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  • 甘肃省新记录鼠种-索氏仓鼠的分子鉴定

    作者:赵志亮;陈健;王莉;陈利伟;邱德义;高晓强;巩伟兵

    目的 通过扩增线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因,鉴定在兰州中川国际机场鼠类调查中新发现的鼠类.方法 将新发现的6只鼠类,采集肝脏组织,提取DNA,用PCR方法扩增CO Ⅰ和Cytb基因并测序;通过遗传距离和系统进化分析鉴定鼠种.结果 6个样本成功扩增出CO Ⅰ和Cytb基因序列分析显示,样本序列与索氏仓鼠同源性高,均大于99%;在系统进化树中与索氏仓鼠聚在同一分支,从而确定该样本为索氏仓鼠.结论 兰州中川国际机场口岸鼠类调查中新发现的鼠种为索氏仓鼠(Cricetulus sokolovi),是甘肃省首次发现.

  • 燕窝DNA条形码的鉴定研究

    作者:陈月娟;刘文简;陈丹娜;詹贤福;蒋林

    应用Cytb6序列对燕窝进行DNA条形码(DNA barcodes)研究,为燕窝的溯源研究及全面评价燕窝质量提供理论依据.以马来西亚、印度尼西亚、越南、泰国等地的燕窝,共计39个样本为研究对象,提取基因组DNA,扩增Cytb6序列并双向测序.采用MEGA 7.0软件,对39条样本序列及36条从Gcn Bank中下载5种金丝燕的Cytb序列进行序列特征分析,基于Kimura双参数法计算序列种内、种间遗传距离,构建NJ和UPGMA系统聚类树进行分析.研究结果表明,39个样本共来源于3个不同的金丝燕物种.Cytb序列种间变异显著大于其种内变异,可以准确地区分不同种类的燕窝.所构建的NJ和UPGMA系统发育树,也能将全部物种区分开.表明基于Cytb序列的DNA条形码技术可用于准确快速地鉴别燕窝的生物基原.

  • 木香、川木香、土木香、青木香和红木香药材的ITS2条形码分子鉴定

    作者:马晓冲;姚辉;邬兰;向丽;陈晓辰;宋经元

    通过分析木香、川木香、土木香、青木香、红木香药材的ITS2(internal transcribed spacer 2)条形码序列,探讨木香类药材鉴定新方法.对60份样品提取基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接树(neighbor-joing tree,NJ Tree).结果表明,无论是菊科的木香、川木香、土木香,还是马兜铃科的青木香和五味子科的红木香,ITS2序列种内变异均小于种间变异,ITS2序列所有单倍型比对后长度为272 bp,变异位点达到162个;遗传距离显示物种种内平均K2P远远小于种间平均K2P;NJ树结果显示木香、川木香、土木香、青木香和红木香药材可明显区分,且能鉴别川木香的2个基原物种.因此,ITS2序列可用于鉴定木香、川木香、土木香、青木香、红木香药材,为临床安全用药提供依据.

  • 龙胆科藏药“蒂达”类的DNA条形码鉴定研究

    作者:刘川;张雨欣;刘悦;陈一龙;范刚;向丽;徐江;张艺

    应用1TS2序列对多基原龙胆科藏药“蒂达”进行DNA条形码鉴定,为保障该类药材的准确鉴定及其临床用药安全提供科学依据.以青藏高原地区龙胆科中獐牙菜属Swertia、花锚属Halenia、扁蕾属Gentianopsis、喉毛花属Comastoma、肋柱花属Lomatogonium5个属,共计13个种,151份实验样本为研究对象,提取“蒂达”药材的基因组DNA、扩增ITS2序列并双向测序.采用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接.ITS2序列经比对后长度为231 bp,13个种共31种单倍型,G+C平均含量达61.40%.小距离法和NJ树结果显示,龙胆科藏药“蒂达”类1 1个种能够各自聚为一支相互区分,并表现出良好的单系性,二叶獐牙菜和华北獐牙菜不能准确鉴定.ITS2序列可准确、稳定的鉴别龙胆科藏药“蒂达”类药材,从而为进一步构建复杂多基原藏药品种真伪鉴别方法提供了科学参考.

