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β珠蛋白生成障碍性贫血聚合酶链反应-反向点杂交法基因诊断
β珠蛋白生成障碍性贫血亦称β地中海贫血是由于β珠蛋白基因座位突变导致β珠蛋白肽链合成减少或缺乏所引起的一类遗传性溶血性疾病.该病呈常染色体隐性遗传,在中国华南及西南地区是一种常见病,广东地区人群发生率达1.36 %~4.90 %.本病的轻型患者可以没有临床症状,重症患者一般在出生后一年内开始表现出严重的贫血,终身需要输血治疗.由于缺乏有效的根治性手段,目前对β地中海贫血以预防为主.通过对人群中地中海贫血突变基因携带者的筛查,有针对性地指导婚育,开展产前诊断工作,从而杜绝重症患儿的出生.本文利用聚合酶链反应-反向点杂交技术(PCR-RDB)对广东中山地区的288例可疑患者进行了基因水平的分析,结果报道如下.
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遗传距离方法在统计分析中的应用
在遗传流行病学研究中,经常会遇到要比较2个人群中不同等位基因频率的差别以及不同基因型、不同单倍型的差别等问题,如果等位基因为2个即双等位基因位点,则需比较的表格可以列成2×2表,而用4格表的统计方法来比较不同人群间的基因频率差别.这时,基因型的比较也可以用3×2表来计算,而单倍型则为4×2表.但是如果我们所研究的基因座位为一多等位基因位点,常用的列联表方式来统计2个人群,甚至更多群体间的差别则会出现因单元格过多,多个格子可能出现理论数小于5甚至为0的情况[1],无法得到满意结果.因此提出精确概率法,蒙特卡罗模拟方法等,还有学者提出通过计算遗传距离的方法进行率差别的统计学检验的方法.
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HLA-A新等位基因HLA-A*2468的核苷酸序列分析
人类白细胞抗原(HIA)系统是目前所知为复杂的人类遗传多态性系统,其复合体定位于6号染色体的短臂上,包括多个基因座位,每一个座位上有多个等位基因,目前发现的HLA等位基因已超过2799个[1].
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实时荧光定量聚合酶链反应检测腓骨肌萎缩症1A型基因重复
腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth disease,CMT),是神经系统常见的遗传性疾病之一,根据电生理和病理学研究将其分成两大组:CMT1(脱髓鞘型)和CMT2(神经元型或称轴索型).该病是一组遗传异质性疾病,目前已发现30个基因座位与不同类型的CMT相关,其中有11型已明确了致病基因[1],发病率高的是常染色体显性遗传的CMT1A[2,3].我们已先后建立起短串联重复序列分析(STR)和聚合酶链反应(PCR)酶切法检测特异性融合片段来诊断CMT1A基因重复[4].STR结合银染的方法因有便宜、省时和所需DNA数量少等优点曾被广泛应用,但主要缺点是受杂合率的限制,如果被检测者为纯合子,则无法得出结论[5];再者,实验结果不稳定,银染重复性不理想.而PCR酶切法的阳性率则较低[4,6].因此,为提高基因重复检测的阳性率,并适于在临床应用,我们应用实时荧光定量PCR技术,以SYBRGreen Ⅰ荧光染料为标记物,采用标准曲线的相对定量方法检测了18例CMT1A患者的基因重复,现报道如下.
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常染色体隐性遗传非综合征性耳聋基因研究进展
耳聋是威胁人类健康的常见的疾病之一,在新生儿中发病率约为1/1 000,约60%的耳聋患者有遗传背景.按表型特点不同分为综合征性耳聋(SHI)和非综合征性耳聋(NSHI).根据遗传方式不同将遗传性耳聋分为常染色体显性遗传(AD)、常染色体隐性遗传(AR)、X连锁遗传、Y连锁遗传及线粒体遗传五类,其中以常染色体隐性遗传性耳聋多见,约占75%-80%[1].至今确定的与常染色体隐性遗传非综合征性耳聋有关的基因座位有60个(基因座位以DFNB命名),已经克隆的基因有20个.以下仅就已知基因的相关表型、结构功能及在人类的贡献等研究情况做一综述.
