首页 > 文献资料
-
抑制性消减杂交技术检测反式二羟环氧苯并芘转化细胞与正常细胞基因表达差异
目的 筛选7,8-二羟-9,10-环氧苯并芘(BPDE)转化细胞与正常细胞的基因表达差异.方法以BPDE转化支气管上皮细胞(16HBE)细胞为检测子(tester),正常16HBE细胞为驱动子(driver),应用抑制性消减杂交方法构建cDNA消减文库,经2次消减杂交和2次PCR后,将巢式PCR产物插入TA载体克隆,随机挑选克隆进行鉴定和测序,并用斑点杂交法验证其同源性,将所得序列进行GenBank的BLAST分析.结果发现了7个在BPDE转化细胞中高表达的基因,为翻译延长因子1α1、线粒体基因、溶解物载体家族25、EphA2、酪氨酸-3-加单氧酶/色氨酸-5-加单氧酶活化蛋白、乳酸脱氢酶A、TRIM28等,尚有一条在GenBank的已知基因中找不到对应序列,在EST序列中找到全长对应序列.结论发现的高表达基因可能在BPDE的致癌机制中起作用,另外,可能有未知基因与BPDE的恶性转化作用有关.
-
运用抑制性消减杂交技术构建糖尿病肾阳虚证DNA消减文库
目的:运用抑制性消减杂交技术(suppression subtractive hybridization,SSH)构建糖尿病(Diabetic mellitus,DM)肾阳虚证DNA消减文库.方法:选择汉族中医辨证为肾阳虚证的DM患者以及正常人做对照组,进行正向和反向消减杂交.用Rsa Ⅰ酶切用硅胶法抽提基因组DNA成大小不等的片段,分别连接两种不同的接头,进行两次消减杂交及两次抑制性PCR,将PCR产物与U/A载体连接,经蓝白斑筛选及菌液PCR筛选出阳性重组质粒,构建DM肾阳虚证DNA消减文库.结果:用SSH方法筛选出DM肾阳虚证的差异DNA片段,经克隆及PCR筛选出阳性重组质粒,从而成功地构建了DM肾阳虚证的DNA消减文库.结论:SSH技术能够快速有效地分离差异DNA片段以构建DM肾阳虚证DNA消减文库,为进一步筛选和克隆DM肾阳虚证相关基因奠定了基础.
-
连作地黄cDNA消减文库的构建及分析
目的:通过构建连作地黄cDNA消减文库,探讨地黄连作障碍的分子机制.方法:利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建连作地黄的正反消减文库,通过蓝白斑筛选、PCR的方法鉴定出阳性克隆,并对其进行测序和生物信息学分析.结果:连作地黄cDNA消减文库构建成功,正向和反向消减文库均筛选了300个阳性克隆.测序结果表明:正库、反库分别获得232条、214条特异的EST序列;经NCBI数据库分析,正库、反库中分别有200,195条EST序列的基因具有蛋白功能注释;COG基因功能预测结果表明,正库、反库中分别有60,61条EST序列具有相应的的基因功能分类,涉及21个代谢途径.结论:差异表达基因的功能注释表明,连作对地黄体内的基因表达具有深刻的影响.本研究筛选地黄响应连作的关键基因,为揭示地黄连作障碍的分子机制奠定了基础.
-
HDAC7基因参与兔高脂间歇低氧诱发动脉粥样硬化
目的 研究高脂间歇低氧诱发动脉粥样硬化形成的重要基因.方法 提取高脂组和高脂间歇低氧组动脉粥样硬化兔模型肝组织总RNA,用抑制性消减杂交技术,构建差异表达的eDNA消减文库,用反向Northem blot法鉴定存在差异表达的基因,对插入片段测序后进行blast的同源性搜索未知基因,定量RT-PCR验证.结果 获得的组蛋白脱乙酰基酶7(HDAC7)为未知功能新基因,在两组肝脏组织中表达存在显著差异.结论 HDAC7可能是高脂间歇低氧诱发动脉粥样硬化发生中发挥重要作用的新基因.
