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丙型肝炎病毒基因编码的蛋白及其功能
丙型肝炎病毒(HCV)基因组是一单股正链RNA,全长9 600个碱基对(bp),含有一个大的开放读码框架(ORF),编码约3 010个氨基酸的病毒前体蛋白,HCV基因组5'端(5'UTR)和3'端(3'UTR)为非翻译区,或称非编码区(UCR),前者位于ORF上游;后者位于下游,含有poly A或ply U尾巴.
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乙型肝炎的实验室检测及临床意义
乙肝是目前已确认的病毒性肝炎中对人类健康危害为严重的一种肝炎,1965年Bhumberg等首次发现乙型肝炎病毒(HBV)的表面抗原(HBsAg),HBV属于嗜肝DNA病毒科,完整的HBV病毒称为Dane颗粒,直径42nm,球形,有包膜(即HBsAg).患者血中除Dane颗粒外,还有16~25nm的球状和杆状体,是病毒组装过剩的HBsAg,HBV基因组由部分双链的环状DNA组成,长约3.2Kb,有4个开放读码框架,即S(包括前S1和前S2)、C(包括前C)、P和X4区HBV抗原.
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戊型肝炎病毒的动物宿主研究进展
戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)是1982年发现的一种新型肝炎病毒[1],当时称为肠道传播的非甲非乙型肝炎病毒,1989年正式命名为HEV.其基因组为单股正链RNA,全长约7.2 kb,基因组编码区有3个开放读码框架(ORFs).HEV至少有8个基因型[2];基因1型和2型分别为亚非型和墨西哥型;美国的猪和人HEV为基因3型;中国的北京株和台湾株HEV属于基因4型;欧洲株、意大利株和希腊株等属于HEV基因5~8型.HEV主要经粪-口途径传播,有流行和散发两种形式.流行主要发生在发展中国家,多因水源被污染引起.散发主要发生在欧美一些发达国家,患者多有到流行区的旅游史,但也有的患者发病前未到过流行区.为弄清楚HEV感染和流行的真正原因,各国学者对HEV的动物宿主进行了大量研究,并取得了不少的进展,现综述如下.
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单纯疱疹病毒2型潜伏感染激活模型的建立及潜伏相关转录子开放读码框架抑制后对潜伏相关转录子基因表达的影响
目的 研究单纯疱疹病毒2型(HSV-2)潜伏感染激活中潜伏相关转录子(LAT)开放读码框架(ORF)抑制后对LAT基因表达的影响。方法 建立HSV-2潜伏感染复发的神经细胞(SHSY5Y)模型。运用相差显微镜观察HSV-2潜伏及激活后SH-SY5Y细胞形态的变化。对病毒在细胞中的潜伏及激发进行PCR验证并测序。设计3对siRNA,激活诱导后转染SH-SYSY细胞,相差显微镜观察细胞形态变化,RT-PCR半定量检测转染前后LAT ORF表达的改变。结果在存在60 μmol/L阿昔洛韦(ACV)的环境,HSV-2在SH-SY5Y细胞中建立潜伏状态。病毒在SH-SY5Y细胞中长可潜伏14d。43℃ 1.5 h诱导病毒潜伏激发,而相差显微镜观察发现,病毒激发后细胞病变从24h到72 h,细胞变性、坏死的程度、数量随感染时间延长而增加。HSV-2 LAT、糖蛋白G(gG)基因PCR扩增及电泳结果证实病毒在细胞中的潜伏及激活。LAT ORF-siRNA转染细胞后,LAT ORF mRNA的表达水平在转染后24、36和48 h分别减少了39%、51%和60%。结论 抑制LAT ORF后能够抑制HSV-2 LAT基因的表达,为进一步研究LAT ORF在病毒潜伏感染复发中的作用提供了依据。
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人乳头状瘤病毒16型E6/E7基因对人喉鳞癌细胞系表皮生长因子受体和基质金属蛋白酶9表达的影响
表皮生长因子受体(EGFR)和基质金属蛋白酶(MMP)9在肿瘤的侵袭和转移发生过程中发挥着重要作用,其表达上调能导致肿瘤的侵袭和转移潜能增强.人乳头状瘤病毒16(HPV16)为喉鳞癌的主要致病因素,其主要转化活性部位在E6和E7开放读码框架.我们采用脂质体转染技术将携带有HPV16-E6/E7 DNA的真核表达质粒导入HPV阴性的Lscc-02喉鳞癌细胞系,使其在细胞中表达,研究其对Lscc-02喉鳞癌细胞系EGFR和MMP-9 mRNA及蛋白表达的影响,探讨HPV16-E6/E7基因与喉鳞癌演进及预后的关系.
