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乙型肝炎病毒基因点突变与临床的关系
本文对近几年来乙型肝炎病毒(HBV)的四个开放读码框(S区、C区、X区和P区)与临床关系较为密切的点突变的研究作了简要的综述.
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戊型肝炎病毒结构区编码多肽检测相应抗体方法的建立及应用
利用多肽合成技术在戊型肝炎病毒(HEV)的结构区内的开放读码框(ORF)-2和ORF-3区合成了P1、P2二条具有明确抗原表位的合成多肽,作为EIA法抗-HEV诊断试剂的固相抗原测定抗-HEV.
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乙型肝炎病毒X蛋白(HBx):一种多功能的病毒调节因子
乙型肝炎病毒(HBV)的慢性感染是导致肝细胞癌(HCC)的主要危险因子.X蛋白(HBx)被认为在肝细胞癌的发生发展中起重要作用.X基因是HBV基因组小的开放读码框,它编码的X蛋白含154个氨基酸,分子量约为16.5kD.HBx是一种多功能的病毒调节因子,通过调节细胞和病毒的转录活性、信号传导途径、基因毒性压力反应、蛋白质降解等,直接或间接地影响HBV的复制和增殖.HBx亦可影响细胞周期调控、细胞凋亡,从而可能在慢性活动性肝炎和肝硬化的病程中起到起始肿瘤形成的作用.
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凋亡素选择性抗肿瘤的分子机制
凋亡素(apoptin)是一种来源于鸡贫血病毒(chicken anemia virus,CAV)的小分子量蛋白.CAV是一种无囊膜的DNA病毒,其基因组为2300 bp的单链环状DNA分子,含有3个完全或部分重叠的开放读码框,分别编码3个蛋白质:VP1、VP2和VP3[1].VP1为主要的衣壳蛋白,相对分子质量51 600.VP2为非结构蛋白,相对分子质量24 000,其具有双重性质的磷酸酶活性并且主要与VP1相互作用.VP1与VP2为CAV复制所必需[2].VP3亦称为凋亡素,相对分子质量13 600,能选择性诱导多种肿瘤细胞凋亡,如骨肉瘤、肝癌、黑色素瘤、肺癌、前列腺癌等,而不杀伤正常细胞[1,3-5].
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基因预测方法的研究进展
基因预测一般指预测DNA序列中编码蛋白质的部分.其方法 主要有两大类:一类是基于相似性的预测方法 ,即利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段,达到基因预测的目的 ;另一类是基于统计学模型的从头预测方法 ,即利用统计学模型训练出相应参数,再对基因进行预测,这种方法 可不依赖已知的DNA序列进行预测.现就基因预测的方法 、基因预测中存在的一些问题等做一概述.
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p7蛋白--丙型肝炎病毒潜在抑制靶点
丙型肝炎(hepatitis C)是严重的慢性传染病之一,全世界病毒感染者约1.7~2亿[1].HCV为单链RNA病毒,一个开放读码框编码了3010个氨基酸的前体蛋白,在细胞和病毒蛋白酶共同作用下,前体蛋白被降解成结构蛋白和非结构蛋白两部分.
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HBx及其截短体与HBV复制
HBx是HBV小的开放读码框(open reading frame,ORF)编码的一个154个氨基酸(amino acid,aa),分子量约17 kDa的多功能蛋白,它通过多种作用影响HBV的复制,如细胞周期、胞质信号转导以及与胞核转录作用元件的直接作用[1-2].HBx结构包含C-端2/3(aa51~154)反式激活区域与N-端1/3(aa1~50)负性调节区域[3].丙氨酸诱变突变扫描方法已经证实aa52~65及aa88~154对增强HBx在HBV中的复制十分重要[4],并且HBx的反式激活作用对增强HBV的复制能力可能是至关重要的,因此C-端反式激活区域对于增强HBV的复制能力是需要的,而N-端截短体对此并未产生明显的影响.