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TNFβ的基因多态性在汉族SLE病人中的分布特点及与其他不同种族人群的比较
系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus, SLE)是一种较为常见的自身免疫性疾病,包括遗传因素在内的多种因素与SLE的发病相关.TNFβ的基因定位于MHCⅢ类基因座位内,它的第一内含子中含有单碱基点突变造成的基因多态性.由于转录起始位点下游第252位点的鸟嘌呤核苷酸G被腺嘌呤核苷酸A替代,使限制性内切酶NcoⅠ的识别序列发生变化,致使被腺嘌呤核苷酸A所替代的序列不能被NcoⅠ识别并切断.鸟嘌呤核苷酸G存在的基因称为TNFβ*1,腺嘌呤核苷酸A存在的基因称为TNFβ*2[1].由于TNFβ的重要生物学作用及其基因的特殊位置,TNFβ的基因多态性与SLE的发病之间的关系受到普遍的重视.
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Y染色体STR位点的鉴定
Y染色体STR基因座位自发现以来,就引起了法医学者的重视,近年来由于新位点的不断发现使其在某些特殊案例尤其是在强奸案提取的混合斑检材(阴道脱落细胞和精子)和父系之间的亲权鉴定显示突出优势.本文介绍一起强奸案例,女性已死亡2个月,轻度腐败,DNA特异性扩增有一定难度,用Y染色体STR基因座成功解决了此案,现报告如下.
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MS4A基因家族的特性
MS4A(membrane-spanning 4-domain family,subfamily A)是编码人类和老鼠20多个不同蛋白质的大基因家族,包括CD20、高亲性IgE受体β亚单位(FcεRIβ)和具有造血细胞特性的横跨膜蛋白-IV(HTm4).人类的CD20被指定为MS4A1、FcεRIβ被指定为MS4A2、HTm4被指定为MS4A3,剩余的基因则分别被指定为MS4A4A等6种;老鼠MS4a基因家庭成员被指定为MS4al等15种[1].每个MS4A蛋白质包含4个假定的跨膜域,这些跨膜域有细胞内的N-和C-端;所有MS4A膜大小相似,且具有一个高度相似的同源序列,而一致性的区域是在前3个跨膜域中.MS4A蛋白质在各种组织中均有表达,尤其在淋巴组织中更为显著[1].然而,即使它们在不同的细胞类型中被表达,但因为在基因座位的保守性和在结构及序列方面的一致性,故MS4A家族成员可能在很大程度上共同参与一些功能.目前,对于大部分MS4A蛋白质的生理学作用仍然未被阐明,然而,该基因家族的下列基因已经被部分地确认.
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8p杂合性缺失与膀胱肿瘤的关系
肿瘤遗传学和分子生物学研究表明,癌症的发生是由癌基因的激活及抑癌基因失活的结果,而抑癌基因的失活可能在其中起着更为关键的作用.抑癌基因(tumor suppressor gene)是能够抑制细胞的恶性转化,对正常细胞的增殖起负性调节的基因.抑癌基因的失活常常表现为一个等位基因丢失(allelic loss)和另一个存留等位基因(retained allele)突变.其中,等位基因丢失就是由肿瘤中常见的染色体区域或节段缺失所致,它同时还会伴有抑癌基因座位相邻区域的杂合性缺失(loss of heterozygosity, LOH).LOH是指肿瘤基因中特定染色体上某种DNA多态标记的等位基因片段由同一患者正常组织基因组的两种变成一种,即等位基因型由杂合子变成纯合子.LOH是肿瘤细胞中染色体缺失的表现.
