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组织相容性复合体DQ异二聚体与I型糖尿病的相关性
I型糖尿病是一种多基因遗传的慢性自身免疫性疾病,组织相容性复合体(HLA)构成其遗传因素的60%,是I型糖尿病的主效基因。研究资料表明:HLA-Ⅱ类基因区DQA1基因编码的DQα链第52位和DQB1基因编码的DQβ链第57位氨基酸残基的性质是I型糖尿病易感性的决定因子;由于DQα链和DQβ链形成的异二聚体与I型糖尿病存在着易感相关性,而且这种相关性存在一定的人种差异。中国人无此方面的研究报道,因此本课题应用聚合酶链反应和斑点杂交技术对研究对象的HLA基因进行分型并对中国人HLA-DQ异二聚体与I型糖尿病的易感相关性进行了研究。 本课题选取54例I型糖尿病患儿为实验组,患儿均符合WHO I型糖尿病诊断标准,且均为汉族人。选取40例健康成年献血员为正常对照组。首先从研究对象的外周静脉血中提取基因组DNA,用聚合酶链反应(PCR)技术特异性扩增HLA-DQA1,DQB1基因的第二外显子区,然后用地高辛标记的序列特异性寡核苷酸探针进行斑点杂交从而对HLA基因进行分型。DQA1,DQB1引物的扩增产物分别为229bps和214bps。本课题选用的9种探针分别为:DQA1*7504、5503、5502、4102,DQB1*3702、5707、5703、7005、2301。 本课题研究结果表明(表1):DQA1*0501/DQB1*0201二聚体(病人组50%相对于正常对照组的20%)和DQA1*0301/DQB1*0201二聚体(病人组44.4%相对于正常对照的10%)在病人中的频率显著增加:DQA1*0103/DQB1*0601(P/P)二聚体在对照中的频率显著增加(病人组1.85%相对于正常对照的22.5%);其余二聚体在病人及对照中的频率分布无显著性差异。 DQα/β异二聚体是指由HLA-DQA1/DQB1基因组合编码的产物组合而成的Ⅱ类分子。DQA1*0501-DQB1*0201基因组合位于DR3单倍型上,本研究中,该基因组合与I型糖尿病易感性显著正相关。DQA1*0301-DQB1*0201基因组合常出现于中国人的DR3/DR4和DR3/DR9杂合子中,本研究中,该基因组合对I型糖尿病构成显著的易感性,与白人,日本人结果一致。DQA1*0103-DQB1*0601基因组合位于DR2或DR8单倍型上,在日本人及本次研究的中国北方人中,该基因组合均对I型糖尿病构成显著的保护性。
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序列特异性寡核苷酸探针基因分型在造血干细胞与肾脏移植中的应用
异基因造血干细胞或实体器官移植成功率与人类白细胞抗原(HLA)配型密切相关,因此探讨准确的分型方法对指导临床移植十分重要.本研究应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)杂交技术对造血干细胞移植、肾移植的供、受者进行HLA分型,并与聚合酶链式反应-序列特异性引物(PCR-SSP)分型、血清学分型进行比较.
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聚合酶链反应反向点杂交法鉴定人乳头瘤病毒型别
为了探讨人乳头瘤病毒(HPV)的分型方法,我们将聚合酶链反应(PCR)技术和Saiki等[1]提出的反向点杂交(RDB)技术结合起来,对HPV进行型别鉴定,现报告如下。 一、 材料及方法 1. 标本来源:30份宫颈癌组织标本,选自贵阳医学院附属医院病理科,为1995年1月~1997年12月部分存档活检及手术切除的蜡块标本。 2. 菌种及试剂:内含HPV全基因组的4种PUC19质粒:HPV6B、11、16和18 及特异性寡核苷酸探针(SSO),通用引物序列为:GP5 5′-TTTGTTACTGGTAGATAC-3′,GP6 5′-GAAAAATAA-ACTGTAAATCA-3′(GP5的5′端由生物素标记),可同时扩增HPV 6B,11,16和18,扩增片段长度为150 bp,由国家计划生育委员会科研所提供(表1)。
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3000份脐血的人类白细胞抗原B*15等位基因组分型结果分析
随着脐带血移植(CBT)的成功,脐带血成为造血干细胞移植治疗血液病好的供体来源之一.CBT属无血缘关系异基因移植,而供、受者之间人类白细胞抗原(HLA)相合程度是影响移植成败的重要因素.本研究用聚合酶链反应/序列特异性寡核苷酸探针(PCR/SSOP)基因分型方法对3 000份脐血分型,以帮助患者找到佳配型脐血,现报告如下.
