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平行等位基因特异性序列分析技术检测HIV-1感染者体内微量耐药病毒
高效抗病毒治疗(HAART)是目前治疗HIV感染者的首选方法,然而病毒准种中耐药突变的聚集终会导致治疗的失败[1-3].在我国,由于大规模的抗病毒治疗也导致了耐药的发生,并存在较高的逆转录酶抑制剂交叉耐药现象[4],因此,检测耐药突变,尤其是检测微量或少数的耐药突变病毒,对于了解多重耐药的发生机制,制定佳的治疗方案以及预测治疗效果起着重要的作用[5].
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即时定量PCR法和等位基因特异性寡核苷酸PCR法检测肺腺癌EGFR基因第21号外显子L858R突变的对比性研究
自从Lynch等[1]和Paez等[2]发现肺癌细胞中上皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶编码区基因突变以来,研究证明具有EGFR基因第19号外显子(de1746-A750)缺失突变或第21号外显子L858R错义突变的肺癌患者使用酪氨酸激酶抑制剂吉非替尼进行分子靶向治疗的有效率高达80%以上,而对于缺乏EGFR突变的患者采用上述治疗则基本无效[3].
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特发性骨髓纤维化患者JAK2V617F和MPLW515L点突变及JAK2外显子12突变的研究
特发性骨髓纤维化(IMF)为慢性骨髓增殖性疾病(CMPD)的一种,缺乏特异性诊治.现在研究表明近一半的IMF患者存在JAK2V617F点突变,另外,MPLW515突变及JAK2外显子12突变的发现提示MPD除了JAK2V617F点突变以外存在其他的发病机制[1].本研究应用等位基因特异性-聚合酶链反应(AS-PCR)及基因测序检测30例IMF患者的JAK2V617F、MPLW515L点突变及JAK2外显子12突变,了解其在IMF患者中的发生情况.
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定量PCR检测HLA-C等位基因表达方法的建立和初步应用
目的:建立实时定量PCR方法检测同一个体两条不同的HLA-C等位基因的表达水平。方法:构建HLAⅠ类等位基因外显子2和3数据库,设计等位基因特异性系列引物,建立等位基因定量PCR方法;在数据库和835例汉族人外周血标本中对方法进行理论和实验验证;检测并比较20对肝癌和癌旁组织标本中HLA-C等位基因的表达水平。结果:本实验设计的20对引物能检测23种杂合基因型中不同的HLA-C等位基因,覆盖汉族人群中出现频率大于0.96%的个体;55%(11/20)的肝癌组织中HLA-C位点两条等位基因表达水平变化不一致。结论:成功建立了针对汉族人群的HLA-C等位基因表达水平的检测方法;肝癌组织中普遍存在着两条HLA-C等位基因表达水平变化不一致的现象。
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应用等位基因特异性PCR检测胆固醇酯转运蛋白基因突变
目的:建立检测胆固醇酯转运蛋白(cholesterol ester transfer protein,CETP)基因6种常见突变的等位基因特异性PCR技术.方法:应用针对CETP基因TaqIB(G→A)、1405V(A→G)、D442G(A→G)、R451Q(G→A)、A373P(G→C)和I14A(G→A)这6种常见的突变位点设计的等位基因特异性PCR技术,对海南汉、黎族人群中CETP基因突变类型进行了检测,同时对经上述等位基因特异性PCR检测的样本进行序列测定.结果:在海南汉、黎族人群中,TaqIB(G→A)突变位点可检测出GG、GA、AA 3种基因型,1405V(A→G)突变位点可检测出AA、AG、GG 3种基因型,D442G(A→G)突变位点可检测出AA、AG 2种基因型,但在海南汉、黎族人群中未检测到R451Q(G→A)、A373P(G→C)和I14A(G→A)3种突变类型,用等位基因特异性PCR鉴定的CETP基因突变的基因分型结果与序列测定结果完全符合.结论:等位基因特异性PCR技术操作简便,重复性和稳定性好,可作为鉴定CETP基因突变类型的可行方法.
关键词: 胆固醇酯转运蛋白基因 等位基因特异性 聚合酶链反应 基因分型 -
bcr-abl阴性骨髓增生性疾病患者JAK2V617F点突变检测的临床意义
目的 探索Janus Kinase 2V617F基因突变(JAK2V617F)在bcr-abl阴性骨髓增生性疾病(MPD)的发生率和临床意义.方法 基因组DNA从患者骨髓或外周血粒细胞中提取.采用等位基因特异性PCR(AS-PCR)、限制性内切酶消化和PCR产物测序的方法检测JAK2V617F突变.共检测患者110例,其中bcr-abl阴性MPD 41例、bcr-abl阳性慢性粒细胞白血病(CML)25例和急性白血病44例.结果 JAK2V617F阳性结果分别为真性红细胞增多症(PV)11例(91.7%)、原发性血小板增多症(ET)8例(53.3%)、特发性骨髓纤维化(IMF)4例(57.1%),而高嗜酸粒细胞增多症(HES)7例、bcr-abl阳性CML 25例和急性白血病44例[包括急性髓细胞白血病(AML)24例、急性淋巴细胞白血病(ALL)18例、急性混合细胞白血病2例1均未检测到JAK2V617F基因突变.在所有JAK2V617F阳性的标本和10份阴性标本中,AS-PCR和限制性内切酶消化方法的测定结果都可经测序进一步证实.结论 90%以上的PV、50%以上的ET和IMF可检测到JAK2V617F基因突变;JAK2V617F基因突变在PV、ET和IMF的诊断和鉴别诊断中有重要意义,可以作为诊断的分子标志,也可能是治疗的新靶点.
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等位基因特异性PCR技术及其法医学应用
等位基因特异性PCR(allele-specific polymerase chain reaction,AS-PCR)是一种基于等位基因特异性引物引导的PCR技术,可以有效地分析单核苷酸多态性(SNP),包括碱基的转换、颠换以及插入/缺失多态性,在疾病研究、分子诊断以及法医物证学研究中具有很好的应用价值.本文系统地综述了AS-PCR技术的原理、检测手段、改进方法及在常染色体、Y染色体和线粒体SNP等领域的研究成果,探讨其法医学应用价值.