首页 > 文献资料
-
上海市南汇区鼠类分子鉴定及进化分析
目的 鉴定上海市南汇区的鼠类, 并探讨大鼠属和小鼠属部分种类的进化关系.方法 使用鼠笼法和夹夜法, 于2014年5月—2015年4月在上海市南汇区捕获鼠类, 扩增鼠类的细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ) 、16S r RNA序列片段, 确定鼠种, 并运用邻接法 (Neighbor-Joining, NJ) 和贝叶斯法 (Bayesian Inference, BI) 构建发育树.结果 经比对, 上海市南汇区的38只鼠类分别为褐家鼠 (Rattus norvegicus) 30只和小家鼠 (Mus musculus) 8只, 共2种.序列组成分析显示, COⅠ和16S r RNA片段变异率分别为34.5％和27.7％;两者的碱基转换均大于颠换.遗传距离分析显示, COⅠ基因中种内遗传距离和种间遗传距离有重叠区域, 同理, 16S r RNA的种间遗传距离和属间遗传距离也出现重叠区域.发育树显示, 褐家鼠与大足鼠亲缘关系近, 黄胸鼠与黑家鼠亲缘关系近.结论 COⅠ和16S r RNA基因均可鉴定大部分鼠种, 仅有少数鼠种不能被区别开.另外, 遗传距离结合进化树拓扑结构能更好地鉴别不同鼠种.
-
浙江省2005-2010年风疹病毒分子流行病学研究
目的 分析2005-2010年浙江省风疹病毒流行株的病原学与分子流行病学特征。方法采集该期间风疹疫情中的疑似患者标本，于Vero细胞上分离病毒。采用巢式RT-PCR扩增流行株E1、E2和C三个结构基因片段，对扩增产物进行序列测定与分析。结果从52例临床标本中共分离到风疹病毒流行株7株，除Rvi/Zhejiang.CHN/23.08株为2B基因型外，其余6株均属于IE基因型。基因进化树上，IE基因型流行株分别与香港、海南地区流行株具有近亲缘关系，而2B基因型流行株与BuenosAires.A RG/46.08位于同一分支。遗传距离分析表明，浙江2B型流行株与全球其他地区流行株间的遗传距离(0.011)小于与中国流行株(0.023)间的遗传距离。浙江风疹流行株与中国风疹疫苗株BRDⅡ在核苷酸水平上的同源性为C＞E2＞E1,而氨基酸水平上的同源性为E1 ＞C＞E2,对应存在3、11和23个氨基酸的变异。各位点氨基酸熵值表明,E1蛋白上仅存在一个易变位点（熵值＞0.600）,而E2蛋白上有7个易变异位点和1个高变异位点(熵值＞1.000)。结论2005-2010年浙江省存在两种基因型风疹病毒流行，IE为优势基因型，2B可能为境外输入株。流行株E1基因氨基酸序列相对保守，而E2基因氨基酸变异较大，在风疹病毒流行病学监测中除关注E1基因外，应开展对结构基因E2和C的研究。
-
浙江省1998年H3N2流感流行的溯源研究
目的 对1998年浙江省的H3N2流感流行进行溯源研究.方法 采用RT-PCR扩增浙江省1998年3株H3N2流感流行代表株的全基因组序列,并与GenBank上1995-1998年世界其他地区H3N2流感流行株进行比较;同时,采用交叉血凝抑制实验,计算各毒株间的抗原比.结果 HA基因进化树表明,1998年浙江省H3N2优势流行株A/Zhejiang/11/98、A/Zhejiang/18/98与1995-1996年世界各地以及1997年我国大陆的H3N2流行株间存在显著差异,在进化树上虽与A/Sydney/5/97同属一簇,但和美国纽约以及中国香港1997年后期流行株更为接近.在HA1、NA和MP基因上,A/Zhejiang/18/98与香港1997年后期流行株同源性高,而在PA、HA和NS基因上,与纽约流行株的遗传距离也小于A/Sydney/5/97.A/Zhejiang/18/98与香港或纽约株在HA1区仅存在1～3个位点的氨基酸残基不同,而与A/Sydney/5/97存在7个位点的氨基酸残基差异,其中3个位点于抗原决定簇区.各毒株间的交叉血凝抑制实验表明A/Zhejiang/18/98与A/Sydney/5/97的抗原比已达2.0,提示二者在抗原性上存在一定差异.此外,1997-1998年H3N2各地流感流行的起始时间序列,也显示了该次流感传播的可能途径.结论 浙江省1998年H3N2流感的流行很可能是由1997年底H3N2新型流感变异株经纽约和香港输入中国大陆所导致.
