首页 > 文献资料
-
全球麻疹和风疹实验室网络
引言当麻疹和风疹的发病低的时候,病例识别的阳性预测值也就低.因此,有效的监测就包括了通过单一血液标本的IgM检测,并加上流传毒株的基因型分型对疑似病例进行实验室确诊.WHO全球麻疹和风疹实验室网络(LabNet)业也建立,旨在提供标准的检测和报告框架以及全球性的质量保证规划.目前LabNet已包括700个IgM检测实验室,可服务162个国家,并还在继续扩大.2004年共对86000份血清标本进行了IgM检测.在6个WHO区域中,4个区域报告在接受标本的7 d内至少完成了80%的标本的检测.
-
都柏林念珠菌和白念珠菌的分子生物学鉴定
近年来分子生物学技术的大量应用为真菌的鉴定提供了快速、可靠的鉴定方法,我们对分离自阴道念珠菌病患者的325株白念珠菌进行了研究,试图从表型和基因型分型角度了解都柏林念珠菌在阴道念珠菌病的临床分离率.
-
HCV的基因型及其变异与肝细胞癌的关系
丙型肝炎病毒(hepatitis CviruS,HCV)为单股正链RNA病毒.国内外已对数十个HCV全基因或片段基因进行了序列分析,并对HCV的基因型分型.近年研究表明,HCV的基因型及其变异与肝细胞肝癌(HCC)有者一定的关系.其中,HCV1b基因型与HCC的发生显著相关;HCV核心区的变异与HCC的发生可能相关;HCV NS3与HCC的发生相关;HCV NS5的序列相对稳定为诱发HCC所必须的;而HCV E2/NS1与HCC的发生尚无定论.丙型肝炎及由其发展而来的肝细胞癌至今没有令人满意的治疗方法.研究HCV基因型及其变异与HCC发生的关系对阐明HCC发生的机理和HCC的防治有着重要的意义,为HCC的治疗开辟了新的途径,成为近年来国内外研究的热点,通过对他的深入研究可能为HCC的基因治疗找到有效措施.
-
乙型肝炎病毒基因组前-前-S基因区的分子流行病学研究
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在前-前-S编码基因,并探讨前-前-S基因与HBV基因型分布之间的关系.方法:自慢性乙型肝炎患者血清中提取病毒基因组DNA,首先应用多引物-多聚酶链反应(PCR)进行HBV基因型分型,之后将前-前-S区扩增,TA克隆到pGEM Teasy载体后进行单克隆测序,利用Vector 8.0软件进行序列分析.结果:选择15例患者,经过HBV基因型分型实验确定基因型为B型者1例,B/C混合型者5例,C型9例.自15例患者血清中提取的HBV基因组中扩增出前-前-S基因片段,TA克隆后选择31个克隆进行测序,测序结果证明这31个克隆均编码前-前-S基因.结论:前-前-S区编码在B、C基因型中均为普遍存在的现象.
-
乙型肝炎病毒蛋白表型定义初探
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分型方式,并根据病毒蛋白结构提出新的病毒蛋白分型方式.方法:自GenBank中按基因型搜索符合要求的HBV基因组序列,并应用Vector NTI suite 8.0版软件进行基因组核苷酸及各基因编码蛋白质序列比较,并利用软件分析前前-S基因、前-X基因和前-C基因的存在状态.结果:在GenBank中根据HBV基因型分型搜索出119个病毒株全基因组,比较后发现选择病毒株基因组核苷酸序列总阳性率和总一致率分别为95.7%和147.7%;选择病毒株编码的全C蛋白、全S蛋白、全X蛋白和多聚酶的总阳性率分别为98.6%、87.3%、57.2%和95.2%,总一致率分别为37.4%、24.1%、27.7%和43.5%.在病毒群中,33.61%的病毒株编码前前-S多肽,14.3%的病毒株编码前-X多肽,26.1%的病毒株不编码前-C多肽,94.1%编码前-X多肽的病毒株同时编码前前-S多肽.基因组1-700 nt一致率30.6%,1 103-1 653 nt一致率20.8%,为高变区;基因组1 654-1 950 nt的一致率为74.2%,为高保守区.4种病毒蛋白各有其相应的高变区和高保守区根据病毒蛋白前导性序列的变异情况提出新的分型方法,命名为蛋白表型.蛋白表型分7型,Ⅳ型为主要流行表型,占39.5%,V型和VⅦ型各占19.3%.亚洲HBV蛋白分型分布分散,Ⅰ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅶ型所占比例均大于20%;欧洲Ⅳ型占58.3%,Ⅶ型占25.0%,Ⅴ型占13.9%.结论:在综合分析HBV基因组的基础上,初步划分出HBV基因组和病毒蛋白内部存在的高变区和高保守区提出蛋白表型的新概念,并综合展示基因核苷酸突变所导致的病毒蛋白的结构差异.