  • DNA条形码鉴定技术在蚋科昆虫鉴定中的应用进展

    作者:王刚;黄敏

    蚋是一种重要的医学与畜牧学昆虫,是人类盘尾丝虫病和河盲症的传播媒介.不同种类的蚋在形态学上表现出高度的相似性,难以用传统形态学方法进行快速准确鉴定.DNA条形码技术作为一门新兴的物种鉴定方法以其灵敏、精确、方便和客观的优势,在蚋科昆虫的分类鉴定中已经得到广泛应用.本文通过介绍DNA条形码的产生、发展和研究现状,探讨其在蚋科昆虫鉴定中应用的技术方法路线,并对DNA条形码技术在蚋科分类研究中的应用前景进行了展望.

  • DNA条形码研究进展

    作者:王刚;董言德;赵彤言

    DNA条形码( DNA Barcoding )技术是一种新的物种识别方法,它是分子生物学和生物信息学相结合的产物。在近几年里,该技术已成为生物分类学中引人注目的研究热点。这一概念认为,类似于商店里使用扫描仪读取条形码,对地球上每一种生物通过快速分析其DNA中的一段基因(线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基, mt COⅠ)加以识别。理论上, DNA条形码已被证明在生物分类鉴定中具有非常重要的作用,并推动了一系列相关学科的发展,但目前不同分类学家对其持的意见也不尽相同。本文综述了DNA条形码技术的产生、发展概况、原理与操作及其在分类中的应用,并概括了DNA条形码在应用于物种分类中可能存在的问题。

  • DNA条形码技术研究新进展

    作者:马英;鲁亮

    DNA条形码通过使用短的DNA标准片段,对物种进行快速、准确的识别和鉴定.文中简略概述DNA条形码的主要研究方法、进展趋势以及所面临的困难和争议、全球采用条形码技术的可能性及当前DNA条形码热点研究等方面内容,并展望该技术在国内的应用前景.

  • DNA条形码技术

    作者:马英;鲁亮

    DNA条形码是一种利用短的DNA序列对物种进行鉴定的技术.文中简略介绍了DNA条形码的背景知识和原理,举例说明其在物种分类、鉴定及遗传多样性等方面的广泛应用研究,并讨论了该技术在生物分类应用中可能存在的一些问题.

  • Blast-病毒物种鉴定的新方法

    作者:黄海南;韩金祥;鲁艳芹;梁浩;吴围屏

    采集自愿献血员中56份HCV-Ab阳性血样,常规分离血清,应用RT-nPCR对HGV-NS3区进行核酸扩增,PCR扩增产物与PMD18-T载体连接,转染DH5d工程菌株,挑选白色菌落,经内套PCR验证克隆阳性者,以碱裂解法提取质粒DNA,应用荧光染料Big Dye标记、Sanger双脱氧末端终止法进行重组DNA的核酸序列测定.将测得的核酸序列,经国际互联网络输入到NCBI的GenBank数据库的局部序列相似形查询(Blast)的查询框中,借助于GenBank数据库中的资料和计算机分析程序中的BlastN软件,与数据库中所有已知的核酸序列进行序列同源性比对搜索分析.

