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细菌基因组分型方法的应用研究进展
对病原菌进行分子分型已经成为细菌性传染病暴发调查和分子流行病学分析中的常规工具.近年来,基于基因组序列的分型方法被应用于多起细菌性传染病的暴发调查中,显示了很好的分型能力.本研究对基因组分型方法在细菌性传染病暴发调查和分子流行病学领域的发展和应用现状进行阐述.
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龙岩地区红斑性肢痛症的暴发调查
1990年2～3月间,我区首次发生红斑性肢痛症暴发流行.调查4所中学及3所中专发现;60.21%的患者近2周内曾有患感冒样症状(咽充血、后壁有滤泡).病前及病后一周内有腹痛症状的患者占34.39%和24.20%.从宿舍、班级座位图分析,病例分布有相对聚集现象.18.31%的患者及17.19%的健康人既往患过红斑性肢痛症.人群中可能存在病原携带及病后免疫获得者.本病的病原可能是病毒感染.
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副溶血弧菌分子分型数据库建立与分析
目的 对我国8个省(直辖市)分离的副溶血弧菌使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)开展分子分型工作进行回顾性分析;建立副溶血弧菌PFGE分型数据库,分析其特征.方法 对2005-2014年期间分离自8个省(直辖市)的617株副溶血弧菌使用SfiⅠ酶切后进行PFGE实验,使用BioNumerics 5.01软件分析菌株的PFGE图谱并建立副溶血弧菌分子分型数据库.结果 本研究所建立的副溶血弧菌分子分型数据库共包含617条副溶血弧菌的分子分型信息.这些副溶血弧菌的PFGE图谱可以分为360个PFGE型别,按照PulseNet China的规则对这些PFGE型别进行编码.不同PFGE型别的相似系数介于35.8％～99.6％.237株外环境和食品分离菌株有221个PFGE型别,345株患者分离株有127个PFGE型别.相同血清型的副溶血弧菌具有相同或者非常相似的PFGE型别,而不同血清型之间的副溶血弧菌的PFGE型别差异则较大.大流行血清型(如O3∶K6和O4∶K8)具有多个优势PFGE型别,对于某些血清型,地理位置相近省份分离菌株的PFGE图谱相似性更高.结论 分离自患者菌株的PFGE图谱克隆化程度高,而分离自食品和外环境的菌株,PFGE图谱多态性较大.PFGE在发现病例成簇中能够发挥作用;对于患者相关PFGE图谱成簇的菌株应加强流行病学调查和溯源工作.
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2016年北京市丰台区两起柯萨奇病毒A组10型引起的幼儿园疱疹性咽峡炎暴发疫情调查
2016年4月,北京市丰台区2所托幼机构相继发生疱疹性咽峡炎暴发疫情,涉及病例55例,平均罹患率为16.08％.发病高峰均呈双峰分布,病例为5～6岁儿童,实验室检测结果为柯萨奇病毒A组10型.对26例肠道病毒阳性病例发病10 d后再次采集咽拭子样本,7.69％的病例仍为阳性.病例诊断不明确、园内管理措施不严格可能导致疾病蔓延传播.
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全基因组测序在食源性疾病监控和暴发调查中的应用
全基因组测序(WGS)分型在微生物的遗传与变异特征分析、菌株进化和暴发溯源调查中已经显示出了其极大的应用价值和发展潜力.本文简要概述了WGS的基本原理,介绍了基于全基因组的单核苷酸多态性分型和基于全基因组多位点序列分型两种主要的测序数据解读和分析方式,比较了WGS与脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型等常见分子分型手段的主要特点,列举了典型的WGS应用于食源性疾病监控和暴发识别的案例,后对WGS分型在食源性疾病监控和暴发调查领域的发展前景进行了展望.
