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携带外源基因的HBV在HepG2细胞中的表达与复制
我们以体外能够表达野生HBV的质粒pHBV3091为研究对象,用GFP基因替代HBV的S读码框构建携带外源基因的重组HBV载体pHBV-S-GFP.为了保证重组载体中外源基因能够有效表达及整个HBV基因读码框的顺利通读,在改造HBV时保留了S基因的前9个核苷酸使GFP与之融合,从而保证S基因起始密码子附近的DNA结构尽可能与野生HBV一致,保持HBV自身基因表达调控元件的特性.
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乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因XTP7的克隆
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术筛选乙型肝炎病毒X蛋白(HBxAg)反式激活基因差异表达的cDNA,克隆HBxAg反式激活相关靶基因.方法:以HBxAg表达质粒pcDNA3.1(-)-X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaI酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次杂交消减及两次抑制性PCR,将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析,发现其中之一为未知基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性.通过序列同源性搜索比对,电子拼接成功,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,初步确定新型基因序列.从转染了pcDNA3.1(-)的HepG2细胞提取总RNA,以RT-PCR技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序加以证实.结果:发现新基因,命名为XTP7,在GenBank中注册,注册号为AF490256.XTP7基因的编码序列全长为588个核苷酸(nt),编码产物由196个氨基酸残基(aa)组成.结论:应用SSH成功筛选与克隆HBxAg反式激活新型靶基因XTP7,为进一步阐明HBxAg反式调节作用及其在HBV感染中的分子生物学机制提供理论依据和研究方法.
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乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因XTP8的克隆
目的:应用抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒X蛋白(HBxAg)反式激活基因差异表达的cDNA,克隆HBxAg反式激活相关靶基因.方法:以HBxAg表达质粒pcDNA3.1(-)-X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照;制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaI酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR,将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析,发现其中之一为未知基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性.通过序列同源性搜索比对,电子拼接成功,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,初步确定新型基因序列.从转染了pcDNA3.1(-)的HepG2细胞提取总RNA,以RT-PCR技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序加以证实.结果:发现新基因,命名为XTP8,在GenBank中注册,注册号为AF49257.XTP8基因的编码序列全长为1590个核苷酸(nt),编码产物由530个氨基酸残基(aa)组成.结论:应用抑制性消减杂交技术成功筛选与克隆HBxAg反式激活新型靶基因XTP8,为进一步阐明HBxAg反式调节作用及其在HBV感染中的分子生物学机制提供理论依据和研究方法.
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丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP5的克隆
目的:应用抑制性消减杂交技术及生物信息学技术筛选并克隆丙型肝炎病毒非结构蛋白5A(HCV NS5A)反式激活新型靶基因.方法:以HCV NS5A表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRRNA并进行抑制性消减杂交(SSH)分析.对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列.从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实.结果:NS5ATP5基因的编码序列全长为1 191个核苷酸(nt),编码产物由396个氨基酸残基(aa)组成.命名为NS5ATP5,在GenBank中注册,注册号为AF529366.结论:HCV NS5A反式激活新型靶基因NS5ATP5的筛选与克隆,为进一步研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础.
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丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP7的克隆
目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因.方法:以HCV NS5A表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5A转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行SSH分析.对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列.从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,命名为NS5ATP7,在GenBank中注册,注册号为AF529368.结果:NS5ATP5基因的编码序列全长为894个核苷酸(nt),编码产物由297个氨基酸残基(aa)组成.结论:HCV NS5A反式激活新型靶基因NS5ATP5的筛选与克隆,为进一步研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定了基础.
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乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因6的克隆和鉴定
目的:乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白(HBxAg)是一种具有反式激活作用的病毒蛋白质.为了探索HBxAg蛋白反式激活作用的新的靶基因,利用抑制性消减杂交(SSH)技术对于表达和不表达HBxAg蛋白的HepG2细胞进行研究,以期发现HBxAg蛋白反式激活作用的新靶点,为阐明HBxAg蛋白的反式激活作用分子生物学机制,以及HBV相关的肝细胞癌(HCC)形成的分子生物学机制开辟新的研究方向.方法:以HBxAg表达质粒pcDNA3.1(-)-HBxAg转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交(SSH)分析.对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,克隆、鉴定新型基因.结果:在16种HBxAg蛋白上调的靶基因中,其中包括未知功能基因,利用生物信息学技术,获得HBxAg蛋白反式激活作用的新型靶基因,开放读码框架(ORF)长度为237个核苷酸(nt),编码产物由78个氨基酸残基(aa)组成,命名为XTP6,在GenBank中注册,注册号为AF490255.结论:HBxAg蛋白是一种具有反式激活作用的蛋白,应用抑制性消减杂交技术成功筛选与克隆HBxAg蛋白反式激活新型靶基因XTP6,为进一步阐明HBxAg蛋白反式调节作用及其在HBV感染中的分子生物学机制提供理论依据和研究方法.
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老年男性维生素D受体基因Fok1多态性与骨质疏松关系的初步研究
目的了解维生素D受体(vitamin D receptor,VDR)基因5'端启动子区Fok1酶切位点多态性与老年男性骨质疏松的关系.方法应用聚合酶链反应限制性片长度多态性技术(PCR-RFLP),对66例对照者和26例骨质疏松患者的VDR基因Fok1多态性进行分析,计算Fok1基因型和等位基因的分布频率.结果对照组Fok1多态性FF、Ff、ff基因型分别为42.42%、42.42%、15%;骨质疏松组分别为15.38%、50%、34.62%,两组基因型的分布频率差异有显著性(x2=12.078,P=0.002).结论就目前调查例数而言,正常老年男性的VDR基因5'端启动子区Fok1酶切位点多态性与骨质疏松组比较差异有显著性意义.
