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分子分型技术在结核病流行病学研究中的应用价值
结核病是严重威胁人类健康的传染病,近年来,由于结核菌耐药性增强,以及不少国家和地区忽视对结核病的控制,使全球结核病的流行非常严重,结核病再次成为一个严重的全球性公共卫生问题.流行病学研究是控制结核病的重要环节.监测感染的爆发以追踪某种特定结核菌菌株的传播是控制结核病的有效手段,受感染个体的菌株分型在追踪传染源方面起重要作用.
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以PCR为基础的结核分支杆菌DNA分型技术及其应用
1998年结核分枝杆菌标准菌株H37Rv基因组测序工作宣告完成,这就为建立分子生物学方法鉴定结核分枝杆菌并对其分型提供了更有力的依据.H37Rv整个基因组由4,411,529对碱基组成,含有约4000个基因,整个基因组内有56个区与插入序列(ISs)同源[1].
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间隔区寡聚核甘酸分型技术(spoligotyping)的建立及其对结核分支杆菌菌株北京基因型的初步鉴定
目的:建立一种以PCR为基础的结核分支杆菌DNA指纹技术,即间隔区寡聚核甘酸分型技术(Spoligotyping),研究该方法在结核分支杆菌北京基因型鉴定中的应用,并探讨该方法在结核分支杆菌流行病学中的应用.
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三色流式细胞术在检测人外周血CD4+CD25+CD62L+调节性T细胞的应用
随着流式细胞术(FCM)在淋巴细胞亚群分析及免疫状态分型技术领域的应用日益成熟,多参数FCM分析,已能区分不同的细胞亚群,由间接免疫荧光标记法,过渡到采用直接免疫荧光标记且从单色荧光发展到双色及多色荧光标记.
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MiR-196 a2 rs11614913 T/C基因多态性与类风湿关节炎遗传易感性的研究
miRNA 组成的一系列非编码RNAs,通过集合目标mRNA 3′端,进而促进或者抑制目标 mRNA表达. 本研究中,我们采用以医院为基础的病例-对照研究,运用48-SNP体系的SNPscanTM高通量SNP分型技术,对miRNAs家族中的一员miR-196a2 rs11614913多态性与类风湿关节炎( RA)遗传风险相关性进行探讨.
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27株儿童多重耐药肺炎链球菌的基因型分析
肺炎链球菌是引起社区呼吸道感染的主要病原菌,在0~5岁儿童中可导致肺炎、中耳炎、脑膜炎等.国际通用多位点序列分型技术(MLST)进行克隆株的鉴定分析,用于对耐药菌的长期监测和不同实验室比较.但国内此种研究数据非常有限.我们选取27株多重耐药肺炎链球菌进行多位点序列分型,以了解其分子分型特征及与耐药播散的关系.
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普及WHO(2008)造血与淋巴组织肿瘤新分类标准的几点意见
2008年WHO造血与淋巴组织肿瘤新分类标准是采用MICM分型技术,引用了2510篇文献,经22个国家130多位顶级专家深思熟虑、反复讨论研究,在2001年分类基础上而制定的,具有科学性和权威性[1].这一新分类标准内容全、资料新,是一部适宜在国际上通用的版本,应在国内大力普及和推广.目前国内部分实验室正在学习、掌握和运用新标准,对了解国际造血与淋巴组织肿瘤动态,统一国际标准,制定国内标准,促进国内外学术交流起到了促进作用.但有些实验室仍使用血液系统肿瘤诊断曾推行过的FAB协作组形态学分型方案.为了尽快实现与国际新分类标准的接轨,笔者现提出以下几点意见,愿与同行共同探讨.
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重复序列引物聚合酶链反应在医院感染流行病学调查中的应用
随着医学治疗手段日益增多和细菌耐药株逐年增加,医院感染的暴发流行时有发生.绿脓假单胞菌由于在外界生长繁殖分布广泛,耐药性强,已成为当今医院尤其是重症监护室(ICU)医院感染主要病原菌之一[1].重复序列聚合酶链反应(rep-PCR)是一种新型基因分型方法[2,3].本研究通过优化反应体系,建立自己实验室绿脓假单胞菌rep-PCR分型技术,并对上海市某医院同一时期ICU病人及相关呼吸机的螺旋管、储水池及湿化器采样分离得到的绿脓假单胞菌株进行分型,并与同一时期其他病区菌株相比较.
