单倍型异基因造血干细胞移植后发生巨细胞病毒感染的临床分析

目的 探讨单倍型异基因造血干细胞移植后发生巨细胞病毒(CMV)感染的临床特点及治疗.方法 对北京军区总医院血液科2011年1月-2013年1月采用单倍型异基因造血干细胞移植治疗的50例患者的临床资料进行回顾性研究,供者接受粒细胞集落刺激因子动员,采用骨髓加外周血干细胞联合移植,预处理方案以改良BUCY方案为主,移植后监测CMV-DNA,分析CMV感染的特点并探讨其治疗方法.结果 全部患者中男32例,女18例,年龄5-45岁,平均年龄23.8岁,其中共12例发生CMV血症,发生率为24％,首次检出CMV-DNA中位时间是移植后50天(36-72),CMV定量范围为2.4×103-6.2×106拷贝/mL,其中6例为CMV相关性出血性膀胱炎,2例为CMV相关性间质性肺炎,抗CMV治疗后全部患者CMV-DNA转阴.结论 单倍型异基因造血干细胞移植后巨细胞病毒感染发生率高,更昔洛韦、膦甲酸钠抗病毒治疗疗效可靠、不良反应少.

中国汉族人群热休克蛋白60基因多态性及连锁不平衡分析

目的 分析中国汉族人群热休克蛋白60(HSP60)基因多态性及连锁不平衡关系.方法 采用分片断扩增直接测序的方法,结合Taqman探针基因分型技术时30名无关健康汉族志愿者进行HSP60基因多态性检测和单倍型分析.结果 (1)共检出13个频率大于1%的HSP60单核苷酸多态性(SNPs)位点.其中4个为新发现SNPs.9个已报道的SNPs分别为rs1116734、rs3749095、rs1050347、rs8539、rs2340690、rs3214832和rs7585486,内含子7无rs编号的(a/C),rs788016;4个新SNPs分别是:位于2号染色体198189061 a/g,198184890a/g,198184774 ag/--,198180643 ac/--(内含子7),杂合度分别为0.06、0.04、0.5和0.5.(2)SNPs:ral116734、rs1050347、rs8539、rs2340690、和rs788016在不同人种中的分布差异均有显著性(P=0.00).(3)连锁不平衡分析(LD)后发现rs1116734与198189061 a/g,rs1116734与rs788016不存在连锁不平衡.rs1050347、rs2340690、rs3214832、rs585486及198180659 a/c(无rs编号)两两间完全连锁不平衡,rs8539、198184774 ag/--、198180643 ac/--两两间完全连锁不平衡.以R2大小及小等住基因频率对13个SNPs进行选择,5个代表性SNPs位点rs1116734、rs3749095、rs8539、rs2340690、和rs788016均可构成9种单倍型.结论 中国汉族人群HSP60的SNPs分布有别于其他人种,r81116734、rs3749095、rs1050347、rs8539、rs2340690、rs3214832、198184774 ag/--、rs7585486、198180659 a/c、198180643ac/--、rs788016是HSP60基因在中国汉族人群中较常见的SNPs.rs1116734、rs3749095、rs8539、ra2340690和rs788016是5个较有代表性的SNPs.

HLA-DR单倍型与中国南方汉族肺结核的相关性分析

目的探讨HLA-DR基因单倍型在中国南方汉族肺结核发病机制中的可能作用.方法采用病例-对照的研究方法,应用PCR-SSP技术对110例中国南方汉族肺结核患者和101例中国南方汉族健康对照者的23个HLA-DR等位基因进行分型,比较两组间DR53-DRB1、DR52-DRB1和DR51-DRB1单倍型频率(HF)并计算其相对危险性(RR).结果 DR16-DR52单倍型的频率肺结核病例组显著高于对照组(0.01〈P〈0.05),其RR为3.10;DR1-DR53、DR1-DR52、DR13.3-DR53、DR12-DR53、DR13.3-DR52、 DR7-DR52、DR9-DR52单倍型的频率肺结核病例组显著低于对照组(前四者P〈0.01,后三者0.01〈P〈0.05),其RR分别为0.29、0.26、0.38、0.52、0.25、0.10、0.42.结论 DR12-DR53、DR7-DR52、DR9-DR52单倍型的存在可能与中国南方汉族肺结核的发病有关联,而其它单倍型的差异则可能是因其组成基因的基因频率差异所致.