  • 青褶伞中毒的物种鉴定、中毒特征及救治

    作者:李海蛟;孙承业;乔莉;章轶哲;孙健;张宏顺;周静;龙鑫;马沛滨

    目的 探索褶伞属青褶伞的物种鉴定,总结青褶伞中毒诊断及救治方法,为该蘑菇造成的中毒事件处理和中毒患者救治提供借鉴.方法 结合中毒案例,收集流行病学、临床诊断救治资料和可疑毒蘑菇样本,对毒蘑菇样本进行形态学和分子生物学鉴定,并对青褶伞造成的中毒特征及救治进行梳理.结果 2名中毒患者食用了不等量的,自行采集的白色野生蘑菇;发病潜伏期约4h.主要临床表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻(呈稀水样便),一名患者伴有谷丙转氨酶和谷草转氨酶的升高,另一名患者呕吐少量淡红色液体,并在第2天伴有淡血性稀水便.给予足量补液、激素、保肝、青霉素抗感染等对症支持治疗,3d后全部治愈出院.毒蘑菇样本通过形态学结合分子生物学方法鉴定为青褶伞(chlorophyllum molybdites).结论 该中毒事件是一起由青褶伞引起的经口中毒,青褶伞菌为有毒蘑菇,主要引起消化道刺激性改变,病情较轻,病程短;形态学结合分子生物学方法对青褶伞的物种鉴定是识别青褶伞的有效方法.

  • 亚稀褶红菇中毒的物种鉴定、地理分布、中毒特征及救治

    作者:李海蛟;余成敏;姚群梅;章轶哲;孙健;张烁;周静;马沛滨;李朝宏

    目的 探索亚稀褶红菇的物种鉴定、地理分布、中毒症状及救治措施,为该物种造成的中毒事件应急处置及病患救治提供借鉴.方法 结合中毒案例,开展流行病学、临床救治调查分析,对毒蘑菇样本进行形态学和分子生物学鉴定,并对亚稀褶红菇造成的中毒特征及救治方法进行系统整理.结果 2名中毒患者2015年7月26日晚食用了自己采集的“火炭菌”,潜伏期2~3h.主要临床表现为恶心、呕吐、腹痛,伴有酱油色尿,肌酸激酶急剧上升,并伴有丙氨酸氨基转移酶、天门冬氨酸氨基转移酶、肌酸激酶同工酶和血肌酐等的上升,终表现为肾功能衰竭和呼吸衰竭,符合以往报道的亚稀褶红菇的中毒表现.2位患者给予血液灌流、连续性静脉-静脉血液滤过、保肝、保肾、抗氧化等对症支持治疗,一名患者于40余天后死亡.另一名患者虽然历经转院治疗,至2016年2月底仍未出院,预后不佳.毒蘑菇样本通过形态学结合分子生物学方法鉴定为亚稀褶红菇(russula subnigricans).结论 亚稀褶红菇是一种毒性高的有毒蘑菇,其在我国分布较广,形态学分类结合分子生物学(使用ITS片段)方法是物种鉴定的有效方法,此蘑菇中毒者潜伏期短,人中毒靶器官主要为横纹肌,重症患者预后差.

  • 广藿香的基因序列与挥发油化学型的相关性分析

    作者:刘玉萍;罗集鹏;冯毅凡;郭晓玲;曹晖

    目的探讨"南药"广藿香Pogostemon cablin (Blanco) Benth.不同产地间的叶绿体和核基因组的基因型与挥发油化学型的关系,为广藿香道地性品质评价、规范化种植提供分子依据.方法用PCR直接测序技术对广藿香6个产地样本的叶绿体matK基因和核18S rRNA基因核苷酸序列进行测序分析研究.结果广藿香6个样本的matK基因序列长均为1 245 bp,编码415个氨基酸成熟酶.18S rRNA基因序列长为1 803~1 805 bp.根据排序比较,广藿香6个样本间的matK基因序列存在47个变异位点,18S rRNA基因存在17个变异位点,非加权组平均法构建的系统分支树表明广藿香基因序列分化与其产地、所含挥发油化学变异类型呈良好的相关性.结论结合挥发油分析数据,基因测序分析技术可作为广藿香道地性品质评价方法这一以及规范化种植过程关键技术"物种鉴定"的强有力工具.

