首页 > 文献资料
-
细菌基因组分型方法的应用研究进展
对病原菌进行分子分型已经成为细菌性传染病暴发调查和分子流行病学分析中的常规工具.近年来,基于基因组序列的分型方法被应用于多起细菌性传染病的暴发调查中,显示了很好的分型能力.本研究对基因组分型方法在细菌性传染病暴发调查和分子流行病学领域的发展和应用现状进行阐述.
-
北京某医院耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌分子流行病学研究
目的 分析北京某医院分离的耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子流行病学特征.方法 实验菌株来源于2010年5月至2015年10月在北京某三甲医院分离的所有对碳青霉烯类抗生素呈现耐药性的肺炎克雷伯菌.同一患者剔除相同部位的重复分离菌株后,一共375株被纳入本研究.采用PFGE对CRKP进行分型,并挑选不同PFGE型别的代表菌株开展多位点序列分型(MLST)、常见碳青霉烯类抗生素耐药基因(blaKPC、blaNDM、blaIMP、blaVIM、blaOXA-48)检测和全基因组测序分析;挑选1株CRKP(A1502)进行基于全基因组的分型,分析该菌株和其他医院和其他地区分离株之间的遗传进化关系.结果 375株CRKP分为140个PFGE型别,其中5个型别包含的菌株数大于5株,为优势型别,分别为KPX01.CN0058(128株)、KPX01.CN0014(36株)、KPX01.CN0268(16株)、KPX01.CN0265(12株)和KPX01.CN0438(7株).不同的优势PFGE型别分布在不同的时间段和病区.MLST分型结果显示,15株代表菌株中有13株为ST11型KPC-2菌株.在全基因组分型聚类树中,A1502与分离自北京其他医院的菌株聚集成簇,而与分离自上海、杭州的菌株聚类关系较远.结论 该医院CRKP分离株存在优势基因型别,流行的克隆群为携带KPC-2基因的ST11型;该克隆群存在医院内和医院间的传播扩散.
-
E.coli临床分离株的基因组结构分型
目的通过基因组结构分析对临床分离的Escherichia coli(E.coli)进行分型,并探讨分型与临床疾病的关系.方法取临床不同疾病病人的痰、尿、血、分泌物等标本,分离E.coli.用I-CeuⅠ酶切全基因组DNA,用脉冲场凝胶电泳分离DNA片段后,根据酶切图谱的异同进行分型.结果从临床上分离的64株E.coli中,62株有7个I-CeuⅠ酶切位点,2株有8个I-CeuⅠ酶切位点.菌株间I-CeuⅠ酶切图谱差异明显.这些菌株根据基因组结构的差异分为32个型,分型与疾病之间的对应关系分散.结论临床分离的E.coli基因组结构存在多样性,其与临床疾病之间的关系有待进一步探讨.
-
3000份脐血的人类白细胞抗原B*15等位基因组分型结果分析
随着脐带血移植(CBT)的成功,脐带血成为造血干细胞移植治疗血液病好的供体来源之一.CBT属无血缘关系异基因移植,而供、受者之间人类白细胞抗原(HLA)相合程度是影响移植成败的重要因素.本研究用聚合酶链反应/序列特异性寡核苷酸探针(PCR/SSOP)基因分型方法对3 000份脐血分型,以帮助患者找到佳配型脐血,现报告如下.
-
大肠埃希菌基因组结构分型及耐药性
目的 了解大肠埃希菌的耐药性,探讨其耐药表型与基因组结构分型的关系.方法 对收集的62株大肠埃希菌,用K-B法检测药物敏感性,用双纸片法进行超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)确证试验,利用药物敏感试验数据进行聚类分析,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和内切酶I-CeuI对基因组结构分型.结果 62株大肠埃希菌41株表现多重耐药(66%);筛选出产ESBLs菌21株(34%);产ESBLs菌株和不产ESBLs的菌株各聚一类;根据酶切图谱分为30个基因组型.结论 大肠埃希菌多重耐药较普遍;利用药物敏感试验数据进行聚类分析,可以将产生ESBLs的菌株与不产ESBLs的菌株分开;未发现基因组结构分型与耐药表型之间,或与产ESBLs菌株之间有明确的对应关系.
-
大肠埃希菌临床分离株的基因组结构分型研究
目的通过基因组结构分析对临床分离的大肠埃希菌进行分型,并探讨型别与临床疾病的关系.方法取临床不同疾病病人的痰、尿、血、分泌物等标本,分离大肠埃希菌.用I-CeuI酶切全基因组DNA以及用脉冲场凝胶电泳分离DNA片段后,根据酶切图谱的异同进行分型.结果从临床上分离的64株大肠埃希菌中,62株有7个I-CeuI酶切位点,2株有8个I-CeuI酶切位点.菌株间I-CeuI酶切图谱差异明显.这些菌株根据基因组结构的差异分为32个型,某些疾病与特定基因组型密切相关.结论临床分离的大肠埃希菌基因组结构存在多样性,其与临床疾病之间存在一定的对应关系,但尚需大宗病例进一步研究.
关键词： I-CeuI 大肠埃希菌(E.coli) 基因组结构 基因组分型 -
大肠埃希菌基因组结构分型及其与疾病关系的研究
目的通过研究大肠埃希菌的基因组结构并分型,探讨分型与临床疾病之间的关系.方法取临床不同疾病患者的痰、尿、血、分泌物等标本,分离大肠埃希菌62株,经I-CeuⅠ酶切全基因组DNA、脉冲场凝胶电泳分离片段,按酶切图谱的异同进行分型.结果 62株大肠埃希菌基因组结构中,均有7个I-CeuⅠ酶切位点,表明有7个rrn操纵子.基因组大小在4 500～5 000 kb之间.根据基因组结构细微差别分为30个型.结论临床分离大肠埃希菌基因组结构存在多样性,基因组结构分型与临床疾病之间有一定的对应关系.