-
人胰腺癌TGF-β1的smad4非依赖性途径作用相关基因的筛选
目的 筛选胰腺癌中TGF-β1的smad4非依赖性途径作用的相关基因,初步探讨TGF-β1在肿瘤发生、发展过程中的作用机制.方法 应用抑制性消减杂交技术,构建TGF-β1作用后差异表达的cDNA消减文库,采用反向Northern blot的方法鉴定是否存在差异表达的基因,对插入片段测序后进行blast的同源性搜索.结果 筛选出TGF-β1作用后上调表达的基因10个,下调表达的基因12个,其中13条具有已知功能,9条为未知基因.体外刺激试验也验证了结果中的PKC-α是随着TGF-β1浓度的升高而表达增强.结论 TGF-β1作用相关的cDNA消减文库的建立为进一步研究其smad4非依赖性途径与胰腺癌发生、发展的分子机制提供了实验依据.
-
抑制性消减杂交应用的研究进展
抑制性消减杂交是一种简便易行、特异性高的高效分离差异表达基因的方法.该技术应用于肿瘤、干细胞等方面的研究已取得重要进展.
-
小鼠GV卵中母源基因的克隆和其中一个基因在植入前胚表达的研究
目的克隆和筛选小鼠生发泡完整卵母细胞(GV卵)中母源基因,并检测其中一个基因在植入前不同发育阶段胚中的表达,初步了解该基因在卵母细胞发育成熟及早期胚发育中的作用. 方法应用抑制性消减杂交技术(SSH),以生发泡完整的卵母细胞为检测子(tester),8-细胞胚为驱赶子(driver),建立GV卵中母源基因的cDNA文库.通过斑点杂交法进一步筛选GV卵中母源基因的cDNA文库,对阳性克隆进行序列测定和同源性分析;并采用RT-PCR方法观察其中1个阳性克隆的基因在着床前胚的表达. 结果克隆得到18个基因的cDNA序列和8个同源EST序列在GV卵中特异表达,包括Peroxiredoxin Ⅱ基因.RT-PCR显示Peroxiredoxin Ⅱ基因呈阶段性差异表达,在GV卵、MⅡ卵、1-细胞胚和2-细胞胚有表达,但从MⅡ卵开始表达下降.而在4-细胞胚、8-细胞胚、桑椹胚和囊胚中不表达. 结论 Peroxiredoxin Ⅱ基因是GV卵中母源基因cDNA文库中的一个基因,提示该基因在卵母细胞发育成熟和合子基因激活中起一定作用.
-
应用抑制性消减杂交技术分析淋球菌染色体介导的耐药相关核苷酸序列
目的克隆耐药性淋病奈瑟球菌菌株与标准参考菌株之间的差异核苷酸序列. 方法应用抑制性消减杂交技术构建耐药性淋球菌与标准参考菌株差异DNA消减文库. 结果成功地构建了高特异性的淋球菌耐药菌株DNA消减文库.经对消减文库初步筛选,对其中5个克隆插入的DNA片段进行测序,经GenBank和淋球菌基因组序列库检索分析,证明5 个片段均为未知新序列. 结论淋球菌耐药性相关核苷酸序列的发现将为防治淋球菌感染和研究抗淋球菌抗生素提供新的实验工具.
-
新生大鼠脊髓损伤后再生相关基因文库构建及EST筛选
目的:分析新生大鼠损伤后再生时运动皮层神经元基因表达变化以探讨相关的再生机制.方法:新生大鼠脊髓双侧半横断后即刻单侧胚胎脊髓移植,术后3天用抑制性消减杂交技术筛选大鼠双侧运动皮层神经元差异表达基因,构建差减cDNA文库,通过蓝白斑实验和cDNA斑点杂交验证差异表达基因真阳性克隆,测序分析.结果:发现25个全新的EST片段,在GenBank中登陆并获得注册.结论:新生大鼠皮层神经元轴突中断后的再生过程中有基因表达变化,变化的基因可能与神经元再生有关.
