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微阵列测序——新的高效分子诊断技术
Diamandis EP [Chini Chem(临床化学),2000,(46)10:1523-1525] 核酸测序于1980年获得诺贝尔化学奖并由此而成为一项基本技术。该方法可高度准确地描绘DNA序列。自70年代以来,该方法经历了许多重大改进,其中包括长片段(每次分析可至1 000 bp)、更好的准确性(因使用了高通用且耐热的测序酶)、改进热循环程序而提高灵敏度(线性扩增)、完全自动化、较高的速度(因使用了薄层凝胶)、用荧光和其他探针代替了放射性探针。从而使科学家们可以去做15~20年前不可想象的事情,即描绘人类基因组的全序列(~3×109 bp)以及其他生物基因组。过去数年,已经搞清简单以至复杂生物的全部序列,如近的果蝇基因组。目前,已接近完成整个人类基因组计划,标志着在DNA测序方法学上所取得的成就。 我们几近了解人类和生物的全部DNA序列,随之出现的问题是:如何使用这些信息。下一步将是对人类基因组的全部注释,包括将DNA序列分类为明确的基因结构,再预测和证实其编码的蛋白质及可能的生物学(生理学)功能。此后就可提问,某些基因中的基因组变异(多态性、突变)如何引起或易患某种疾病(病理生理学)。现有很多基因微小改变而引起严重疾病的例子,包括囊性纤维化、各种类型的贫血、早发的动脉粥样硬化、癌症、神经退行变病、自身免疫和免疫缺陷综合征等。随着对人类基因组序列认识的增加,对变异相关性疾病也会知之越多。很多研究者和公司已着手鉴定人类基因组内的所有单核苷酸的多态性。 可以期望以测定人类基因组内特定DNA变异来诊断、预后、预防和治疗疾病。将如何达到这些目标呢?目前的测序技术足够完成这些任务吗?能快速而廉价地描绘个体的全部基因组以确定与疾病相关的基因变异吗?
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髓系白血病细胞DNA双链断裂修复精确性的检测
DNA修复机制对于维持生物基因组的完整发挥着关键性的作用.DNA双链断裂(DSB)是一种严重的DNA损伤,不能修复或不恰当的修复会造成基因变异,增加基因组的不稳定性,从而导致肿瘤的发生或细胞的死亡.
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微生物基因组研究进展
微生物基因组研究近年来发展很快,借助基因测序技术已完成多种微生物基因组测序.原核细胞生物基因组与真核细胞基因组具有各自特点.许多由基因控制的细菌遗传性状与细菌毒力有关,选择合适的靶基因研究可用于发展疫苗和开发新的诊断工具.同时,加快基因组功能性研究迫在眉睫.
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RNA干扰在肿瘤治疗中的应用
RNA干扰(RNA interference,RNAi)是一种在动植物中广泛存在的序列特异性转录后水平的基因沉默过程,由与靶基因同源的dsRNA所启动,是生物基因组抵抗病毒之类的外来遗传元件入侵的一种生物保护机制[1].华盛顿卡耐基研究院的Fire和马萨诸塞州大学的Mello因阐明RNAi机制而荣膺2006年度诺贝尔奖.快速发展的RNAi技术为恶性肿瘤机制的研究提供了有力工具,同时也推动了以该技术为基础的肿瘤治疗策略(RNAi-based therapy)的研发进程.本文就该领域的研究进展作一综述.
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新一代高通量测序技术及其临床应用前景
自1987年美国Applied Biosystems (ABi) 公司推出第一台自动化测序仪-ABi370以来,Sanger测序法以其可靠、准确、读长高等优点而得以迅速发展,并被广泛运用于科研和临床工作.但Sanger测序法的局限性在于对电泳分离技术的依赖,以及无法再进一步地扩大并行和微量化,造成该技术对不同生物基因组进行序列测定的规模限制和代价高昂,绘制第1张人类基因组图谱前后共耗费13年时间,显然不是一个临床所能接受的速度.