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Blast-病毒物种鉴定的新方法
采集自愿献血员中56份HCV-Ab阳性血样,常规分离血清,应用RT-nPCR对HGV-NS3区进行核酸扩增,PCR扩增产物与PMD18-T载体连接,转染DH5d工程菌株,挑选白色菌落,经内套PCR验证克隆阳性者,以碱裂解法提取质粒DNA,应用荧光染料Big Dye标记、Sanger双脱氧末端终止法进行重组DNA的核酸序列测定.将测得的核酸序列,经国际互联网络输入到NCBI的GenBank数据库的局部序列相似形查询(Blast)的查询框中,借助于GenBank数据库中的资料和计算机分析程序中的BlastN软件,与数据库中所有已知的核酸序列进行序列同源性比对搜索分析.
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犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP基因全长cDNA的克隆
目的 克隆犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP(PQ-loop repeat protein)基因全长cDNA,探讨在头癣发病机制中的作用.方法 选用犬小孢子菌头癣株(A518)为实验株,采用cDNA快速末端扩增法(RACE),克隆PQ-LRP基因的全长序列.结合生物信息学方法对获得的序列进行初步功能分析.结果 获得犬小孢子菌PQ-LRP全长序列为1522 bp,拥有一个1080 bp的开放阅读框,编码359个氨基酸,5 '非编码区为49 bp,3 '非编码区为393 bp;同源性比对与断发毛癣菌的PQ-LRP同源性达到81%,与红色毛癣菌PQ-LRP同源性达到79%.结论 克隆出犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP cDNA全长序列,为研究膜蛋白PQ-LRP基因在犬小孢子菌病中的功能奠定基础.
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致鹅败血症粪肠球菌溶血素激活因子基因克隆及序列分析
目的 了解粪肠球菌溶血素激活因子(CylA)基因的遗传变异情况.方法 根据GenBank上已发表的粪肠球菌CylA基因序列设计2对特异性引物,对临床分离的4株致鹅败血症粪肠球菌CylA基因进行克隆及序列测定,并与国外从人体分离的和国内从猪体分离的各4株致病性粪肠球菌的CylA基因,用LaSergene 7.0软件进行同源性比对和构建系统进化发育树.结果 鹅源4株茵CylA基因均长1 239bp,有1个完整的开放阅读框,编码412个氨基酸;序列中无缺失和插入,仅有l处未引起其编码氨基酸变异的无义突变.其余8株菌CylA基因及推导的氨基酸变异程度均不大.4株鹅源菌CylA基因推导的氨基酸同源性为100%;与国外人源菌和国内猪源菌CylA基因推导的氨基酸遗传距离也较近,同源性为98.6%~100%.结论 粪肠球菌CylA基因高度保守,有可能成为检测诊断和免疫预防的靶基因.
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猪链球菌2型四川人源分离株ZYH18纤连蛋白结合蛋白基因的克隆和序列分析
目的对2005年猪链球菌2型(Streptococcu5 suis type 2,S.suis 2)四川资阳人源分离株ZYH18纤连蛋白结合蛋白(FBPS)基因进行克隆和序列分析.方法以ZYH18的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出纤连蛋白/血纤蛋白原结合蛋白基因片段,克隆于pMD-T18载体,构建成载体pMD-T-fbps,转化到宿主菌TG1中,进行序列测定(GenBank登录号为DQ345444).测序结果与实验室保存的其它7株猪链球菌2型临床分离菌株测序结果及GenBank提交序列AF438158进行编码区基因的同源性比对.结果成功克隆了实验室保存的分离于不同时间和地点的,包括ZYH18在内的8株S.suis2临床分离菌株的fbps基因,并对其编码区基因进行了同源性比对.结论实验室保存的8株菌的FBPS编码区基因同源性高达100%,并不因分离时间和地点的不同而不同;与GenBank提交序列AF438158同源性为99%,存在两个氨基酸的差异.
关键词: 纤连蛋白结合蛋白基因 猪链球菌 同源性比对 序列分析