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应用单克隆抗体技术研究淋病奈瑟菌外膜蛋白
淋病奈瑟菌细胞的外膜蛋白I(outer membrane protein I,PI)是淋病奈瑟菌抗原的重要组成部分,也是其血清学分类的重要物质基础,PI可分为低分子量的PI-A和较高分子量的PI-B两类. 本研究应用单克隆抗体分型技术对2000年1月-2001 年10月门诊分离的淋病奈瑟菌进行了外膜蛋白抗原性测定.
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分子流行病学在低收入、高负担国家的作用
分子流行病学的出现已经有约20年的历史,其出现的标志是1991年第1个分子菌株分型技术的问世.之后,很多种用于分型的替代技术被开发出来,并被不同程度的应用,其中基于IS6110的RFLP指纹技术、spoligotyping和MIRU-VNTR分型技术已经成功地发展为非常有价值的工具,用于监测和了解疾病在宿主人群中的发病过程.
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采用基因分型技术分析家庭内结核病的传播
由于结核病的潜伏期较长,传统的流行病学方法对其传染源的追踪和传播规律的认识有一定的局限.20世纪90年代以来,用基因分型技术鉴别不同的结核分枝杆菌,并与传统流行病学结合而建立的分子流行病学方法,使人们对结核病的传播有了新的认识.我们采用基因分型法对一个家庭内结核病传播病例进行分析,探讨传统流行病学与分子生物学对于传染源判定的差异.
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复发肺结核患者再感染病原学研究带给我们的启示
本期发表的梅建等[1] <原发性耐药是耐药结核病产生的重要原因>和沈国妙等[2]<利用结核分枝杆菌基因型分型技术研究外源性再感染在结核病复发中的作用>二文,会令我们对肺结核复发患者再感染的病原学产生新的认识.
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新疆地区维汉民族CD14启动子-159位点基因多态性与冠心病的相关性研究
白细胞分化抗原14(CD14)是近年备受关注的一种多功能炎性细胞因子,在动脉粥样硬化过程中起着重要作用.本研究采用PCR-RFLP核苷酸分型技术,研究CD14启动子-159位点多态性与冠心病的关系.
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结直肠癌全基因组关联研究现状
结直肠癌是常见的恶性肿瘤之一,其发病率在世界范围内居第三位.2005年以来,随着人类基因组计划和人类基因组单体型图计划的相继完成[2-3],高通量基因分型技术的飞速发展[4]、统计学方法和统计分析软件的不断完善[5],全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWAS)方法被逐渐应用到肿瘤等多种疾病的遗传学研究中,取得了一系列研究成果.本文就结直肠癌的全基因组关联研究做如下综述.一、GWAS的概念GWAS是一种对全基因组范围内的常见遗传变异——单核苷酸多态性( Singlenucleotide polymorphism,SNP)进行总体关联分析的方法,在全基因组范围内选择遗传变异进行基因分型,比较病例组和对照组之间每个变异频率的差异,计算变异与疾病的关联强度,选出相关的变异进行验证,并终确认与疾病相关的SNPs[6].如果某个SNP的等位基因或基因型在病例组中出现的频率明显高于或低于对照组,就认为该SNP与疾病间存在关联性.然后根据该SNP在基因组中的位置和连锁不平衡关系推测可能的疾病易感基因.
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分型技术在医院感染监测中的应用
医院感染是指住院患者或医院工作人员在医院内获得并产生临床症状的感染.因引起医院感染的病原菌既可以来自患者自身的菌群-内源性感染,也可以来自其他患者或经由医护人员的中介作用而获得-外源性感染.另外,很多病原菌易发生变异及具有对抗菌药物多药耐药等特征.因此,寻找快速、准确、简便和可靠的分型技术,是分析病原菌来源及传播途径的首要任务,是进行医院感染监控的前提.笔者将分型技术在院内感染中的应用做一综述.