HLA-DQB1-HLA-DRB1单倍型与中国南方汉族肺结核的相关性分析

目的探讨HLA-DQB1-HLA-DRB1单倍型在中国南方汉族肺结核发病机制中的可能作用.方法采用病例-对照的研究方法,应用PCR-SSP技术对110例中国南方汉族肺结核患者和101例中国南方汉族健康对照者的20个HLA-DRB1和8个HLA-DQB1等位基因进行分型,比较两组间DQ2,3(8)-DRB1、DQ3(7)-DRB1、DQ3(8,9)-DRB1、DQ2,3(7,9)-DRB1、DQ2-DRB1、DQ4-DRB1、DQ5-DRB1和DQ6-DRB1单倍型频率(HF)并计算其相对危险性(RR).结果 DQ2,3(8)-DR14.1、DQ3(7)-DR16单倍型的频率肺结核病例组显著高于对照组(6.10 vs.0.50、4.18 vs.0.99),其RR分别为13.40和4.41;DQ2-DR1、DQ2-DR12、DQ2-DR13.3、DQ3(7)-DR1、DQ3(7)-DR13.3、 DQ3(8,9)-DR13.3、DQ2,3(7,9)-DR1、DQ2,3(7,9)-DR13.3、DQ2,3(7,9)-DR13.4、DQ4-DR4单倍型的频率肺结核病例组显著低于对照组(分别为1.84 vs.5.60、1.37 vs.5.60、4.18 vs. 11.00 、2.30 vs.9.89、12.62 vs.22.28、5.61 vs.11.56、3.70 vs. 14.40、16.88 vs.28.94、5.13 vs.12.12、2.30 vs. 6.13),其RR分别为0.31、0.23、0.34、0.21、0.47、0.44、0.46、0.38和0.35.结论 DQ2,3(8)-DR14.1、DQ2-DR12、DQ2,3(7,9)-DR13.4、DQ4-DR4单倍型的存在可能与中国南方汉族肺结核的发病有着关联,而其他单倍型差异的显著性则可能是因其组成基因的基因频率差异所致.

妊娠糖尿病患者calpain-10基因单核苷酸多态性及其单倍型的分析

妊娠糖尿病(GDM)是指妊娠期首次发现或发生的糖尿病和糖耐量异常(IGT).与2型糖尿病(T2DM)类似,GDM的发生与胰岛素抵抗和胰岛素分泌受损有关.近年来研究发现,钙蛋白酶10(CAPN-10)基因与T2DM的发病密切相关,但关于CAPN-10基因与GDM之间的关系研究甚少.本研究以广东地区汉族GDM患者为研究对象,观察CAPN-10基因SNP43、19、63及其单倍型与GDM遗传易感性的关系.

中国汉族和维吾尔族艾滋病病毒感染者与未感染人群中CX3CR1基因多态性的分布

目的调查艾滋病病毒1(HIV-1)亚型辅助受体CX3CR1的V249I和T280M基因突变,在汉族和维吾尔族(维族)普通人群、HIV-1高危人群和感染者中的分布,探讨I249-M280单倍型与HIV-1感染和艾滋病(AIDS)病程的关系. 方法分别选择汉族和维族的普通人群、HIV-1高危人群和感染者,共6组,采取聚合酶链反应/巢式聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法,确定249和280密码子是否发生基因突变.采用行列表χ2检验及u检验进行统计学分析,分析同一民族不同人群之间是否存在差异. 结果维族人群I249和M280基因频率分别为16.1%和13.3%,汉族人群分别为3.3%和2.4%,其中感染者高于普通人群,普通人群高于高危人群,但三组之间差异无显著性.CX3CR1的I249和M280之间存在明显的连锁关系(P≈0.0).结论中国维族I249-T280单倍型频率(2.8%)明显低于高加索人(12.5%),I249-M280单倍型频率(13.3%)与高加索人接近(15.8%),汉族则两者都低得多(0.9%和2.4%).I249-M280单倍型与HIV-1易感性的关系应进一步研究.

遗传距离方法在统计分析中的应用

在遗传流行病学研究中,经常会遇到要比较2个人群中不同等位基因频率的差别以及不同基因型、不同单倍型的差别等问题,如果等位基因为2个即双等位基因位点,则需比较的表格可以列成2×2表,而用4格表的统计方法来比较不同人群间的基因频率差别.这时,基因型的比较也可以用3×2表来计算,而单倍型则为4×2表.但是如果我们所研究的基因座位为一多等位基因位点,常用的列联表方式来统计2个人群,甚至更多群体间的差别则会出现因单元格过多,多个格子可能出现理论数小于5甚至为0的情况[1],无法得到满意结果.因此提出精确概率法,蒙特卡罗模拟方法等,还有学者提出通过计算遗传距离的方法进行率差别的统计学检验的方法.