  • 多基原药材秦艽ITS2条形码鉴定研究

    作者:罗焜;马培;姚辉;辛天怡;胡燕;郑司浩;黄林芳;刘军;宋经元

    DNA条形码技术的快速发展将促进我国中药材的质量控制和标准化建设,是国际生物分类和鉴定研究中引人注目的新方向,但目前为止该技术相关报道多采用中药材基原植物叶片进行鉴定研究,直接应用于中药材鉴定较少,业内广泛关注的采用DNA条形码技术鉴定中药材过程涉及的①如何从根茎类中药材中提取DNA;②不同产地样本种内变异情况;③采用DNA条形码鉴定中药材时的稳定性和准确性等研究报道不足.在此背景下,本文选取多基原中药材秦艽作为研究对象,广泛收集其主产区不同基原和其常见混伪品及其近缘种共86个样品,改良传统DNA试剂盒提取方法,对比植物DNA条形码热点候选序列ITS(intemal transcribed spacer),psbA-trnH,matK,rbcL和ITS2优劣,结果显示改良后的试剂盒法可使秦艽药材DNA全部提取成功,基于ITS2序列100%成功鉴定秦艽药材及其混伪品,同时基于本研究建立的鉴定流程成功将药店购买的秦艽药材样品鉴定到基原物种.

  • 羌活药材 ITS/ITS2条形码鉴定及其稳定性与准确性研究

    作者:辛天怡;姚辉;罗焜;向丽;马晓冲;韩建萍;林余霖;宋经元;陈士林

    为验证DNA条形码鉴定的稳定性与准确性,本文选用羌活药材作为研究对象,对31份样本提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件与其混伪品进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ Tree).ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMMer)的注释方法获得.结果表明,羌活药材ITS序列长度为603~604 bp,ITS2序列长度均为228 bp,羌活药材ITS/ITS2序列单倍型与其基原植物叶片序列一致.两种基原植物ITS/ITS2序列种内平均kimura 2-parameter (K2P)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;NJ树结果显示羌活、宽叶羌活与其混伪品均可明显区分,表现出良好单系性.因此ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别羌活药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段.

  • 基因鉴定技术在拟钉螺亚科物种鉴定中的应用进展

    作者:邱旻;陈清;柯雪梅

    拟钉螺亚科内物种是多种并殖吸虫及亚洲组血吸虫的中间宿主,对其进行准确的分类鉴定对防控相关寄生虫病有重要作用.然而受限于个体小、形态特征不明显等问题,传统方法难以对拟钉螺亚科内物种作出准确的鉴定.随着近年分子生物学及生物信息学相关技术的高速发展,基因鉴定法变得日趋成熟,这使得快速、准确的鉴定拟钉螺亚科物种成为了可能.本文回顾了近年来基因鉴定法中常用的基因片段及其在拟钉螺亚科分类鉴定方面的应用情况,讨论了目前应用中存在的问题并提出了未来进一步的研究方向.

  • 基于ITS2序列的茅苍术及其近缘种DNA分子鉴定

    作者:邵婧;谷巍;巢建国;耿超;孙红梅;李孟洋

    目的 应用ITS2条形码鉴定茅苍术Atractylodes lancea及其近缘种药材.方法 提取不同产地29份茅苍术、北苍术A.chinesis及白术A.macrocephala基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank;从GenBank下载茅苍术及其菊科近缘种10种45条ITS2序列;对提交与下载的73条序列,应用MEGA 5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、近距离法进行鉴定分析,并构建Neighber-jioning (NJ)系统进化树直观反映鉴定结果.结果 茅苍术药材ITS2序列长度均为229bp,是1个单倍型;与菊科近缘种苍术属药材距离较近,与菊科其他属近缘种之间遗传距离较远,NJ树结果显示茅苍术及其近缘种药材均可明显区分,表现出良好的单系性,依据ITS2二级结构,也可以直观地将茅苍术与菊科近缘种药材区分.结论 ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别茅苍术药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段.

