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乙型肝炎病毒基因前C区热点变异及其意义
乙型肝炎病毒(HBV)基因组变异在病毒感染过程中扮演着非常重要的角色,曾经一度成为肝炎研究的一个热点,其中前C区热点变异是变异研究的重点.本文就HBV前C区基因的结构功能、热点变异发生的可能机理及与临床的关系等有关研究情况作一简述.
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塞拉利昂埃博拉病毒的遗传多样性和进化动态研究
截至2014年3月,新型埃博拉病毒(EBOV)在西非已被确诊感染超过2.5万例,造成超过1万例死亡。针对2014年3月至6月在几内亚和塞拉利昂分离的81株EBOV的基因序列初步分析显示,2014年EBOV来源于天然宿主的一个独立传播事件,通过人传人的模式进行持续感染。Tong等详细描述从2014年9月28日至11月11日在塞拉利昂5个严重受灾地区提取的175株EBOV全长基因组序列,并发现从2014年7月到11月EBOV出现多个新的谱系,有更强的亲缘关系,遗传多样性急剧增加。EBOV基因组变异可能会影响以序列为基础的病毒检测和候选治疗方案,而该研究提供的数据将有助于国际社会开发疫苗和治疗方案。
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竹花叶病毒卫星RNA分子特性、基因组变异及其在生物防治上的应用
病毒虽然需要依赖寄主细胞才能存活,但却有许多亚病毒分子为其寄生物,这些亚病毒分子需要辅助病毒来帮助其复制与包被.卫星病毒(satellite virus)、卫星RNA(satellite RNA)和类病毒(viroid)是目前所知分子小的生物实体(biological entity).多数卫星病毒与植物病毒相关,少数与噬菌体或动物病毒相关,如腺病毒的卫星病毒.卫星病毒可分为两大类,一类可编码自身的衣壳蛋白(capsid protein),另一类为卫星病毒RNA分子(曾被称为virusoid),需利用辅助病毒的衣壳蛋白.卫星病毒基因组为长度约0.5~2kb的单链RNA,与辅助病毒基因组无同源性,复制时常干扰辅助病毒的增殖.
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DNA拷贝数变异及其研究进展
人类基因组变异有多种形式,例如单核苷酸多态性(SNPs)、可变数串联重复序列、转座因子的有无以及结构变异。在基因组中这些变异普遍存在并且广泛分布,个体间表型差异和许多遗传病及一些疾病的易感性被认为是由这些变异造成的。
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微阵列测序——新的高效分子诊断技术
Diamandis EP [Chini Chem(临床化学),2000,(46)10:1523-1525] 核酸测序于1980年获得诺贝尔化学奖并由此而成为一项基本技术。该方法可高度准确地描绘DNA序列。自70年代以来,该方法经历了许多重大改进,其中包括长片段(每次分析可至1 000 bp)、更好的准确性(因使用了高通用且耐热的测序酶)、改进热循环程序而提高灵敏度(线性扩增)、完全自动化、较高的速度(因使用了薄层凝胶)、用荧光和其他探针代替了放射性探针。从而使科学家们可以去做15~20年前不可想象的事情,即描绘人类基因组的全序列(~3×109 bp)以及其他生物基因组。过去数年,已经搞清简单以至复杂生物的全部序列,如近的果蝇基因组。目前,已接近完成整个人类基因组计划,标志着在DNA测序方法学上所取得的成就。 我们几近了解人类和生物的全部DNA序列,随之出现的问题是:如何使用这些信息。下一步将是对人类基因组的全部注释,包括将DNA序列分类为明确的基因结构,再预测和证实其编码的蛋白质及可能的生物学(生理学)功能。此后就可提问,某些基因中的基因组变异(多态性、突变)如何引起或易患某种疾病(病理生理学)。现有很多基因微小改变而引起严重疾病的例子,包括囊性纤维化、各种类型的贫血、早发的动脉粥样硬化、癌症、神经退行变病、自身免疫和免疫缺陷综合征等。随着对人类基因组序列认识的增加,对变异相关性疾病也会知之越多。很多研究者和公司已着手鉴定人类基因组内的所有单核苷酸的多态性。 可以期望以测定人类基因组内特定DNA变异来诊断、预后、预防和治疗疾病。将如何达到这些目标呢?目前的测序技术足够完成这些任务吗?能快速而廉价地描绘个体的全部基因组以确定与疾病相关的基因变异吗?
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乙型肝炎病毒基因分型的临床意义
虽然近年来对乙型肝炎病毒(HBV)基因组变异已进行了较为系统的研究,但仍有许多问题尚未解决.目前研究的热点集中在HBV基因型的特点及临床意义和HBV聚合酶基因变异与核苷类似物耐药性的研究.根据聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)基因型分型法,目前已将前-S基因分为A,B,C,D,E,F,G,H八种基因型.现就HBV基因型分型方法,基因型与肝炎疾病的关系、预后以及与干扰素、拉米夫定等抗病毒疗效相关性的研究作一综述.