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聚合酶链反应检测SEN病毒D型和H型方法的建立及初步应用
目的:建立检测SEN病毒(SENV)D和H基因型的聚合酶链反应(PCR)方法,并将其应用到流行调查.方法:从GeneBank下载SENV序列,在SENV开放读码框Ⅰ的高度保守序列内自行设计外引物,参考文献报道合成SENV D型和H型的型特异性引物作为内引物,建立检测SENV D型和H型的巢式PCR方法,并对深圳地区192名健康体检人群、48例急性甲肝患者、1 76例慢性乙肝患者、98例慢性丙肝患者和38例非甲-戊型肝炎患者的血清进行检测.部分阳性PCR产物进行克隆和DNA序列分析.结果:巢式PCR方法的敏感性及特异性均好.SENV D和/或H型在健康成人、急性甲肝、慢性乙肝、慢性丙肝和非甲-戊型肝炎患者中的总感染率分别为30.7%、37.5%、64.8%、57.1%和44.7%.SENV D和/或H型在健康人群中的感染率低于慢性乙肝患者和慢性丙肝患者(P<0.001).非甲-戊型肝炎及急性甲肝患者中的感染率略高于健康人群,但无显著性差异(P>0.05).结论:巢式PCR方法可用于检测SENV感染.深圳地区健康人群和急、慢性肝炎患者中存在SENV感染.SENV可能与HBV和HCV有相似的传播途径,其致病性有待进一步研究阐明.
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乙肝病毒表面抗原基因启动子Ⅱ的结构及调节研究
0引言乙型肝炎病毒(HBV)为含有一段单股区的双链环状DNA病毒,属嗜肝DNA病毒科,其基因组结构紧密,可分为结构基因序列和调节基因序列两部分,二者可具有相互重叠的特点.HBV基因的负链核苷酸序列中,至少有4个开放读码框(open reading frame,ORF),包括编码外膜蛋白的S基因区,编码核衣壳蛋白的C基因区,编码聚合酶的P基因区和调节病毒基因转录水平的X基因区,4种ORF分别有各自的启动子.HBV的外膜蛋白能使病毒由感染的细胞分泌,并能附着和侵入新的细胞;同时其也是引起宿主保护性应答的免疫原表位[1-6].因此,作为指导S基因组RNA转录的SP启动子序列,在HBV的生活周期中,具有较为重要的作用.
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丙型肝炎病毒转基因小鼠模型的研究
0引言丙型肝炎病毒(HCV)是1989年美国Choo et al[1]利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术分离鉴定的一种新型肝炎病毒,属黄病毒科丙型肝炎病毒属.其基因组为单股正链RNA,长9.4kb左右,两侧分别为5'和3'非编码区(NCR),中间为单一的开放读码框(ORF),可分为核壳蛋白区(C区)、包膜蛋白区(E区)和非结构蛋白区(NS区).
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乙型肝炎病毒表面抗原基因启动子Ⅰ结合蛋白1的基因克隆化研究
目的:发现了与乙型肝炎病毒表面抗原基因启动子Ⅰ(HBVSP Ⅰ)结合的未知功能蛋白,并克隆了他的全长基因.方法:以SP Ⅰ核心序列为"诱饵",应用酵母单杂交技术对人肝细胞cDNA文库进行筛选,得到了一个未知基因,命名为乙型肝炎病毒表面抗原基因启动子Ⅰ结合蛋白1(SBP1).结合生物信息学技术,应用分子生物学技术,克隆了SBP 1的基因编码序列.结果:经酶切和测序鉴定,结果正确,成功克隆了SBP 1的基因编码序列.结论:SBP 1具有完整的开放读码框,可能通过与SP Ⅰ的结合发挥生物学作用.