-
遗传距离方法在统计分析中的应用
在遗传流行病学研究中,经常会遇到要比较2个人群中不同等位基因频率的差别以及不同基因型、不同单倍型的差别等问题,如果等位基因为2个即双等位基因位点,则需比较的表格可以列成2×2表,而用4格表的统计方法来比较不同人群间的基因频率差别.这时,基因型的比较也可以用3×2表来计算,而单倍型则为4×2表.但是如果我们所研究的基因座位为一多等位基因位点,常用的列联表方式来统计2个人群,甚至更多群体间的差别则会出现因单元格过多,多个格子可能出现理论数小于5甚至为0的情况[1],无法得到满意结果.因此提出精确概率法,蒙特卡罗模拟方法等,还有学者提出通过计算遗传距离的方法进行率差别的统计学检验的方法.
-
新疆4种绢蒿属植物及近缘种银蒿的ITS/ITS2条形码鉴定研究
目的:评价ITS/ITS2热点条形码序列对新疆4种绢蒿属植物及其近缘种银蒿的鉴别能力,为绢蒿属植物分类鉴定提供分子参考依据.方法:对15份绢蒿属及银蒿植物样本进行DNA提取、PCR扩增、双向测序,采用CodonCode Aligner软件对序列峰图进行校对拼接,MEGA6.0分析序列碱基组成及变异,计算K2P遗传距离并构建聚类邻接树,预测ITS2序列二级结构,评估鉴别能力.结果:西北绢蒿、针裂叶绢蒿种内变异位点及信息位点数均小于银蒿.ITS序列种间、种内遗传变异均大于ITS2序列.ITS/ITS2序列邻接(NJ)树均聚为3支,绢蒿属、银蒿1、银蒿2.绢蒿属ITS2序列二级结构与银蒿有差异.结论:通过ITS/ITS2序列的种间K2P遗传距离、邻接树、ITS2序列二级结构分析,ITS、ITS2序列具很好的属鉴定效果,不同产地的针裂叶绢蒿被区分开.
-
DNA条形码技术在常见中药材蛇类鉴别中的应用
中药材的准确鉴别是中药材研究、生产和应用至关重要的一步.DNA条形码技术以线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因序列作为标记,在中药材鉴别中的应用日益增多.研究应用DNA条形码通用引物扩增测序,探讨DNA条形码技术在常见中药材蛇类(6科15属19种共109个样品)鉴别的可行性,采用邻接法构建该类群分子系统发育树.结果表明,该片段的G+C平均量为43.9％,低于A+T平均量(56.1％).基于Kimura双参数模型计算,白唇竹叶青、乌梢蛇和赤练蛇的种内平均遗传距离均大于2％.通过构建系统发育关系后进一步分析发现,白唇竹叶青一样品鉴别有误.乌梢蛇中的某些样品也可能存在鉴别有误,即原本是灰鼠蛇的可能被错误鉴定为乌梢蛇.造成赤练蛇种内遗传距离差异大的因素需进一步分析.DNA条形码用于常见中药材蛇类种间的鉴别是可行的,极大程度地弥补统形态学分类方法的缺陷,值得加大推广应用和进一步深入研究.
-
数种蜥蜴亚目药用动物DNA条形码分类探讨
该研究选取数种蜥蜴亚目药用动物为研究对象,应用DNA条形码通用引物扩增测序,并与GenBank收录的共3科7属12种59个体的同源序列(564 bp)进行比对分析,采用邻接法、大简约法和贝叶斯推断法分别构建分子系统发育树.结果表明,该片段的G+C平均量为46.5％,低于A+T平均量(53.5％).基于Kimura双参数模型计算,所有个体的种内遗传距离平均值为1.7％,种间遗传距离平均值为35.5％,种间平均遗传距离是种内的21倍.无疣壁虎、疣尾蜥虎和大壁虎的种内平均遗传距离均大于2％,进一步分析表明这些种的地理群体间的遗传分化可能均已达到亚种甚至种的水平,当然还需要结合形态、更多分子标记等分析才能定论.基于COI基因片段序列构建的系统发育树表明,DNA条形码在科、属和种水平的分类鉴定与传统方法所得结果一致.因此,DNA条形码用于蜥蜴亚目药用动物物种间的鉴定是可行的,特别是对于非专业人员鉴定相关类群药材真伪具有一定应用价值.
