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小鼠间充质干细胞脂向分化过程中miRNA-143的表达
目的 探讨小鼠间充质干细胞(MSCs)脂向分化过程中miRNA-143 (miR-143)的表达,为阐明MSCs脂向分化的调控机制提供新线索.方法 采用全骨髓体外分离结合差速贴壁法纯化扩增C57BL/6小鼠MSCs,将第5代MSCs采用脂肪细胞分化诱导剂进行成脂诱导.运用miRNA芯片技术比较MSCs组和脂肪细胞组中miR-143的表达,并通过实时定量PCR技术验证.结果 成功分离、纯化和培养MSCs；MSCs经脂肪诱导剂诱导后,胞内大量脂滴形成,油红O染色阳性.MiRNA芯片及实时定量PCR结果均表明miR-143在MSCs脂向分化过程中显著上调(3.73 ±0.42vs1.00 ±0.14,P＜0.01).结论 miR-143可能参与调控MSCs的脂向分化.
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食管癌患者外周血中miR-181b-5p表达水平下降
目的 探讨miR-181b-5p在食管癌患者外周血中表达水平的变化,评价其在食管癌患者的诊断和预后评估的临床意义.方法 收集34例食管癌患者和26名健康志愿者全血标本,分为食管癌组和正常对照组;对白细胞总RNA的miRNA芯片结果进行分析;筛选单一miRNA候选指标并用RT-qPCR法进行验证.结果 与正常对照组相,比食管癌组miR-181b-5p表达水平下调.结论 miR-181b-5p在食管癌中表达下调,可能与食管癌的发生、发展相关.
关键词： 食管癌 外周血 miRNA芯片 miR-181b-5p -
人胰腺癌中miRNA的差异表达及部分功能研究
胰腺癌是一种常见的恶性肿瘤,具有高度侵袭性,它的预后差,患者5年生存率不到5％,因此,对于胰腺癌发病机制及其新的治疗靶点的研究,是众多学者研究的热点.miRNA是由21～25个核苷酸组成的非编码RNA,它作为一种转录后调节分子通过与靶基因的3’-UTR配对,促进mRNA的降解或抑制翻译,从而抑制其靶基因的表达.近年的研究显示,大多数肿瘤都存在miRNA表达谱的改变[1-3],差异表达的miRNA在肿瘤中起到癌基因或肿瘤抑制基因的作用[4-6].胰腺癌同样存在着miRNA表达谱的改变,但关于miRNA与胰腺癌的关系知之尚少,因此研究miRNA在胰腺癌发病机制中的作用具有重要的意义.我们采用miRNA芯片筛查胰腺癌组织与正常胰腺组织中差异表达的miRNA,结果发现了一组在胰腺癌中表达有差异的miRNA,其中上调的miRNA有18个,下调的有14个.根据我们芯片筛查的结果并结合文献报道,我们选择了在胰腺癌中表达显著下调的miR-96、miR-217和表达明显上调的miR-27a进行了功能研究,并分析了它们在胰腺癌的发生、发展过程中可能发挥的作用.
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大鼠肝癌细胞与胚胎肝细胞microRNA差异表达谱的研究
目的 建立大鼠肝癌细胞与大鼠胚胎肝细胞microRNA(miRNA)表达的差异谱,为研究miRNA在肝细胞癌变发生机制中的作用提供新线索.方法 化学致癌剂二乙基亚硝胺(DEN)建立近交系F334大鼠肝癌模型.体外原代培养大鼠肝癌细胞和正常F334大鼠胚胎肝细胞,Trlzol法抽提细胞总RNA,进一步制备Hy3荧光标记的miRNA;利用ExiqonmiRNA基因芯片技术.采用含2056条探针的哺乳动物miRNA表达谱芯片对两组之间差异表达的miRNA进行分析,其实验数据用SAM3.0软件进行差异显著性分析.结果 原代培养可获得稳定传代的肝癌细胞及胎肝细胞,两者在形态上无明显差异;miRNA芯片共获得78个差异表达的miRNAs,其中68个表达上调(foldchange>2),10个表达下调(foldchange<0.5),部分miRNAs与肿瘤关系密切,其中has-miR-21为肝癌癌变相关miRNA.结论 正常肝细胞中存在着与肝细胞癌变及侵袭、转移相关的miRNAs,miRNAs的表达具有明显的时序性,其表达特征的改变可能导致了肝癌的发生.
