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大鼠肝再生相关基因LRRP1的克隆化
目的:利用抑制性消减杂交技术构建大鼠肝脏部分切除术后差异表达基因的cDNA文库,并通过同源引物反转录PCR的方法克隆大鼠肝再生相关基因LRRP1的全长序列.方法:分别提取肝脏部分切除术后24h以及对照大鼠肝脏mRNA,以之为模板合成cDNA,称为测试和驱动.酶切消化后将测试分成两组,分别与不同的接头连接,分别与驱动进行杂交,然后混合两份杂交液,加入过量的驱动不经变性进行第二次杂交即消减杂交.之后进行两次PCR扩增,将产物克隆入质粒载体,构建差显文库,测序后以生物信息学技术进行序列同源性比较.通过同源引物反转录PCR的方法克隆基因全序列,并用软件分析其蛋白结构.结果:成功构建大鼠肝脏部分切除术后的cDNA差显文库,消减效果良好.将所得的部分基因进行测序分析,选择一个未知序列,通过同源引物反转录PCR的方法克隆到大鼠肝再生相关基因LRRP1的全长序列,并初步分析了其蛋白结构.结论:确定了大鼠肝再生相关蛋白LRRP1的基因序列,并证明其在大鼠肝再生过程中高度表达.
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乙型肝炎病毒全S蛋白反式激活蛋白1基因的克隆化
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)全S反式激活新型靶基因,进一步阐明HBV感染相关疾病的发病机制.方法:以HBV全S蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-全S转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA逆转录为cDNA,经RssI酶切后将实验组cDNA分成2组,分别与2种不同的接头衔接,与对照组cDNA进行二次杂交和二次PCR.并结合生物信息学技术,克隆HBV全S反式激活作用的新型靶基因.结果:对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段.成功克隆出他的全长序列并测序证实,其可以被全S蛋白反式激活,故命名为全S反式激活蛋白1(CSTP1),已在GenBank中注册,注册号:AY553877.CSTP1基因的编码序列全长为945个核苷酸(nt),编码产物由315个氨基酸残基(aa)组成.结论:HBV全S蛋白具有反式激活蛋白l基因克隆成功.HBV全S反式激活新靶基因的发现,为进一步研究HBV全S的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础.
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丙型肝炎病毒核心蛋白反式激活基因TAHCCP2的克隆
目的:筛选与克隆HCV核心蛋白反式激活新型靶基因.方法:以HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-core转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交(SSH)分析.对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,从转染pcDNA3.1(-)-core的HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实.结果:新基因命名为TAHCCP2,编码序列全长为429个核苷酸(nt),编码产物由142个氨基酸残基(aa)组成,测序证实TAHCCP2克隆正确.在GenBank中注册,注册号为AY039043.结论:筛选与克隆HCV核心蛋白反式激活新型靶基因TAHCCP2,为进一步研究HCV核心蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础.
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乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因5的克隆
目的:为了阐明乙型肝炎病毒(HBV)感染相关疾病的发病机制,筛选并克隆丙型肝炎病毒非结构蛋白HBx反式激活新型靶基因.方法:以HBV X蛋白(HBx)表达质粒pcDNA3.1(-)-X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行SSH分析.对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对,确定新型基因序列并命名为XTP5.从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列.结果:XTP5基因的编码基因序列全长为1527个核苷酸(nt),编码产物由508个氨基酸残基(aa)组成.结论:HBx是一种由病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白.应用SSH技术发现了HBx反式激活作用的新的靶基因,这一发现,为阐明HBx蛋白的反式激活作用及其机制,开辟了新的研究方向.
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人酪氨酸羟化酶全长及催化核心序列的克隆与表达
设计合成含适当酶切位点的PCR引物,以人的全长THcDNA为模板,进行PCR扩增反应,得到人酪氨酸羟化酶(tyrosine hydroxylase,TH)全长及催化核心序列,将其分别插入谷胱甘肽巯基转移酶(GST)融合表达载体pGEX-4T-1,转化入大肠杆菌BL21,以IPTG诱导表达,SDS-PAGE、western blotting分析表达产物.结果获得了编码N-端缺失145个氨基酸的酪氨酸羟化酶催化结构域的cDNA片段及带一定内切酶识别位点的全长片段,表达载体构建正确.插入片段序列与人THmRNA相应序列完全一致.转入重组质粒的菌经诱导后,有相对分子质量约为8.3万及6.6万的外源融合蛋白表达,并得到较纯的酶蛋白.
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犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP基因全长cDNA的克隆
目的 克隆犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP(PQ-loop repeat protein)基因全长cDNA,探讨在头癣发病机制中的作用.方法 选用犬小孢子菌头癣株(A518)为实验株,采用cDNA快速末端扩增法(RACE),克隆PQ-LRP基因的全长序列.结合生物信息学方法对获得的序列进行初步功能分析.结果 获得犬小孢子菌PQ-LRP全长序列为1522 bp,拥有一个1080 bp的开放阅读框,编码359个氨基酸,5 '非编码区为49 bp,3 '非编码区为393 bp;同源性比对与断发毛癣菌的PQ-LRP同源性达到81％,与红色毛癣菌PQ-LRP同源性达到79％.结论 克隆出犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP cDNA全长序列,为研究膜蛋白PQ-LRP基因在犬小孢子菌病中的功能奠定基础.
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HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法的建立
目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962～3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962～-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067～3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.
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HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法的建立
目的 建立可靠的HLA-DRB1等位基因全长序列的分子克隆和测序方法.方法 设计、合成HLA-DRB1基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,对10份经PCR产物直接测序、基因型已知的标本,扩增HLA-DRB1基因5′-UTR区、6个外显子、5个内含子和3′-UTR区,全长约11kb.PCR产物纯化后作长片段分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物测序.结果 PCR扩增获得了特异性目的片段,克隆测序后获得了全部10种等位基因的全长序列.将HLA-DRB1等位基因全长序列划分为9个亚区,群体遗传学分析发现第2外显子的平均核苷酸变异率(π)8.653％,高于其他外显子,并且非同义突变率(dn)9.029％大于同义突变率(ds)7.846％.第5内含子的平均核苷酸变异率高达13.690％,DRB1* 09∶01∶ 02和DRB1*07∶01∶01∶02这2个等位基因第5内含子的序列与其他等位基因序列差别较大.结论 采用HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法获得了HLA-DRB1基因各亚区多态性分布特点等基础资料.
关键词： HLA-DRB1基因 全长序列 克隆 单体型测序