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一起由B群沙门菌污染聚餐食品所致食物中毒调查分析
目的 调查一起农村婚宴聚餐引起食物中毒的致病因子、致病食品及其污染来源,采取有效措施控制事件蔓延,预防今后类似事件的发生.方法 开展现场流行病学调查,制定病例定义并主动搜索病例,采用描述流行病学方法分析本次事件病例的流行病学特征.通过个案调查访谈,对参加聚餐的108人开展病例对照研究,分析可能的致病食品.现场勘查和访谈厨师,了解婚宴菜品的制作过程、原料来源和所用水源等,并采集病例肛拭子、婚宴剩余食品、饮用水样进行实验室检测.结果 本次食物中毒罹患率为21.6％ (138/640),临床表现以腹泻、腹痛、发热为主.单因素分析结果显示94.4％ (51/54)的病例和66.7％(36/54)的对照食用过由灌肚、里脊肉片、炸排骨、萝卜丝四种食品组成的凉菜拼盘,食用凉菜拼盘增加发病风险(比值比=8.50,95％置信区间:2.32～31.02).叉生分析结果显示同时食用拼盘中两种以上凉菜将增加发病风险(比值比=9.25,95％置信区间:2.46～34.82).4份病例肛拭子和1份凉菜拼盘中灌肚均检出B群沙门菌.5株检出的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)指纹图谱为同一带型,提示病例和食品分离株在分子水平具有高度的同源性,为同一暴露源.结论 本次事件是一起由B群沙门菌污染聚餐食品导致的食物中毒.凉菜拼盘是主要的致病食品,食品加工卫生环境与制作过程不规范操作是导致本次食物中毒发生的危险因素.当前农村自办宴席仍存在诸多食源性疾病发生的风险环节,应加强监管.
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一起由COXA16病毒引起手足口病暴发疫情的调查报告
目的 了解手足口病在幼儿园中的发病情况,为制定有效的控制措施提供依据.方法 采用回顾性流行病学调查方法对金州一起幼儿园手足口病疫情发病的患儿进行调查,用描述性流行病学方法描述该起疫情的流行病学特征[1].结果此次疫情共发病35例,罹患率为17.07％.男女罹患率之间无显著统计学差异.发病年龄在2～6岁之间,中位年龄为4岁.发病班级以中一班为主,罹患率为53.13％,发病与其他班级有明显差异.实验室标本检测.结果 共采集12份粪便标本做病毒检测,其中肠道病毒阳性9例,阳性率为75％,均为COXA16病毒.是导致本次幼儿园手足口病暴发的病原.结论 隔离传染源、开窗通风、严格落实消毒措施、培养幼儿良好的卫生习惯是有效的控制措施.
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一起由福氏志贺菌4c亚型和X变种混合感染所致的菌痢暴发调查
目的 调查本次疫情的原因及病原.方法 制定调查表对患者进行流行病学调查,对食堂从业人员、患者粪便标本和食堂内环境物表涂抹标本进行常见肠道致病菌培养,分离的菌株进行鉴定和药敏试验.结果 2005年8月29日至2005年9月2日,在萧山区某企业510名员工中累积发病39例,罹患率为7.65%.对13名患病员工进行粪便培养,检出福氏4c(F4c)志贺菌9例,检出率为69.23%,其中2例患者标本中同时检出福氏志贺菌X变种(Fx);食堂内环境物表涂抹标本18件,从切配间菜刀物表涂抹标本中检出F4c志贺菌1株,检出率为5.56%.12株志贺菌对多西环素、阿米卡星、庆大霉素、头孢曲松、头孢唑啉等均敏感.结论 本次疫情为一起由F4c和Fx混合感染所致的食源性菌痢暴发流行.
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一起支原体肺炎暴发调查的报告
2003年正值西安市抗击传染性非典型肺炎(简称非典)取得阶段性成果的时期,西安飞机制造公司所属的141等医院在5～6月份陆续报告"肺炎"病例21例,显示暴发趋势;大部分病例符合非典病例的临床表现,为核实诊断、查明病因、及时确认病例和接触者,我们先后组织4批50人次进行流行病学个案调查,经陕西省、西安市非典诊断组会诊排除了非典.为查明确切病因,在原调查的基础上深入进行调查,证实为一起支原体肺炎暴发,现将结果报告如下.
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新生儿室泛耐药鲍氏不动杆菌感染暴发调查
目的 对一起新生儿室泛耐药鲍氏不动杆菌感染暴发进行调查分析,查找原因,以采取有效方法控制感染流行.方法 采用现场采样检测,对采集标本进行细菌鉴定及药物敏感试验,检测结果为泛耐药鲍氏不动杆菌的进一步采用肠杆菌基因组内重复序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)基因检测其同源性.结果 医院新生儿室2011年7月15-23日共收治患儿30例,连续发生4例泛耐药鲍氏不动杆菌引起的下呼吸道感染病例,感染率为13.33％;经对室内环境表面采样检测,在共用的喉镜镜片表面分离出与4例感染患儿痰标本耐药模式一致的泛耐药鲍氏不动杆菌,经ERIC-PCR基因检测确定为同一基因型.结论 由泛耐药鲍氏不动杆菌污染的喉镜镜片引起的医院感染暴发.