-
应用抑制性消减杂交技术克隆和筛选HBV XTP12蛋白反式激活基因的上调基因
目的 克隆并筛选乙型肝炎病毒(HBV)反式激活基因XTP12的上调基因,了解其可能存在的调节功能.方法 应用抑制性消减杂交技术克隆并筛选XTP12反式激活的新型靶基因.以XTP12表达质粒pcDNA3.1(-)-XTP12转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经Rsa Ⅰ酶切后,将实验组cDNA分成2组,分别与2种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性聚合酶链反应(PCR),将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.结果 成功构建人XTP12反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.文库扩增后得到68个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到200～1000 bp插入片段.随机挑选其中28个插入片段测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列,结果 共获得28种编码基因,其中26种为已知基因编码蛋白,2种为未知功能的新基因.结论 筛选到的cDNA全长序列,包括一些与细胞牛长调节、物质代谢、免疫及肿瘤等密切相关的蛋白编码基因,推测了XTP12可能存在的调控机制的线索.
-
大鼠肝再生相关基因LRRP1的克隆化
目的:利用抑制性消减杂交技术构建大鼠肝脏部分切除术后差异表达基因的cDNA文库,并通过同源引物反转录PCR的方法克隆大鼠肝再生相关基因LRRP1的全长序列.方法:分别提取肝脏部分切除术后24h以及对照大鼠肝脏mRNA,以之为模板合成cDNA,称为测试和驱动.酶切消化后将测试分成两组,分别与不同的接头连接,分别与驱动进行杂交,然后混合两份杂交液,加入过量的驱动不经变性进行第二次杂交即消减杂交.之后进行两次PCR扩增,将产物克隆入质粒载体,构建差显文库,测序后以生物信息学技术进行序列同源性比较.通过同源引物反转录PCR的方法克隆基因全序列,并用软件分析其蛋白结构.结果:成功构建大鼠肝脏部分切除术后的cDNA差显文库,消减效果良好.将所得的部分基因进行测序分析,选择一个未知序列,通过同源引物反转录PCR的方法克隆到大鼠肝再生相关基因LRRP1的全长序列,并初步分析了其蛋白结构.结论:确定了大鼠肝再生相关蛋白LRRP1的基因序列,并证明其在大鼠肝再生过程中高度表达.
-
应用抑制性消减杂交技术克隆乙型肝炎病毒DNAPTP1的反式调节基因
目的:应用抑制性消减杂交技术及生物信息学技术筛选并克隆乙型肝炎病毒DNAPTP1反式激活的新型靶基因.方法:以HBV DNAPTP1表达质粒pcDNA3.1(-)-DNAPTP1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经Rsa Ⅰ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应(PCR),将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.结果:成功构建DNAPTP1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.文库扩增后得到60个白色克隆,经菌落PCR分析,得到32个200-1 000 bp插入片段.对所得片段测序,并进行同源性分析,获得3个差异表达的已知蛋白基因和4个未知功能的染色体序列.结论:筛选到的cDNA全长序列,包括一些与细胞生长调节、物质代谢、免疫及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因,推测了DNAPTP1可能存在的调控机制的线索.
