阐释所有蛋白质在不同时空的表达谱和功能谱,全景式地揭示生命活动的本质,特别是人体健康与疾病的机制.
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人胰腺癌中miRNA的差异表达及部分功能研究
胰腺癌是一种常见的恶性肿瘤,具有高度侵袭性,它的预后差,患者5年生存率不到5%,因此,对于胰腺癌发病机制及其新的治疗靶点的研究,是众多学者研究的热点.miRNA是由21~25个核苷酸组成的非编码RNA,它作为一种转录后调节分子通过与靶基因的3’-UTR配对,促进mRNA的降解或抑制翻译,从而抑制其靶基因的表达.近年的研究显示,大多数肿瘤都存在miRNA表达谱的改变[1-3],差异表达的miRNA在肿瘤中起到癌基因或肿瘤抑制基因的作用[4-6].胰腺癌同样存在着miRNA表达谱的改变,但关于miRNA与胰腺癌的关系知之尚少,因此研究miRNA在胰腺癌发病机制中的作用具有重要的意义.我们采用miRNA芯片筛查胰腺癌组织与正常胰腺组织中差异表达的miRNA,结果发现了一组在胰腺癌中表达有差异的miRNA,其中上调的miRNA有18个,下调的有14个.根据我们芯片筛查的结果并结合文献报道,我们选择了在胰腺癌中表达显著下调的miR-96、miR-217和表达明显上调的miR-27a进行了功能研究,并分析了它们在胰腺癌的发生、发展过程中可能发挥的作用.
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呼吸道合胞病毒诱导人上皮细胞趋化因子差异表达
本研究采用分离野生型(wt)和标准株RSV感染上皮细胞,对宿主细胞mRNA差异表达进行检测,研究病毒复制与细胞趣化因子表达关系.
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抑制性消减杂交技术与基因克隆化
近年来,随着分子生物学技术的迅猛发展及人类基因组计划的实施,当今分子生物学的研究热点已转向利用新技术研究生物学、医学乃至动植物领域中基因的功能及调控作用,如个体的生长、发育和死亡等许多问题的产生与细胞间基因表达的关系研究,尤其是分离和鉴定与危害人类健康疾病(如恶性肿瘤、心脑血管疾病及一些原因不明的慢性疾病等)的发生、发展密切相关的基因,分离、鉴定这些差异表达的基因,可为揭示生命活动的规律、探索疾病发生机制及寻找诊断及治疗的靶基因提供强有力的依据.
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志贺菌基因转移耐多药相关蛋白初步分析
目的:对志贺菌敏感株与基因转移耐多药株全菌蛋白进行蛋白质组学比较,寻找细菌耐多药相关蛋白.方法:采用接合基因转移实验对临床分离鉴定志贺菌敏感株进行基因转移耐多药试验,并对志贺菌敏感株及基因转移耐多药株全菌蛋白进行双向电泳;电泳图谱采用Image Master 2D Platinum软件分析,并对差异表达蛋白进行MOLDI TOF-TOF质谱分析.结果:成功获得志贺菌基因转移耐多药株,在志贺菌敏感株与耐多药株全菌蛋白质图谱中分别检测出946±37个和1013±157个蛋白质斑点;经分析共发现43个差异表达的蛋白点,初步对其中5个表达量增加的差异蛋白进行质谱鉴定,基因转移耐多药株中发现两个新出现的耐多药相关蛋白分别为CRISPR相关蛋白及Hsp60的分子伴侣蛋白(Groel-Groes-Adp7);ABC转运蛋白、胱氨酸合成酶、预测的胞浆脂蛋白表达量上调.结论:通过对鉴定的5个耐多药相关蛋白分析初步发现供体菌中一些耐多药相关基因通过基因转移方式插入志贺菌敏感株中并大量表达,同时一些在细胞代谢中起重要作用的酶类表达量上调,ABC转运蛋白在志贺菌基因转移耐多药机制中也起重要作用.