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运用穿梭质粒在小鼠沙眼衣原体中表达外源性基因
目的 在能够转化小鼠沙眼衣原体的穿梭质粒pGFP∷CM中加入新的开放读码框,为研究衣原体单个蛋白功能奠定基础.方法 用聚合酶链反应(PCR)扩增质粒pGFP∷CM和新的开放读码框(包括质粒蛋白pgp4的启动子、红色荧光蛋白mCherry基因和沙眼衣原体CT579的转录终止序列),将连接产物转化至大肠埃希菌感受态Stellar中,提取质粒进行PCR、酶切和测序鉴定.将重组质粒利用氯化钙法转化至无质粒的CMUT3中,荧光显微镜下观察并挑选带有荧光的转化衣原体包涵体,经过氨苄西林筛选和噬菌斑纯化后,采用间接免疫荧光染色法检测转化株CMUT3-pGFP-mCherry-CM中pgp3和glgA蛋白的表达.结果 经PCR、酶切和测序鉴定后得到正确序列的重组质粒,转化CMUT3后可见含有绿色和红色荧光的衣原体包涵体.氨苄西林筛选和噬菌斑实验纯化后得到新的转化株CMUT3-pGFP-mCherry-CM.免疫荧光证实pgp3和glgA蛋白在衣原体CMUT3-pGFP-mCherry-CM和CMUT3-pGFP∷CM中表达相似.结论 在质粒pGFP∷CM中成功加入开放读码框,转化衣原体后能够表达外源性基因,使衣原体转化技术能够用于衣原体蛋白质功能研究,为临床沙眼衣原体感染的防治提供新的线索.
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乙型肝炎病毒开放读码框的结构及功能研究进展
乙型肝炎病毒(HBV)是嗜肝DNA病毒的一种,其基因组至少含有4个开放读码框,分别为编码外膜蛋白的S基因区、编码核衣壳蛋白的C基因区、编码P蛋白的P基因区及编码X蛋白的X基因区.此外,还发现了两个新的区域,前一前-S区和前-X区.各结构区在病毒的复制、感染、致癌等方面发挥重要作用,文章就其结构和功能的研究进展作一综述.
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乙型肝炎病毒X基因突变与疾病进展的相关性
HBV基因组负链碱基序列至少包含4个开放读码框(ORF):S、P、C和X.其中,HBV X基因位于第1374~1838位核苷酸(nt),长约465个碱基,是HBV基因组内结构和功能重叠明显的区域,包含增强子2、C基因启动子、直接重复序列1(DR1)和直接重复序列2(DR2),这些区段在HBV基因的复制、转录调节及表达中具有重要作用[1].目前,HBV慢性感染者疾病不同转归的机制尚不明确.
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抑制性消减杂交技术克隆乙型肝炎病毒前-S1蛋白反式激活蛋白2的反式激活基因
HBV为带包膜的嗜肝DNA病毒属,其基因组由松弛环状、部分双链DNA(rcDNA)组成.负链较长,约为3 200个核苷酸(nt),其5'端共价结合病毒多聚酶;正链较短,长度可变,为1 700~2800nt,在其5'端有寡聚核糖核苷酸帽.HBV基因组具有4个开放读码框(ORF),通过不同的起始密码子(ATG)编码至少7个蛋白,包括3个表面抗原:包膜蛋白前-S1、前-S2、S,HBcAg,HBeAg,病毒多聚酶(P)及X蛋白(HBxAg).包膜蛋白的作用主要是允许病毒核壳体进、出宿主肝细胞而不引起细胞裂解.前-S1蛋白由前-S1基因编码,前-S1基因区的长度在不同亚型问有所差别,在324~357 nt.前-S1蛋白在HBV生物学中具有双重作用,它既是病毒包膜装配过程中与核心颗粒结合的配体,也是在病毒感染过程中与一个尚未鉴定出的宿主细胞受体相互作用的底物.许多研究表明,HBV前-S1蛋白具有反式激活作用[1-4].
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HBV患者抗-HBcIgM、HBeAg定量阳性和HBV-DNA之间的相关性分析
我们对253例抗H-BclgM定量均为阳性患者进行了回顾性分析,发现抗-HBcIgM定量与HBeAg定量存在一定的相关性,反映患者的感染情况.HBeAg是一种可溶性蛋白抗原,一般仅见于HBsAg阳性血清中,阴性中偶见.HBeAg出现在血中同时或稍后于HBsAg.HBeAg是由HBV-DNA开放读码框前C或C区编码,与GBV的活动性复制密切相关,是HBV传染性的重要指标.HBcAg是HBV复制的标记,而HBeAg是HBV正在复制的标记.