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人类白细胞抗原-B27检测中实时荧光PCR法的应用价值
人类白细胞抗原(humanleucocyteantigen,HLA)是指一组位于人体细胞膜表面能够识别“自己”或者“非己”的抗原分子,是由位于人类6号染色体短臂上的一组主要组织相容性复合体基因编码[1],其中人类白细胞抗原-B27(HLA-B27)是HLA-B基因座位上的一个重要等位基因。以往,检测HLA-B27主要有实时荧光PCR法、酶联免疫法、流式细胞术及微量细胞毒试验法。本文对实时荧光PCR法与流式细胞术在HLA-B27检测中的应用作一比较,旨在探讨实时荧光PCR法的可靠性。
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HLA-DQB1与疾病易感性研究进展
主要组织相容性复合体( MHC)是染色体上一群紧密连锁的基因群,人类MHC又称为人类白细胞分化抗原( human leukocyte antigen,HLA)。 HLA-DQB1是 HLA-Ⅱ类基因 DQ亚区的一个功能基因座位,主要分布于免疫细胞上,可以作为免疫细胞间识别标记而诱导免疫应答和免疫细胞间的相互作用,其多肽性决定着免疫应答和疾病易感性的个体差异,因此倍受关注,现将对其研究进展作一综述。
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江西地区汉族人群HLA-Ⅰ类抗原分布
HLA基因复合体是迄今所知的为复杂的人类遗传多态性系统,位于6p21.31,全长约4000kb,含有100多个独立的基因座位,其中与HLA有关的基因座位为33个,等位基因总数超过1800个.在正常人群中,不同位点的等位基因之间呈现高度多态性和连锁不平衡,其分布存在明显的地区和民族差异.本文采用PCR-SSP方法检测HLA多态性基因,得到江西地区汉族人群HLA-Ⅰ抗原等位基因分布的初步资料,现报告如下.
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遗传性低频听力减退的基因学研究进展
遗传性低频听力减退是一类具有特殊表型特征的遗传性神经性耳聋疾病,属非综合征性耳聋的一种.其特征是所累及的听力损失以低频(即250~1 000 Hz)为主,听力减退多发生在学语后,一般不影响患者的言语及智力发育并具有一定的隐蔽性.该病的遗传学特征是以常染色体显性遗传为主,与之相关的基因座位及相关基因为数不多但却存在明显的遗传异质性.分析探讨遗传性低频听力减退的相关基因学特征可以从根本上了解遗传性低频听力减退的病原学及发病机理,甚至为发现新的遗传性低频听力减退基因提供帮助.
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原发性高血压易感基因座位定位研究:全基因组扫描和连锁分析
目的:原发性高血压是一种由遗传和环境因素共同作用而发病的多基因遗传病.本研究采用全基因组扫描和连锁分析法,在大样本量的中国人高血压家系中,进行原发性高血压易感基因座位的定位研究.方法:研究对象为79个原发性高血压核心家系,共393名成员,其中高血压患者279人,共组成283个患病同胞对.所有对象均为汉族,都来自上海地区.从外周血细胞中抽取基因组DNA,共393份样本.采用多色荧光标记的微卫星基因座位扩增引物试剂盒(ABI PRISMTM Linkage Mapping Kit, Perkin-Elmer)进行多重PCR扩增,PCR产物用ABI 373测序仪走电泳.分别用Genescan 672和Genotyper 1.1.1进行基因扫描和分型.共对240个微卫星基因座位进行了扫描,这些座位分布在22条常染色体和X性染色体,平均扫描密度(遗传距离)为15 cM.采用GENEHUNTER软件,进行两点和多点连锁分析.结果:发现6个微卫星基因座位与高血压存在紧密连锁关系(P<0.05),它们分别分布在2、3、8和15号染色体上.其中有两个座位在2号染色体长臂上.多点分析结果显示,D2S142座位的NPL分数值高达2.962(P=0.0015).结论:2号染色体长臂某一区段内发现两个阳性连锁位点,两者间距离仅约10 cM.近国外一项全基因组连锁分析研究(Circulation 1999, 99:1407-1410)报道的与收缩压有关的一个阳性连锁位点,与本染色体区段十分接近.因此,2号染色体长臂的这区段内很可能有高血压易感基因存在.一项针对这一染色体区段的精细定位正在进行中.