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重症监护病房4例泛耐药鲍氏不动杆菌肺部感染暴发
目的 分析重症监护病房鲍氏不动杆菌感染暴发的原因与经过,为预防与控制感染提供依据.方法 对重症监护病房于2009年2月11-16日,陆续发生的4例鲍氏不动杆菌肺部感染开展流行病学调查,查找感染源与传播途径,并采取干预措施控制感染.结果 采取综合性干预措施,泛耐药鲍氏不动杆菌感染患者集中隔离、停用自动清洗消毒机、加强医务人员手卫生、加强环境物体表面与医疗设备的清洁消毒等,有效地控制了感染.结论 自动清洗消毒机消毒不彻底、医护人员手卫生较差、环境物体表面与医疗设备物体表面污染严重,是造成该次鲍氏不动杆菌感染暴发发生的原因.
关键词： 重症监护病房 泛耐药鲍氏不动杆菌感染 暴发调查 -
ICU泛耐药鲍氏不动杆菌肺部感染暴发原因及控制
目的 分析ICU鲍氏不动杆菌感染暴发的原因与经过,为预防与控制感染提供依据.方法 对ICU2011年1月29日-2月15日陆续发生4例鲍氏不动杆菌肺部感染开展流行病学调查,查找感染源与传播途径,并采取干预措施控制感染.结果 从34份环境卫生学标本中分离出6株鲍氏不动杆菌,检出率为17.65％;对4例患者分离的4株泛耐药鲍氏不动杆菌进行随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型,结果显示,4株具有高度的同源性;采取综合性干预措施,泛耐药鲍氏不动杆菌感染患者集中隔离、加强医务人员手卫生、加强环境物体表面与医疗设备的清洁消毒等,有效控制了感染.结论 医院间传播、医护人员手卫生较差、环境与医疗设备物体表面污染严重是造成鲍氏不动杆菌感染暴发的原因.
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妇科患者腹腔镜术后切口龟分枝杆菌感染暴发调查
目的：对妇科患者发生的龟分枝杆菌医院感染暴发进行调查，分析传染源和传播途径，为预防与控制医院感染提供参考。方法2009年5月11日-7月22日通过查阅病历资料，了解患者感染状况；调查、记录腹腔镜专用低温灭菌器灭菌处理的全过程；现场采集腹腔镜、低温灭菌器、科室环境及感染患者手术切口分泌物标本，进行细菌学培养和鉴定。结果36例行腹腔镜手术患者中13例发生手术切口感染，感染率为36．11％；其中有8例手术切口感染患者龟分枝杆菌培养阳性，占61．54％；8份低温灭菌器的采样标本中7份培养有龟分枝杆菌生长，阳性率为87．50％。结论该次医院感染暴发是由腹腔镜专用低温灭菌器灭菌无效，引起的腹腔镜术后切口龟分枝杆菌感染。
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一起彝族村寨成人麻疹暴发调查及流行因素分析
目的 探讨少数民族地区成人麻疹爆发原因,以控制爆发.方法 对2008年9～10月发生在云南省大理州云龙县的一起成人麻疹爆发开展流行病学调查,用酶联免疫吸附试验检测麻疹IgM抗体,并运用病毒学和分子生物学技术从病原学上明确病因及病毒来源,同时结合血清流行病学探讨其发病原因和流行因素.结果 全县爆发总罹患率18.11/10万(37/204465),发病年龄主要集中在≥16岁占97.29%(36/37),30～50岁占全部病例数91.89%(34/37);其中＜8月龄1例占2.70%(1/37),＞50岁1例占2.70%(1/37);全部为彝族,男女性别比为1:4.麻疹病毒分离鉴定为H1a亚型.结论 该次麻疹爆发是一起典型具有麻疹流行病学特征的成人麻疹爆发,与易感人群聚集和其它内外环境等流行因素有关,适时开展大年龄组儿童的强化免疫,完善成人免疫策略加强麻疹监测是控制爆发的关键.
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宋内志贺菌食物中毒分离株型别分析
志贺菌传统分型方法主要是生化鉴定、血清学和噬菌体分型等,由于志贺菌的血清型别与部分大肠埃希菌存在交叉凝集,因此,无法体现暴发菌株间的遗传信息.为了探讨用于细菌性传染病监测、传染源追踪、传播途径调查和识别等暴发调查的适宜技术,本研究采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法[1],对1起由宋内志贺菌引起幼儿园食物中毒中的菌株进行了分子流行病学分析.现将结果报告如下.