内皮固有型一氧化氮合酶基因单核苷酸多态性与冠心病的相关性研究

探讨内皮固有型一氧化氮合酶(ecNOS)基因的单核苷酸多态性(SNP)与冠心病(CAD)的相关性.提取107例CAD患者和132名健康对照者外周血有核细胞DNA,应用荧光标记单碱基延伸分型技术及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测ecNOS基因的2个标签SNP(tag SNP)rs7830和rs3918188.结果发现CAD组rs7830的CC基因型频率和C等位基因频率明显低于健康对照组(P＜0.05).两组rs3918188的基因型频率及等位基因频率无统计学差异(P＞0.05).通过对2个SNP进行单倍型分析发现,CAD组和健康对照组的单倍型频率具有统计学差异(P<0.05).结果提示ecNOS基因 rs7830多态性变异及由rs7830和rs3918188构建的CA、AA单倍型是CAD的遗传危险因素.

一寻常型银屑病家系的HLA等位基因分析

目的 分析北方一寻常型银屑病家系的发病与HLA-A、B、DRB1等位基因的相关性. 方法 采用序列特异性寡核苷酸探针-聚合酶链反应(PCR-SSO)方法检测一北方家系16人的HLA-A、B、DRB1等位基因. 结果 家系中共有6人患寻常型银屑病,其中4个早发寻常型银屑病患者(Ⅱ-2、Ⅱ-4、Ⅲ-1、Ⅲ-5)发病均在30岁以前,B位点均为B*13、DRB1位点均为DRB1*07;家系中有6人携带单倍型11-15-15,其中4人发病(I-2、Ⅱ-2、Ⅱ-4、Ⅲ-1),年龄稍小的2人未发病(Ⅲ-3、Ⅲ-4). 结论 此家系中寻常型银屑病的发病涉及多个易感位点,携带B*13-DRB1*07基因的早发病者可能与对遗传因素和/或环境因素敏感性增加有关;易感单倍型携带者的发病受环境因素和/或其他易感因素的影响.

GNB3、ADD1和ADRB2基因多态性可能与高原肺水肿发病无关

目的 探讨G蛋白B3亚基(GNB3)、β-内收蛋白(ADD1)及B2肾上腺素受体(ADRB2)基因多态位点与高原肺水肿的易感相关性.方法 用PCR-RFLP和AS-PCR法检测148例高原肺水肿患者和158例正常对照者的GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因m1042713位点,进行基因关联研究.结果(1)高原肺水肿患者GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因rs1042713位点的3种基因型频率分布与对照组间无差异;(2)对rs5443、rs4961和rs1042713位点进行单倍型分析,8种单倍型组合(小基因频率>1%)在两组间的频率分布无差异.(3)联合基因型分析亦未发现有意义的基因型组合.结论 GNB3基因rs5443、ADD1基因rs4961和ADRB2基因rs1042713位点可能不参与中国汉族高原肺水肿的发病.

广西3个少数民族17个Y-STR位点的遗传多态性

目的 研究广西侗、苗、壮3个少数民族17个Y-STR基因座的多态信息及其在法医学应用价值.方法 少数民族口腔拭子用磁珠法提取DNA后用Yfiler复合扩增试剂盒扩增,3100XL型遗传分析仪进行基因分型.计算基因频率,多样性和遗传距离.结果 获得3个少数民族309名男性17个Y-STR基因座的等位基因频率分布资料,3个少数民族单倍型共观察到275种.单倍型多样性:侗族为0.9972,苗族为0.9966,壮族为0.9964;遗传距离中苗族跟侗族的遗传距离近.结论 由17个Y-STR位点组成的单倍型多样性在种族鉴别,父权鉴定和群体遗传学等方面有很高的应用价值

利用生物信息学技术挑选TLR2基因标签单核苷酸多态性位点

目的 利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点.方法 利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview 4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析;通过对D'值95%可信区间上下限的分析,在整个TLR2基因范围内构建单倍域(haplotype block);然后根据单倍域内SNPs之间的r~2值和LOD值,挑选标签SNP;后根据单倍域内的单倍型所占比例,挑选出标签SNP代表的单倍型.结果 在中国人群中,TLR2全基因范围内共构建2个单倍域,挑选出3个标签SNPs(3013 A/G、19216 T/C、22215 G/T).同时,确定了单倍域内的标签SNPs分别代表的单倍型.结论 中国人群的TLR2基因的3个SNPs位点(3013 A/G、19216 T/C、22215 G/T)是有代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并指导中国人群TLR2基因与脓毒症关联研究.

