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慢性HBV感染者HBSAg基因区变异的临床意义
乙肝疫苗接种和抗病毒治疗导致慢肝病进程中自然发生的HBsAgPre-S1/S2区基因变异,均可造成HBsAg和抗-HBs+或双阴性共存表现,这不仅造成临床诊断疑惑,其逃逸供血筛查和血清流调困难,还可有潜伏传播的危险.
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应用多重PCR技术快速鉴定牛分支杆菌卡介苗株
目的:建立快速鉴定牛分支杆菌卡介苗(Bacillus Calmette Guerin,BCG)菌株的方法.方法:依据近研究发现的牛分支杆菌BCG菌株不存在命名为缺失区1(deleted region 1,RD1)的基因区,而其它牛分支杆菌菌株和其它结核分支杆菌复合群(MTC)菌种(结核分支杆菌、非洲分支杆菌和田鼠分支杆菌)存在RD1基因区的遗传学信息,应用多重聚合酶链反应(PCR)检测RD1基因区存在与否,鉴别BCG菌株与其它牛分支杆菌菌株及其它MTC菌种.RD1区编码约9.5kbDNA片段,至少含8个开放阅读框架.
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国内外基因计算机识别的研究方法及进展
众所周知,核酸测序技术已有实质性的发展,迄今为止,全世界完成整个基因组序列测定的物种已超过25种,人类基因组的全序列测定也已基本完成,但是知道了基因组全序列并不等于知道了该种生物全部生活的奥秘.全序列中一个个具有生物功能的片断才称为基因(gene),它是生物遗传信息的载体.非基因部分不编码蛋白质,与生物性状无直接关系,所以对于蛋白质组研究来说,基因区才是真正有价值的部分.但是基因区在序列中所占比例只有3%~5%,因此如何从基因组全序列中找出基因区就成为生物信息学家关注的问题,各种各样的基因组全序列的分析测定程序就应运而生.
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乙肝病毒前C基因/C启动子变异与不同症状乙型肝炎患者的相关性
乙型肝炎的病情与宿主及病毒均有关.乙型肝炎病毒(HBV)C区编码HBcAg及HBeAg,其调控序列位于前C区及C基因启动子(CP) ,HBV前C/CP区变异可以通过阻止或减少HBeAg合成和分泌来影响宿主的免疫应答.我们采用聚合酶链反应(PCR)直接测序法,测定45例慢性乙型肝炎和慢性重型乙型肝炎患者血清HBV前C/CP区核苷酸序列,以探明HBV前C/CP基因区变异的临床意义.
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miRNA在急性髓系白血病中表达的意义
miRNA是近年来新发现的一类长度为19~23个核苷酸的非编码单链小分子RNA,成熟的单链miRNA与mRNA完全或不完全配对,通过诱导mRNA的切割降解、翻译抑制或者其他形式的调节机制抑制靶基因的表达,从而参与调控个体发育、细胞凋亡、增殖及分化等生命活动[1].近研究发现,一些miRNA位于和癌症相关的基因组区域,例如癌基因区或抑癌基因的断裂脆点区、杂合性缺失区域及小扩增区,某些miRNA的调节异常已经在很多种肿瘤中被发现,提示miRNA可作为致癌基因或抑癌基因而发挥作用.
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葡萄球菌属16S-23S rRNA基因区间的图谱研究
为了探索快速敏感检测细菌的方法,我们利用细菌16S-23S rRNA基因区间的特点对临床常见的31个菌种进行了研究,发现标准的金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌均呈特异的1 200、600 bp两条带,为了了解葡萄球菌的16S-23S rRNA基因区间的条带分布情况,我们对75株代表11个菌种的葡萄球菌进行了研究,现将结果报告如下.一、材料和方法
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乙型肝炎病毒新开放读码框架的确定及其意义
乙型肝炎病毒(HBV)是一种嗜肝部分双链DNA病毒,基因组长度只有3.2kb,结构基因与调节基因序列之间重叠,甚至结构基因序列之间重叠,因此HBV DNA序列的利用率之高实属罕见.1979年首次报告HBV DNA的全基因序列并确定4个主要的开放读码框架(ORF)之后,一直沿用至今.我们在中国流行株HBV基因序列的分析中,在前-Sl和X基因之前,分别发现了2段编码基因序列:前-前-S基因长度135 bp,编码产物为45 aa;前-X基因长度168 bp,编码产物为56aa.在前-前-S基因、前-X基因的上游存在启动子序列,具有指导报告基因表达的活性.对15例慢性乙型肝炎(CHB)患者基因型C型9例、B型1例、B/C混合型5例,共31个克隆测序结果,发现均存在前-前-S基因区.17例CHB患者A型1例、B型3例、C型10例、B/C混合型3例,共测序45个克隆,C型编码前-X区的克隆数占总编码克隆数的60肝,C型不能编码前-X区的原因主要是A2608→C/T替换突变或C/A2733→T替换突变单一突变;而B型、B/C型都不能编码前-X区蛋白,主要因为双突变的存在.在HBV基因组中发现前-前-S和前-X基因序列的存在改写了HBV DNA编码基因序列研究的历史.