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一起学校聚集性呕吐腹泻暴发调查
目的:调查某学校聚集性呕吐腹泻的原因,为疫情防控提供依据.方法:采用描述性方法分析疫情流行特征;应用病例对照研究发病危险因素;采集水、食品、环境表面以及患者、工作人员呕吐物、肛拭子标本,开展肠道常见病原学检测.结果:本疫情共发病31例,罹患率2.36%.临床表现主要呕吐(74.2%)、腹泻(35.5%)及头晕(19.4%),6份患者肛拭子检测出诺如病毒GⅡ型,检出率为60%.单因素分析显示与病例接触是发病的危险因素.结论:该校呕吐腹泻暴发是由诺如病毒GⅡ型引起,空气传播与密切接触传播为主要传播途径.
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Ibis T5000:一种新型病原微生物检测仪
多年来,人们一直在寻找灵敏度好、特异性高、可重复、高通量的技术手段以快速准确检测并鉴定病原微生物.然而,可导致人类疾病的微生物高达1 400多种.且每种微生物又可能有数百种毒力、侵袭性或耐药性不同的毒株或基因型.所以,同时适用于个体、广泛的公共卫生利益和生物防御体系的理想检测技术需有普遍适应的病原鉴定能力,定量鉴定能力,检测新出现的或以前未曾定性的病原微生物并确定与其近种属关系的能力,协助疾病暴发调查与分析的能力,协助通过中心数据库的数据比较分析的能力.与此同时,该项技术尚需具备快速、高通量和检测费用低廉的特点[1,2].
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商水县2001～2003年疟疾暴发调查与控制
商水县是以中华按蚊为惟一媒介的单纯间日疟流行区.中华按蚊孳生地广泛,种群数量大,偏野栖,对间日疟有较高的易感性[1].解放后曾三次大流行,高峰时段发病率分别为140.11/万(1954年)、1462.25/万(1963～1964年)及2648.95/万(1970～1972年).1973年后逐年下降,1980年发病率回升到169.11/万[2];1985年后一直保持在1.0/万以下,1989年经河南省卫生厅考核达到基本消灭疟疾的标准.1998年由于流动人口来往频繁,2001年出现疟疾局部暴发,发病率为15.32/万.为了解该县1998～2003年疟疾流行特征,现将近6年疟疾流行情况报告如下.
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一起焚烧固废物引起氟聚合物烟尘热事件调查
目的：调查某太阳能电池生产企业一起以发热、咳嗽、胸闷为主要症状的暴发事件的病因，为现场处置和预防此类事件再次发生提供依据。方法对所有病例的临床表现和流行病学特征进行描述性分析；对作业场所环境及工业生产“三废”处置情况开展卫生学调查；对病例咽拭子及生产过程使用的循环水开展军团菌检测；采用便携式 GC －MS 检测仪对固废焚烧产生有毒气体进行现场模拟实验查找并确认病因。结果共发现52例病例，罹患率为42．76％，其分布符合同源一次暴露暴发特征；病例临床表现符合烟尘热特点；采集的所有标本军团菌检测均为阴性；在事件发生车间的12个生产岗位中，岗位压缩空气使用量越大罹患率越高（P ＜0．01）。在事件发生的前一天傍晚该企业曾大量焚烧含氟固废物，生产厂房的压缩空气站进风口正处于焚烧点位置的下风侧，模拟实验检测结果显示，现场固废物焚烧后，周围环境空气中氟苯和二氟苯的检测值分别高达435 mg／m3和513 mg／m3。结论该事件系企业违规焚烧含氟固废物产生的有毒烟尘，经生产厂房的压缩空气站输入厂房，造成厂房内的作业工人吸入较高浓度的有机氟引起氟聚合物烟尘热暴发。
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一起登革热暴发疫情流行病学调查分析
目的：分析绍兴市2015年9月发生的一起登革热暴发疫情的流行病学特征，为预防和控制登革热疫情提供依据。方法依据病例定义回顾性搜索病例，采用酶联免疫吸附试验（ELISA）测定登革热抗体；从病例血液样本中分离病毒，采用实时荧光定量聚合酶链反应（RT－PCR）检测病毒RNA；采用布雷图指数法监测蚊媒幼虫密度。结果共发现42例病例，无死亡病例。主要临床表现有发热（100.00％）、乏力（59.52％）、关节痛（50.00％）、头痛（47.62％）和皮疹（38.10％）。首诊病例7月15日发病，末例为9月23日，历时71天，流行高峰集中在8月30日—9月7日。37例分布在为柯桥区，5例分布在越城区。病例男女性别比为1.33∶1，40岁～（19.05％）和50岁～（19.05％）年龄组比例较高，呈家庭（单位）性聚集。12例病例血液样本检测出登革热IgM抗体和病毒核酸，测序分析为登革热Ⅱ型病毒。结论外地病例输入、蚊密度高和医务人员诊断能力不足可能是导致该起登革热暴发疫情的主要原因。