国际单倍型图谱计划--国际遗传变异图谱计划

壮族非亲缘男性个体中9个短片段Y-STR基因座遗传多态性的研究

本研究探讨中国大少数民族壮族Y染色体特异短串联重复序列(Y-STR)单倍型的遗传多态性.采用多重PCR扩增和ABIPrismTM 3100基因测序仪荧光检测方法,对85名壮族非亲缘男性个体的9个短片段长度Y-STR基因座,进行基因频率和单倍型频率的调查.结果表明:在85名非亲缘男性个体中,除DYS426基因座多态性较低,其余8个基因座的GD值的分布在0.4387-0.8129之间.9个Y-STR基因座的单倍型共有70种,单倍型多样性达0.9926.结论:壮族非亲缘男性个体Y-STR单倍型的遗传多态性丰富,与我们以往的南方汉族非亲缘男性群体遗传资料相比较,具有显著的差异.

浙江汉族人群杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因多态性研究

本研究的目的是分析浙江汉族人群杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因的多态性及基因型.采用序列特异性引物PCR法(PCR-SSP)进行KIR基因低分辨率检测和基因型分析.结果表明:①在浙江汉族人群中共检出目前已知的17个KIR基因.2DL4、3DL2和3DL3基因存在于所有个体,其基因频率为1.00.2DL1、2DL3、2DP1、3DP1*003、3DL1、2DS4*001/002基因较为常见,频率分别为0.902、0.902、0.902、0.902、0.7598、0.5615;而2DL2、2DL5A、2DL5B、2DS1、2DS2、2DS3、2DS4*003、2DS5、3DS1和3DP1*001/002基因频率较低.②浙江汉族人群中以A型单倍型为主,频率高达74.7%.在检测样本中共明确检出12种单倍型,常见的是单倍型2,频率为53.0%.③共检出26种基因型,常见为AJ(2,2)、AF(1,2)型,其次为AH(2,5)、NN2(2,6)、AI(1,5)和AG(1,1).其中有15种基因型在白人中尚未见报道,4种基因型无法根据相关文献标准分析出单倍型.结论:浙江汉族人群有其独特的KIR基因频率和基因型频率分布.

11755名中国北方汉族造血干细胞供者HLA-A、B、DRB1基因和单倍型研究

为了研究中国北方汉族造血干细胞供者的人类白细胞抗原(HLA)-A,B,DRB1等位基因、HLA单倍型频率及其连锁不平衡特征,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠检测方法对中华骨髓库陕西分库内11755名中国北方汉族骨髓供者进行HLA基因低分辨分型,并根据HLA表型群体资料,运用基于大数学预期值算法(Expectation-Maximization,EM)的计算机软件Arleguin计算HLA单倍型频率.结果表明:11755例样本符合Hardy-Weinberg平衡检验,共检出HLA-A、B、DRB1等位基因(按分解抗原统计)分别为18、42、15种,包括很少在汉族人群中检测到的HLA-A25、B42、B53、B73和DR3,未发现HLA-A36,A43,A80,B78,B82和DR18等6种特异性.HLA-A*02,A*11,A*24,A*33,A*30,A*01, A*03,A*13,B62,B*51,B*46,B60, B61,B*35,B*44,DRB1*15,DRB1*09,DRB1*04,DRB1*07,DRB1*12,DRB1*11, DRB1*14,DRB1*08,DRB1*13的频率＞0.05.EM法计算求得频率＞10-6的HLA-A-B-DR单倍型共计2026种,其中HLA-A30-B13-DR7、A2-B46-DR9、A33-B58-DR17等26种单倍型频率＞0.005,A30-B13-DR7是中国北方汉族常见单倍型.计算求得的HLA-A-B、A-DR、B-DR单倍型共计538、227、522种,频率＞10-6者分别有409、195、423种,其中A30-B13,A2-B46,A33-B58等28种单倍型频率＞0.01;A2-DR9,A2-DR15,A30-DR7等26种单倍型频率＞0.01;B13-DR7,B46-DR9,B13-DR12等24种单倍型频率＞0.01.具有统计学意义(P＜0.05)的连锁不平衡HLA-A-B、A-DR和B-DR单倍型分别有296种(72%)、130种(67%)和308种(73%),其中A30-B13、A33-B58、A1-B37、A30-DR7、A33-DR13、A1-DR10、B37-DR10、B8-DR17、B13-DR7、B58-DR17等单倍型表现为显著的正连锁不平衡.结论:本研究使用EM算法获得了目前中国北方汉族样本量大的HLA-A/B/DRB1等位基因多态性、单倍型频率分布及连锁不平衡的特征,这将有助于临床为患者寻找合适供者,为移植免疫、HLA与疾病相关性及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据.