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乙型肝炎病毒DNA聚合酶蛋白中RNase H研究进展
乙型肝炎病毒(HBV)是嗜肝DNA病毒的一种,HBVDNA的长度为3.2kb,具有4个开放读码框架(ORF),分别编码HBV的表面抗原蛋白、核心/e抗原蛋白,X蛋白以及HBV DNA聚合酶(HBV DNA P)[1].HBV DNA P基因在ORF中长,并且与C、S、X基因区有重叠,其编码的P蛋白含有3个功能域和1个无意义的隔离片(spacer),目前对聚合酶及其所编码的各个功能区域蛋白质的功能的认识虽然还不是很清楚,但已经取得了一定的进展.
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乙肝病毒表面抗原基因启动子Ⅱ的结构及调节研究
0引言乙型肝炎病毒(HBV)为含有一段单股区的双链环状DNA病毒,属嗜肝DNA病毒科,其基因组结构紧密,可分为结构基因序列和调节基因序列两部分,二者可具有相互重叠的特点.HBV基因的负链核苷酸序列中,至少有4个开放读码框(open reading frame,ORF),包括编码外膜蛋白的S基因区,编码核衣壳蛋白的C基因区,编码聚合酶的P基因区和调节病毒基因转录水平的X基因区,4种ORF分别有各自的启动子.HBV的外膜蛋白能使病毒由感染的细胞分泌,并能附着和侵入新的细胞;同时其也是引起宿主保护性应答的免疫原表位[1-6].因此,作为指导S基因组RNA转录的SP启动子序列,在HBV的生活周期中,具有较为重要的作用.
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乙型肝炎病毒DNA聚合酶末端蛋白研究进展
0引言乙型肝炎病毒(HBV)是嗜肝DNA病毒的一种,HBVDNA的长度为3.2kb,具有4个开放读码框架(ORF),分别编码HBV的表面抗原蛋白,核心/e抗原蛋白、X蛋白以及HBV DNA聚合酶(HBV DNA P)[1].HBV DNA P基因在ORF中长,并且与C、S、X基因区有重叠,其编码的P蛋白含有3个功能域和1个无意义的隔离片(spacer,SP),排列顺序为N-末端蛋白(TP),隔离片,RT/DNA聚合酶和RNase H.由于受到不能从病毒体直接纯化和在不同的系统中表达有活性酶的限制,目前对聚合酶及其所编码的各个功能区域蛋白质的功能的认识还不是很清楚.
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小鼠和大鼠NS5ATP4同源基因序列的生物信息学分析
目的:克隆、鉴定、分析小鼠和大鼠NS5ATP4基因序列,确定编码产物序列,并对于其与人的NS5ATP4基因及其编码产物的序列的同源性进行分析.方法:利用基因芯片技术获得了人NS5ATP4的cDNA序列,利用生物信息学技术确定小鼠、大鼠的NS5ATP4的基因及其编码产物的序列,并对于其同源性进行生物信息学分析.结果:利用生物信息学技术确定了小鼠和大鼠的NS5ATP4的基因及其编码产物的序列,小鼠和大鼠的NS5ATP4编码基因区分别由762和756个核苷酸(nt)组成.编码产物分别由263和261个氨基酸残基(aa)组成.与人NS5ATP4基因和蛋白质一级结构序列的同源性分别为90.29%,84.25%和95.65%,86.96%.结论:应用生物信息学技术确定了小鼠和大鼠的NS5ATP4的基因及编码产物的序列.
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乙型肝炎病毒基因组前-前-S基因区的分子流行病学研究
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在前-前-S编码基因,并探讨前-前-S基因与HBV基因型分布之间的关系.方法:自慢性乙型肝炎患者血清中提取病毒基因组DNA,首先应用多引物-多聚酶链反应(PCR)进行HBV基因型分型,之后将前-前-S区扩增,TA克隆到pGEM Teasy载体后进行单克隆测序,利用Vector 8.0软件进行序列分析.结果:选择15例患者,经过HBV基因型分型实验确定基因型为B型者1例,B/C混合型者5例,C型9例.自15例患者血清中提取的HBV基因组中扩增出前-前-S基因片段,TA克隆后选择31个克隆进行测序,测序结果证明这31个克隆均编码前-前-S基因.结论:前-前-S区编码在B、C基因型中均为普遍存在的现象.