-
广西3个少数民族17个Y-STR位点的遗传多态性
目的 研究广西侗、苗、壮3个少数民族17个Y-STR基因座的多态信息及其在法医学应用价值.方法 少数民族口腔拭子用磁珠法提取DNA后用Yfiler复合扩增试剂盒扩增,3100XL型遗传分析仪进行基因分型.计算基因频率,多样性和遗传距离.结果 获得3个少数民族309名男性17个Y-STR基因座的等位基因频率分布资料,3个少数民族单倍型共观察到275种.单倍型多样性:侗族为0.9972,苗族为0.9966,壮族为0.9964;遗传距离中苗族跟侗族的遗传距离近.结论 由17个Y-STR位点组成的单倍型多样性在种族鉴别,父权鉴定和群体遗传学等方面有很高的应用价值
-
中国毛南族和仫佬族群体STR的遗传差异性分析
目的 研究中国毛南族和仫佬族6个短串联重复序列基因座(STR):D2S1338、D8S1179、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11的遗传多态性以及他们与其他5个少数民族群体的遗传进化关系,丰富这两个群体的遗传学数据库.方法 采用聚合酶链反应-短串联重复序列(PCR-STR)技术及ABI3100测序仪,研究中国毛南族(200例)和仫佬族(183例)无关个体6个STR位点的基因频率的分布特点.结果 毛南族和仫佬族的6个STR位点分别共检出6l和65种等位基因,其频率分布在0.002 5～0.320 0和0.002 7～0.284 2之间;共检出216和218种基因型,其频率分布在0.005 0～0.150 0和0.005 5～0.158 5之间;两者的平均H＞0.8,PIC＞0.8;累积DP达0.999 999 98,累积EP达0.998 3以上.遗传距离和进化树结果显示:毛南族与仫佬族关系近,彝族与水族关系远;7个民族在进化树上被分为2类,彝族自成一类,其余6个民族聚为一类.结论 毛南族和仫佬族的6个STR基因座具有高度遗传多态性的特点,实用价值较高,故以上数据可用于人类群体遗传学、法医学个体识别和亲子鉴定等研究;广西7个民族STR的遗传差异性与他们的历史文化和地理分布基本一致.
-
兰州汉族等26个群体Y-STR基因座遗传的关系
目的：探讨兰州汉族等26个人群Y-STR基因座遗传关系。方法研究得到500名无关兰州汉族个体的Y-STR基因座基因频率，同时收集其他25个人群相同Y-STR基因座基因频率，应用亲缘系数比较分析这26个人群间的遗传距离并绘制系统树。结果汉族人群中以北京汉族、山西汉族、内蒙古汉族和与兰州汉族的遗传关系接近；少数民族人群中以内蒙古蒙古族与兰州汉族的遗传关系接近；马来西亚马来人和马来西亚印度人与其他人群遗传关系远而单独列支。结论利用Y-STR基因座的等位基因频率研究不同人群之间的遗传距离，结果与其他分子人类学结论接近或吻合，表明不同人群之间的遗传关系与地域、起源和进化的关系密切。
-
黑龙江及吉林省边境口岸与境外全沟硬蜱线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列的比较研究
目的 利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ)基因对我国黑龙江省绥芬河、吉林省延边口岸全沟硬蜱的COⅠ基因序列和国外全沟硬蜱COⅠ序列进行分析对比研究,为了解蜱媒病及其防控奠定基础.方法 2013年6月至2016年8月从黑龙江省绥芬河口岸和吉林省延边口岸共采集全沟硬蜱106只,选取31只样本提取基因组DNA,采用PCR方法从蜱基因组中扩增COⅠ基因进行同源性分析,然后构建系统发生树,并对2个地理种群的全沟硬蜱进行遗传距离分析.结果 我国黑龙江省绥芬河口岸和吉林省延边口岸的全沟硬蜱COⅠ基因序列与俄罗斯多个地区同源性为99％～100％,与哈萨克斯坦边境口岸阿尔泰地区的全沟硬蜱COⅠ序列同源性也达到99％～100％;绥芬河口岸和延边口岸全沟硬蜱的遗传距离≤0.003.结论 我国绥芬河口岸和延边口岸的全沟硬蜱与周边邻近国家的全沟硬蜱COⅠ基因序列高度一致,可能存在极高的基因交流或迁移.
-
DNA条形码技术在臭虫物种鉴定中的应用
目的 准确鉴定臭虫样品,为制定和实施有效预防措施提供参考依据.方法 联合利用形态学鉴定和基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(CO Ⅰ)基因片段遗传距离的DNA条形码技术对山东省泰安市某学校发现的臭虫样品进行鉴定.结果 臭虫样品的前胸背板宽约为身长的1/2,与温带臭虫的特征相符.遗传距离分析显示,实验样品与温带臭虫的遗传距离为0～1.3％,与热带臭虫的遗传距离为27.6％～28.0％.结论 形态鉴定和DNA条形码分析结果均表明该实验样品为温带臭虫.臭虫通常是群居生活,且易于借助人类活动进行传播,长期、合理的防制是减少或避免臭虫危害的关键.