-
抑制性消减杂交技术筛选γ-氨基丁酸调节的肝星状细胞系靶基因
目的:应用抑制性消减杂交技术(SSH)筛选γ-氨基丁酸(GABA)作用肝星状细胞系HSC-T6后的差异表达基因.方法:10 μmol/L的GABA作用于HSC-T6细胞24 h,提取mRNA,用分光光度计进行定量分析.以GABA处理和未处理的T6细胞mRNA为模板逆转录合成双链cDNA(dscDNA),并分别标记为Tester和Driver,酶切后与接头连接,经两次杂交,构建消减杂交文库,将消减文库的扩增产物进行转化、克隆分析后应用生物信息学技术将测得序列再进行同源性分析.结果:15种基因表达上调,其中包括与DNA合成、线粒体、肿瘤抑制以及凋亡相关的4类基因,结果显示GABA可能促进HSC-T6细胞增殖而抑制凋亡.结论:用SSH技术可以成功获得GABA刺激肝星状细胞基因上调的监测,证明GABA能够影响肝星状细胞的基因表达谱.
-
新基因结构与功能研究的策略
发现一种新的基因,同时把其编码的新蛋白的结构与生物学功能、与生物学和临床医学之间的相互关系、以及新基因表达调节的机制阐明,是目前基因的分子生物学研究领域中具挑战性的工作.首先利用酵母双杂交(yeasttwo-hybrid)技术、酵母单杂交技术(yeast one-hybrid)、抑制性消减杂交(SSH,suppression subtractive hybridization)技术、基因芯片(DNA chip)技术、噬菌体表面展示(phagedisplay)技术等获得蛋白结合蛋白的编码基因、差异表达的基因、DNA/RNA结合的蛋白基因等,或利用生物信息学技术获得推测的编码基因.然后,利用分子生物学技术和生物信息学技术相结合的手段,阐明新基因的功能、基因表达启动子的结构和调节机制基础,终阐明新基因的结构和新蛋白的生物学功能,以及这种基因研究的可能临床医学意义.生物信息学技术与分子生物学技术的结合,是目前基因的分子生物学研究领域中的重要、有效的研究技术和方法.
-
抑制性消减杂交技术原理及应用
0引言抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术是一种鉴定、分离组织细胞中选择性表达基因的技术.其原理是以抑制性多聚酶链反应(PCR)反应为基础的cDNA消减杂交技术.通过合成两个不同的接头,连接于测试cDNA片段的5'末端,达到选择性扩增差异性表达的cDNA片段,抑制非目的cDNA的扩增.该技术与其他消减杂交技术相比具有假阳性率低、敏感性高、效率高等优点而得到广泛应用.
-
乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因XTP7的克隆
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术筛选乙型肝炎病毒X蛋白(HBxAg)反式激活基因差异表达的cDNA,克隆HBxAg反式激活相关靶基因.方法:以HBxAg表达质粒pcDNA3.1(-)-X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaI酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次杂交消减及两次抑制性PCR,将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析,发现其中之一为未知基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性.通过序列同源性搜索比对,电子拼接成功,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,初步确定新型基因序列.从转染了pcDNA3.1(-)的HepG2细胞提取总RNA,以RT-PCR技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序加以证实.结果:发现新基因,命名为XTP7,在GenBank中注册,注册号为AF490256.XTP7基因的编码序列全长为588个核苷酸(nt),编码产物由196个氨基酸残基(aa)组成.结论:应用SSH成功筛选与克隆HBxAg反式激活新型靶基因XTP7,为进一步阐明HBxAg反式调节作用及其在HBV感染中的分子生物学机制提供理论依据和研究方法.