单倍体相合的生物学概念和命名

长期来国内发表的一些有关造血干细胞移植文章常常把单倍体相合(haploidentical)误称为"HLA单倍型相合"或"HLA半相合".有的文章则把haploidentical transplant错译为"单倍体移植"、"单倍型移植"等.

中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡研究

目的 研究中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡单倍型.方法 对2000-2005年在我院进行异基因造血干细胞移植前HLA配型的白血病患者及与患者有血缘关系的家系供者共1500例的血液标本,采用低分辨序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)方法进行HLA-DR/DQ基因分型,并对两位点间连锁不平衡参数进行统计学分析.1500例中患者650例,平均年龄25岁;家系供者850例,平均年龄42岁.结果 在41例的血液标本中发现13种罕见的连锁不平衡单倍型,主要为HLA-DQ8或HLA-DQ9与不同DR位点的连锁.其中DR14/DQ4、DR4/DQ5、DR9/DQ6、DR9/DQ7、DR8/DQ8、DR9/DQ8、DR12/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9共9种单倍型尚未见报道.650例白血病患者中有20例存在12种罕见的连锁不平衡单倍型,850例家系供者中有21例存在8种罕见的连锁不平衡单倍型.DR8/DQ8单倍型只见于家系供者,而DR14/DQ4、DR12/DQ6、DR11/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9单倍型则只见于白血病患者.41例HLA-DR/DQ基因分型结果显示,连锁不平衡单倍型与DR52(DRB3)宽抗原相关联者占58.5%(24/41),与DR53(DRB4)宽抗原相关联者占36.6%(15/41),而与DR51(DRB4)宽抗原相关联者仅占4.9%(2/41).所发现单倍型频率高的为DR12/DQ8(0.0023)和DR9/DQ8(0.0023),其次为DR11/DQ9(0.0020)和DR12/DQ9(0.0017).13种连锁不平衡单倍型的绝对及相对连锁不平衡参数均为负值,说明它们在中国汉族人群中较为罕见,并处于连锁不稳定状态.结论 发现了罕见的DR/DQ连锁不平衡单倍型,对补充中国汉族人群HLA-DR/DQ基因的连锁不平衡类型,提高HLA分型结果的准确性具有一定意义;同时,DR/DQ连锁不平衡单倍型在不同人群中的差异为疾病关联研究提供了思路.

第三代测序技术：单分子即时测序

DNA测序技术是分子生物学研究中常用的技术，它的出现极大地推动了生物学的发展。从人类基因组计划（human genome project），到人类基因组单倍型图计划(HapMap)，再到人类癌症基因组及个体基因组计划，第一代和第二代DNA测序技术功不可没。特别是近几年发展起来的第二代DNA测序技术则使得DNA测序进入了高通量、低成本的时代。目前，基于单分子读取技术的第三代测序技术已经出现，该技术测定DNA序列更快，并有望进一步降低测序成本，为人类从基因水平深入理解疾病的发生、发展、诊断和治疗提供新的手段，使个体化医疗成为现实。本文回顾了测序技术发展过程，并对第三代测序技术的特点和优势进行详细论述。

CⅡTA基因编码区不同单倍型cDNA的功能研究

目的 研究MHCⅡ类反式激活因子(cⅡTA)基因编码区非同义单核苷酸多态性(SNP)位点C19170G(Leu45Val)和C30799G(Ala500Gly)构成的4种不同单倍型cDNA的功能.方法 将4种不同单倍型的真核表达载体和卒载体分别转染至HeLa细胞.用RT-PCR和间接细胞免疫荧光技术检测未经转染的HeLa细胞、转染4种真核表达载体及卒载体的HeLa细胞cⅡTA mRNA与3种HLAⅡ类分子(HLA-DR、DP、DQ)的表达,并用流式细胞技术对其表达的3种HLAⅡ类蛋白进行定量分析.结果 未经转染和转染空载体的HeLa细胞均尤CⅡTA mRNA和3种HLAⅡ类分子的表达,而转染4种不同单倍型真核表达载体的HeLa细胞均出现CⅡTA mRNA表达,并表达3种HLAⅡ类分子.证实了转染4种不同单倍型真核表达载体后的HeLa细胞3种HLAⅡ类分子表达水平差异无统计学意义(P均>0.05).结论 中国人CⅡTA基因编码区这两个SNP位点的多态性(2个位点氨基酸的改变)不影响CⅡTA反式激活HLAⅡ类基因表达的能力.