  • 娑罗子基原物种的DNA条形码鉴定研究

    作者:石召华;陈士林;姚辉;叶利春;宋经元;关小羽;刘享平

    目的 筛选出适用于鉴定七叶树属药用植物的条形码序列.方法 考察了七叶树属10个物种42份样品的核ITS、ITS2与叶绿体sbA-trnH、rbcL、matK序列的PCR扩增和测序效率、种内及种间变异、鉴定效率,对初筛后的序列进行barcodinggap检验及NJ树聚类分析.结果 psbA-trnH序列的PCR扩增和测序效率均为100%,种间小变异大于其种内大变异,且鉴定效率为候选序列中高,barcoding gap检验结果表明该序列在种间、种内变异重合比例较小,且NJ树聚类分析结果也表明sbA-trnH序列能够提供充分的辨析效果.结论 psbA-trnH序列能准确鉴定七叶树属药用植物,可作为七叶树属药用植物条形码序列.

  • DNA条形码技术在中缅树鼩隆安种群和昆明种群鉴定中的研究

    作者:王谷洋;曹骥;杨春;李瑗;李科志;陆玉秀;何盼;范倪;唐艳萍

    目的:本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(CO1)的一段保守区域作为DNA条形码技术的研究序列,探讨DNA条形码技术对中缅树鼩隆安种群和昆明种群进行分类鉴定的可行性.方法:对22只广西隆安树鼩和21只昆明树鼩样本的CO1基因进行PCR扩增、测序,应用MEGA V5软件对序列进行比对及分析其遗传距离,采用NJ法构建系统发育树.结果:中缅树鼩种群中,隆安种群、昆明种群和海南亚种的种内遗传距离为0.00%-0.79%,种群间遗传距离为9.71%-13.59%,中缅树鼩与普通树鼩的种间遗传距离为20.43%-24.11%,存在条形码间隔.系统发育树显示:隆安种群、昆明种群及海南亚种分别聚为一小支,分支置信度高达100%.结论:本研究结果表明DNA条形码技术有助于树鼩种群和亚种的分类鉴定,经CO1基因的测序分析证实广西隆安树鼩和昆明树鼩分属不同的种群.

  • 山东潍坊地区医学贝类种类及分布调查研究

    作者:郭云海;李娜;胡玲;张仪;周晓农

    目的 调查山东潍坊地区医学贝类种类及分布. 方法 选择山东潍坊地区的潍坊市区、寿光、安丘和昌邑等地,现场采集医学贝类标本,进行形态学鉴定和分类定种. 结果 共获得标本1 791个,经形态学鉴定,隶属于2纲9科14种,包括重要医学贝类的纹沼螺(Parafsaruluss triatulus)383个、长角涵螺(Alocinma longicornis)34个、小土蜗(Galba pervia) 63个、椭圆萝卜螺(Radix swinhoei)137个、耳萝卜螺(R.auricularia)95个、尖膀胱螺(Physa acuta) 677个和尖口圆扁螺(Hippeutis cantori)22个.其中纹沼螺和尖膀胱螺为优势物种. 结论 山东潍坊地区可传播寄生虫的医学贝类种类较多.

  • DNA条形码技术在贵州茂兰鼠类鉴定中的应用

    作者:刘润吉;张荣波;郭天宇;覃龙江;张晓龙

    目的 探讨基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对鼠类进行准确的鉴定.方法 以贵州茂兰地区的3个常见鼠种21个鼠类标本为研究对象,提取基因组DNA,扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段并测序,将测序结果进行BLAST比对,基于双参数模型计算鼠种种间和种内遗传距离,构建分子发育系统.结果 DNA条形码检测技术可用于该地区鼠种的鉴定,并能纠正现场形态学鉴定的失误. 结论 研究结果表明DNA条形码技术是一种有效可靠、易于操作的鼠类鉴定方法,能纠正形态学鉴定中的错误.

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