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人乳头瘤状病毒检测分型技术进展
子宫颈癌是妇科常见的恶性肿瘤,目前的流行病学证据已证实特定型别的人乳头瘤状病毒(HPV)感染是子宫颈癌发生的必要条件,所以,运用准确高效的人乳头瘤状病毒检测分型技术进行病毒分型检测,对子宫颈病变的早期发现和预防十分重要.人乳头瘤状病毒检测分型技术包括直接核酸探针技术、信号放大技术和靶向扩增技术三类,目前被广泛使用的是靶向扩增技术,主要有INNO-LiPA HPV检测技术、Linear array HPV分型技术、Microarray芯片技术和HPV DNA芯片技术;此外,基于竞争性杂交和等位基因特异延长的HPV分型技术与前哨碱基HPV DNA分型技术等也被应用于临床研究中.这些技术灵敏度、特异度高,能对多重病毒感染进行检测,其缺点包括对实验条件要求高,检测成本较高等.因此,目前研究的重点是开发出一种低成本、适合大多数国家进行临床检测和流行病学筛查的病毒分型技术.
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流式磁珠反向SSOP杂交法误判HLA基因型的原因分析(附4例报告)
目前对人类白细胞抗原的基因分型技术有多种,包括序列特异性引物-聚合酶链反应(polymerase chain reaction with sequence-specific primers,PCRSSP),多聚酶链反应序列特异性寡核苷酸探针(PCR-sequence specific oligonucleotide probe,PCRSSOP)杂交法,基因芯片法和DNA直接测序法(sequence-based typing,SBT).基于Luminex的流式磁珠反向SSOP杂交法具有快速、高准确率、高通量、重复性好等优点,已广泛应用于骨髓库的大样本分型工作[1,2].我们使用流式磁珠反向SSOP法(One Lambda,美国)和DNA测序法(Atria,美国)法同时对临床1000例高分辨分型样本分型时,发现4例样本的SSOP分型结果与DNA测序结果不符,用另一种HLA高分辨试剂(Protrans,德国)对这4例样本进行验证,证明是SSOP误判,为分析误判原因,对本4例样本用相同批号的SSOP试剂进行复试,分析结果,报告如下.
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第二代法医DNA指纹的研究
1985年英国科学家Jeffreys等人应用基于限制性片段长度多态性的多基因座探针技术(DNA fingerprinting,DNA指纹),克服了传统法医物证检验鉴别机率低的缺陷,使法医学个人识别和亲子鉴定实现了从只能排除到高概率认定的飞跃,标志着法医物证检验技术新纪元的开始.然而,DNA分型技术作为一种崭新的科技手段应用于法庭审判,在世界各国引起了巨大的争论与关注.近年研究证明,应用Jeffreys的DNA指纹法进行法医物证检验有一定限制.DNA指纹分析在标准化方面的困难和对检材需求量的苛求,至今难以克服.加之,DNA指纹分析无法确定每条谱带的染色体定位以及各位点之间的独立性,其概率计算至今仍有争论.因此,大多数国家转向了以单基因座多态性为基础的DNA分析技术.
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单核苷酸多态性研究在职业卫生中的应用现状和展望
当职业人群暴露于各种有害因素时,不同个体即使在相同或相似程度的暴露下也有不同的健康损害效应,以往的研究表明这种易感性的差异是由各自的遗传背景所决定.对职业人群遗传易感性的探讨一直是职业卫生领域的研究热点,随着人类基因组计划的完成和功能基因组学的不断深入,基因分析技术和生物信息学获得了飞跃发展.功能基因的完整序列和变异信息可在各大生物信息数据库中获得;同时,各种基因分型技术层出不穷,极大地满足了高通量和多位点基因分型的要求.我们拟从单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisns,SNPs)在职业卫生中的研究进展和当前存在的问题作一综述和展望.
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造血干细胞移植配型中HLA分型方法的研究进展
移植物抗宿主病(GVHD)是造成异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)和器官移植失败的关键因素之一,而移植前选择供受体HLA合适的配型则是减弱和减轻移植排斥反应的重要措施.随着无关供受体移植数量的逐年增加以及HLA新等位基因的不断发现(已发现1900多个等位基因),势必要求建立一种快速、特异、高分辨、低成本、大规模及智能化的新型HLA分型技术平台,因此,HLA分型技术为适应这一现状而取得了飞速发展.我们对近年出现的几种HLA分型策略作一概述.