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HLA分子的超型、结合肽的超基序及其意义
HLA(human leukocyte antigen, HLA)是人类的主要组织相容性复合体(MHC),它位于第6号染色体短臂(6p21.3),是人体内为复杂的复等位基因系统,包括100多个基因座位,500多个等位基因[1],主要包括:HLA Ⅰ类基因(HLA—A、B、C、E、G、F、H、J)、Ⅱ类基因(HLA—DP、DZ、DQ、DO、DX和DR)和Ⅲ类基因(C2、C4A、C4B和Bf)等.
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中国洛阳地区汉族人MHC-Bf,C2,C4A,C4B,DRB1扩展单倍型分析
人类主要组织相容性复合体(MHC)位于第6号染色体短臂,占整个人基因组的1/3000,长约4000 kb。可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类基因。MHC的遗传学特点之一是单倍型遗传,由MHC-Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类基因构成的正向连锁不平衡单倍型称为扩展单倍型。不同人种、民族和地区的群体都有各自的优势扩展单倍型,这是人类遗传源流考察的重要指标之一。此外,有资料表明,MHC扩展单倍型中基因座位的突变、缺失和疾病发生有相关性[1,2],这与MHC单一基因座位与疾病相关性的概念不同,其作用机理尚无确切定论,可能与自然选择有关,提示从群体水平认识MHC对免疫应答的遗传调控的必要性。我们对河南省洛阳地区健康汉族家系MHC-Bf,C2,C4A,C4B,DRB1扩展单倍型进行检测,以获得该地区汉族群体遗传学数据,并为MHC扩展单倍型在免疫应答中的作用、及与自身免疫性疾病相关性和移植配型等方面的应用奠定基础。1 对象与方法1.1 对象河南省洛阳地区60个无血缘关系的汉族家庭(经询问3代均为汉族),每家3人,含父母及一子女,共180份血标本。空腹采血,EDTA抗凝,分离血浆及血细胞冻存于-70℃备用。1.2 主要试剂 Taq聚合酶及dNTP(华美生物工程公司),引物及探针(DNA Gency),蛋白酶K(Sigma公司),TMAC及Casein(Sigma公司),Dig-11-ddUTP、Terminal Trasferase、Anti-digoxigenin-Ap Fab Fragments及Lumigen PPD(Boehringer Mannhein)。神经氨酸酶Ⅵ型、羧肽酶B及AgaroseⅡ型Medium EEO(Sigma公司),抗Bf、抗C4血清(ATAB),牛胆素(Fluke),丙烯酰胺及甲叉双丙烯酰胺(Merk-Schuchardt)。
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一个带有HLA-DRB1*04序列基序的新等位基因DRB1*1457
人类白细胞抗原(HLA)是至今所知人类复杂的免疫遗传多态系统.截止2006年4月,已被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名的HLA-DRB基因座位上的等位基因数为527,DRB1等位基因数为445.为了提高在骨髓库中找到HLA配合的无关供者的机会,目前国际通用的策略是在了解本地区人群HLA分布特征的基础上,合理地增加不同来源的骨髓供者登记的数量.因此检测和鉴定本地区骨髓供者中新的等位基因就成为中国造血干细胞捐献者资料库建设中很重要的研究课题.本文在四川地区发现一个骨髓捐献者家庭带有HLA-DR新等位基因,近被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1457,现报告如下.
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外周血单个核细胞表面表达MHC分子的研究
外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC),主要为淋巴细胞和单核细胞,其中绝大多数为淋巴细胞.主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)结构十分复杂,其多样性由基因性和多肽性两方面构成.多基因性指复合体由多个位置相邻的基因座位所组成,编码产物具有相同或相似的功能.根据结构和功能,组成MHC的基因传统上分为MHC-Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类.MHC-Ⅰ类分子几乎存在于所有有核细胞,外周血白细胞表达MHC-Ⅰ类抗原量多,且外周血比较容易检测,因此研究MHC分子的表达主要研究外周血单个核细胞表面的表达.