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062变应性鼻炎相关基因的研究进展
变应性鼻炎属于鼻部变态反应性疾病,受到多个基因的遗传控制.对该病的致病基因的研究是近年来的研究热点,已经发现有多个与它相关的候选基因区,如与IgE水平相关的11q13区和细胞因子基因簇5q31及12q,以及发现有关的核因子NF-κB、激活蛋白AP-1、组胺受体及相关基因、5-脂氧合酶(ALOX5)、抗血管紧张转换酶ACE、内皮素ET-1基因等参与变态反应,同时在一些基因中发现与该病有关的突变,并进一步探讨了这些候选基因在疾病的发病机制中的作用.本文就近年来的研究进展作一综述.
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乙型肝炎病毒基因突变研究的临床意义
在乙型肝炎病毒(HBV)基因的负链核苷酸序列中,至少有4个开放读码框架(ORF),包括编码外膜蛋白的S基因区,编码核壳蛋白的C基因区,编码聚合酶的P基因区和调节病毒基因转录水平的X基因区.
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以基因检查快速检测耐药性的技术
一、药物种类与主要的耐药性机制表1所列为代表性抗菌药物及其耐药性机制概略,结核菌的耐药性机制几乎全系染色体上的基因变异所致.鉴于核糖体RNA基因仅为1个及耐药性机制分析研究长足发展,现已报告了许多预测抗酸菌耐药性的PCR技术,并已在试制将变异序列固定于DNA芯片之试剂.有研究曾扩增检出抗酸菌耐利福平基因之RNA聚合酶β亚单位rpoB基因区应用PCR引物及该区之基因变异发生率.变异率依发生部位确有差异,但非单一.依研究室水平将此区扩增并行测序,以与感受性菌种资料进行比较即可轻易认定,采用高发生率变异位点为靶的寡DNA芯片研究用试剂现已有售.
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乙型肝炎病毒基因型与治疗
一、HBV基因型检测方法分析病毒全碱基基因序列以分子系统树判定HBV基因型的方法,需时、费力且欠实用.作者早年研究证实,单依S基因序列即完全可以确定.然而这也需要处理大量检体,颇为繁琐,遂行深入探索,终于开发出了应用S基因区为引物的PCR检测法.此即采用能识别各基因型特异性序列的限制酶并依其限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymor-phism:RFLP)而确定基因型的技术.尔后,又研究成功采用识别前-S2区基因型特异性区氨基酸的单克隆抗体的EIA检测法,更简化了检测手续.只是采用本法由于引物结合部位的甚微变异或抗体识别部位变异,仍可有百分之几病例不能获得确定.对于此类病例,则必须根据S基因序列的实测结果再依系统树分析判定.
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前S1蛋白在乙型肝炎诊断、治疗及预防中的作用
乙型肝炎病毒(HBV)为嗜肝DNA病毒.HBV-DNA基因组呈环状.目前发现至少有6个可被转录的开放式阅读框架(OpenReading Frame,ORF),即S、P、C、X以及ORF5和ORF6.S基因区编码HBV外膜蛋白,也即乙型肝炎表面抗原[1].S基因区又分为S区、前S2区和前S1区,分别编码S蛋白、前S2蛋白和前S1蛋白.有关前S1蛋白的研究国内外报道颇多,本文拟对其临床和流行病学意义进行归纳.
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核苷类药物相关乙型肝炎病毒P基因区耐药变异测序分析
乙型肝炎(以下简称“乙肝”),是由乙型肝炎病毒( HBV)引起的一种传染性疾病,在发展中国家发病率很高。乙肝治疗的关键是抗病毒治疗。核苷类药物抗 HBV 在临床上已得到广泛应用,但相应的HBV耐药问题也逐渐显现出来,并成为制约其抗病毒疗效的首要因素。本研究对109例乙肝患者的核苷类药物耐药性变异进行分析,旨在观察耐药相关的基因位点是否存在变异,为临床合理用药及耐药机制研究提供参考。
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P基因区耐药变异检测在核苷类药物治疗乙型肝炎中的价值
为探讨慢性乙型肝炎患者应用核苷类药物与发生P基因区耐药变异的关系,本研究通过基因测序方法对206例患者进行P基因区耐药测定.
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HLA-Ⅱ类基因多态性与肝脏疾病相关性研究进展
肝组织的免疫损伤是大部分肝脏疾病共同的发病机制.病毒性肝炎、自身免疫性肝炎、药物性肝炎等疾病的发展转归均与免疫功能密切相关.人类主要组织相容性复合体( Major histocompatibility complex,MHC)决定着机体的免疫特性,其基因位于人类6号染色体的短臂(6p21.3),全长约3 600 kb,是多态性为复杂的基因群.人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)为MHC的基因产物.目前MHC基因区内已发现239个基因位点,可表达基因达130个,其中39.8%的基因与免疫系统有关,而Ⅱ类区域中几乎所有的基因均与免疫功能相关[1].