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中国甲型肝炎病毒龙甲株全基因序列的cDNA克隆及序列分析
甲型肝炎是我国主要传染病之一,经粪-口途径传播.甲型肝炎病毒(HAV)在组织培养中生长缓慢,滴度低,限制了甲型肝炎疫苗及诊断试剂的生产.因此有必要克隆我国自己的HAV基因,为体外表达HAV抗原打下基础.HAV属小RNA病毒科肝病毒属,为无包膜的单链RNA病毒,含有长约7.5 kb的正链RNA,5′端有长的非编码区,3′端有polyA的尾巴.基因组含有一个长的开放读码框架,编码2 227个氨基酸的大蛋白.基因排列顺序为:5′-NCR-VP4-VP2-VP3-VP1-2A-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3′NCR,其中VP4至VP1为结构蛋白区又称P1区,2A至3D为非结构蛋白区,又称P2(2A-2C),P3(3A-3D)区.HAV只有一个血清型,结构蛋白抗原具有构型依赖性,抗原序列相对保守.其中5′NCR、2B、2C、3A及3′NCR区对细胞培养株的适应性有关,3C为蛋白酶区,几乎切割多蛋白的所有位点,3D为RNA聚合酶区[1].我们对我国HAV龙甲株全序列的cDNA克隆及序列进行了分析,并与HM175株[2]和MBB株[3]以及已发表的甲肝病毒龙甲株结构区基因[4]进行了比较.
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一例HBV/HDV重叠感染患者血清中HDAg的基因克隆、表达及细胞内定位
丁型肝炎病毒( hepatitis Dvirus,HDV)属于缺陷病毒,其借助乙型肝炎病毒(H BV)的核壳蛋白完成自身生命周期.研究已证实,HDV感染可抑制机体内HBV的复制,但临床上却加剧病情迅速恶化.HDV的基因组仅含1个开放读码框架,分别编码S-HDAg和LHDAg两种功能蛋白.尽管两者在蛋白结构上基本相似,但功能截然相反,因此探讨HDAg某些特殊或重要功能结构域仍是该领域研究热点.基于此,我们从1例HBV/HDV重叠感染患者血清中成功克隆出了HDAg基因,并对其蛋白的生物学特点进行了初步分析.
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戊型肝炎病毒实验室诊断技术的现状
戊型肝炎与甲型肝炎相似,是一种经肠道传播的自限性疾病.戊型肝炎病毒(HEV)是引起戊型肝炎的病原体.HEV主要通过粪-口途径传播.HEV主要分为4个基因型,1和2型主要在人群中传播,可引起流行和散发的戊型肝炎;3和4型可在人群与动物之间传播,是人畜共患性疾病,主要引起散发性的戊型肝炎.HEV是一种直径为27~34 nm的无包膜单股正链RNA病毒,基因组全长约7 500 bp,其5'端和3'端各含有一个非编码区,在5'和3'非编码区之间含有3个开放读码框架(ORF),依次为ORF1、ORF2和ORF3,ORF1编码病毒复制所需要的酶类,ORF2编码衣壳蛋白,可诱导机体产生保护性免疫反应;ORF3功能尚不清楚,但含有可被患者血清抗体识别的抗原表位[1-3].
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乙型肝炎病毒新开放读码框架的确定及其意义
乙型肝炎病毒(HBV)是一种嗜肝部分双链DNA病毒,基因组长度只有3.2kb,结构基因与调节基因序列之间重叠,甚至结构基因序列之间重叠,因此HBV DNA序列的利用率之高实属罕见.1979年首次报告HBV DNA的全基因序列并确定4个主要的开放读码框架(ORF)之后,一直沿用至今.我们在中国流行株HBV基因序列的分析中,在前-Sl和X基因之前,分别发现了2段编码基因序列:前-前-S基因长度135 bp,编码产物为45 aa;前-X基因长度168 bp,编码产物为56aa.在前-前-S基因、前-X基因的上游存在启动子序列,具有指导报告基因表达的活性.对15例慢性乙型肝炎(CHB)患者基因型C型9例、B型1例、B/C混合型5例,共31个克隆测序结果,发现均存在前-前-S基因区.17例CHB患者A型1例、B型3例、C型10例、B/C混合型3例,共测序45个克隆,C型编码前-X区的克隆数占总编码克隆数的60肝,C型不能编码前-X区的原因主要是A2608→C/T替换突变或C/A2733→T替换突变单一突变;而B型、B/C型都不能编码前-X区蛋白,主要因为双突变的存在.在HBV基因组中发现前-前-S和前-X基因序列的存在改写了HBV DNA编码基因序列研究的历史.