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食管癌组织中miRNA表达差异研究
目的 探讨食管癌组织microRNA (miRNA)表达的差异,为研究miRNA在食管癌发生、发展中的作用提供新线索.方法 Trizol法抽提食管癌及癌旁组织总RNA,分离miRNA,采用基因芯片技术,将组织中miRNA与哺乳动物miRNA芯片杂交,采用图像软件和SAM version 2.1进行数据分析.结果 与正常癌旁组织相比,有23个miRNAs在食管癌组织中有显著差异,包括18个上调和5个下凋.结论 部分差异表达miRNAs可能参与食管癌癌变分子机制,为进一步探索提供思路.
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基于miRNA芯片的喉咽鳞状细胞癌对TPF方案诱导化疗敏感性相关miRNA的初步分析
目的：运用miRNA芯片筛选与喉咽鳞状细胞癌对TPF方案诱导化疗敏感性相关的差异miRNAs，生物信息学分析确定具有诊疗价值的目标miRNA并进行验证。方法利用Affymetrix GeneChipmiRNAArray4.0芯片对12例TPF方案诱导化疗敏感的原发喉咽鳞状细胞癌患者及9例不敏感的患者的肿瘤组织行差异miRNA的筛选。选择文献中已经报道的和肿瘤发生相关的miRNA作为目标miRNA，并采用RT-PCR在24例原发喉咽鳞癌肿瘤组织（14例敏感，10例不敏感）中验证目标miRNA。结果筛选出24个miRNA在敏感组与不敏感组间表达有显著差异，其中6个miRNA在对TPF方案诱导化疗敏感组中表达上调，18个miRNA表达下调。运用miRNA靶基因预测数据库mirfocus对筛选出的24个差异miRNA进行分析，确定在敏感组中低表达的hsa-miR-211-3p、hsa-miR-4253、hsa-miR-4443、hsa-miR-193b-3p作为目标miRNA。采用RT-PCR对目标miRNA进行验证，hsa-miR-4253、hsa-miR-4443、hsa-miR-193b-3p与芯片筛选结果一致。结论 hsa-miR-4253、hsa-miR-4443、hsa-miR-193b-3p在诱导化疗敏感组与不敏感组间有显著性差异，可作为治疗方案的选择指标，并为进一步研究喉咽鳞状细胞癌对诱导化疗敏感性奠定分子生物学基础。
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红景天苷干预人胚肺二倍体成纤维细胞衰老的microRNA芯片筛选与分析
本文运用microRNA芯片方法检测红景天苷干预人胚肺二倍体成纤维细胞衰老过程中的microRNA表达变化,并预测miRNA调控的靶基因功能与信号通路.将人胚肺二倍体成纤维细胞分为3组:年轻细胞(28PD,young)、近复制衰老(50 PD,old)和红景天苷处理的50 PD细胞(old+SAL),进行miRNA表达谱分析.结果找到43个miRNA与细胞复制性衰老显著相关.58个miRNA在红景天苷干预后表达发生了改变.6个miRNA分子包括hsa-let-7c、hsa-let-7e和hsa-mir-3620表达量在衰老细胞组中表达降低而在红景天苷干预后表达增加,hsa-mir-411、hsa-mir-24-2-5p和hsa-mir-485-3p则表现出相反的趋势.对已经报道过的靶基因进行功能聚类和信号通路分析,靶基因功能明显富集于31个GO,11条信号通路.挑选4个miRNA经RT-PCR验证结果与芯片结果相符.本研究结果为从microRNA水平探讨红景天苷抗衰老机制提供了线索.
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支气管哮喘患者血清相关miRNAs的检测及其意义
目的 探讨支气管哮喘患者血清中miRNAs表达谱改变情况,从中发现与支气管哮喘相关的miRNAs.方法 选择2014年8月～2015年10月在解放军四二一医院确诊的48例哮喘急性发作期患者为哮喘组,另选择同期医院体检科健康体检者40例为对照组.通过miRNA表达谱芯片技术,对两组血清中差异表达的miRNAs进行检测,筛选得到的miRNAs通过实时荧光定量RT-PCR验证.结果 哮喘组患者血清miR-155、miR-150和miR-145的表达明显高于对照组(P＜0.05);而miR-34b-5p的表达则明显低于对照组(P＜0.05).结论支气管哮喘患者血清中miRNAs表达谱发生明显变化,提示血清miRNAs可能作为是支气管哮喘的检测指标,也可能作为未来哮喘治疗的新靶点.
