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采用多对型特异性引物巢式PCR法研究江西省HBV基因型分布及其临床相关性
根据HBV全基因序列的差异≥8%或者S区基因序列差异≥4%可将其分为A、B、C、D、E、F等基因型.HBV基因型的分布具有地域性,东南亚地区慢性乙型肝炎病毒感染者中以B和C基因型为主.在我国,北方地区以C型为主,南方以B型为主[1].全国很多省份和城市都已有HBV基因型分布的相关报道.基因型检测方法较多,各有其优缺点,温志立等[2]在国内先应用的多对型特异性引物巢式PCR法较其他方法更为简便、经济,适用于大规模标本鉴定,本研究拟采用此法测定江西地区HBV基因型,并同时进一步观察基因型与临床的关系.
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猪去细胞心脏瓣膜的免疫原性
背景:在去细胞猪瓣膜(Synergraft 瓣膜)的临床应用时发现异种的细胞外基质引发了人体一个强烈的炎症反应.早期的炎症反应严重地削弱了瓣膜内壁的基质结构,导致了移植物的结构破坏及衰败.从Synergraft瓣膜的事件中认识到猪去细胞瓣膜仍然具有免疫原性,尤其是在儿童患者中这种免疫反应会更强烈.因此对于细胞外基质蛋白引起的免疫排斥反应仍需要进一步的研究.目的:通过生物信息学的方法找到人与猪细胞外基质蛋白的基因序列差异,并制备抗体验证基质的免疫原性.设计、时间及地点:以Ⅳ型胶原基质为观察对象进行人、猪细胞外基质基因差异性的对比研究.于2008-06/2009-05在解放军第二军医大学长海医院胸心外科实验室完成.材料:新鲜猪瓣膜由上海五丰上食肉联厂提供,去细胞猪瓣膜、杂交瘤细胞和单克隆抗体由长海医院胸心外科实验室制备.方法:通过比较人、猪、鼠基因序列之间的相似区域和保守性位点,寻找有进化关系基因序列之间共同的保守区域、位点和序列差异,探索导致它们产生共同功能的基因序列以及基因序列间的差异片段.应用制备的抗猪Ⅳ型胶原单克隆抗体,采用免疫组化染色鉴定猪去细胞瓣膜上的猪瓣膜自身的细胞外基质存留情况.主要观察指标:Ⅳ型胶原基因序列差异分析结果、自制抗体有效性的免疫组化测试、自制抗体对猪去细胞瓣膜Ⅳ型胶原的检测结果.结果:通过基因比对的方法找到了人与猪Ⅳ型胶原的基因序列差异.通过杂交瘤技术成功制备检测细胞外基质的单克隆抗体;用免疫组化的方法检测到猪去细胞瓣膜上有猪的细胞外基质存留.结论:猪去细胞瓣膜支架上检测到有猪的细胞外基质存留,并且具有免疫原性.
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四川省德阳地区慢性乙型肝炎病毒感染者病毒基因型的分布与临床意义
根据HBV全基因组序列差异≥8％或S基因序列差异≥4％,将HBV分为A～I 9个基因型[1-2].HBV基因型呈明显的地域分布,甚至在同一个国家的不同地区基因型分布也有差异;不同HBV基因型在病毒生物学特性方面有各自的特点,与HBV感染相关疾病的进展及预后显著相关,并且与IFNα抗病毒疗效之间也存在一定关系.为此,四川省德阳市人民医院感染科应用型特异性引物PCR法,分析了德阳地区608例慢性HBV感染者的HBV基因型分布并探讨其临床意义.
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丙型和乙型肝炎病毒准种异质性的临床意义
所谓准种是指一群复杂的、不相同的但又密切相关的、呈动态分布的复制体.由于病毒RNA(DNA)聚合酶缺乏校正活性,在复制过程中可发生错配,在体内出现大量基因序列差异而在遗传学上又密切相关的病毒变异体,表现为高度的异质性.
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乙型肝炎病毒基因分型的研究进展
自从1988年Okamoto等首次根据组间全基因序列差异≥8%对HBV进行基因分型以来,对HBV基因分型方法学上的改进、和其所存在的地域性、民族特异性、以及它的临床意义都展开了大量研究,这对从分子水平阐明不同基因型的流行势态,和对其病因学的研究,加强对HBV的防治有重要意义.基因型反映了HBV自然感染史发生的变异特点,是病毒变异进化的结果,对其分型标准的依据是全基因序列同源性≥92%或S基因序列同源性≥96%.大量HBV序列分析工作提示S基因序列稳定,不同基因型各开放读框中S基因异质性大,而同一基因型中的各毒株S基因异质性小,因而S基因适于基因型分型.目前HBV基因型分型方法学有4种,可将其分为A、B、C、D、E、F、G等7种.其分型方法包括1、全基因或S基因测序法,该方法是鉴定基因型的金标准,但工作量大.2、Lindh等创立的S基因的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法,可鉴定89%的基因型,国内文献[1]报道对PCR-RFLP方法进行了改进,可鉴定95%以上的标本,但PCR-PFLP分型法所需时间较长、步骤较多,且遇到混合感染或酶切不完全,就会出现复杂带型,因此目前建立的PCR-PFLP分型方法都不能鉴定100%的标本.3、多引物PCR分型方法[2],它是在对114例HBV全序列进行充分比较分析的基础上,找出每种基因型相对于其他各种基因型的独特序列,并根据这些独特序列设计出6对分别针对性A-F型的诊断引物,利用其仅需一次PCR可得出分型结果,理论上能鉴定100%的标本.4、单克隆抗体酶联免疫吸附法,该方法虽然简便,但要建立一套单克隆抗体则较为困难,且难以从基因水平上对HBV进行分型.HBV的基因型分布在不同地理区域有不同的特点.
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2株枯草芽孢杆菌全基因组重测序分析
目的:研究枯草芽孢杆菌的野生菌株(environmental strain)和驯化菌株(domesticated strain)基因组差异,为后续研究枯草芽孢杆菌分泌抗菌相关物质能力提供数据支持.方法:对2株枯草芽孢杆菌野生菌株Km及CMCC63528进行全基因组测序,并与实验室驯化菌株B.subtilis 168进行序列比较.利用进化树分析菌株的关系;利用皮尔逊相关系数分析菌株间蛋白基因的序列变化关系;用错义突变和同义突变频率计算转化相关基因的序列变化.结果:2株野生菌株与B.subtilis 168相比各有20000多个单核苷酸多态性位点(single nvcleotide polymorphism,SNP),其中9217个SNP是2株野生菌共有的.进化分析发现2株菌属于subtilis亚种,其错义突变基因显著相关,前100个高度变化的错义突变基因有1/3是相同的.2株野生菌中comG operons,comC,comEC和nucA等与转化及分泌相关基因的序列与B.Subtilis 168相比均发生了显著改变.结论:2株枯草芽孢杆菌野生菌株和驯化菌株之间有明显的序列差异,2株野生菌株之间相对于驯化菌株其序列变异的基因高度相关.野生菌株和驯化菌株间与蛋白分泌及DNA提取相关的基因序列变化明显.该数据为研究和改造枯草芽孢杆菌以提高其生产和分泌抗菌物质的能力提供一定的序列依据.