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SARS相关冠状病毒的基因组和主要蛋白酶的研究进展
严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)在2003年我国南方暴发流行,波及众多国家和地区,引起了全球关注.在SARS 病原体被确证为一类新的冠状病毒并被命名为SARS coronavirus(SARS-CoV)之后,全球对SARS相关冠状病毒进行了广泛的研究.至目前,SARS-CoV的基因组已在多个实验室被测定,并通过多种途径分析了其基因结构特征,研究了基因复制与翻译中相关的蛋白酶特性.SARS-CoV具有复杂的基因复制和翻译调节机制,如sg mRNA的不连续转录、核糖体的框移、翻译后的水解过程等等.其中SARS-CoV的3种蛋白酶(解旋酶和另外2种半胱氨酸蛋白酶)在病毒的复制、转录、翻译和翻译后加工等过程中发挥重要的生理和病理作用.本文综述了SARS-CoV的基因组成和主要蛋白酶的结构及其功能等方面的研究进展.
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单纯疱疹病毒2型潜伏相关转录子蛋白读码框2真核表达载体的构建及其在Vero细胞中的表达
目的:克隆单纯疱疹病毒2型(HSV-2)潜伏相关转录子蛋白读码框2(LAT ORF2)基因,构建真核表达载体并在真核细胞中表达,用于进一步研究LAT介导的HSV-2潜伏及激活感染机制. 方法:以构建成功的pVAX—LAT重组质粒为模板,根据GenBank中HSV-2 LAT ORF2基因的核苷酸序列设计引物,并在引物的5'端分别引入Kpn I和Pst I酶切位点.用PCR特异性扩增LAT基因ORF2片段,PCR产物纯化回收后经Kpn I、Pst I双酶切,再次回收后产物与同样经双酶切的pcDNA 6/myc—His B质粒进行连接,Amp抗性筛选阳性重组子.双酶切及测序鉴定连接产物.在脂质体介导下瞬时转染Vero细胞,用RT-PCR及SDS-PAGE检测其在Vero细胞中的表达. 结果:重组质粒经Kpn I和Pst I双酶切获得预期大小的两条片段,测序表明ORF2正确,RT-PCR及SDS-PAGE显示转染了重组质粒的Vero细胞内有目的基因及其编码蛋白的表达. 结论:成功构建了ORF2-pcDNA 6/myc-His B重组质粒,并可在Veto细胞内有效表达.
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乙型肝炎病毒基因变异的临床意义
1 乙型肝炎病毒基因组结构与功能乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因组由一松弛环状、部分呈双链结构、长度约3.2kb的小DNA分子构成.长链又称负链,代表完整的核酸序列,长度恒定;短链又称正链,为负链全长的50%~70%.HBV负链含有四个开放读码框,分别为S、C、P、X基因区[1].P区编码病毒DNA聚合酶,与病毒基因组的复制、转录和包装有关;C区有两个启始密码子,分别编码HBeAg和HBcAg;X区编码X蛋白(HBxAg),该蛋白具有转录反式激活功能,可能与肝癌的发生有关;S区由PreS1、PreS2和S基因组成,分别编码病毒外膜蛋白(SHBsAg、MHBsAg及LHBsAg).
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HCV结构区蛋白的免疫与疫苗研究进展
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)是一单股、正链RNA病毒,属人类黄病毒属.基因组全长约9400nt,由5'末端、3'末端及位于其间的单一开放读码框(open reading frame,ORF)组成.ORF长约9030nt,几乎跨越整个HCV基因组,编码约3010个氨基酸(Amino acid,aa)组成的病毒多蛋白前体(Precursor polyprotein).根据病毒基因所编码蛋白结构与功能的不同,将ORF分为结构基因(Structural gene)和非结构基因(Nonstructural gene).结构基因又分为核心区(Core region)和包膜基因区(Enyelope gene),分别编码病毒的核心蛋白C及包膜蛋白E1、E2/NS1,组成病毒颗粒.