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乙型肝炎病毒基因组结构与功能复杂性的认识
全世界有乙型肝炎病毒(HBV)感染者3.5亿人.对于HBV多年的研究已经积累了丰富的资料,但是,我们对于HBV基因组特性的认识远远没有穷尽,事实上还有许多方面需要进行探索.通过对特定慢性HBV感染者血清中不同的HBV病毒基因克隆序列的比较提出了HBV准种特点,使我们对于HBV基因组结构与功能的复杂性有了更为深入的了解.野生型病毒之间、野生型病毒与突变型病毒之间、突变型病毒之间的反式调节机制是各种类型的缺陷型HBV存在的重要条件和机制,也是HBV感染引起肝细胞癌(HCC)的重要的分子生物学机制.外周血中存在羧基末端截短的表面抗原中蛋白(MHBst)的编码基因,使我们对于HBV基因编码的反式激活蛋白的类型有了新的认识.通过对克隆的HBVDNA全长基因序列的比较,以及与其他地域所流行的HBV DNA序列之间的比较,发现了新型的开放读码框架(ORF),如前-X(pre-X)蛋白的编码基因和前-前-S(per-pre-S)蛋白的编码基因.长距离精确聚合酶链反应(LA-PCR)技术克隆的HBV DNA全长序列,是我国流行的adr亚型的HBVDNA全基因序列,代表了真正存在的HBV的基因全长序列,在HBV基因结构与功能的研究中,以及在抗HBV治疗疗效应答的研究中具有重要的理论和实际应用价值.
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乙型肝炎病毒DNA多聚酶P结构域研究进展
0引言乙型肝炎病毒(HBV)属嗜肝DNA病毒属,是一组以侵袭肝脏为主的病毒,主要感染哺乳动物和鸟类.HBVDNA的长度为3.2kb,具有4个开放读码框架(ORF),分别编码HBV的表面抗原蛋白,核心/e抗原蛋白,X蛋白以及HBV DNA多聚酶(HBVDNAP)[1].
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乙型肝炎病毒DNA聚合酶蛋白中RNase H研究进展
乙型肝炎病毒(HBV)是嗜肝DNA病毒的一种,HBVDNA的长度为3.2kb,具有4个开放读码框架(ORF),分别编码HBV的表面抗原蛋白、核心/e抗原蛋白,X蛋白以及HBV DNA聚合酶(HBV DNA P)[1].HBV DNA P基因在ORF中长,并且与C、S、X基因区有重叠,其编码的P蛋白含有3个功能域和1个无意义的隔离片(spacer),目前对聚合酶及其所编码的各个功能区域蛋白质的功能的认识虽然还不是很清楚,但已经取得了一定的进展.
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丙型肝炎病毒调节基因结合蛋白的研究
0 引言丙型肝炎病毒(HCV)是一种单股正链RNA病毒,其基因组的长度约10千碱基对(kb),其中含有唯一的开放读码框架(ORF)1-4].在其基因组RNA翻译起始点的上游,有一段341个核苷酸(nt),称为5'非翻译区(5'-NTR),控制着HCV基因组的翻译过程[5-7].HCV的3'-非翻译区(3'-NTR)的核苷酸序列自身能够相互结合以形成复杂的二级结构,与一系列蛋白质因子结合,形成病毒复制过程所必须的复制酶(replicase)复合物[8-10].HCV 3'-NTR结合的蛋白质因子除了其自身编码的RNA依赖性RNA聚合酶(NS5B)以外,还能够与感染宿主细胞的某些蛋白进行结合,以决定HCV的复制过程.HCV还必须借助病毒感染的靶细胞的一些蛋白质分子[11-13].
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乙型肝炎病毒对细胞信号转导的影响
0引言乙型肝炎病毒(HBV)是嗜肝DNA病毒的一种,HBVDNA长度为3.2kb,具有4个开放读码框架(ORF),分别编码HBV的表面抗原蛋白,核心/e抗原,X蛋白以及HBV DNA的聚合酶.此外,HBV DNA结构中还有4段启动子、2段增强子以及与HBV DNA复制过程密切相关的顺向重复序列1、2(DR1、DR2)等[1].
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乙型肝炎病毒X蛋白反式激活作用的研究
0引言乙型肝炎病毒(HBV)是引起急、慢性肝炎的主要原因,部分HBV感染者还可发展为肝硬化、原发性肝癌[1-3].HBV是很小的包膜病毒,病毒基因组结构精密,约3 200个bp(nt),含4个开放读码框架,X基因为小的一个,位于1 374-1 838 nt,编码一个Mr为16-17 kD的145-154个氨基酸残基(aa)多肽.