关键词： 温带臭虫 细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因 遗传距离 -
构象敏感凝胶电泳快速检测HBV准种序列异质性的方法
目的:建立一种快速检测乙型肝炎病毒(HBV)准种遗传异质性的方法并验证其敏感性和特异性.以满足研究HBV准种需要检测大量病毒序列的要求.方法:在构象敏感凝胶电泳(CSGE)检测方法的基础上,针对HBV核酸序列组成的特殊性,调整凝胶中使用的甲酰胺和乙二醇浓度并加入一定量的尿素,另外通过一次预电泳优选驱动序列.后用改进地CSGE检测已知序列的HBV C-ORF区片段克隆,并把检测结果与DNA序列分析结果进行比对,验证该方法的敏感性和特异性.结果:用改进地CSGE检测克隆的HVC C-ORF区片段获得了清楚地电泳图谱.对已知序列的HBC C-ORF区克隆片段进行检测:在34个克隆中发现了27种不同的克隆型,准种内病毒株(克隆)频率介于2.9～17.6%,克隆型之间的遗传距离介于0.2～2%.CSGE所得结果与DNA序列分析结果高度一致.结论:我们建立的CSGE具有高度的敏感性和特异性,完全可以用于检测HBV准种序列的异质性及其他相关研究
-
SEN病毒核酸异质性及准种现象的观察
目的:报告SEN病毒核苷酸的异质性和准种特点.方法:取深圳地区SEN病毒流行病学调查得到的SENV D型或H型阳性血清各3份进行巢式PCR扩增,阳性PCR产物克隆至T载体,每份随机挑选1-11份阳性克隆进行分别测序,并与GeneBank上的北京株、美国株、意大利株和日本株进行比较分析.结果:挑选的16株克隆中D型和H型分别为13株和3株,均属于SENV序列.来自SZ-54的11株SENVD型克隆中准种占81.8%(9/11).本地3例患者的11株SENVD型阳性克隆与GeneBank的4株异地株,共15株间的同源性为77.7-99.5%.同一宿主9个克隆间的碱基变异个数为8.5±5.2,与同一地区不同宿主的11个克隆间的28.9±3.2和不同地区不同宿主的15个克隆间的29.6±7.8比较,有显著性差异(P均＜0.001).3株SENV H型阳性克隆与GeneBank的4株异地株共7株间的同源生为74.6-95.0%.进化分析表明,来自同一宿主的分离株遗传关系近,同地区不同宿主的分离株其次,与4株异地分离株的遗传距离较远.结论:SENV核酸的变异性高,个体间存在较大差异,且在同一个感染者体内也存在大量SENV准种.在检测SENV的方法选择、比较SENV的序列差异和分析SENV的临床意义时应充分考虑到SENV的这种特性.
-
野生人参RAPD指纹的研究
目的:分析山参遗传多样性及其遗传特性.方法:用随机扩增多态DNA(RAPD)标记方法对7个来源地不同的山参和1个园参样品进行遗传多样性检测和遗传分析.结果和结论:用14个10-mer寡聚核苷酸引物共检测111个位点,其中多态位点76个,占67.6%,远大于园参内的遗传变异,因此山参在人参育种上有很大利用价值.聚类分析表明,山参之间及其与园参之间的遗传变异,没有超出与近缘种西洋参之间的遗传差异;遗传因素在人参形态变异上的作用小于环境因素,这一结果为"山参"的培育提供了理论依据.