-
乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒反式调节靶基因的抑制性消减杂交和基因芯片分析结果的比较
目的:筛选与克隆HBV和HCV蛋白反式调节靶基因,阐明HBV和HCV感染后慢性肝脏疾病的发病机制.方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及表达谱基因芯片(cDNA microarray)技术筛选并克隆HBV和HCV蛋白反式调节的靶基因.以HBV和HCV蛋白的表达质粒转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaI酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行2次消减杂交及2次抑制性聚合酶链反应(PCR),将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.同时进行表达谱基因芯片技术分析.结果:成功构建人HBV和HCV蛋白反式调节基因差异表达的cDNA消减文库,对HBV和HCV蛋白反式调节的靶基因同时进行基因表达谱芯片的分析.在SSH分析中,文库扩增后均得到200-800 bp插入片段.对插入片段测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列.对于不同的肝炎病毒蛋白反式调节的靶基因类型,以及不同的分析技术研究的结果进行比较分析,发现了一系列的共同调节的靶基因,说明不同的肝炎病毒蛋白反式调节具有共同的作用途径.结论:筛选到的反式调节靶基因,包括一些与细胞生长调节、信号转导、肿瘤免疫发生及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因,推测了HBv和HCV蛋白可能存在的调控机制,有助于阐明HBV和HCV蛋白的反式调节在慢性肝脏疾病的发生发展中的作用.
-
基因表达谱芯片技术筛选丙型肝炎病毒核心蛋白反式调节基因TAHCCP2的调节基因
目的:应用基因表达谱芯片技术了解TAHCCP2在肝细胞中可能上调或下调的基因,了解其可能的调节功能线索.方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinfo-rmatics)技术筛选并克隆HCV核心蛋白反式激活的新型靶基因TAHCCP2.以TAHCCP2表达质粒pcDNA3.1(-)-TAHCCP2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA.应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析.结果:TAHCCP2表达载体pcDNA3.1(-)-TAHCCP2经酶切鉴定和DNA测序鉴定正确.经基因表达谱芯片分析,4种基因的表达水平下调.结论:筛选到的一些与体内氧化应激、细胞生长和能量代谢相关的基因,推测了TAHCCP2可能存在的调控机制的线索,尚需进一步的实验证明.
-
丙型肝炎病毒核心蛋白上调层粘蛋白B1链基因启动子表达活性的研究
目的:探讨丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白对层粘蛋白B1链(LAMB)启动子转录的激活作用.方法:以我室构建的HCV核心蛋白反式调节基因的cDNA文库抑制性消减杂交(SSH)筛选结果为基础,利用生物信息学技术确定LAMB的启动子区域(LAMB-p),聚合酶链反应(PCR)扩增LAMB-p,克隆至真核表达载体pCAT3中,构建pCAT3-LAMB-p表达载体;以该质粒转染COS-7、NIH 3T3细胞系,用酶联免疫黏附方法(ELISA)法检测氯霉素乙酰转移酶(CAT)的表达活性;与pcDNA3.1(-)-core共转染NIH 3T3细胞系,用ELISA法检测CAT的表达活性.结果:质粒pCAT3-LAMB-p在NIH 3T3、COS-7细胞中能够激活CAT的表达;共转染实验中pCAT3-LAMB-p+pcDNA3.1(-)-core组CAT的表达活性是pCAT3-LAMB-p的3.3倍.结论:构建的pCAT3-LAMB-p具有启动子活性;HCV核心蛋白对LAMB-p有激活作用.本研究为利用SSH技术研究HCV核心蛋白致肝细胞癌机制提供新的实验及理论基础.
-
乙型肝炎病毒全S蛋白反式激活蛋白1基因的克隆化
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)全S反式激活新型靶基因,进一步阐明HBV感染相关疾病的发病机制.方法:以HBV全S蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-全S转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA逆转录为cDNA,经RssI酶切后将实验组cDNA分成2组,分别与2种不同的接头衔接,与对照组cDNA进行二次杂交和二次PCR.并结合生物信息学技术,克隆HBV全S反式激活作用的新型靶基因.结果:对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段.成功克隆出他的全长序列并测序证实,其可以被全S蛋白反式激活,故命名为全S反式激活蛋白1(CSTP1),已在GenBank中注册,注册号:AY553877.CSTP1基因的编码序列全长为945个核苷酸(nt),编码产物由315个氨基酸残基(aa)组成.结论:HBV全S蛋白具有反式激活蛋白l基因克隆成功.HBV全S反式激活新靶基因的发现,为进一步研究HBV全S的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础.