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乙型肝炎病毒蛋白结合蛋白的研究
0 引言随着基因组测序工作的完成,后面就是研究基因的功能,其中基因表达蛋白质的功能的研究尤为重要,因为基因是通过蛋白质起作用的.蛋白质与蛋白质之间的相互作用揭示了蛋白质功能的物理基础之一,即蛋白质起作用是通过与另一蛋白质进行物理接触而完成.大家知道乙型肝炎病毒(HBV),对人体有着广泛的作用,如引起人免疫紊乱、慢性肝炎、肝硬化、肝肿瘤发生,治疗效果不佳[1-9 ],但是他们是如何作用的目前不是太清楚,但是可以肯定其中具有蛋白质-蛋白质之间的相互作用.1990年代以来一系列遗传、生化方法特别是酵母双杂交技术等进展,为研究HBV与人体蛋白质之间的相互作用打下了基础.HBV有四个结构蛋白开放读码框架,S、C、P、X编码前-S1、前-S2、HBsAg、HBcAg、HBeAg、病毒多聚酶、和HBxAg,其中HBxAg作用复杂有反式激活作用[10].但是其结构中没有DNA结合域,推测可能和蛋白质之间的相互作用有关,研究比较多.其次是前-S1等.目前鉴定的与HBV相互作用的蛋白质有十几种
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乙型肝炎病毒基因组结构与功能复杂性的研究进展
编者按关于乙型肝炎病毒(HBV)病毒的受体,HBV DNA与肝细胞基因组DNA之间的整合及其后果,HBV蛋白在肝细胞中与肝细胞蛋白之间的相互结合和相互作用,HBV DNA RNA与肝细胞中蛋白的结合及其调节作用,HBV蛋白对于肝细胞基因表达谱的影响等,目前尚不十分清楚.在HBV DNV克隆化完成之后,立即确定了4个公认的开放读码框架(ORF),但是HBVDNA中是否还会存在其他的ORF,这此,ORF编码的蛋白究竟起什么样的作用,一直是人们怀疑和探索的焦点.
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乙型肝炎病毒DNA聚合酶末端蛋白研究进展
0引言乙型肝炎病毒(HBV)是嗜肝DNA病毒的一种,HBVDNA的长度为3.2kb,具有4个开放读码框架(ORF),分别编码HBV的表面抗原蛋白,核心/e抗原蛋白、X蛋白以及HBV DNA聚合酶(HBV DNA P)[1].HBV DNA P基因在ORF中长,并且与C、S、X基因区有重叠,其编码的P蛋白含有3个功能域和1个无意义的隔离片(spacer,SP),排列顺序为N-末端蛋白(TP),隔离片,RT/DNA聚合酶和RNase H.由于受到不能从病毒体直接纯化和在不同的系统中表达有活性酶的限制,目前对聚合酶及其所编码的各个功能区域蛋白质的功能的认识还不是很清楚.
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乙型肝炎病毒X蛋白结合蛋白
0 引言乙型肝炎病毒(HBV)感染是肝细胞癌发生主要的危险因子,慢性HBV携带者发展为肝细胞癌(HCC)的危险性可增加100倍,疫苗的使用降低了乙型肝炎的发病率,同时HCC的发病率也随之平行下降,支持了HBV可以致癌.HBV属嗜肝DNA病毒科,还包括土拨鼠病毒(WHV)、地松鼠病毒、苍鹭肝炎病毒以及亲缘关系较远的鸭肝病毒.这些肝炎病毒均可引起宿主的慢性感染,但鸭肝病毒由于缺少X开放读码框架,引发的症状轻微预后良好.
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乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因10的克隆化研究
目的:乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白(HBxAg)是一种具有反式激活作用的病毒蛋白质.为了探索HBxAg蛋白反式激活作用新的靶基因,利用基因芯片技术(DNA chips)对于表达和不表达HBxAg的hepG2细胞的基因表达谱进行比较,以期发现HBxAg蛋白反式激活作用的新靶点,为阐明HBxAg的反式激活作用分子生物学机制,以及HBV相关的肝细胞癌(HCC)形成的分子生物学机制开辟新的研究方向.方法:以含有2拷贝头尾连接的HBV DNA的质粒pCP10作为模板,根据ayw亚型的HBV DNA序列设计、合成引物,PCR扩增产物克隆到真核表达载体pcDNA3.1(-)中,转染肝母细胞瘤细胞系hepG2,提取RNA并进行逆转录.进行基因芯片技术分析.以生物信息学技术,克隆、鉴定新基因.结果:在16种HBxAg上调的靶基因中,其中包括未知功能基因,利用生物信息学技术,获得HBxAg蛋白反式激活作用的新型靶基因,开放读码框架(ORF)长度为1 206个核苷酸(nt),编码产物由401个氨基酸残基(aa)组成,命名为XTP10.结论HBxAg是一种具有反式激活作用的蛋白.基因芯片技术是进行基因表达谱分析的可靠、有效技术.分子克隆技术结合生物信息学技术,是目前鉴定、克隆未知功能新基因的有效技术途径.