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miRNA-497与miRNA-195基因簇在宫颈癌组织中的表达及预测靶基因的生物信息学分析
目的 探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础.方法 收集2010年3月～2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析.通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO (gene ontology)功能富集分析及信号转导通路富集分析.结果 芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调(均P＜0.05).real-timeRT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关(r=0.983,P＜0.05).miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能(P＜ 0.01);KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路(P＜0.05).结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子.miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中.
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Twist1与Bcl-2协同促进肝癌细胞EMT过程中的miRNA表达谱变化
目的:为研究Twist1和Bcl-2协同诱导上皮间充质转变(EMT)发生直接相关的microRNA(miRNA)提供线索.方法:构建Twist1和Bcl-2表达质粒,单独转染或共转染获得过表达Bcl-2、过表达Twist1和共同过表达Twist 1/Bcl-2肝癌细胞模型,在此基础上结合miRNA芯片分析单独过表达或共过表达Twist 1/Bcl-2可引发的miRNA表达谱变化.结果:共过表达Twistl/Bcl-2可引起肝癌细胞多个miRNA发生明显表达变化,数据结果差异具有统计学意义(P＜0.01).结论:Bcl-2与Twist1协同作用可引起广泛的miRNA发生明显的表达变化进而调控多个下游靶基因活性,从而改变肿瘤的多种生物学行为.
关键词： miRNA芯片 肝癌细胞系HepG2 Twist1 Bcl-2 -
microRNA-125b在Flk1~+脂肪源间充质干细胞向神经分化过程中的表达变化
背景:间充质干细胞的分化受遗传和表观遗传因素的严格调控,越来越多的研究表明microRNA也在这一过程中发挥重要的调控作用.目的:观察microRNA-125b在Flk1~+ 1间充质干细胞向神经细胞分化过程中的表达变化.方法:成人脂肪样品取自15～35岁健康志愿者,贴壁培养法获得间充质干细胞,采用神经诱导培养基对第3代间充质干细胞进行诱导培养.在诱导第0,4,8,12天检测microRNA-125b的表达情况.应用microRNA芯片技术检测间充质干细胞在神经诱导前后microRNA-125b的表达差异并采用反转录-聚合酶链反应和Taqman real-time PCR的方法进行验证.检测inhibitor抑制microRNA-125b表达的有效性.结果与结论:①实验成功诱导间充质干细胞向神经分化,诱导培养后12 d观察到细胞形态发生变化;大部分细胞胞体回缩,呈球形,并有轴突形成,免疫荧光检测结果显示,分化后的细胞表达神经元、星形胶质细胞特征性表面标志.②RT-PCR和Taqman real-time PCR显示神经诱导后microRNA-125b表达明显升高,与microRNA芯片结果一致.③inhibitor可以有效抑制microRNA-125b的表达.提示microRNA-125b可能在间充质干细胞成神经分化过程中起调控作用.
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microRNA在犬心房纤颤模型中的变化
目的 应用miRNA芯片技术研究小分子RNA(miRNA)对犬心房纤颤(AF)的调节作用,发现了AF的新机制,为新药研究提供了新的靶点.方法 将杂种犬随机分为两组,假手术组(n=4);利用高频起搏器对右心耳进行刺激起搏诱发持续性AF组(n=5),取左心房组织常规抽提总RNA,采用含有468种miRNA的芯片检测系统进行miRNA表达谱差异分析.结果 和假手术组相比,AF模型组的miRNA表达谱中差异表达的miRNA共有10个,其中有4个miRNA上调,6个miRNA下调.结论 miRNA参与了持续性AF的调节作用,提示miRNA是抗心律失常药物作用的新靶点.
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肺炎支原体肺炎外周血miRNAs差异表达谱的筛选与验证
目的 筛选肺炎支原体肺炎(MPP)患儿差异表达的血浆miRNAs,并予以验证.方法 入选36例MPP患儿,27例健康对照儿童;对3例MPP患儿及3例对照儿童的血浆样本进行miRNA芯片筛选,获得miRNA表达谱;RT-qPCR法检测全体研究对象外周血白细胞中miR-222-3 p及miR-492的表达量并进行比较.结果 MPP患儿血浆中筛选出26条与对照组有显著差异的miRNAs,其中19条miRNAs表达上调,7条miRNAs表达下调;与对照组比较,MPP组miR-222-3 p及miR-492的表达上调,差异均有统计学意义(P<0.01).结论 MPP患儿部分miRNAs表达有变化,可能参与MPP的免疫发病机制.