-
乙型肝炎病毒基因组前-X区的分子流行病学研究
目的:探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因组是否存在前-X编码基因,并探讨前-X基因与HBV基因型之间的关系.方法:自慢性乙型肝炎患者血清中提取乙型肝炎病毒基因组,首先应用多引物-多聚酶链反应(PCR)进行HBV基因型分型.之后将前-X区扩增,TA克隆到pGEM Teasy载体后进行单克隆测序,利用Vector 8.0软件进行序列分析.结果:17例患者中,A型者1例,B型3例,B/C混合型者3例,C型10例.克隆测序的45个克隆中,27个(60%)克隆编码前-X多肽,其中18个(66.7%)克隆来自C基因型.有3种形式突变导致前-X区编码不能.前-X区多肽具有个体化突变现象.结论:前-X区编码在B、C基因型中均为普遍存在的现象,其编码具有C型倾向性.
-
湖南省1999年医药卫生科研进展
一、基础医学研究1.遗传性脊髓小脑型共济失调遗传异质性研究与基因诊断湖南医科大学及其湘雅医院研究人员从分子水平探讨了中国人群中遗传性脊髓小脑型共济失调的遗传异质性问题,为SCA的基因型分型、症状前诊断和产前诊断建立了基因分子诊断方法,为未来的基因治疗工作打下了基础.通过研究,率先作出中国汉族人群SCA1与SCA2基因型诊断;证实了非葡萄牙型MJD为中国人SCA的主要基因型;描述了中国汉族人群SCA各基因的分布频率;还对中国汉族人群SCA的表型与基因型特点进行了分析.
-
上海市长宁区2005-2006年肺结核分子流行病学研究
结核分枝杆菌可变数目串联重复( variable - number ctandem repeats,V1NTR)或散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units typing,MIRU)基因型分型法,是利用结核分枝杆菌基因组中特定位点上数目可变的串联重复序列进行基因型分型的方法[1-2],通过不同位点和数目的组合其分辨率可以达到或接近于"金标准"IS6110限制性片断长度多态性(IS6110 restriction fragment length polymorphism,IS6110 - RFLP)分型法[3].该方法操作简单,其数字化的结果更有利于世界各地不同实验室鉴定菌株的比较,使人们可以在全球范围追踪特定菌株[4].
-
丙型肝炎病毒基因型分型及临床意义
全世界约有1.7亿人受到丙型肝炎病毒(HCV)感染,我国HCV感染率为3.2%,感染者约3 800万.HCV基因分型与病程发展和治疗应答有一定相关性,例行检测有助于对特定的感染做出判断和有效的临床干预.
-
乙型肝炎病毒基因分型的研究进展
自从1988年Okamoto等首次根据组间全基因序列差异≥8%对HBV进行基因分型以来,对HBV基因分型方法学上的改进、和其所存在的地域性、民族特异性、以及它的临床意义都展开了大量研究,这对从分子水平阐明不同基因型的流行势态,和对其病因学的研究,加强对HBV的防治有重要意义.基因型反映了HBV自然感染史发生的变异特点,是病毒变异进化的结果,对其分型标准的依据是全基因序列同源性≥92%或S基因序列同源性≥96%.大量HBV序列分析工作提示S基因序列稳定,不同基因型各开放读框中S基因异质性大,而同一基因型中的各毒株S基因异质性小,因而S基因适于基因型分型.目前HBV基因型分型方法学有4种,可将其分为A、B、C、D、E、F、G等7种.其分型方法包括1、全基因或S基因测序法,该方法是鉴定基因型的金标准,但工作量大.2、Lindh等创立的S基因的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法,可鉴定89%的基因型,国内文献[1]报道对PCR-RFLP方法进行了改进,可鉴定95%以上的标本,但PCR-PFLP分型法所需时间较长、步骤较多,且遇到混合感染或酶切不完全,就会出现复杂带型,因此目前建立的PCR-PFLP分型方法都不能鉴定100%的标本.3、多引物PCR分型方法[2],它是在对114例HBV全序列进行充分比较分析的基础上,找出每种基因型相对于其他各种基因型的独特序列,并根据这些独特序列设计出6对分别针对性A-F型的诊断引物,利用其仅需一次PCR可得出分型结果,理论上能鉴定100%的标本.4、单克隆抗体酶联免疫吸附法,该方法虽然简便,但要建立一套单克隆抗体则较为困难,且难以从基因水平上对HBV进行分型.HBV的基因型分布在不同地理区域有不同的特点.