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流式磁珠反向SSOP杂交法误判HLA基因型的原因分析(附4例报告)
目前对人类白细胞抗原的基因分型技术有多种,包括序列特异性引物-聚合酶链反应(polymerase chain reaction with sequence-specific primers,PCRSSP),多聚酶链反应序列特异性寡核苷酸探针(PCR-sequence specific oligonucleotide probe,PCRSSOP)杂交法,基因芯片法和DNA直接测序法(sequence-based typing,SBT).基于Luminex的流式磁珠反向SSOP杂交法具有快速、高准确率、高通量、重复性好等优点,已广泛应用于骨髓库的大样本分型工作[1,2].我们使用流式磁珠反向SSOP法(One Lambda,美国)和DNA测序法(Atria,美国)法同时对临床1000例高分辨分型样本分型时,发现4例样本的SSOP分型结果与DNA测序结果不符,用另一种HLA高分辨试剂(Protrans,德国)对这4例样本进行验证,证明是SSOP误判,为分析误判原因,对本4例样本用相同批号的SSOP试剂进行复试,分析结果,报告如下.
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水中汞离子(Ⅱ)的纳米生物传感器检测法
目的 运用汞离子特异性寡核苷酸探针和纳米金,构建一种能快速比色检测水中Hg2+的纳米生物传感器.方法 对已有的汞离子特异性核苷酸探针进行优化设计,并吸附到纳米金颗粒表面,实现生物传感器的组装.利用汞离子特异性稳定T-T错配和纳米金颗粒在高盐条件下的颜色变化,从而实现对Hg2+的定量分析.结果 制备的纳米金粒径为15 nm,浓度为2.97 nmol/L;成功获得2条截短的汞离子特异性核苷酸探针(9 bp);构建的汞离子纳米生物传感器,佳盐浓度为0.5 mol/L,检测Hg2+仅需数分钟,检出限为10 μmol/L,特异性为100%.结论 本研究构建的纳米生物传感器,不需要标记探针或者修饰纳米金,在不使用任何特殊条件下就可以实现对汞离子可视化便捷分析,具有操作简便、检测时间短、灵敏度较高、特异性强等优点,易于推广使用.
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上海地区汉族人HLA-DQA1启动子多态性以及QAP、DQA1单元型连锁分析
目的:分析上海地区汉族人HLA-DQA1启动子(QAP)多态性,以及QAP与DQA1的连锁关系.方法:采用PCR-RFLP分析DQA1等位基因多态性;采用PCR-SSO检测QAP多态性.结果:在96个个体中检测到9种DQA1启动子(QAP)等位基因.QAP与DQA1之间有3种连锁格局:①QAP与DQA1存在一对一关系;②一种QAP可与不同的DQA1组成多种单元型;③一种DQA1等位基因可受到多种类型的QAP调控.与意大利、德国人群比较发现QAP和QAP-DQA1单倍型频率在不同人群中存在差异.结论:上海汉族人中未发现新的QAP等位基因,但QAP等位基因的频率以及与DQA1的连锁格局和白种人相比有明显差异.
关键词: 聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 特异性寡核苷酸探针 点杂交 启动子 -
聚合酶链反应结合地高辛标记寡核苷酸杂交检测肠道致病菌的应用
16S rDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列,既保守又相对,呈现出保守区和可变区交错排列的状态.根据这些特点,我们在16S rDNA保守区设计聚合酶链反应(PCR)引物,用一对通用引物在适宜的PCR反应条件下就可以将所有细菌的相应基因片段全部扩增出来,同时利用可变区设计地高辛标记的种特异性寡核苷酸探针与扩增产物进行斑点杂交而区分不同细菌.现报告如下.
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Flow-rSSO与PCR-SSP方法在骨髓库HLA基因分型中的应用比较
目的 比较流式反向序列特异性寡核苷酸探针方法(Flow-rSSO)与聚合酶链式反应-序列特异性引物方法(PCR-SSP)在骨髓库人类白细胞抗原(HLA)分型中的应用价值.方法 4769例中华骨髓库质控样本中,已采用PCR-SSP方法分型的3509例标本应用FLOW-rSSO方法复检,而1260例已采用FLOW-rSSO方法分型样本则应用PCR-SSP方法复检,结果不一致样本采用PCR-测序分型方法(SBT)进行确认.结果 PCR-SSP方法HLA分型错误率(6.84‰)明显高于Flow-rSSO方法(1.59‰),其中PCR-SSP方法中75%的错误结果是由于漏检造成;PCR-SSP方法的模棱两可分型结果比例(2.56%o)明显低于Flow-rSSO方法(16.67%o).结论 PCR-SSP方法和FLOW-rSSO方法均适合应用于中华骨髓库供者的HLA分型,但HLA分型实验室有必要同时建立两种HLA分型方法.
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广东汉族慢性粒细胞白血病患者 HLA-DRB1基因多态性研究
目的:探讨广东汉族人群HLA-DRB1等位基因多态性与慢性粒细胞白血病(CML)患者的遗传关联.方法:采用聚合酶链反应和序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)对170例广东汉族CML患者和300例正常对照组HLA-DRB1等位基因多态性进行研究.结果:与正常对照组相比,CML组HLA-DRB14等位基因频率(6.18%)显著下降(x2=4.448 6,P<0.05).结论:广东汉族人群HLA-DRB14等位基因对CML患者有遗传拮抗作用.
关键词: 白血病 髓样 慢性 HLA-DRB1基因 特异性寡核苷酸探针