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丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活蛋白5反式调节基因的筛选
目的:应用基因表达谱芯片技术研究丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活蛋白5的反式调节基因.方法:以分子生物学技术构建NS5ATP5的真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5ATP5,以表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5ATP5转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA.应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析.结果:HepG2细胞经转染NS5ATP5后,有17条基因表达增强,12条基因表达降低.结论:成功筛选了NS5ATP5的反式调节基因,为进一步阐明NS5ATP5的反式激活作用及免疫调节机制提供了新的依据.
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应用抑制性消减杂交技术克隆HBV全S蛋白反式激活蛋白1的反式激活基因
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建乙型肝炎病毒(HBV)全S蛋白反式激活蛋白1(CSTP1)的反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HBV CSTP1反式激活相关基因.方法:以HBV CSTP1表达质粒pcDNA3.1(-)-CSTP1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照;制备转染后的细胞裂解液,从中提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaI酶切后将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR,将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.结果:成功构建人HBV CSTP1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.文库扩增后得到86个白色克隆,进行菌落PCR分析,均得到100-1000 bp插入片段.挑取25个含有插入片段的阳性克隆测序分析,获得23个已知基因序列和2个未知基因.未知基因的功能还正在研究中.结论:应用SSH技术成功构建了HBV CSTP1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.该文库的建立为进一步阐明HBV CSTP1反式调节的靶基因及致肝病发生的分子生物学机制提供理论依据.
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应用表达谱芯片技术研究NS5ATP13的反式调节基因
目的:应用基因表达谱芯片研究HCV非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP13的反式调节基因.方法:构建NS5ATP13基因的真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5ATP13,应用基因表达谱芯片技术对pcDNA3.1(-)-NS5ATP13转染的人肝母细胞瘤细胞系HepG2细胞和转染空载体的相同细胞的差异表达mRNA进行检测和分析.结果:HepG2细胞经转染NS5ATP13后,有86条差异基因表达,其中46条基因表达增强,40条基因表达降低.这些差异表达的基因与细胞的增生、分化及细胞的信号转导、代谢、凋亡密切相关.结论:应用基因表达谱芯片成功筛选了NS5ATP13的反式调节基因,为进一步阐明NS5ATP13的反式激活作用及免疫调节机制提供了新的依据.
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应用抑制性消减杂交技术克隆NS5A-TP2(615)反式激活基因
目的:应用抑制性消减杂交技术构建人类新基因NS5ATP2(615)反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆NS5ATP2反式激活相关基因,了解该基因的可能生物学功能.方法:构建NS5ATP2表达质粒pcDNA3.1(-)NS5ATP2-TP2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;提取转染后细胞的mRNA,反转录为cDNA.半定量RT-PCR显示实验组NS5ATP2的转录水平明显高于对照组.cDNA经RsaI酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR),将产物与pEGM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.结果:成功构建人类新基因NS5ATP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.文库扩增后得到76个白色克隆,进行菌落PCR分析,均得到200-1000 bp插入片段.挑取含有插入片段的32个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得17种已知功能基因序列,和2个未知功能基因.结论:应用SSH技术成功构建了NS5ATP2反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.该文库的建立为阐明NS5ATP2生物学功能提供理论依据.
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应用抑制性消减杂交技术克隆乙型肝炎病毒前-X蛋白反式激活基因
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建乙型肝炎病毒(HBV)前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库,克隆前-X反式激活相关基因,了解该段基因的可能生物学功能.方法:构建表达质粒pcDNA3.1(-)-前-X,转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)转染的HepG2细胞为对照;提取转染后细胞的mRNA,反转录为cDNA.cDNA经RsaI酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR),将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.结果:成功构建前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.文库扩增后得到45个白色克隆,进行菌落PCR分析,均得到200-1000 bp插入片段.挑取含有插入片段的30个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得13种已知功能基因序列.结论:应用SSH技术成功构建了前-X基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.该文库的建立为阐明该基因生物学功能提供理论依据.