-
脊髓小脑性共济失调的临床及基因诊断进展
脊髓小脑性共济失调是—大类具有明显遗传异质性的神经系统变性疾病,其临床表型和基因型分型非常复杂。基因诊断是该病的重要诊断手段。本文介绍了近几年国内外关于本病的临床表型、基因型分型及基因诊断的新进展。
-
成都汉族群体15个短串联重复序列基因座遗传多态性
目的获得15个短串联重复(short tandem repeat, STR)基因座在成都汉族群体的群体遗传学数据. 方法 210份EDTA抗凝血样采自成都地区无血缘关系的汉族个体.Chelex法提取DNA,PCR复合扩增,自动基因分析仪电泳收集电泳结果数据,基因扫描分析软件计算扩增产物片段相对大小,基因分型软件进行样本基因型分型. 结果全部样本的每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果.15个STR基因座的杂合度介于0.529~0.881之间.累计非父排除率和累计个人识别机率为0.999998和7.3×10-17. 结论经一次扩增电泳可获得15个STR基因座的基因型分型结果并明确样本性别.累计非父排除率和累计个人识别机率较高,适用于法医学亲权鉴定和个人识别.
-
Penta D/Penta E基因座在云南回族群体中基因多态性研究
目的 获得2个短串联重复(short tandem repeat,STR)基因座(Penta D、Penta E)在云南回族人群中的基因型及等位片段频率分布,获得相应位点的群体遗传学数据.方法 204份EDTA抗凝血样采自云南昆明地区无血缘关系的回族个体,利用荧光标记复合扩增及毛细管电泳自动荧光检测的方法,对该群体样本检测,获得2个STR基因座等位基因的分布频率等群体遗传学数据,并检验它们基因型频率分布是否符合Hardy-Weinberg平衡,计算法医学常用各种概率.结果 全部样本的每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果.2个STR基因座均符合Hardy-Weirdberg平衡.结论 获得2个ETR基因座的基因型分型结果,适用于法医学亲权鉴定和个人识别,为人类群体遗传学研究提供了2个STR基因座的云南回族群体数据.
-
Penta D/Penta E基因座在云南回族群体中基因多态性研究
目的获得2个短串联重复(short tandem repeat,STR)基因座(Penta D、Penta E)在云南回族人群中的基因型及等位片段频率分布,获得相应位点的群体遗传学数据.方法204份EDTA抗凝血样采自云南昆明地区无血缘关系的回族个体,利用荧光标记复合扩增及毛细管电泳自动荧光检测的方法,对该群体样本检测,获得2个STR基因座等位基因的分布频率等群体遗传学数据,并检验它们基因型频率分布是否符合Hardy-Weinberg平衡,计算法医学常用各种概率.结果全部样本的每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果.2个STR基因座均符合Hardy-Weinberg平衡.结论获得2个STR基因底的基因型分型结果,适用于法医学亲权鉴定和个人识别,为人类群体遗传学研究提供了2个STR基因座的云南回族群体数据.
-
西藏藏族群体15个短串联重复序列位点的遗传多态性研究
目的 获得15个短串联重复(Short tanderm repeat,STR)基因座在西藏藏族人群中的基因型及等位片段频率分布,获得相应位点的群体遗传学数据.方法 126份EDTA抗凝血样采自西藏藏族地区无血缘关系的藏族个体.Chelex法提取DNA,PCR复合扩增.自动基因分析仪电泳收集电泳结果数据,基因扫描分析软件计算扩增产物片段相对大小,基因分型软件进行样本基因型分型.结果 全部样本的每个STR基因座都获得了清晰的基因型分型结果.15个STR基因座的杂合度介于0.627~0.897之间.累计非父排除率和累计个人识别机率为0.999999527和>0.999999999.结论 经一次扩增电泳可获得15个STR基因座的基因型分型结果,累计非父排除率和累计个人识别机率较高,适用于法医学亲权鉴定和个人识别.
-
乙型肝炎病毒基因B型和C型与临床关系的研究
[目的]通过对乙肝病毒S基因直接测序分型,来探讨HBV基因型B和C型与肝功能损伤、病毒复制水平的关系.[方法]应用聚合酶链反应(PCR)扩增HBV DNA S基因区,通过直接测序方法与Genebank标准序列对比来鉴别HBV A~H基因型,对165例乙肝患者血清进行基因分型.[结果]对HBV感染者血清进行基因分型,B型12.1%,C型86.7%.慢性肝炎和肝硬化患者主要为C基因型感染,显著高于急性肝炎患者(CHB对AH:x2=4,76,P<0.05;LC对AH:x2=10.04,P<0.01);基因C型乙肝病毒感染的病人中HBeAg阳性率显著高于基因B型感染的病人(63.6%比35%,x2=6.00,P<0.05);21~30岁这组基因B型HBeAg阳性率显著低于基因C型HBeAg阳性率(27.3%对78.8%,x2=7.59,P<0.01).[结论]本地区HBV DNA基因型以B型和C型为主;二种基因型ALT水平和病毒复制水平虽然无差异,但基因B型乙肝病毒感染的病人HBeAg阳性率显著低下,具有较高和较早的血清HBeAg转换能力.C基因型感染和乙肝病情加重和肝硬化有一定关系.