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类风湿关节炎患者关节液中miRNA表达谱研究及其临床意义
目的 检测类风湿关节炎(RA)患者与健康对照者关节液中miRNA表达谱差异及临床意义.方法 应用miRNA芯片技术检测3例RA患者和3例正常人关节液中miRNAs表达情况,筛选出表达差异显著的miRNAs,并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证.进一步研究候选miRNA与RA临床和实验室指标的相关性.结果 RA患者关节液miRNA表达谱中23个miRNA较健康对照者发生显著改变.qRT-PCR检测结果与芯片结果相符.RA患者与健康对照者关节液中miR-146a的表达差异为显著.Pearson相关分析显示,RA患者关节液中miR-146a的表达与类风湿因子(RF)和DAS28评分呈正相关.ROC曲线分析结果显示,miR-146a曲线下面积(AUC)为0.71,关节液miR-146a预测RA的灵敏度为85.29％,特异度为61.54％.结论 RA患者关节液与健康人关节液存在表达差异显著的miRNAs.miR-146a在RA患者关节液中表达显著升高,其水平与RA的临床和实验室指标存在显著相关性.
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microRNAs在胸腺上皮性肿瘤中的差异表达
目的 微小RNA(microRNAs)在多种肿瘤发生发展中具有重要作用,但在胸腺上皮性肿瘤中的研究较少.文中旨在研究microRNAs在胸腺上皮性肿瘤(B3型胸腺瘤与胸腺癌)中的表达谱及其意义. 方法 收集南京军区南京总医院病理科2012年1月至2015年1月间的手术切除B3型胸腺瘤3例(对照组)及胸腺鳞状细胞癌3例(病例组),做基因芯片研究.将病例组与对照组数据相比,计算出各miRNA的差异倍数,筛选出上调与下调的miRNA.通过预测网站预测其靶基因,结合文献检索出与胸腺相关的基因. 结果 B3型胸腺瘤与胸腺鳞状细胞癌对比发现,32种差异表达miRNAs在胸腺癌中上调,包括miR-125b-1-3p、miR-3175、miR-4462等;19种差异表达miRNAs在胸腺癌中下调,包括miR-361-5p、miR-130a-3p、miR-3651等.miR-377-5p的靶基因包括AKT1、C9、CD19、CDC42、LSS、MYC;miR-485-5p的靶基因包括ADCYAP1R1、ASPA、CAD、CD63等;miR-183-5p的靶基因包括AKAP12、CD28、FOXP1、MDM4等. 结论 筛选出B3型胸腺瘤与胸腺癌中的差异表达miRNAs,通过预测软件预测这些miRNAs的靶基因,可以为胸腺上皮性肿瘤的进一步治疗提供了有效的依据.
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胃癌组织microRNA表达谱检测及生物信息学分析
目的 探讨微小RNA(microRNA,miRNA)在胃癌组织中的表达特征.方法 采用Exiqon miRNA芯片检测3对胃癌组织及其配对正常胃黏膜组织中miRNA差异表达情况,随机选取10个上调或下调差异表达的miRNA应用qPCR技术验证;应用生物信息学分析差异表达的miRNA及其靶向基因在胃癌发生、发展中的作用.结果 芯片结果显示,在3对胃癌组织中有111个miRNA出现差异表达(差异倍数＞2,P＜0.05),其中上调表达95个,下调表达16个.进一步行qPCR验证的10个miRNA的表达情况与miRNA芯片结果一致(P =0.040).聚类分析显示胃癌组织与癌旁组织存在明显的差异表达,基因本体(gene ontology,GO)及pathway分析显示差异表达的miRNA涉及胃癌的凋亡、周期转换、分化、侵袭、转移及各种肿瘤通路的激活等.结论 胃癌组织中miRNA存在异常表达,可能涉及胃癌的发生、发展.