-
WHBE兔血液蛋白的特性
目的 比较大耳白黑眼兔(WHBE兔)与日本大耳白兔(JW兔)和新西澜兔(NZW兔)血液蛋白的多态性,从分子水平了解WHBE兔特殊性状的遗传背景.方法 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳对WHBE兔、JW兔和NZW兔血液中的前白蛋白(Pr),后白蛋白(Po),前转铁蛋白1(Prt1),前转铁蛋白2(Prt2),转铁蛋白1(Tf1),转铁蛋白2(Tf2),后转铁蛋白(Ptf),慢α球蛋白(Sag)、血红蛋白(Hbα、Hbβ)和白蛋白(Alb)共11个蛋白位点进行检测.结果 Pr、Ptf、Hbα、Hbβ、Alb、Po、Sag和Prt2在所有实验兔个体中的表型一致,而Tf1、Tf2和Prt1的表型在各实验兔品系间存在显著差异.在Tf1位点,NZW兔以BC表型为主,无AA型;JW兔只有AA型,而WHBE兔以AB型为主.在Tf2位点,NZW兔有AA型,而JW兔和WHBE兔无AA型.在Prt1位点,NZW兔无AB、BB和BC表型而有AC表型.NZW兔蛋白位点的平均杂合度大于JW兔和WHBE兔.JW兔与WHBE兔的遗传距离近.结论 Tf1、Tf2和Prt1可作为区分NZW兔、JW兔和WHBE兔的特征标记,并且与WHBE兔特殊性状形成有关.JW兔与WHBE兔的亲缘关系近.
-
应用微卫星和下颌骨形态分析法对不同昆明小鼠种群进行遗传分析
目的：为丰富昆明小鼠的遗传学数据，探究其遗传监测方法，应用微卫星和下颌骨形态分析法对不同昆明小鼠种群进行遗传分析。方法从辽宁省两个种群选择SPF级昆明小鼠各30只，选取小鼠不同染色体上10个多态信息丰富的微卫星位点，以PCR扩增和PAGE电泳分型技术测定两个种群的杂合度（ he ）、多态信息含量（ PIC）、遗传距离（ DA ）等遗传参数；常规方法测定下颌骨11项形态变异参数。结果两个昆明小鼠种群共检测出28个等位基因，31个基因型，he为0.472，PIC为0.382；A种群共检出27个等位基因，28个基因型，he为0.525，PIC为0.402，B种群共检出26个等位基因，27个基因型，he为0.418，PIC为0.361，两个种群遗传距离为0.076，A种群的遗传多样性略高于B种群。两个种群下颌骨形态存在差别，有5项参数达到差异显著或极显著（ P﹤0.05或P﹤0.01）。结论两个昆明小鼠种群的遗传距离相近，存在微弱的遗传分化。
-
丙型肝炎病毒感染自然过程中准种的构成变化
目的观察慢性丙型肝炎患者与自然阴转者外周血HCV准种构成的变化规律.方法应用基因扩增、分子克隆和测序的方法,对未接受过治疗的4例慢性丙型肝炎患者与4例自然阴转者前后10年血清中丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)核心(C)区与包膜2(E2)区基因片段进行了序列分析及遗传进化关系比较.结果 4例慢性丙型肝炎患者10年前后血清HCV C区和其中2名患者E2区准种群体组内与组间遗传距离没有明显差异.与自然阴转者相比,慢性丙型肝炎患者外周血HCV C区和E2区准种群体组内平均遗传距离较大.在同一患者体内HCV E2区准种群体组内遗传距离比C区组内遗传距离大,且二者遗传距离大小之间存在相关关系(rs=0.809 5).结论在丙型肝炎疾病的自然病程中HCV准种构成可长期保持稳定;HCV准种遗传变异度大小可能与丙型肝炎疾病的转归相关.
-
基于ITS2序列的羌活及其混伪品的DNA条形码鉴定
目的 对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效.方法 利用PCR测序法,对样品进行核基冈1TS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA 4.0进行相关数据分析,并构建邻接(NJ)树.利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构.结果 羌活与宽叶羌活ITS2序列长度均为228bp,二者种内平均K2P(Kimura-2-parameter)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离；由所构建的系统聚类树图可以看出,羌活与宽叶羌活均表现出了单系性,而同时又与其他混伪品明显分开；比较ITS2二级结构发现,羌活基原植物与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异.结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别羌活及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据.
-
唇形科常见药用植物DNA条形码的鉴定研究
目的 筛选出适合唇形科常见药用植物的DNA条形码序列.方法 通过对33种唇形科常见药用植物的核糖体ITS序列和40种唇形科常见药用植物的叶绿体matK基因进行PCR扩增和测序,用MEGA 6.0软件计算其种间、种内的Kimura 2-parameter(K2P)距离及各序列变异位点,评估序列的条形码间距(barcoding gap),采用邻接法(neighbor-joining,NU)构建系统聚类树.结果 ITS序列长度为620～698 bp,甲均(G+C)量为62.8％,叶绿体matK基因序列长度为859～932 bp,平均(G+C)量为34％,ITS序列与matK基因都有明显的barcoding gap,但matK基因的barcoding gap要小于ITS序列,从聚类分析来看,matK基因能更好地鉴定唇形科不同物种.结论 推荐matK基因序列作为唇形科植物鉴定的优选序列之一.