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HIV基因结构及遗传信息传递研究
人类基因组计划接近完成,随后的基因组后计划是进一步寻找和确定大量致病基因并了解其功能,这要求我们进一步研究像HIV、HBV等病原体的基因结构和特点,基因组的表达和调控,从基因序列构成,染色体定位,基因组变异等方面入手,为抗HIV治疗开辟一条新途径.
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乙型肝炎病毒基因组变异与隐匿性感染的关系研究进展
乙型肝炎病毒(HBV)感染是一个严重的全球性问题,我国是HBV的高感染地区,约1.2亿人携带HBV,其中约1/4的人终将发展为慢性肝病,包括肝硬化和肝癌,严重威胁人民健康.多数HBV感染无明显临床症状,血清HBV表面抗原(HBsAg)阳性和病毒血症是HBV感染的主要证据.血清HBsAg阴转及抗-HBs的出现一直被认为是HBV清除和临床痊愈的标志.但随着HBV-DNA检测技术灵敏度和特异度不断提高,在HBsAg阴性、但抗-HBs阳性者的血清中也可检测到HBV DNA.越来越多的资料表明,在一些HBsAg阴转的急性自限性乙型肝炎或慢性HBV感染者、以及经抗病毒治疗的乙型肝炎患者中,血清或肝脏组织中均可检测到低水平的HBV DNA.此类血清HBsAg阴性,但HBV DNA阳性者称为"隐匿性HBV感染"(Occult HBVInfection)[1].隐匿性HBV感染是HBV感染的特殊形式,可通过输血、器官移植及血液透析等造成HBV传播,并与慢性肝病、肝细胞癌及慢性HCV感染密切相关.因此对于其发病机制的研究很重要.病毒变异可能是病毒低水平复制和HBsAg表达和/或分泌障碍的重要原因.现就病毒基因组变异与HBV隐匿性感染关系研究进展综述如下.
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过敏性疾病易感基因研究方法进展
过敏性疾病是多基因遗传和多环境因素相互影响的结果[1-3]。根据新的世界过敏组织的报告:过敏性疾病在全球的高发病率和高死亡率给健康预算带来了巨大的负担。阐明过敏性疾病的发病机制,和提出有针对性、有效的治疗方案是迫切需要解决的问题。2001年公布人类基因组序列草图后,更多的目光聚焦在个体之间的基因组变异上,大量关于过敏性疾病易感基因的研究陆续展开。用于发现过敏基因的各种手段随着时间的推移而演变,各种基因分型技术提供的数据越来越多,成本越来越低。当我们开始采用21世纪的新技术如下一代全基因组测序技术,基因的发现将不再局限于基因分型技术,而是依赖计算机和生物信息处理系统,解释这些庞大的数据成了新的需要解决的问题。这一节我们将回顾性地总结这些研究策略。
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单核苷酸多态性在肾脏病研究中的应用前景
人类基因组是一个稳定的体系,同时也是一个变异的体系.基因组结构的稳定性保证了人类作为一个物种的共同性和稳定性,基因组序列的可变性形成了不同种族、群体和个体间基因组的多态性.随着人类基因组计划的进展,研究基因组中的序列变异即DNA多态性成为必然,并日益显示出其重要意义.在基因组变异中,除了微卫星DNA多态性外,常见的一种形式为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),约占人类DNA多态性的90%以上.SNP在群体遗传学、遗传性疾病、肿瘤和药物开发等研究中具有重要的应用价值,因此寻找研究SNP已成为人类基因组计划的内容和目标之一[1].目前许多国家斥巨资用于SNP的研究[2,3],并建立了SNP数据库[4,5].
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食管癌基础研究进展及临床应用前景
中国人食管癌在流行特征、组织学发生和发病危险因素等方面与西方发达国家人群存在巨大差异,由此导致中西方食管癌研究关注的科学问题、研究思路和临床需求也明显不同。因此,中西方食管癌研究成果相互借鉴和共享也较少。本文围绕中国人食管癌遗传高易感性(易感基因)和食管鳞状上皮癌变分子基础新进展及其临床应用前景做一简要阐述。
关键词: 食管鳞癌 易感基因 基因组变异 精准医学 环境和遗传因素交互作用 -
单核苷酸多态性及其数据库
随着人类基因组研究计划(human genome project, HGP)DNA序列测定工作的快速发展,研究人类基因组变异的重要性日益突出.将人类DNA变异的数据收集整理和建立起数据库,不仅可以用于研究人类的起源、进化以及现代人群遗传变异的发展机理,而且为检测与疾病、尤其是肿瘤和复杂性疾病如糖尿病、肥胖症、高血压和老年痴呆症等相关的基因提供了基础.基因组变异常见的一种形式是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP).近两年来,美国、欧洲、日本和中国相继建立了SNP数据库.现就对SNP的研究近况和SNP数据库的建立与发展进行综述,对SNP数据库的应用价值和目前存在的问题加以讨论,并且在此基础上分析了研究中国人群基因组变异和发展具有中国特色的SNP数据库的必要性.中国是世界上人口多的国家,建立中国人群特有的SNP资料库,不仅可以为研究中国人群基因组变异及其与复杂性疾病的相关性提供迅速可靠的情报,同时还将为发展新的医药产品提供科学的依据,并为全人类基因组变异的研究提供近1/5的资料.