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补肾方含药血清处理的大鼠成骨细胞miRNA差异表达
目的 筛选补肾方含药血清干预的大鼠成骨细胞中差异表达的miRNA,为补肾方治疗骨质疏松症提供可供选择的目标miRNA,以探讨其通过调控靶基因表达发挥治疗效应的机制.方法 经细胞性状鉴定的原代大鼠成骨细胞用含药血清干预,采用miRNA芯片检测补肾方含药血清干预3 d与干预1 d的成骨细胞miRNA表达水平,并挑选差异表达2倍以上的miRNA进行定量PCR验证.结果 培养的原代细胞具有典型的成骨细胞性状特征.与对照血清相比,补肾方含药血清干预3 d的成骨细胞共有24个2倍以上表达差异的miRNA,其中上调的16个,下调的8个.差异表达2倍以上的miRNA定量PCR结果与芯片数据一致.结论 补肾方通过成骨细胞中差异表达的miRNA调控靶基因改善骨质疏松症.
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miRNA表达谱改变与卵巢癌转移潜力相关性的研究
目的:探讨卵巢癌转移的相关机制,检测有不同侵袭力卵巢癌细胞的miRNA差异表达谱.方法:应用包含924条成熟miRNA探针的哺乳动物miRNA芯片V3.0杂交检测具有不同侵袭力的人卵巢乳头状腺癌SKOV3.ipl细胞与其母系SKOV3细胞miRNA表达谱的差异,并与cDNA芯片基因检测结果进行比对分析.结果:miRNA芯片检测到39个2倍以上差异表达miRNA,对比SKOV3细胞,SKOV3.ipl细胞中有11个miRNA表达上调和28个miRNA表达下调,其中包括了hsa-miR-200a/b、-10b、-34a、-224、-148a等已知与侵袭转移相关的重要miRNA.比对cDNA芯片检测结果,提供了TGFBPl、VEGFB、NME1等重要侵袭相关基因可能调控miRNA的机制.结论:卵巢癌侵袭转移过程中,多个miRNA参与其中,担当重要的调控作用.miRNA有望成为卵巢癌转移的标记物和治疗的靶点.
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食管鳞状细胞癌转移相关miRNAs差异表达谱分析
目的 应用microRNA表达谱芯片技术,选取有详细临床病理数据及随访资料的食管鳞状细胞癌组织及相应正常食管粘膜组织,分析食管鳞癌患者有淋巴结转移组和无转移组差异性表达的miRNA.方法 选取10例新鲜冻存的食管鳞癌组织及其相应的正常食管粘膜组织,使用microRNA芯片(miRCURY LNA microRNA芯片,Exiqon公司),筛选出食管鳞状细胞癌组织中差异表达的miRNA并进行聚类分析；运用实时定量逆转录聚合酶链反应(real time RT-PCR)验证结果的可靠性；后通过生物信息学分析预测其靶基因.结果 有淋巴结转移组与无淋巴结转移组相比较,差异表达的miRNA共有40个,其中表达上调者miRNA 22个,表达下调者miRNA 18个,经过聚类和PAM分析及real-time RT-PCR技术验证,筛选出二个具有组织特异性表达的miRNAs(miRNA-612和miRNA-583).miRNA-612的表达上调及miRNA-583的表达下调在有淋巴结转移和无淋巴结转移食管癌中差异具有显著意义.结论 通过miRNA芯片发现的相关差异性表达的miRNA,有可能成为食管鳞状细胞癌淋巴结转移特征性的分子标志物,并为进一步认识和研究miRNA在食管鳞癌发生发展中的作用,寻找并鉴定与临床诊治相关的靶分子奠定基础.
关键词： 食管鳞状细胞癌 淋巴结转移 miRNA miRNA芯片 实时定量RT-PCR -
子宫内膜样腺癌组织中microRNA差异表达谱分析
目的 探讨子宫内膜样腺癌组织与正常内膜组织中的microRNA(miRNA)表达谱及表达差异,分析差异miRNA在子宫内膜样腺癌发病过程中的作用.方法 使用microRNA芯片筛选出子宫内膜样腺癌组织中差异表达明显的miRNA,使用实时定量逆转录聚合酶链反应(real time RT-PCR)验证后,通过预测网站预测其靶基因.应用微阵预测分析(PAM)工具预测一组可用于区分不同分化子宫内膜样腺癌的miRNA.结果 共有18个minRNA在子宫内膜样腺癌中表达明显上调,31个明显下调.PTEN、FOX家族等52种基因被预测为差异表达的miRNA的靶基因.mir-200c等9种miRNA被预测为一组可区分不同分化子宫内膜样腺癌的生物标记.结论 筛选出多种子宫内膜样腺癌中有特殊研究价值的miRNA预测靶基因,为子宫内膜样腺癌的进一步研究提供了有效的依据.