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PCR-RFLP检测维生素D受体基因启动子区多态性
目的 建立一种简便、实用、重复性好的人维生素D受体(vitamin D receptor, VDR)基因5'端启动子区Fok1酶切位点多态性的检测方法,以利于VDR基因起始密码多态性与骨质疏松等疾病相关性的研究.方法 应用聚合酶链反应(PCR)特异性扩增VDR基因5'端启动子区,扩增产物用限制性内切酶Fok1酶切,10%聚丙酰胺凝胶电泳观察酶切结果.结果 应用PCR-RFLP法检测了98例健康汉族中老年人VDR基因型,FF、Ff、ff基因型分布频率分别为47%、43%、10%.结论 该方法简便、准确、实用,适用于院校及医院实验室的研究和分子流行病学调查.
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甲型流感病毒致病力相关因子PB1-F2研究进展
流感病毒是引起流行性感冒的病原体,不定期出现的流感大流行以及每年的季节性流感给人类社会带来严重危害.Chen等[1]在研究主要组织相容性复合物Ⅰ类分子递呈甲型流感病毒A/Puerto Rico/8/34(PR8)抗原肽时,发现了一个全新的小分子蛋白,由87个氨基酸残基组成,分子量约为10.5kDa,称之为PB1-F2.PB1-F2的起始密码子开始于PB1基因编码区的第95位核苷酸,通过核糖体扫描机制,+1位移码形成第2阅读框架.PB1-F2属于非结构蛋白,对病毒复制并非必需,其在细胞内存在时间短,半衰期仅为30min,表达起始于感染后2h,5h后表达量大.近年来,诸多研究表明PB1-F2在流感病毒的致病力方面发挥重要作用,并在一定程度上具有毒株和宿主依赖性口[2].因此,深入认识PB1-F2有助于阐明流感病毒的致病机制,对流感的预防以及新型药物研发具有重要意义.
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抑制性消减杂交技术克隆乙型肝炎病毒前-S1蛋白反式激活蛋白2的反式激活基因
HBV为带包膜的嗜肝DNA病毒属,其基因组由松弛环状、部分双链DNA(rcDNA)组成.负链较长,约为3 200个核苷酸(nt),其5'端共价结合病毒多聚酶;正链较短,长度可变,为1 700~2800nt,在其5'端有寡聚核糖核苷酸帽.HBV基因组具有4个开放读码框(ORF),通过不同的起始密码子(ATG)编码至少7个蛋白,包括3个表面抗原:包膜蛋白前-S1、前-S2、S,HBcAg,HBeAg,病毒多聚酶(P)及X蛋白(HBxAg).包膜蛋白的作用主要是允许病毒核壳体进、出宿主肝细胞而不引起细胞裂解.前-S1蛋白由前-S1基因编码,前-S1基因区的长度在不同亚型问有所差别,在324~357 nt.前-S1蛋白在HBV生物学中具有双重作用,它既是病毒包膜装配过程中与核心颗粒结合的配体,也是在病毒感染过程中与一个尚未鉴定出的宿主细胞受体相互作用的底物.许多研究表明,HBV前-S1蛋白具有反式激活作用[1-4].
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腺病毒介导反义c-myc RNA对人胃癌细胞系作用的分子机制研究
序列特异的DNA结合蛋白c-myc在细胞的增殖与分化过程中起着十分重要的调节作用,并能诱导细胞凋亡。反义c-myc RNA,采用c-myc基因含有起始密码子的第二外显子及其两侧部分内含子序列,共1.53kb片段构建而成,具有抑制c-myc表达的作用[1]。本研究以腺病毒介导,胃癌细胞系作为靶细胞,研究反义c-myc的抑癌作用及其机制。
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维生素D受体基因起始密码和3′端多态性与绝经后妇女骨密度的关系
目的了解维生素D受体(vitamin D receptor, VDR)基因起始密码多态性和3′端多态性对北京地区汉族绝经后妇女骨密度(bone mineral density, BMD)值的影响是否具有协同作用.方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测了110名绝经后妇女VDR基因Fok Ⅰ和3′端多态性,同时用双能X线吸收法测定绝经后妇女腰椎2~4(L2-4)、股骨颈、Ward's三角和大转子区的BMD值. 结果被研究人群Fok Ⅰ、Apa Ⅰ、Bsm Ⅰ和Taq Ⅰ等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg定律.单独分析各基因型与绝经后妇女BMD值的关系,仅显示Bsm Ⅰ基因型与BMD值有关联(P<0.05);协同分析Fok Ⅰ基因型和Apa Ⅰ、Bsm Ⅰ、Taq Ⅰ基因型与BMD值的关系,显示Fok Ⅰ-Apa Ⅰ基因型与绝经后妇女L2-4BMD值显著相关(P<0.001),而未见Fok Ⅰ-Bsm Ⅰ基因型与绝经后妇女各部位BMD值的关联,Fok Ⅰ-Taq Ⅰ基因型与股骨颈和大转子区部位BMD值有关联(P<0.05).此外,未发现VDR基因3′端多态性之间与各部位的BMD值有关联. 结论 VDR基因Fok Ⅰ多态性虽然与绝经后妇女BMD值无关联,但Fok Ⅰ多态性和3′端多态性(Apa Ⅰ和Taq Ⅰ)对绝经后妇女BMD值的影响具有协同作用.